1937年抗战开始，福州地处沿海，深受日寇威胁，福建协和大学就在次年5月迁到美丽的闽北山城邵武。在邵武除借用汉美及乐德两中学旧址的楼房数十余座外，又新建才伟楼和高智楼，作为男生宿舍和图书馆。当时群山环抱中的邵武，便成为战时的文化城。两个中学的旧址，校舍矗立，绿树如盖，环境幽静、宽敞，于战时可称首屈一指。最难得的是，该校重要的图书几已全部运到邵武。在战时能够储备这样完整、丰足的图书，的确是十分可贵的。
邵武校舍分为东、北门两部，相距约2华里，文学院、农科及总办公厅设在东门，理学院设在北门。当时校舍有楼房30余座，大半是借用原有房屋，一部分系新建。林场占地1000余亩，遍植马尾松。农场150亩，附设仓库加工场、水碓及制茶试验所。园艺场135亩，蕃殖各种果树苗木，达20余万株，花卉2000余盆。校内并自备电厂及印刷所。
1940年，教育部令该校农学系扩充为农艺学系及园艺学系；加上原有的农业经济学系，成立农科。同时，将文史系分为中国文学系和历史系，数理系改为物理系。
1942年4月，教育部批准将私立福建协和学院改称私立福建协和大学，文、理、农3科改称文、理、农3学院。并颁发新校印，于同年10月16日启用。
在此前后，该校设文学院、理学院、农学院、医学院（后改医预科）、教育学院（后并入文学院教育学系）。文学院设中文、历史、外语、教育4学系；理学院设物理、化学、生物3学系；农学院设农艺、园艺、农业经济、农业教育4学系。在理学院生物系和化学系中，设有医学预科(简称生物医预和化学医预)，专为北京协和医院和山东齐鲁医学院培训医大前4年基础课。学士学位要修满136学分。
协和大学3个学院的成就各有所殊。文学院中的文史系，出版《福建文化》、《协大艺文》等定期刊物。福建的国学，自晚清以来素具渊源。西洋哲学系后来改为外语系，教授几乎都属于外国籍，某一时期阵容之强为他校所不及。历届毕业生，或在东南亚一带奠下事业，或在全国各地工作，都不乏杰出人才。教育系在福建是师资储备之所，全省执掌学校行政者不少出于此系。学校又附设社会教育推行委员会，深入农村，为农民辅导教育。该系毕业的，有一批无名英雄，视教育为终身事业，尽瘁于桑梓以终老。
理学院设备最称完善。如生物学系，实验室中每人便有显微镜一架。该系著作较多，其中若干著作已刊入商务印书馆的大学丛书；其他如单行本，或定期刊物，都不乏出版。化学系的药品与实验器材之丰为东南诸大学屈指可数者，无论哪一种实验，该系都可应付裕如。物理系则自备发电厂和修理厂，包括锯木及一切机械的修理。化物两系平时也有刊物出版。
农学院曾在邵武附设高级农校，训练农业人才。农经、农艺、园艺与农教4学系的研究风气也不在文理学院之后，东南各报副刊时常为该院各系专辟旬刊或半月刊，刊载各种专题文章，作者中不少是各系学生，也不乏教授的作品。除农艺系附设农业试验场外，园艺系也设有园艺试验场，并有加工的产品外售。此外，每个系都办有一种或数种不同名称、不同内容的定期刊物。
协大在邵武8年，办学达到极盛，书声传遍小山城，培养了许多人才。
5、1940～1946年：乱世也红火
抗战期间，国立同济大学被迫迁往内地。从1940年到1946年，在四川南溪李庄(今四川宜宾翠屏区辖)坚持办学6年。战争期间，同济继续发展，达到最鼎盛时期。
在李庄时期的国立同济大学，校本部设在禹王宫。
工学院在东岳庙。该院原有机械、电机、土木、测量四系和一个造船组。1945年造船组改为造船系，从此工学院就有了5个系。各系学制不一，测量系为4年；土木系为5年，1942年起改为4年；机械、电机、造船三系均为5年。工学院迁到李庄时，只剩下20多部机器。以后逐步设立了测量馆、实习工厂、电工试验馆、材料实验馆、机械试验馆等，使各项实习一般均能进行。
在李庄时期，担任工学院院长的，先后为倪超、薛祉、江鸿。1945年工学院学生有632人，教师有83人（其中教授27人，副教授10人），师资力量比较雄厚。
