若夫吠檀多教亦立有神，而其说有远胜于基督教者。彼所建立，一曰高等梵天，二曰劣等梵天。高等梵天者，无属性，无差别，无自相。劣等梵天者，有属性，有差别，有自相。而此三者，由于无明而起。既有无明，则劣等梵天亦成于迷妄。而一切万物之心相，皆自梵出，犹火之生火花。是故梵天为幻师，而世间为幻象，人之分别自他，亦悉由梵天使其迷妄。若夫高等梵天者，离言说相，离名字相，离心缘相，谓之实在而不可得，谓之圆满而不可得，谓之清净而不可得。所以者何？实在、圆满、清净之见，皆由虚妄分别而成，非高等梵天之自性也。人之所思想者，皆为劣等梵天，唯正智所证者，乃为高等梵天。既以正智证得，则此体亦还入于高等梵天，非高等梵天之可入，本即高等梵天而不自知也。若其不尔，则必堕入轮回，而轮回亦属幻象，惟既不离虚妄分别，则对此幻象而以为真。此则吠檀多教之略说已。
吠檀多派所说的“梵天”，相当于哲学上的“有”或“存在”。高等梵天，是纯粹的“有”与纯粹的“存在”；劣等梵天，是杂染的“有”与杂染的“存在”。“无明”，指的是人对于自身本性、自身与梵天之间真实关系的无知。由于这种无知，导致从“有”或“存在”异化，形成幻有。章太炎以为，这一理论与唯识法相哲学有相通之处，可是，吠檀多派强行把作为本体而存在的“有”名之曰“梵天”，并分成“高等”与“低等”两个，却是“根本误谬”。
章太炎指出，如果“高等梵天”有直接的因果作用，那么，它就必须有其“自性”，“既有自性，则无任运转变”。但是，这样一来，“无明”便无从产生，“劣等梵天”也就无从生起。反之，如果“高等梵天”没有直接的因果作用，那么，它就“无异于佛家之真如”。但是，这样一来，吠檀多派的理论便要皈依于唯识法相哲学了：“真如无自性，故即此真如之中得起无明，而劣等梵天者乃无明之异语。真如、无明，不一不异，故高等梵天与劣等梵天亦自不一不异。”章太炎在这里说明，如果强行要把“高等梵天”看成具有独立自性的造物主，把“劣等梵天”看成它在“无明”之下制作出来的产品，那么，它就必然要同其他有神论一样，陷入无法自拔的恶性循环逻辑谬误；反之，如果把“高等梵天”看成与“真如”一样“无自性”的本体，承认“真如”与“无明”不一不异，承认“高等梵天”与“劣等梵天”不一不异，那么，它就将使“高等梵天”失去全部“神”性，而与唯识法相合流。因此，章太炎说：“由吠檀多之说，若变为抽象语，而曰真如、无明，则种种皆可通。若执此具体语，而曰高等梵天、劣等梵天，则种种皆不可通。此非有神教之自为障碍耶？”
对于斯宾诺莎的泛神论，章太炎给予很高评价。他写道：“近世斯比诺莎所立泛神之说，以为万物皆有本质，本质即神。……世界流转，非神之使为流转，实神之自体流转。离于世界，更无他神；若离于神，亦无世界。此世界中，一事一物虽有生灭，而本体则不生灭。万物相支，喻如帝网，互相牵掣，动不自由。……观其为说，以为万物皆实，似不如吠檀多教之离执著，若其不立一神，而以神为寓于万物，发蒙叫旦，如鸡后鸣，瞻顾东方，渐有精色矣。万物相支之说，不立一元，而以万物互为其元，亦尽华严‘无尽缘起’之义。虽然，神之称号，遮非神而为言，既曰泛神，则神名亦不必立，此又待于刊落者也。”在这里，章太炎充分肯定了斯宾诺莎万物皆有本质、万物即本质自身运转的思想，赞许了斯宾诺莎万事万物互相联系和互相制约的观点，对他以万物皆是实在的立论则提出了批评，并反对他实际上取消了神，却又仍然保留了神这个名称。斯宾诺莎认为自然中没有任何偶然的东西，一切事物的运动都受必然性支配，对此，章太炎也提出了批评。他反对斯宾诺莎的这种机械论，写道：“荷兰哲学家苏比诺萨云：万物变化，皆随定理，无不整齐，虽一物不能逭。故一粒沙砾，随风飘至，亦有定法。若使此沙砾飘往他处，他物不得居其处，而又将往他处，则秩序为之紊乱矣。是则以为天地未祛，数既前定……斯近释氏之羯磨，而益使生民束缚于昊宰，斯又迂也。”斯宾诺莎之所以停留于泛神论而未能再向前跃进一步，走向无神论，章太炎认为，是因为他也未能摆脱所谓“增益执”的影响。因此，他惋惜地说：“诸事神者，皆起于增益执。泛神之说虽工，而由不了依他，故损减自心而增益外界。”
