六封信俱写于1907年冬，是章太炎为从两江总督端方那里谋取一笔巨款在同刘师培、何震商讨对策时所写的。已经秘密投靠端方的刘师培、何震、汪云，企图以端方给钱为钓饵，诱骗章太炎脱离革命，然而，他们并没有得逞，章太炎的几封信，不是他们成功的标记，而是他们失败的记录。1908年，他们又通过伪造《炳麟启事》等办法，败坏章太炎的名誉，设法打击章太炎。封禁《民报》时，汪云又秘密潜入《民报》社制造了毒茶案。这些阴谋也一一败露。1908年冬，刘师培与何震、汪云在东京立足不住，便又跑回上海，经常出入于江浙革命党人在沪革命机关。为了进一步打击章太炎，他们将章太炎的几封信印成照片寄给黄兴，并给黄兴一信，极力歪曲事实真相，诬称章太炎早已“无心于革命”，说什么向端方谋款全系章太炎主动，而他们数人则一直加以反对，设法从中破坏，方使事未成功。这一招，确实很阴险。黄兴接到刘师培的信和照片后，便觉真相难辨，对章太炎产生了怀疑。他曾在同盟会总部召集的秘密会议上对此做了专门研究，听信了刘师培的一面之词，以为章太炎之所以如此，是由于他“心神狂乱，宗旨不定，稍涅即淄”。会议决定为慎重起见，对刘师培的信和所附照片当“讳莫如深，不予公布”，而以后凡有关秘密事情，则不与章太炎商量。1909年夏，“党人陈其美、张恭、王金发等日集江浙两省同志计画大举，以上海马霍路德福里为机关”，刘师培将开会情形密告端方，“端方乃命上海道向租界当局交涉，即派警吏查抄党人机关”，结果，张恭被捕，“党人大举计划因而事泄中止”。王金发侦知刘师培所为，欲处以死刑，刘“跪地乞命，谓必以一己生命保全张恭”。刘师培叛徒面目因之完全暴露，他也跑到南京去公开当了端方的幕僚。汪云仍留在上海，王金发便将汪枪击于英租界南京路小菜场附近寿康里，作为做清政府间谍者戒。刘、汪叛徒面目越是清楚，他们败坏章太炎名誉、离间黄兴与章太炎关系的阴谋也就越加明显。连与章太炎不断地在打笔墨官司的《新世纪》，也承认刘、汪对章太炎恨之入骨，必欲置章氏于死地，说汪云“去岁在日本，一次欲毒害章某未成，误毒下女……乃潜逃上海”，赞扬惩处汪云“核诸事实则细，语其功用则大”。刘师培寄来照片本应至此了结，可是，《伪〈民报〉检举状》的发布，使黄兴失去了平日的冷静，他将刘师培提供的那些材料当作撒手锏抛了出来，企图以此从政治上将章太炎一下子置于死地。
黄兴首先在《日华新报》上发表了刘师培给他的那封完全歪曲事实真相的来信，并冠以《章炳麟背叛革命党人之铁证》的标题。《日华新报》给此信加了按语，说：“顷得革命党刘光汉(现在北洋总督衙门充当幕友)致该党黄某一函，披阅一过，令人发指。章氏日言道德，而其个人之道德则如是。呜呼！章氏休矣。”按语还说，“章刊《伪〈民报〉》传单，为图归国地步。”11月下旬，香港《中国日报》以“东京访函”名义发表《章炳麟与刘光汉关系之历史》，并云：“章近致直督幕中刘光汉，重申前约，愿和好如初。日前刘已派委员到东京与章交涉革党事，谓端午帅令其解散革党，事成许以重利，现章已允尽力担任。”这一说法，连利用章太炎致刘师培几封信对章氏大肆攻击的《新世纪》记者，也觉得难以置信，说：“《中国日报》云：‘据最近布告，言章与直督幕员刘光汉和好如初，且受端方委任，担任解散革党及充常驻东京之侦探员。’彼未刻有证凭，姑存其说以待信。”
在这种情况下，孙中山、黄兴一派报刊便把章太炎完全当做一个叛徒、敌探而加以讨伐。巴黎《新世纪》转载了《章炳麟与刘光汉及何震书五封》，吴稚晖据以断言：“章炳麟之得金出卖革命，固有数可稽而有凭可证者！”香港《中国日报》发表《为章炳麟叛党事答复投书诸君》，称章太炎为“满洲鹰犬”，“中国革命党之罪人，《民报》之罪人”，说章太炎“与梁启超同办《时务报》以来，与保皇党之关系未尝断绝。……当《民报》与《新民丛报》笔战之时，战斗皆精卫、汉民、县解、寄生诸君任之，章以与梁启超交厚故，未有一文之助力”。文章指责章太炎不该在《民报》发表《无神论》一文，说这篇文章一登，“以致内外同志多疑《民报》为排斥耶苏之机关报，摇惑人心，莫此为甚”。文章还说，章太炎著文批判《新世纪》无政府主义，纯为“以个人私怨”借《民报》“为攻城之具”，“伤害同志之感情，徒贻外人之笑柄”。文章甚至把日本政府封禁《民报》的罪责也一股脑儿推到章太炎身上，说什么“《民报》出版以来，日政府绝不干涉，乃章炳鳞倡言恢复台湾、朝鲜之义，又鼓吹暗杀，以挑动日人之恶感情，遂故有停止发行之命令”。总之，他们对章太炎先前整个革命经历以及他所主编的《民报》全盘加以否定。
