佛学、庄子学、德国哲学
章太炎对于探寻哲学的奥秘，早就有着极为浓厚的兴趣。他所撰写的《视天论》、《菌说》、《儒术真论》以及《訄书》初刻本与修订本，在近代中国唯物主义哲学发展史上，是闪闪发光的一串瑰宝。
出狱东渡以后，在仔细思索人们的世界观或理论思维方式的变革，积极推进近代中国的哲学革命方面，他继续倾注了很多心力。主编《民报》时期，他发表了《无神论》、《俱分进化论》、《建立宗教论》等一系列重要哲学论文；《民报》停刊以后，他又出版了《国故论衡》、《齐物论释》等他自诩为“一字千金”的专著，更为系统地阐述了他的哲学观点。可以说，在辛亥革命时期，在所有革命党人中，没有一个人像他这么重视哲学的。
章太炎建立了一个相当庞大而又相当复杂的哲学思想体系，并处处都展现了他自己十分鲜明的独特性格。这一哲学体系，涉足的范围之广，探索的程度之深，超过了他自己1900年前后那几年中所撰写的哲学著作，也超过了近代中国其他所有的思想家。
这一时期，章太炎以佛学、诸子学与西方哲学为自己哲学的三个主要思想来源。
主编《民报》时期，章太炎就一再鼓吹“提倡佛教”。刚到东京，在东京留学生举行的欢迎会上，他倡导“用宗教发起信心，增进国民的道德”。在现成的各种宗教之中，他所看中的就是佛教，说：“佛教的理论，使上智人不能不信；佛教的戒律，使下愚人不能不信；通彻上下，这是最可用的。”在佛教各种宗派中，他又特别欣赏法相、华严二宗：“这华严宗所说，要在普度众生，头目脑髓，都可施舍与人，在道德上最为有益。这法相宗所说，就是万法惟心，一切有形的色相，无形的法尘，总是幻见幻想，并非实在真有……在哲学上今日也最相宜。要有这种信仰，才得勇猛无畏，众志成城，方可干得事来。”他还将佛教“一切众生，皆是平等”的教义，解释成“佛教最恨君权”，“佛教最重平等，所以妨碍平等的东西，必要除去”，由此断言：“提倡佛教，为社会道德上起见，固是最要；为我们革命军的道德上起见，亦是最要。”
章太炎在同盟会机关刊物《民报》上鼓吹提倡佛教的文字，使许多革命党人感到困惑不解，也遭到许多革命党人的反对。铁铮(袁金钊)便曾著文提出非议，以为“佛家之学，非中国所常习。虽上智之士，犹穷年累月而不得；况于一般国民，处水深火热之中，乃望此迂缓之学以收成效，何异待西江之水以救枯鱼！”章太炎答称：“光复诸华，彼我势不相若，而优胜劣败之见既深中于人心，非不顾利害，蹈死如饴者，则必不能以奋起，就起，亦不能持久。”而佛学，尤其是其中法相宗、禅宗，“自贵其心，不依他力，其术可用于艰难危急之时”，正有利于培养和造就这样一种奋斗精神，使革命者“排除生死，旁若无人，布衣麻鞋，径行独往，上无政党猥贱之操，下作惴夫奋矜之气”。然而，这番解释并不足以消除人们心中的疑窦。
反对章太炎倡导佛学的，还有玄洋社、黑龙会的一批浪人。1908年2月25日《民报》第二十一号发行，该号刊登章太炎一篇考史文章《大乘佛教缘起说》。章太炎自述：“大乘缘起说者，无过考证之文，不关宏旨。是时方讨论震旦方言，不皇辍业，仓卒应乏，遂以是篇入录。”内田良平主办的黑龙会刊物《东亚月报》在是年5月10日出版的第二号上，即发表了署名“梦庵”的《寱语》，指责章太炎在《民报》上发表《大乘佛教缘起说》，系改《民报》为佛报，完全违背和破坏了《民报》封底所揭示的《本社简章》即“《民报》六大主义”。《寱语》似乎非常痛心地写道：
独怖《民报》之作佛报者，何为而然乎？《民报》既自标榜以其六条主义，此《缘起说》足以济度恶劣政府乎？足以建设共和乎？佛教之平和思想，死于千载之上，曷得抱亡骸为维持新世界新真正之平和之具？况土地国有，与乞食之士谋之乎？以之求日华之连合，以之要求世界列国赞成中国之革新事业，皆远之远矣。无一于此，而《民报》之作此佛报者，抑出于何意乎？《民报》宜作民声，不宜作佛声也。
