绝对精神，或绝对理念，是先于自然界与人类社会而存在的宇宙精神。黑格尔用它取代康德的“自在之物”，从而取消了意识之外独立存在的客观物质世界。全部世界运动被归结为绝对精神自我异化而又自我复归的三个阶段：逻辑阶段、自然阶段、精神阶段。思维、概念被说成本质，而物质、存在则被说成思维、概念的表现或现象。20世纪初，日本哲学界有不少人将黑格尔的哲学与马鸣《大乘起信论》哲学加以比较，认为二者非常相像，特别是马鸣的“如来藏”与黑格尔的“绝对精神”非常接近。对此，章太炎予以坚决驳斥。他说：“吾观日本人说佛教者，或以马鸣哲学比之海格尔说，徒以形式相同，强为比傅，其义绝远。斯正随文之过耳。”其义绝远，主要就表现在：章太炎所说的“真如”，只表示客观的、永恒的实在，它存在于变化着、运动着的宇宙万物之中，并构成其真实的本质；而黑格尔的“绝对精神”，则是完全脱离了客观物质世界的精神性实体，它先于物质世界而存在，并成为整个世界的创造者。章太炎在说明“真如即是唯识实性”时强调说过：“若执识外别有真如者，即与计有、无为实物者同过。又此土学者，或立道，或立太极，或立天理，要之非指物即指心，或为综计心物之代语，故亦无害。若谓心物外别有道及太极、天理者，即是妄说。”所谓“其义绝远”，还表现在：章太炎不承认“真如”的运动及诸法流转服从某种固定的法则，而黑格尔则坚持“绝对精神”的运动绝不会逾越他所勾画出来的“纯概念”运动的辩证法。章太炎不了解黑格尔辩证法中所潜藏着的革命性的因素，而为其程式化了的形式所激怒，因之愤愤地写道：“自我观之，承志顺则，自比于厮养之贱者，其始本以对越上神。神教衰，而归敬于宿命。宿命衰，而归敬于天钧。俞穴相通，源流不二。世有大雄无畏者，必不与竖子聚谈猥贱之事已。”这就是斥责用任何逻辑公式或自然法则来使人们俯首帖耳，听从命运的安排，坚持只有确认“真如”为唯一本体，才能最终堵塞一切通向上帝与宿命之路。
章太炎认为，为了正确认识世界的本来面目，除去破除“增益执”外，还必须破除“损减执”。他认为，康德所说的“感性直观的纯形式”空间与时间、“知性的纯概念”十二范畴，以及休谟、康德关于现象的界说，便属于“损减执”的典型。
在康德哲学中，空间与时间，只是人们感性直观所固有的一种主观形式；十二范畴，只是人们知性先天就具有的用以整理感性材料的构架；它们都超越于经验，都不是客观实在。人们借助于空间、时间和十二范畴而获得的关于对象的知识，也就是为人们所认知的诸现象，因之便必然与客观存在着的“自在之物”相脱离。章太炎认为，将空间、时间、十二范畴与诸种现象都看成纯然主观的东西，不承认它们各有其客观依据，正是犯了“损减执”的过错。
章太炎针对“以空间、时间为空”的观点，提出责问：“假令空是绝无，则物质于何安置？假令时是绝无，则事业于何推行？”他指出：“若言无空间者，亦必无物而后可；若言无时间者，亦必无事而后可。”既然承认“色尘之相”的存在，便不能不承认空间与时间的存在。他并指出：“若空间，则于五尘之静相有所关系矣；若时间，则于五尘之动相亦有所关系矣。”所谓于静相有所关系，就是指空间起于五尘之“我慢”：“空间者，起于我慢。例如，同时同地，不能并容二物。何以不容？则因我慢而有界阂，因界阂而有方所。涤除我慢，则空间亦无自建立矣。”所谓于动相有所关系，就是指时间起于“心法生灭相续无已”：“即自位心证自位心，觉有现在；以自位心望前位心，觉有过去；以自位心望后位心，比知未来。是故心起即有时分，心寂即无时分。”这里所说的“我慢”、“心起”，所指的就是由“真如”或“阿赖耶识”引起的运动，正如章太炎所说：“凡言心者，正当言识，以心本义为心藏，引伸为识之代词。”“我慢”，在这里主要指五尘的广延性；而“心起”，则主要指运动的延续性；章太炎也说明了，只要五尘存在，只要“真如”与“阿赖耶识”仍在运动，空间与时间就必然存在着。