在所有这些攻讦面前，章太炎没有示弱，他努力进行反击。黄兴“函责太炎以晚节不终”，章太炎反过来便责问黄兴：“端方请其入幕，并派湖北人吴往天津谒端方，意欲何为？”对于《日华新报》等连篇累牍的责难文章，章太炎也专门写了辩书，说明事实真相。但是，他和陶成章等人这时并不掌握什么有影响的报刊，反击的文章多印成传单散发，与孙中山、黄兴等发动的攻势相比，力量便显得弱小得多。
争吵的双方，都竞相把污水泼得对手满头满身。他们彼此互相伤害到如此程度，不仅使双方在改选总理和复刊《民报》等问题上的分歧，无法心平气和地通过协商得到解决，而且使双方的恶感发展到根本无法再在同一个组织中共事下去。正是在这一情况下，章太炎与陶成章决定重建光复会。
陶成章本来就是光复会的一位创建者和活动家。他加入同盟会以后，与国内光复会组织仍然保持着联系。在徐锡麟、秋瑾、熊成基等人发动起义陆续失败后，光复会在国内的组织受到严重摧残。1909年，光复会骨干张恭在沪为刘师培、汪云告密，被禁锢于南京，负责联络浙江各处会党的张伟文又在温州被捕，其他一些干部也被执下狱，国内光复会处于瘫痪状态。在策划改选黄兴为同盟会总理不成反而导致与孙、黄关系破裂以后，陶成章便酝酿重建光复会。他对章太炎说：“逸仙难与图事。吾辈主张光复，本在江上，事亦在同盟会先，曷分设光复会？”章太炎表示赞同。陶成章于是以李燮和等在南洋所建立的组织为基础，紧张地展开了筹组工作。
1910年2月，光复会正式宣告重新成立。在东京建立了总部，章太炎任会长，陶成章任副会长。根据陶成章的创议，总部“分评议、执行二部，分立权限，各行其事，既无不能统一之虞，又有互相监督之效”。办事人员包括庶务、会计、书记等，初时由章梓任庶务员，沈家康任书记员。为便于通讯联络，根据陶成章的建议，创办了《教育今语杂志》，以杂志社为公开的对外联系机关。因为重建后的光复会主要成员都集中在南洋一带，由李燮和等在南洋成立了“行总部”，“代东京总部行事，以便就近处置一切事宜”。行总部以下的组织为分会，会员之间的联络借助于口号、暗号，而分会对外则通常以书报社、教育会等面貌出现。南洋一些地区的华侨，对于李燮和等异常信任，见李燮和等坚决支持章太炎、陶成章，便纷纷转到光复会旗帜之下。一时间，光复会“势力颇盛，骎然有取同盟会而代之之势”。
在光复会重建的同时，孙中山在美国旧金山建立了同盟会分会。他因对同盟会总部不满，将分会的名称改为“中华革命党”，并将原同盟会誓词改作“同心协力，废灭鞑虏清朝，创立中华民国，实行民生主义”。是年秋，孙中山“自日本再游南洋，尝由槟榔屿通告南洋英、荷各属，令仿美洲党员新例，将盟书内中国同盟会会员字样改为中华革命党党员”。只是因为东京同盟会总部和许多地区组织，或者未接到这一通告，或者接到了通告而未照办，中国同盟会方才没有改名。
同盟会在组织上终于分裂了。一是光复会重建，二是孙中山将许多地区同盟会改为中华革命党，三是1911年夏宋教仁、谭人凤等在上海组织中部同盟会。统一的同盟会这时实际上已一分为三。尽管这三个团体都为中国革命的发展做出了贡献，但是，许多人为的纠纷毕竟分散了他们许多精力，消耗了许多力量。追究这一阶段分裂的原因，固然有思想上、策略上的分歧，有原先各团体所曾有过的地域观念、小团体观念带来的隔阂，然而毋庸讳言，几位主要领导人的性格特征和他们之间的意气之争，也起了很大的作用。就章太炎本人而言，《中兴报》曾载文指责他“骄恣谥盈，竟成跋扈，托有神经病，为鱼肉侪辈，蛮气一发，动肆用武……同志宽洪包容，均付之一笑”，虽然有些过甚其词，但毕竟不是捕风捉影。他性情耿直，但有时失之主观武断，这种态度，当然无助于革命同志之间的团结。加上章太炎书生气十足，在处理实际事务时，往往不善于考虑到各种有关的条件，而又不很虚心，这就往往容易败事，以至加剧同志间的纷争。陶成章在正式重建光复会以后，一再强调章太炎“不过仅能画策，不能实行”，说“太炎原系学者，办事全非所宜，盖彼无眼识别人之善恶，易败事也”，这并非故意捏造，以损害章太炎的名誉，而是在相当大的程度上反映了当时的实际。