《东亚月报》创刊于1908年4月。据其自称，由于日本与清国“情意关隔，或两相猜忌，以致东亚大局，无进步之可观”，创办《东亚月报》，就是为了改变这一状况。“月报宗旨，在警醒清国政府与其臣民，一字一句，皆以肺腑流出，而尤于日清两国过去与将来之关系，重为致意。”这份杂志，是玄洋社与黑龙会的喉舌，它一面极力为日本侵华政策和行径辩护，一面在清朝政府与中国革命党人中大耍纵横捭阖的手法，想使两者都为他们所用。在支持中国革命党人的表象之下，在中国革命党人内部挑起恶感，制造不和，就是他们的一个重大阴谋。梦庵的《寱语》实际上就是这个阴谋的一部分。寱，是“呓”的本字，寱语即呓语。梦庵在其文中，对章太炎冷嘲热讽，揶揄挖苦。此文一出，即有人致书《东亚月报》提出抗议，责备梦庵对章太炎“竟敢于懵驳外，又兼以侮辞”。
章太炎本人在《民报》第二十一号上发表了《答梦庵》，就梦庵提出的指责做了答复。他写道：“今问梦庵，《民报》所谓六条主义者，能使其主义自行耶，抑待人而行之耶？待人而行，则怯懦者不足践此主义，浮华者不足践此主义，猥贱者不足践此主义，诈伪者不足践此主义。以勇猛无畏治怯懦心，以头陀净行治浮华心，以惟我独尊治猥贱心，以力戒诳语治诈伪心。此数者，其他宗教伦理之言，亦能得其一二，而与震旦习俗相宜者，厥惟佛教。是固非言语文字所能成就，然方便接引，非文辞不为功。以是相导，令学者趣入法门，以自磨厉，庶几民德可兴，而六条主义得人而弘其道。谁谓改《民报》作佛声者？”他还特别说明：“凡诸宗教，过弛则风节衰，过张则职业废。吾所为主张佛教者，特欲发扬芳烈，使好之者轻去就而齐生死，非欲人人皆归兰若。”《东亚月报》似乎最关心《民报》六大主义，然而，这份刊物，一开头就刊登了孔子、王阳明等人的画像，发表了伊藤博文和朝奸宋秉畯的序文，说明这种关心完全是虚伪的。章太炎评论说：“《东亚月报》首登孔子、阳明诸象，能救东亚之衰微耶？孔子殁已二千岁，其遗说亦与佛书同往，于此新世界者，形势礼俗，岂有相关？彼阳明者，君不问道，而求为之强战，则古人所谓辅桀者，佛教视之，亦罗刹药叉而已。……即观《东亚月报》序文，一则淫昏之伊藤博文，一则狐媚之宋秉畯耳。以伊藤博文、宋秉畯为斗极，则鄙夷陋巷也亦宜。”8月出版的《东亚月报》第四号发表了梦庵的《答太炎书》，就章太炎提出的指责逐一进行辩解，并破口大骂章太炎“聋盲无稽”，是“颜回而抱文殊臭骸者”。章太炎在《民报》第二十三号上又发表了《再答梦庵》，只有一句：“公等可与治乎？”表示已经不屑与他们理论。
然而，尽管章太炎多次做了解释，许多人仍然不认为提倡佛教有何益处。《东亚月报》的攻讦，在许多人的思想中也还是留下了印痕。1909年11月下旬香港《中国日报》发表《为章炳麟叛党事答复投书诸君》，在为复刊《民报》而爆发的纠纷中，对章太炎提出的一项严重指控，就是：“章炳麟以其一知半解、干燥无味之佛学论，占据《民报》全册之大部，一若以《民报》为其私有佛学之机关报者。……由是各地阅者以《民报》主张佛学甚于本来之六大主义，多辞退不阅。”这虽然不无夸大之处，但也确实反映了当时许多人共同的看法。
章太炎提倡佛教，究竟是怎么回事呢？他本人反复说明的动机，是否可信呢？
佛学，其实是一个十分笼统的概念。在其内部，小乘、大乘，壁垒森严；小乘、大乘之中，又各宗派林立，互不相容。章太炎所看中的，主要是其中华严宗、禅宗、法相宗三派，法相宗尤其为他所欣赏。他曾解释说：“仆所以独尊法相者，则自有说。盖近代学术渐趣实事求是之途。自汉学诸公，分析条理，远非明儒所能企及，逮科学萌芽，而用心益复缜密矣。是故法相之学，于明代则不宜，于近代则甚适。由学术所趣然也。”他又说：“自清世士大夫好言朴学，或失则琐，然诡诞私造者渐绝，转益确质，医方、工巧二明，于是大著。佛法者，可以质言，亦可以滑易谈也；然非质言，无以应今之机。此则唯识、法相为易入。”然而，章太炎虽自称宗奉无著、世亲的唯识、法相之学，却并未真正皈依于他们门下。他说过：“学相宗者，自《成唯识论》入门，至乎《瑜伽》、《摄论》、《密严》、《楞伽》则止矣。学禅宗者，自唐代禅师诸语入门，渐及《坛经》，至乎《楞伽》则止矣。为繁为简，亦各因其所好，岂专以精密深细之科条，施之于一概乎？”禅宗、法相，或此或彼，各因所好，不分轩轾，此已是异端之论；法相宗中，他所推崇的《成唯识论》、《瑜伽师地论》、《摄大乘论》，固属基本论著；《大乘密严经》、《大乘入楞伽经》，则为一般治法相者所不采；因为前者系密宗主要经典，后者则系达摩用以阐扬禅宗教义的最初教本。唯识论的著名研究者熊十力批评章太炎倡导法相唯识论说：“太炎于《成唯识论》之根柢与条贯，全不通晓，只摭拾若干妙语而玩味之。”正反过来证实了章太炎所谈的佛学，其实只是他自己的思想，他无非从佛学汗牛充栋的经论之中借用了若干现成的思想资料与语言罢了。