康德说，“世界在时间里有开始，在空间里有界限”这一正题，同“世界在时间里没有开始，在空间里没有界限，它在时间与空间两个方面都是无限的”这一反题，两者都是成立的，这就恰好证明时间和空间都是主观的感性形式，并非客观存在。章太炎介绍康德这一观点说：“彼其所以遮拨空、时者，以前此论空间者，或计有边，或计无边；论时间者，或计有尽，或计无尽，互为矛，纠葛无已，于此毅然遮拨为无，而诤论为之杜口。”康德这一推论是否正确呢？章太炎认为，并不正确。他针对有限与无限的矛盾，指出无限这一概念完全是一个假设的概念，“所以知无量者，由于心起分别，先以大小长短相形，至不可形，而立无量之名”。事实上，它只是对难以穷尽的有限事物所做的简单化的概括。穷究下去，便可发现，任何事物都意味着既无限大，又无限小，它们自身便是有限与无限的统一：“彼所谓无量者，谓其至大无外、至长无际耳。然至大者，极于无量；而取最小之微尘递分析之，其小亦无有量。至长者，极于无量；而取最短之一刹那为之分析，则复有其短者，递析递短，而其短亦无有尽。”“以吾形而比于华藏，以吾寿而比于永劫，并细且短不可以量计也；若复取吾形而比于递分之微尘，取吾寿而比于递析之刹那，其大且长，又不可计其量矣。”即以空间与时间而言，有限与无限总是相比较而存在的：“小不可令至无厚，大不可令至无外；一瞚不可令无生住，终古不可令有本剽。其犹一尺之捶，取半不竭。故虽等在处识、世识之中，而别相卷舒，非榘蒦壶箭所能定也。”因此，用空间与时间所包含的有限与无限的矛盾来证明空间与时间纯为主观的感性形式，并将二者“毅然遮拨为无”，也就完全站不住脚了。
章太炎还指出，空间是否有边、时间是否有尽的问题，同事物本身是否有边有尽的问题，是紧密地联系在一起的。他写道：“若以物言，亦可执有边、无边之见。所以者何？现见六十四种极微，积为地球，推而极之，以至恒星世界。此恒星世界、极微之量，果有边际乎，抑无边际乎？若以事言，亦可执有尽无尽之见。所以者何？现见单细胞物复生单细胞物，经过邬波尼杀昙数层累阶级而为人类，由此人类，复生人类，此一切众生之流注相续者，果有始终乎，抑无始终乎？”这就是说，空间是否有边的问题，其实就是从极微之量到恒星世界诸物是否有边的问题；时间是否有尽的问题，其实也就是从单细胞到人类一切众生流注相续是否有尽的问题。因此，要说空间、时间俱应“遮拨为无”，那就必须“取物质、事业二者与空间、时间同日而遮拨之”，而绝不可“破空而存物，破时而存事”。章太炎指出，康德也深知完全否定物质、事业的存在过于偏激，因此“于物质中之五尘，亦不得不谓其幻有，而归其本体于‘物如’”。他反诘道，既然承认五尘为“幻有”，“则空间、时间何因不许其幻有耶？”既然承认“物有物如”，则“空间、时间何因不许其有空如、时如？”
对于十二范畴，对于外界诸现象，亦即对于所谓“法尘”，章太炎亦做如是观。他指出，康德既然承认“五尘”有“物如”为其本体，那么，就不能不承认包括十二范畴在内的整个“法尘”也都有自在之物“真如”为其本体，因此，就没有理由说十二范畴及外界诸现象与客观实在完全脱节。他写道：“损减执者，不知五尘、法尘同是相分，此诸相分，同是依识而起。……今者排摈意识，以为所见法尘，惟是妄想，而无外境；又取此五识所见之外境在五识中本不分别以为外境者，却从意识所分以为外境。于彼则排摈意识，于此则又不得不借资于意识，矛盾自陷，尚可通乎？”对色、声、香、味、触的感知，离不开意识的作用，但并未因此而否认它们为“幻有”，有其本体“物如”，那么，又怎么能借口对诸外界现象的认识离不开意识，而否认诸“法尘”为“幻有”，并有其客观实在的本体呢？因此，他作出结论说：“五尘之安立，亦无异于法尘之安立。五尘固幻有也，而必有其本体；法尘亦幻有也，宁得谓无本体？于幻有中起损减执，其空名亦无由为空名矣。”而之所以会产生“损减执”，则与产生“增益执”一样，“由不识依他起自性而然也” 。
章太炎在说明佛法系哲学而非宗教时说过：“佛法的高处，一方在理论极成，一方在圣智内证。岂但不为宗教起见，也并不为解脱生死起见，不为提倡道德起见。只是发明真如的见解，必要实证真如；发明如来藏的见解，必要实证如来藏。与其称为宗教，不如称为‘哲学之实证者’。”他在说明应当如何深入研治佛法时，又着重指出：“本来专门讲学，原是要彼此辩论。但据着道理的辩，总是愈辩愈精；执着宗教的辩，反是愈辩愈劣。……若晓得佛法本来不是宗教，自然放大眼光，自由研究。纵使未能趣入实证一涂，在哲学的理论上，必定可以脱除障碍，获见光明。”在“西向希腊、德国，东向印度、支那”，逐一评述各种哲学思想体系时，章太炎所努力实践的，正是这样的精神。