这一场以组织上公开分裂而告终的内讧，对章太炎精神上打击很大。光复会重建以后，虽然创办了《教育今语杂志》作言论机关，但是，在日本政府严密监视下，他们根本不可能自由地发表政论，宣传革命。正如陶成章所说，“至倡言革命，则在日本定难发行，止可于历史中略道及之”。这份杂志由钱玄同负责具体编辑事务，章太炎只以笔名在上面发表了一些学术性的白话演讲词，没有一篇政治性论文。这使他更感到沉闷。加上他虽然担任了光复会会长，但陶成章并不想让他介入实际斗争的领导工作，在陶成章的心目中，他所能起的作用只在于“联络各埠”，以后则应改任“教育会会长”，在这一情况下，他常常为一种心灰意懒的情绪所掩袭。1909年他在《秋夜与黄侃联句》中就说过：“谁言乐浪乐？四海无鸡栖。……邦家既幅裂，文采复安施？……及尔同沉渊，又恐罹蛟螭。愿言息尘劳，无生以为师！”其后，在《复张伽厂书》中，他又说：“仆亦涉历忧患久矣，东国既非吾土，恒有登楼之思，然以勤苦余生，志反闲漠。”因此，后来他对光复会事也很少过问，陶成章1910年11月筹办《光复报》，章太炎便不肯为之“作文”。他把自己的主要精力都转向讲学与撰写学术性的著作。
然而，组织上的分裂，毕竟不是政治上分道扬镳。一旦双方逐渐冷静下来，导致内讧爆发的那些意气用事的互相攻讦，彼此便都觉得难以成立了。1910年冬，黄兴至南洋筹措广州起义军饷，“以荷属各教员燮和及陈方度等多属湘籍同乡，且与己感情密切，遂力劝捐除意见，同任艰巨。燮和等欣然从之”。在这次筹款中，李燮和等出了很大的力气。连陶成章这时也说：“孙文以后不必攻击，弟意亦然。而弟之意，即意见不同，宗旨不合者，辨正可也，不辨正亦可也。再不可如前者之《中兴报》，日从事于谩骂，不成日报体裁。即个人私德有缺陷者，亦不可多加攻击，盖羞恶之心，人多有之，多所取怨，于所办之目的宗旨上，毫无所裨益。”光复会成员赵声与黄兴一道，积极筹划发动广州起义，陶成章表示支持，“数言克强得伯先，事或可就”。此时，章太炎对能否真正重新联合起来共同战斗则仍然表示怀疑，所以，他对陶成章说，“集党数年，未有规画，恐诒之后人耳。然清自袁世凯废、张之洞死，宗室用事，人民胥怨，固不能久。粤人好利而无兵略，湘中朴气衰矣，亦未必属孙、黄也。君以光复会号召，所谓自靖自献，成败利钝，谁能知之？”在1911年4月27日广州起义中，许多光复会会员与同盟会会员一道进行了殊死作战，时陶成章也专程返沪，图谋在江浙一带发动起义响应。可是，广州起义迅速失败，赵声在香港气愤而死，陶成章怀疑赵声之死系胡汉民下毒所致；他本人，在沪与陈其美等议事时，因意见不投，险被陈其美当场掏枪击毙，更是大愤，这样，隔阂便照旧存在，纷争也就没有能够了结。
《民报》停刊以来革命党内部纷争发展为内讧以至分裂的整个过程表明，尽管事态的演变是由多方面因素促成的，是有特定的历史根源与社会根源为其基础的，就章太炎个人而言，毫无疑问，负有相当大的直接责任。领导者的气质，如何反过来影响历史的进程，这里提供了一个很鲜明的例证。然而，尽管有这样那样的错误，章太炎终究不失为一位卓越的资产阶级革命家。1911年7月槟榔屿《光华日报》著文说：
《天铎报》有短评曰《哀某文豪》，其言曰：“文豪某， 轩辕黄帝之肖子也，抱冤禽之隐痛，羁旅海外，十余易寒暑，近闻穷途潦倒，将至断炊。呜呼！天何酷我文豪至于此极也。虽然，彼亦有所自取焉。以彼文章声誉，苟能少为推移，揣摩时尚，高官厚禄，何患不予取予携？乃牢抱高尚主义，与俗相违，几于穷饿而死，得不令当世之所谓通人名士笑汝拙乎？子舆氏有言：富贵不能淫，贫贱不能移。文豪之所为无负文豪，则亦以此。”其言盖指章太炎也。数年嫉恶太炎者，每诬其致书端方求官，道高毁来，自古然矣！ 旁观之公论如此。太炎之心，夫岂汩乎？嗟乎！西山薇蕨，千古高风，愈穷饿而伟人之心迹愈昭著焉矣。
这段评论，应当说，并非阿谀之词，而是比较不带成见与比较公允的。