在《庄子·齐物论》中，章太炎找到了他理想中的对于“平等”的解释：“大概世间法中，不过平等二字。庄子就唤作‘齐物’。并不是说人类平等、众生平等，要把善恶是非的见解一切打破，才是平等。”这就是说，真正的平等，“非独等视有情，无所优劣”，一般地承认人与人之间互相平等，而且要确认人们是非善恶的标准受人的主观意念的制约，并非客观实在自身，因此，绝不可用某一种固定的观念去分别人事，判定万事万物的是非。后来，章太炎曾对此做过一番通俗的解释，他说：“近人所谓平等，是指人和人的平等，那人和禽兽草木之间，还是不平等的。佛法中所谓平等，已把人和禽兽平等。庄子却更进一步，与物都平等了。仅是平等，他还以为未足；他以为‘是非之心存焉’，尚是不平等。必要去是非之心，才是平等。庄子临死有‘以不平平，其平也不平’一语，是他平等的注脚。”坚持是非善恶的相对性质，并非根本不讲是非善恶，它的真正含义是要求“只是随顺人情，使人人各如所愿”。对此，章太炎具体解释说：“老子明明说的‘辅万物之自然而不敢为’，又说‘圣人无常心，以百姓心为心。善者吾善之，不善者吾亦善之，德善……’，意中说只要应合人情，自己没有善恶是非的成见。”这就是要求承认万事万物客观上的实际的不平等，反对强行将这实际的不平等一概拉平，在此前提之下，坚持所有国家、民族、社会集团和个人都有存在的权利和自由发展的权利，坚持随顺“百姓之心”，听任和保障万物的自然变化。章太炎以为，这样才是真正的“平等”，也只有这样，才能实现真正的“平等”。
在《庄子·逍遥游》中，章太炎则找到了他理想中的对于“自由”的解释。他写道：“近人所谓‘自由’，是在人和人底当中发生的，我不应侵犯人底自由，人亦不应侵犯我底自由。《逍遥游》所谓‘自由’，是归根结底到‘无待’两字。他以为人与人之间的自由，不能算数，在饥来想吃、寒来想衣的时候，就不自由了。就是列子御风而行，大鹏自北冥徙南冥，皆有待于风，也不能算‘自由’。真自由惟有‘无待’才可以做到。”1789年8月26日的《人和公民的权利宣言》第四条规定：“自由就是指有权从事一切无害于他人的行为。因此，各人的自然权利的行使，只以保证社会上其他成员能享受同样权利为限制。”这一项关于“自由”的解说与规定，凝聚了法国启蒙思想家与法国大革命中广大民众共同的意愿。当时，他们曾真诚地相信，这项规定将可使人们摆脱那无时不在、无所不在的枷锁，以“社会契约”的形式确保人们生而就有的自由。可是，一个多世纪来的社会实践证明，尽管实行了这项规定，人们却仍然生活在枷锁之中，只不过旧的枷锁让位于新的枷锁而已。人们事实上不可能真正超越各种外界条件的制约，他们的“自由”也就不可能不是有限的。要达到绝对的“自由”境界，只有在做到真正的“无待”之时，而要做到真正的“无待”，则唯有逐步做到“无政府”、“无聚落”、“无人类”、“无众生”，“无世界”。所谓“无政府”，就是要“政权堕尽”、“以共产为生”、“熔解铳炮、椎毁刀剑”、“夫妇居室亲族相依之事，必一切废绝之”，而“凡此诸制，皆所以平人民嫉妒之心”。然而，这还不够，因为国家、私有制、军队与家庭，都是人类分为不同的聚落，为争夺优裕的生活环境而逐渐形成的，“是故欲无政府必无聚落，农为游农，工为游工，女为游女”。仅仅如此，也还不够，只要有世界，有生物，有人类，这一切争斗也仍然会发生，所以，要做到真正的“自由”，就必须将这一切尽数消灭。问题是“人生之智无涯，而事为空间、时间所限，今日欲飞跃以至五无，未可得也”，目前所能实现的“自由”，也就只能以包括有“均配土田”、“官立工场”等项内容的共和契约为限。章太炎因此感叹说这就是“所谓跛驴之行”。“夫欲不为跛驴而不得者，此人类所以愈可哀也。”