对于唯我论、经验论、唯理论、有神论、唯物论等各种哲学的批评表明，尽管当时章太炎对近代西方哲学的了解还相当有限，但是，他所触及的领域还是非常宽广的，尤其可贵的是，他始终坚持了一个杰出的学者和思想家所应有的严肃认真的态度，他的思考与探索因之具有相当深度，并且极为鲜明地从各个方面表现了他在哲学上的独特性格。
从这里，人们可以更为深入地看出，章太炎如何糅合了古今中外许多有影响的重要哲学流派的理论，构造了一个庞大而丰满的思辨哲学体系，并在对各派哲学的批评和扬弃中，进一步充实了自己，显现出自身的独创性。章太炎这一时期的哲学究竟是怎么回事，现在也就清楚了。这一哲学，简单说来，就是：一面借助于否定处在运动变化之中的全部事物和全部观念形态的客观实在性，结束关于达到绝对真理和完美无缺的世界的所有幻想，推翻形而上学的绝对主义对人类生活和人类思想由来已久的统治；另一方面，确认“真如”为唯一的客观实在与万物本体，要求树立“以闻、说、亲相参伍”的认识论和“惟恒民是适”的真理论，企图为他所从事的革命事业和他所谋求建立的平等、自由的世界，从最普遍的世界观领域中找到可靠的理论基础。
从“转俗成真”到“回真向俗”
“自揣平生学术，始则转俗成真，终乃回真向俗。”这是章太炎对自己“思想变迁之迹”做出的概括与总结。
章太炎说过：“哲学者，有学而无术，故可以求是，不可以致用。”这就是限定哲学的使命只在于认识世界，反对使哲学的研究屈从某些狭隘的实际利益。然而，他也承认，求是与致用不可能截然分开，所以说：“学术无大小，所贵在成条贯。制割大理，不过二涂：一曰求是，再曰致用。下验动物、植物，上至求证真如，皆求是耳。人心好真，制器在理，此则求是、致用更互相为矣。”章太炎从“转俗成真”到“回真向俗”，正充分证明，在他的哲学思想体系形成、发展和演变过程中，起决定作用的，依然是尘俗生活的实践。激烈的社会动荡，狂怒的革命风暴，政治、经济、教育、科学、文化等等生活的各个方面所提出的新问题，要求对人们的世界观和方法论重新进行一番全面的考察，这就是所谓“转俗成真”；经过哲学的抽象与概括，对宇宙运动获得较为全面而正确的认识，从而得以在更为广阔的范围内思考与解决各类世俗的实际问题，这就是所谓“回真向俗”。“真”与“俗”的这一关系表明，解开章太炎哲学秘密的钥匙，仍得在社会生活实践中找寻。
这一时期，尘俗世界的一系列难以解决的矛盾，动摇了章太炎平等与自由、进化与发展等许多基本信念；正是这些基本信念的动摇，直接地推动了他哲学上的重新探索。
首先是平等与自由信念的动摇。
章太炎为之献身的，是一场资产阶级民主主义的革命。打破封建宗法制下的人身依附、人身屈从，实现西方启蒙学者热烈讴歌过的“平等”与“自由”，这是章太炎夙愿，也是他同时代许多进步人士和革命者的共同要求。然而，中国资本主义初步发展的现实，尤其是西方资本主义国家的社会状况，恰恰证明，“同启蒙学者的华美诺言比起来，由‘理性的胜利’建立起来的社会制度和政治制度竟是一幅令人极度失望的讽刺画” 。迷信、偏私、特权和压迫，并未为所谓永恒的真理、永恒的正义，以及所谓基于自然的平等及不可剥夺的人权所取代。无情的事实表明，无论新制度较之旧制度如何光辉，它却绝不意味着“平等”与“自由”理想的真正实现，因为：早先许下的永久和平已经变成了一场场无休止的掠夺战争；富有与贫穷的对立非但没有因社会财富的飞速增加而消除，反而更加尖锐化；脱离封建桎梏的“财产自由”与“人身自由”，对于小资产者和小农说来，成了失去财产和出卖自己劳动力的自由；“贿赂代替了暴力压迫，金钱代替刀剑成了社会权力的第一杠杆”。所有这些现象，都引起了章太炎的震动，都使得这位思想家不断深思。而这一切，在他的著作中，都得到了异常清晰的反映，并直接推动了他的政治思想与经济主张的重要转折。
究竟什么才是真正的平等与自由？它们又怎样才能真正得到实现？