德国唯心主义哲学家哈特曼的代表作是《无意识哲学》。哈特曼在这部著作中，力图调和黑格尔的泛理性论与叔本华的泛意志主义。哈特曼说，宇宙的本体是“无意识者”，它有两重属性，一是理性，二是意志。“无意识者”，即是绝对精神和神；理性和意志，则分别导致“宇宙恶”与“人格恶”。章太炎在《菌说》的修订稿中曾经概略地介绍了他的这些观点，说：“近世西方论善恶者分理性、非理性。塞伦古（谢林）变堪德（康德）之说，以为人能自由，终成恶果，而此能自由以造恶因者，亦上天赋之。先是黎步尼知（莱布尼兹）尝作神恶论矣，自塞氏后，赫路托门（哈特曼）补苴其说，大氐谓：神赋人善，而与以自由。六根之欲，亢极过程，恶在根本者，则曰宇宙恶，此为积极，出于理性者也。好恶异人，贡高辟戾，恶不缘于情欲者，则曰人格恶，此为消极，出于非理性者也。夫此诸家言神恶、宇宙恶，其渊衷理照，盖与荀子微近矣。惜乎其以哲学杂景教，犹未能堕除门户也。”在《无神论》中，章太炎指出：“赫尔图门之说，以为神即精神。精神者，包有心物，能生心物。此则介于一神、泛神二论之间。”这一“包有心物”论，同其他有神论一样，也无法自圆其说。其后，他在《与人书》中，更为明确地指出，哈特曼以“无意识”为神、绝对精神、宇宙本体，是不能成立的。他写道：“近世哲学、心理学家所谓‘无意识者’，其意义至为汗漫，与吾辈所持有异。既有种种观念，则初必与‘作意’相应，后必与‘思’相应。遍行五境，无不经历，而岂得以‘无意识’名之？彼所云‘无意识者’，谓非审决印持不可引转者耳。以唯识正教衡之，此但得云无胜解，不得云无意识。一念心起，必不能逃于意识之外，而况已有恶念者？”
最后，章太炎还批评了康德，因为康德的不可知论为上帝及有神论的存在保留了地盘。章太炎写道：“精如康德，犹曰：‘神之有无，超越认识范围之外，故不得执神为有，亦不得拨神为无。’可谓千虑一失矣。”为什么呢？他说：“凡见量、自证之所无，而比量又不可合于论理者，虚撰其名，是谓‘无质独影’。”而所谓“上帝”，所谓“神”，既非现量所能直接感知，亦非自证所能证知，比量即推理又不能证明它的存在，便是这种虚撰其名的“无质独影”，当然必须“竟拨为无”。
对于有神论的批判，最终仍然归结到必须破除“遍计所执自性”，掌握“依他起自性”，追求“圆成实自性”。章太炎说，从对草木龟鱼徽章咒印顶礼膜拜的图腾崇拜，到对大梵、“耶和瓦”及真主顶礼膜拜的吠陀、基督、“天方”诸教，或“于万有之中而横计其一为神”，或“于万有之上而虚拟其一为神”，都是“欲取一实以概无量无边之实”，犯了“遍计所执之过”。为了彻底破除有神论，章太炎要求建立一理性宗教、哲学宗教、道德宗教与之相对抗。他于是提出：“今之立教，惟以自识为宗。识者云何？真如即是惟识实性，所谓圆成实也。而此圆成实者，太冲无象，欲求趋入，不得不赖依他。逮其证得圆成，则依他亦自遣除。”
客观唯心主义的唯理论，被章太炎视为由于执持“遍计所执自性”为实在的又一种颠倒了的世界观。他说：“蠕生者之察万物，得其相，无由得其体。虽得之，不横以无体为体。有文教者得其体矣，太上有唯识论，其次有唯物论。……最下有唯理论师，以无体之名为实，独据遍计所执性，以为固然。”他所说的唯理论师，主要指谢林、黑格尔、蒲鲁东等人，也包括其他一些与经验论相对立的唯理论者。
章太炎对唯理论的责难，首先是它“以无体之名为实”。他写道：“无体之名，浮屠谓之不相应行(非心非物，故曰不相应行。《成唯识》有不相应行二十四种。康德所说十二范畴，亦皆不相应行也)。意识用之以贯万物，犹依空以置器，而空不实有。海羯尔以有、无、成为万物本，笛佉尔以数名为实体，此皆无体之名。庄周曰：‘名者，实之宾。’（《逍遥游》)尹文曰：‘有形者必有名，有名者未必有形。’（《大道上》)今以有名无形者为实，此蠕生所不执也。”所谓“不相应行”，指其体相无从得知的那些概念，如“色同分”、“心同分”、“物同分”、“人同分”等类概念“众同分”，“天人”、“男女”等双词汇“名身”等等，既非心，又非物，是人们对变迁、流动、造作中的诸现象做出的概括。章太炎认为，康德所说的单一性、多数性、总体性、实在性、否定性、制限性等十二范畴，黑格尔所说的有、无、成等“纯粹理念”，笛卡儿的“天赋观念”即数学与几何学定理，便都属于这种“不相应行”。笛卡儿、黑格尔等将这些不相应行的概念独立起来，将它们说成超越于人们思想并存在于事物之先的纯粹的、唯一真实的实体，宣称只有它们方才是一切事物绝对真实的基础，只有它们才是事物与对象的本质。章太炎引用庄周与尹文的论述，强调名以表实，但名不等于实，名更不能先于实而独立存在，证明笛卡儿、黑格尔完全颠倒了名与实的关系。