这一时期，工学院各系教学的特点是：第一，仍然坚持理论与实际密切结合，各系一年级学生坚持在工厂进行机、锻、铸、钳、木、泥等方面实习；第二，继续注重学生基本技能训练，要求工科学生工程制图必须上墨，线条不符必须重画，习题计算必须精确到小数点后3位，并要求学生都能使用计算尺和应用工程手册；第三，考试严格，补考后仍有一门不及格者留级一年。
工学院各系一、二、三年级的一些基础课如高等教学、应用力学、物理、投影几何、机械制图等，均采用几个系合班上课。这一时期，该院各系也进行了一些力所能及的课题研究和学术交流。实习工厂适应当地生产、生活需要，试制各种机器。电机实验室一度用直流电机发电为李庄全镇照明供电，受到群众欢迎。
1932年，同济大学工学院高等测量系正式成立时，是当时国立大学中唯一的测量系，也是中国民用测绘的发源地。1935年1月，该系更名为工学院测量系。抗战在李庄时期，叶雪安、夏坚白、王之卓、陈永龄、方俊、曾广梁等测量界精英人物来到同济，在艰苦和困难的条件下培养中国的测量人才。时称“叶雪安博士领导的测绘系，几乎垄断了中国对勘测员和制图员的培养。”
医学院在祖师殿。在李庄期间，担任医学院长的先是黄榕增，此后是梁之彦、丁文渊（兼）、阮尚丞、徐诵明（兼）、杜公振。这一时期，该院前期在李庄建立起生理馆、解剖馆；后期在宜宾建立起病理馆、药物馆、细菌学馆、公共卫生研究馆和生物学馆。
医学院在李庄5年，毕业生共计189人。1945年时，该院学生有304人，教师45人（其中教授13人，副教授1人）。除史图博一人是德国教授外，其他都是中国教师，多数是同济自身培养出来的。他们在艰苦的条件下，克服各种困难，奔走于宜宾、李庄之间进行教学，坚持严谨求学的同济教学传统。
医学院前期主要教授基础理论课，这些课程有些是由理学院教师担任；后期大部分课程必须结合临床实习，所以教师均在宜宾上课，并带领学生在附属医院住院部和门诊部实习。
理学院在南华宫。学院有化学、生物、数理3系。1945年数理系分为数学系和物理系。各系学制均为4年。在李庄期间，该院院长先后为谢苍璃、顾葆常。1945年全院有学生111人，教师44人（其中教授16人，副教授3人）。
生物学家童第周在理学院任教授期间，还邀请英国著名学者李约瑟博士到学校讲学，一时盛况空前，引起轰动。
国立同济大学于1945年在李庄增设法学院。办法学院的缘由，一是当时的国民政府急需培养法律人才；二是自19世纪以后，德国在法律（如法理和立法）方面比较发达。当时中国各有关大学一般是介绍英、美、法及日本的法学，缺乏专门介绍德国法学的学校。教育部曾命令校长徐诵明于1945年秋创办文法学院，但因当时办文法学院的条件不具备，于是先筹办法学院。
法学院招收两班学生，一班是本校各院系已有德文基础的学生转入法学院一年级的共有53人；另一班为招收高中毕业生60余人，先入德文补习班学习德文1年后，再进入法学院一年级。
法学院于1945年12月正式开课，学制4年。因招收的学生不多，法学院就设在李庄东岳庙内的玉皇楼。
6、1940～1945年：薪火不绝
1937年北京芦沟桥“七七事变”，人心大为振奋，爱国人民奔走相告，全国人民都卷入汹涌澎湃的抗日救亡浪潮中。1938年5、6月，日机滥炸广州。那时，中山大学地处广州东北石牌，踞冲要之区，常为敌机轰炸，对员生安全和教学工作都无适当的措施。并据报，敌将从惠州、博罗方面登陆。而广州军政当局竟于此年10月14日通告疏散市民，预备退却。中山也接教育部电告，即行迁校。校方成立了迁校委员会，由萧冠英主持。
当时，校方接到情报，有一部分同学组队，参加到东江游击纵队去坚持敌后斗争。东江纵队的组织者系中山大学法学院毕业生曾生，后来与共产党员王作尧领导的游击队合并，改名为广东人民抗日游击队，坚持抗日斗争。另有一部分同学结队分批步行到云南墨江；同时，又有10余批同学到香港乘船到西贡，准备转去云南新校址。