事实上，整个古代印度哲学都使章太炎深感兴趣。他不仅阅读与钻研了佛学各宗派的许多经论，而且注意研究了包括数论、胜论、吠檀多等各派在内的婆罗门学说。为直接阅读梵文经典，章太炎曾特地请了一位梵文教师专门开课教习，今还保存有一份他约请鲁迅及周作人兄弟二人同往听讲的便笺：“豫哉、启明兄鉴：数日未晤。梵师密史逻已来，择于十六日上午十时开课，此间人数无多，二君望临期来祉。此半月学费弟已垫出，无庸急急也。手肃，即颂撰祉。麟顿首。十四。”他曾试图介绍一位印度婆罗门学者至中国讲授吠檀多哲学，说：“某等详婆罗门正宗之教，本为大乘先声，中间或相攻伐，近则佛教与婆罗门教渐已合为一家。得此扶掖，圣教当为一振。”他的这番议论，在主持南京祇洹精舍的杨仁山眼中，简直是离经叛道。杨仁山亲自函复章氏，严厉地斥责说：“佛法自东汉入支那，历六朝而至唐宋，精微奥妙之义，阐发无遗，深知如来在世，转婆罗门而入佛教，不容丝毫假借。今当末法之时，而以婆罗门与佛教合为一家，是混乱正法，而渐入于灭亡，吾不忍闻也。”杨仁山立志全力护持所谓纯正佛学，视章太炎为旁门左道，并不足怪。而这也足证章太炎名为倡导佛教，其实是广泛利用古代印度各种宗派丰富的思想资料构造自己的哲学体系。章太炎说：“仆往者铸镕经论，断之鄙心，时有微言，多登《民报》。”所包含的也正是这个意思。
古印度哲学，成了这一时期章太炎哲学的一个主要思想来源，但是，它却不是唯一的思想来源。给了他很大影响的，这时还有古代中国哲学，尤其是庄子哲学和与此密切关联的老子、韩非哲学。
章太炎对《庄子》一书早有接触，但是，他对此书真正有所领悟，却是在流亡东京、经历了许多重大事变之后。他谈到此书时说：“余向者诵其文辞，理其训诂，求其义旨，亦且二十余岁矣，卒如浮海，不得祈。涉历世变，乃始然理解，知其剀切物情。”1910年至1911年间，他撰成《齐物论释》，自许“千载之秘，睹于一曙”，“千六百年来未有等匹”，“可谓一字千金”。
《齐物论释》，是章太炎借疏解庄子哲学而展开本人哲学思想体系的一部代表作。他受庄子哲学影响很深，但是，他笔下的庄子思想其实常常是他自己夫子自道。他回顾撰述《齐物论释》经过时，承认此书乃是以庄子哲学“与瑜伽、华严相会”的产物。他还强调过：“康德之‘批判哲学’，华严之事理无碍、事事无碍，乃庄生所笼罩。”这些话清楚说明，庄子哲学尽管给章太炎以重大影响，却决不等于章太炎本人的哲学。章太炎解释《齐物论》，其实就是要借助庄子哲学的旧躯壳，纳入康德“批判哲学”与华严、法相哲学的新内容，以说明他自己对于哲学中诸重大问题的看法。
这一时期的章太炎哲学，还有一个极为重要的思想来源，这就是西方哲学，尤其是古代希腊哲学和近代德国哲学。
1906年7月，章太炎刚到东京，宋教仁往访。宋教仁在日记中记述这次会见经过说，章太炎“与余一见面时，甫通姓名，即谈及哲学研究之法，询余以日本现出之哲学书以何为最？余以素未研究，不知门径对之，盖孤负其意不小矣”。才出狱门，来到日本，首次晤面，便兴致勃勃地讨论研究哲学的方法，并急不可耐地打听日本最近出版了哪些优秀哲学著作，表明了这位革命家、思想家对于哲学是多么重视，并多么注意国外最新的哲学成就。
当时，在日本大学哲学讲坛上占据支配地位的，是近代德国唯心主义哲学。1887年，东京大学从德国聘请了布塞主持哲学科讲座。康德的《纯粹理性批判》被指定为教本，德国哲学从此便成了日本学院哲学的主流。1893年，德国唯心主义哲学家哈特曼介绍了科柏尔接替布塞，进一步扩大了近代德国哲学在日本的影响。1897年至1904年间担任文科大学长的日本哲学家井上哲次郎，早年曾赴德研究德国哲学，是黑格尔哲学与哈特曼哲学的热心鼓吹者。章太炎正是在这一学术环境之中，经由日本哲学界的介绍，接触了近代德国哲学，接着又接触了古代希腊哲学。