章太炎对唯理论的另一责难，就是它将宇宙的运动纳入了黑格尔所说的由“有”经“无”而至“成”的简单公式。他认为，“海羯尔有、无、成之说”乃是“执著空言”。他特别反对“有、无、成”这一公式中的目的性内容，说：“或窃海格尔说有、无、成义，以为宇宙之目的在成，故惟合其目的者为是。夫使宇宙而无所知，则本无目的也。使宇宙而有所知，以是轻利安隐之身，而倏焉生成万物以自蠹？”他认为，无论人们承认还是不承认，宇宙万物的变化绝非以大功告成而终结，而恰恰是以新的矛盾、竞争和冲突为其向新质转化的开始，“生生不已，终于竞争”，“非入无余涅槃而灭度之，亦终于未济而已”。他并毫不讳言地确认了矛盾冲突的绝对性，说：“小亚细亚学者海逻克梨提（赫拉克利特）之言曰：‘争者，群生之父，万物之王。一日息其争战，则宇宙将自灭亡。’其言虽悖，而适合于事情。”
与此相联系，章太炎对黑格尔的发展观也持怀疑态度，并从先前热烈倡导进化论转向鼓吹所谓“俱分进化论”。他写道：
近世言进化论者，盖昉于海格尔氏。虽无进化之明文，而所谓“世界之发展即理性之发展者”，进化之说已蘖芽其间矣。达尔文、斯宾塞尔辈应用其说，一举生物现象为证，一举社会现象为证。如彼所执，终局目的必达于尽美醇善之区，而进化论始成。……虽然，吾不谓进化之说非也。……若云进化终极必能达于尽美醇善之区，则随举一事，无不可以反唇相稽。彼不悟进化之所以为进化者，非由一方直进，而必由双方并进，专举一方，惟言智识进化可尔。若以道德言，则善亦进化，恶亦进化；若以生计言，则乐亦进化，苦亦进化。双方并进，如影之随形，如罔两之逐景。非有他也，智识愈高，虽欲举一废一，而不可得。曩时之善恶为小，而今之善恶为大；曩时之苦乐为小，而今之苦乐为大。然则以求善求乐为目的者，果以进化为最幸耶，其抑以进化为最不幸耶？进化之实不可非，而进化之用无所取。自标吾论曰：俱分进化论。
所谓“俱分进化论”，强调了事物发展总包含着互相对立的正反两种趋向，反对黑格尔认为发展可以达到最终完成境界的保守倾向。然而，它没有充分注意到黑格尔发展论中极为丰富的积极内容，没有足够重视黑格尔所揭示的整个自然的、历史的、精神的世界运动和发展的内在联系，因而，便将孩子与脏水竟一道泼掉了。
章太炎对唯理论的责难，其三就是它夸大了必然性的作用，将使人们最终“一切不自由”。章太炎写道：“如布鲁东（蒲鲁东）氏之说，则曰：‘天下一事一物之微，皆将有而非现有，转变化成，体无固定。而百昌之在恒沙世界，节族自然，盘旋起舞，合于度曲，实最上极致之力使然。有此极致，故百昌皆向此极致，进步无已。是虽必然，而亦自由。是故一切强权，无不合理。凡所以调和争竞者，实惟强权之力。’此以互相牵掣为自由，其说已暗昧难知矣。原其立论，实本于海格尔（黑格尔）氏，以力代神，以论理代实在。采邑有殊，质地无改，既使万物皆归于力，故持论至极，必将尊奖强权。名为使人自由，其实一切不得自由。后此变其说者，不欲尊奖强权矣，然不以强者抑制弱者，而张大社会以抑制个人，仍使百姓千名互相牵掣，亦由海格尔氏之学说使然。名为使人自由，其实亦一切不得自由也。”这里着重说明，黑格尔“以力代神，以论理代实在”，将规律性、必然性及逻辑公式的作用绝对化，就会陷入新的命定论，扼杀人们的自由。章太炎以此还进一步提出：“合法者，对不合法而言耳。有生之物，以有自由，而举动率多逾法。彼无生者，既无自由，则不得不由他物相牵而动。万物相支，互为推荡，其合法亦奚足羡？”他还说：“凡取一物一事，而断其合法与否，此亦惟在自心，非外界所能证也。……于此则被以不合法之名，于彼而被以合法之名，此特人心之自为高下，而于物何与焉？”因此，他宣称：“云何合法？心之合法。与其归敬于外界，不若归敬于自心。”
章太炎对唯理论的责难，其四就是它将世界的本源归结为所谓“绝对精神”。