平等的观念，自由的观念，本身都是一种历史的产物。正如恩格斯所说：“这一观念的形成，需要一定的历史条件，而这种历史条件本身又以长期的以往的历史为前提。”历史早已证实，在最古的自发的公社中，在奴隶社会的自由民中，人们对“平等”和“自由”的理解同后来的理解完全不同。随着近代民族国家体系的形成，随着资产阶级确立权利平等的要求逐步获得普遍的性质，自由与平等被宣布为人权，然而，事实证明，它无非体现了资本主义经济活动所贯串的原则，同往昔的平等与自由一样，也是片面的、局部的、表面的。章太炎对此深深感到失望。在西方，当资产阶级提出平等与自由的要求并在实践中暴露出它的本质时，无产阶级已提出了以消灭阶级为实际内容的平等与自由的要求。可是，在20世纪初的中国，无产阶级还是一支几乎不为人所知的社会力量。章太炎对资产阶级的平等、自由感到很不满足；可是，究竟怎样才能实现真正的平等，怎样才能自觉地顺应必然并驾驭必然而获得真正的自由，他觉得迷惘。既然在中国资产阶级的平等与自由还没有成为现实，无产阶级的平等与自由更是渺茫，章太炎又绝没有把他的命运与资产阶级或无产阶级的命运自觉地联系在一起，而总想实现一种超越全部阶级界限的平等与自由，他便只有到超脱全部现实矛盾的虚无缥缈的幻境中去寻求归宿。也正因为从未来找不到足以充分给以信赖的肯定的因素，他便把自己的怀疑、彷徨和愤懑，统统都发泄在对现状的全盘否定和对未来的非难上。
与此直接联系在一起的，就是关于进化与发展观念的动摇。
卢梭早就反复论证过，在原始的“自然状态”中，没有住所，没有技艺，没有语言，没有私有财产，人与人之间连智力与体力的差别也小到了最低限度，因之，在那种状态下，人们平等而自由。后来，出现了不平等。不平等的产生是历史的一种进步，“但是这种进步是对抗性的，它同时又是一种退步”。卢梭以为，“一切进步同样是表面上走向个人完善化而实际上走向人类的没落的步骤”。事实也证明，“文明每前进一步，不平等也同时前进一步。随着文明产生的社会为自己建立的一切机构，都转变为它们原来的目的反面”。然而，卢梭最终还是没有绝望，他以为，到了封建专制主义的暴君统治了一切之时，不平等便达到了顶点，而此时，循环也就将宣告结束，“不平等又重新转变为平等，但不是转变为没有语言的原始人的旧的自发的平等，而是转变为更高级的社会契约的平等”。
章太炎在确认“自然状态”下的平等与自由，以及坚持进步的对抗性这两点上，与卢梭如出一辙。他和卢梭也有分歧，这就是卢梭以为更高级的社会契约的平等将可永远结束人类不平等、不自由的历史，而章太炎则亲眼看到了在这样的社会中，进步同样是在对抗中得到实现的。他看不到这种对抗有穷尽之日。因此，他对进化了的未来能否使人们达于极乐之境，做出的是明确的否定性的回答。他提出了著名的“俱分进化论”：承认进化为客观存在的现象；要求“随顺进化者”在进化诸事类中“惟择其最合者而倡行之”，而“必不可以为鬼为魅为期望”；并说明在比较适合的各种事类中，“社会主义，其法近于平等”，最值得倡行；然而，这毕竟还不是最终目标，“世有勇猛大心之士，不远而复，吾宁使之早弃斯世，而求之于视听言思之外，以济众生而灭度之”。在惊世骇俗的《五无论》中，他也写道：“夫耽于进化者，犹见沐浴为清凉，而欲沉于溟海。所愿与卓荦独行之士，勤学无生，期于人类众生世界一切销熔而止，毋沾沾焉以进化为可欣焉！”将进化与进步所包含的对抗性的最终消除，归结为世界的寂灭。这同对平等与自由的追求一样，找不到现实的肯定的力量，而又对现状充满了敌意，便只有借助于全面的否定来表达自己对世界的抗议。
与此相应，章太炎对于当时各种科学是否足以帮助人们正确认识无比复杂而又处于永恒的运动之中的世界，公开表示怀疑。
章太炎以为，通常所称的科学，“则诊察物形，加以齐一，而施统系之谓”。事实上，“万状之纷纭，固非科学所能尽”。由于物形本身的特点，各类科学的发展程度也就很不相同：“综观远西诸学说，数学、力学，坚定不可磨已；施于无生物之学，其次也；施于动植物之学，又其次也；施于心理、生理之学，又其次也；施于社交之学，殆十得三四耳。盖愈远于人事者，经验既多，其规则又无变，而治之者本无爱憎之念存其间，故所说多能密合。愈近于人事者，经验既少，其规则复难齐一，而治之者加以爱憎之见，则密术寡而罅漏多。”在此情况下，仅仅注目于各门具体的学科，则对世界的认识将仍然是“万类散殊，淋离无纪”。