最初，中山大学决定迁往云南罗定，在10月19和20两日，分批乘船将人员及公物约1200余箱运离穗市。这些公物虽是员工们在危难中抢运出来，也只有三分之一。至10月底，全部运抵罗定县。当时据报，广州已于10月21日沦陷于敌手。11月初旬，该校总办事处在罗定城北窗明学校办公；农、法、医3学院分设罗定城内，附属中学则设在对岸塔溪乡；理、工2学院设在郁南县属大湾；研究院、文学院、师范学院和图书馆在罗定县罗镜，分别择地布置。
至10月中旬，正在准备复课，忽接教育部电以汇款不便，另觅桂、滇两省迁校。又择定广西龙州的凭祥、上金、宁明各县为校址。岂知正在筹备启运之际，又接教育部电知，日敌谋在北海登陆，接近龙州，应迅迁滇省等语。因此又改计划，遂于12月1日结队西行，溯西江而上，1939年1月5日到南江口，7日到梧州，增加员生百余人。19日，员生和4批公物均已抵达龙州。于是决定由龙州乘越滇铁路赴滇，并择定墨江县为校址。于2月6日出发，2月中旬全部抵达墨江。随即筹备开学，至3月1日复课。
1940年春间，滇南物价暴涨，生活程度日高，员生生活顿感困难。及夏，日敌侵迫越南，威胁滇境，时局突告紧张。是年6月间，中枢遂任命许崇清为代理校长，主持迁校事宜，决定迁返粤北坪石（广东、湖南交界的一个小镇，今属广东省乐昌县）；惟公物、人员都要经过滇、黔、桂、湘数省，辗转输运，间关数千里。至1940年12月已全部抵达坪石。
经过一番筹措，终于将中山大学总办公厅和研究院均设坪石镇，并续办先修班。这时，先修班与学生审查贷金委员会均设于此。文、理、工3学院分设于坪石附近之铁岭、塘口、三星坪等地；又增设一年级教育委员会于车田坝；医学院设于乐昌县城；法学院设于武阳司；师范学院设于管埠，均属乳源县境。农学院则设于湖南宜章县之栗源堡，1941年1月间先后上课。1941年7月，张云代理校长。
中山迁到坪石后，在1942年间常闹米荒，生活极为艰苦。处在敌伪四面包围之中，物价飞涨，货币贬值，很多员生把衣服、被子、书籍等以最低价格出售，博取高价粮食。因粮食接济不足，常以野菜充饥。曾有物理系一位教师，因缺粮吃野菜中毒，幸得及时救治，方得无恙。因此，学校组织员生，爬山越岭，通过敌人封锁到湖南、香港等地运米接济。一连串地进行这种艰苦工作，在粮食困难方面终于克服。
在这些情况下，当时教育部对中山大学员工的薪给问题有这样的规定：发给时价的米代金。年龄在30岁以上的，给予1石的米代金；28岁以上的8斗，26岁以上的6斗，不及26岁的均3斗。又两夫妇在同一机关工作、都在30岁以上的，一方给予1石，另一方只给予3斗。有5位同事，两夫妇都是在中山工作，也都在30岁以上，就很觉得不值。为了免饿，便相约以集体离婚的方法，在韶关《建国日报》广告栏登报，才夫妇各都得到了1石的代米金。这是在痛苦生活压迫下，造成了集体的假离婚的不正常现象。
1945年1月初，警报频传，校方曾几次召开应变紧急会议。至1月15日，敌踪有自连县东陂窜向坪石的讯息。16日，据报已侵入湖南宜章县属栗源堡，随即窜扰管埠、梅花等地，坪石业已陷于包围形势，远郊已发生激烈战斗。事出仓猝，中山大学通告紧急疏迁，一部分公物和人员于17日由粤汉铁路遄赴乐昌县城，会商应变办法。惟敌人突至，所运公物尽被焚掠。即于21日间道转赴仁化，分驻石塘、仁化县城扶溪等地。其时师范学院附属中学已先遄赴扶溪乡复课，但考虑到仁化地近前线，且曾被日敌窜至扶溪，旋复退出，然终是难于安处的。是时，金代校长即派员在扶溪设立中山大学办事处，随率领一部分员生向东陆行，遄赴龙川县。未几，择定梅县为校本部驻地；其他下属单位均陆续迁来，法学院在蕉岭县路亭，农学院在五华县岐岭，工学院在兴宁县东坝朱屋，师范学院在龙川县龙母，均于3月间先后复课。