不仅如此。章太炎指出，现今各门科学虽然已经得到相当高度的发展，却仍不可避免地包含有许多悬想、迷谬的东西。比如，物理学中，“光、色所由生者，归之伊太；说真空不空者，归之伊奈卢鸡。是诸物质，皆超绝经验界，独以意想推校得之，顾独非悬想耶？”生物学中，以细胞学说而言，“生物学家说人生之单位，达尔文之‘戒弥卢’说，犹有体质可求。自是推校益精，则言微虫分体而生，子似其母，所以能似者，由其有担生物，名之为‘波泛卢’。又言细胞结合以成官体，官体有筋骨血肉肤发根窍之殊，所以能殊者，由有物曰决定分位，名之为‘地昙弥能提’。次有先祖质位于其上，名之为‘伊难迫来斯摩’。然此诸物，非即细胞，非细胞核，非核中所有染色物、非染色物，但可知其名号，不可示其仪形，此则与称道灵魂者曾无毛之异。而言生物者，方推是说为至精，顾独非迷谬耶？”再如社会学中，“殑德（孔德）之说，已先与社会成迹不符；其后治社会学者虽众，大氐互相攻伐，不如理学之极成。固由例证稀疏，亦以预蓄爱憎之见，能蔽其聪明耳”。
正因为如此，章太炎便声称，只有通过哲学的研求，才能解决所有这些彼此各有专门的科学所解决不了的问题。
章太炎的哲学，是“转俗成真”的产物，然而，它又不是尘俗世界各种矛盾的直接复写或机械映照。就其产生而言，它是章太炎认真研究了各种先行哲学的丰富遗产，在发展理论思维方面，做了勇敢的、有价值的探索和尝试的直接结果。
章太炎反对所有形而上学的绝对主义，反对一切宿命论与机械论，在哲学的广阔领域内表现了鲜明的批判精神。可以说，这正是章太炎哲学思想体系由以建立的主要基石。他逐一研究了有神论、唯我论、唯理论、唯物论等各派别的本体论，赞赏它们通过确认宇宙的本体给万事万物以一元论的解释，而反对它们或者以主观意志、或者以虚构的绝对精神以至上帝与神、或者以某一种具体的物质微粒为万物本体，以为它们分别犯了以主观代客观、以精神代实在、以局部赅全体的错误。他相当仔细地研究了各先行哲学派别的认识论，十分欣赏主观唯心主义将各种观念形态及这些观念形态所描绘出来的景象都归之于人们的意识主观的活动，不承认这些观念形态及它们所描绘出来的景象为客观实在，但是，他不同意主观唯心主义哲学否认在人们的意识之外有独立自在的客观实在；他注意到了感觉论、经验论和唯理论、先验论等各种哲学在认识论方面的贡献，又分别指出了它们的不足，从而创立了自己独具特色的认识论。他称自己的哲学为“惟心论”，他公开宣传“万法惟心”、“追寻原始，惟一真心”，然而，所有这些“心”、“真心”，都是万物本体“真如”或“阿赖耶识”的别称；按照他本人的解释，“真如”是不以人们意志为转移的客观、真实的存在，它也不拘泥于任何一种具体的物质形态，正是由于“真如”的存在，方才确保了宇宙的同一性，方才能产生变幻不绝的全部物质世界与精神世界。他称运动变化之中的各种物质现象与精神现象为“幻有”，是以确认独立于人们主观意识猜度计较之外的“真如”为客观实在作前提的，他将“真如”变成了支撑他整个哲学思想体系的主要支柱。
章太炎庞大的哲学体系，错综复杂，扑朔迷离，其中充满了矛盾。然而，只要明白了这位有学问的革命家如何“转俗成真”，他所接触的又究竟是哪一些哲学遗产，从他的哲学思想演变的整个过程，不难发现他的哲学体系的主要脉络和基本精神。
在了解到章太炎哲学是如何“转俗成真”之后，还应当进一步探究它又如何“回真向俗”。章太炎强烈反对使学术研究完全屈从于狭隘功利的致用观，并非根本否定学以致用。他自己就说过：“兄弟看近来世事纷纭，人民涂炭，不造出一种舆论，到底不能拯救世人。”他在哲学领域内的探究与树建，归根到底，还是为了用以解决他所遇到的各种世俗问题。
章太炎在《建立宗教论》中写道：
世之议者，或执释教为厌世，或执释教为非厌世。此皆一类偏执之见也。
就俗谛而言之，所谓世者，当分二事；其一，三界，是无生物，则名为器世间；其一，众生，是有生物，则名为有情世间。释教非不厌世，然其所谓厌世者，乃厌此器世间而非厌此有情世间。以有情世间堕入器世间中，故欲济度以出三界之外。譬之同在漏舟，波涛上浸，少待须臾，即当沦溺，舟中之人，谁不厌苦此漏舟者？于是寻求木筏，分赋浮匏，期与同舟之人，共免沦陷。然则其所厌者为此漏舟，非厌同在漏舟之人明矣。与彼蜚遁甘节之夫，所志正相反对。彼所厌者，实圆颅方趾之人群也。若夫神皋大泽浩博幽间，则反为其所乐，是为厌有情世间，而不厌器世间。二者殊途，如冰与炭。
章太炎在《俱分进化论》中也说过：
厌世观念亦有二派：其一决然引去，惟以出此世界为利，亦无余念及于众生，此佛家所谓钝性声闻，无有菩提种子者也；其二以世界为沉浊，而欲求一清净殊胜之区，引彼众生，爰得其所，则不惮以身入此世界，以为接引众生之用。此其志在厌世，而其作用则不必纯为厌世。