他写信给李说：“我希望我很快就能得到好消息，你已经摆脱了可恶的病魔。新的一年即将到来，我衷心地祝福，祝福你像现在这样活着，像过去那样活着。我要告诉你，对于我来说，去年的友谊十分甜蜜，这是我之前从未经历过的，为此，我要感谢你……一听说你的作品，我就急切地想一睹为快，因为我急切地想同你呆在一起。我们都因为对方的存在而正确地理解自己，我们总是感到十分默契，我想，我们之间就像那些好邻居一样，当他们同时冒出某个念头时，就会互相拜访，并且常常发现对方也正在向自己走来……什么时候我们才能好好地谈谈人生问题，不是书信交谈，而是面对面地呢？”
12月，他再次给李修书一封：“每天我都无数次地想起你。”此时，尼采已经写完了他的书。如果换种确切的说法，他并没有写完，因为文字还像他写笔记那般自由。想法从他的脑海中一个接一个地蹦了出来，没有连贯性，而尼采喜欢保持这些想法的原样。更重要的原因是，他的健康状况十分糟糕，这使得他无法将它们富于条理地编排起来。但是这又有什么关系呢？他回想起那些法国作家，帕斯卡尔、罗什福科、沃夫纳格、蒙田，他喜欢这些作家对自己思想的忠诚，并希望学习他们的做法，在自己的思想中留下一些混乱和断裂。他渴望写一本简单明了的书，希望这本书能使那些最急切的狂热者冷静下来慎重地思考这个问题。许多“美好的灵魂”围绕在瓦格纳和拜洛特的周围，尼采曾经是他们中的一员，最近刚刚从其中挣脱出来，他希望自己能像老苏格拉底一样对这些“美好的灵魂”讲话，使他们意识到自己信仰的荒谬。他为自己的书取了个《人性的，太人性的》的标题。在他精神崩溃之前，他详细叙述了写作这本书的目。
他这样写道：“我手中握有火炬，这火光没有燃烧出烟雾。现在我们位于地下的观念世界里，我将要在其中投射一道充满生气的光芒。这是一场没有炸药和硝烟、没有作战部署、没有悲怆、没有伤残的战争，因为这是个属于‘理想主义’的世界。错误接踵而来，我伸手接住了它们，将它们放到冰上，于是这些观念被冻僵了。在这儿，比如说，‘天才’就冻僵在这里，另一个角落则是‘圣人’冻僵在另一个角落，这一层层厚冰之下就是‘英雄’，接着是‘信仰’‘同情’，很明显，‘同情’已经变得越来越僵冷——事实上，这些‘物自体’在任何一个角落都冻着。”
这部作品里满是悖论。尼采炽烈的感情超乎常人，他十分确定自己的工作、使命和人生的崇高结局。尽管这样，他将嘲笑的轻蔑投以了它们。他从前有一次写道：“打倒真实，肯定生命！”现在他推翻了自己的论点，改为：“打倒生命，肯定真实。”他将科学置于更高的位置，将诗歌放在科学之下，将曾经赞扬过的埃斯库罗斯放在曾被谴责过的苏格拉底之下。毫无疑问，这是尼采的伪装，而他自己很清楚自己的伪装。他所表达的这些思想并不是发自他的内心的，他想以此来反讽自己，与自己作了一场短兵相接的格斗。他这样做的原因并不是因为他是一个反讽家，他真正的目的是想寻找可以激发他的伟大作品的、尚未发现的激情，他对这件事充满了自信。《人性的，太人性的》彰显着一个充满危机的时间，但它也预示了这段时间终究会过去。然而，这种危机令人赞叹，而过渡的过程却是如此的艰难！尼采这样写道：“这就是那本使病弱者感到震惊的书。”
1879年1月3日，瓦格纳给尼采寄来了诗剧《帕西法尔》，尼采阅读了这部作品，这部作品唯一的作用是使尼采在内心中更好地估量了促使自己和老师分手的距离。他给拜伦·冯·塞利兹写信说道：“我在第一遍阅读后感觉这部作品更像是李斯特而不是瓦格纳的作品。作品中充满了反革新的精神，我深知希腊人和人类的氛围，所以我明白这一切都属于过度褊狭的基督教。人物的心理活动简直是异想天开的捏造，整部剧作远离生活远离人性（在我看来，这种远离在剧中最后的晚餐中表现得尤甚）。我讨厌剧中歇斯底里的侍女。文体的风格看上去很生硬，像是从外文翻译过来的。不过从剧情及其发展的角度来看，虽然通常它们是存在于一种最伟大的诗的脉络之中，但就这部作品而言，音乐家的剧作没有超越他的音乐的使命。”
在这封信里，尼采保留了一些他的想法。从他对这部诗剧的某些评价（远离人性且远离生活）中，我们通过直觉能推测到在他心中已经非常活跃和强烈的反感，虽然这在十年之后才表现了出来。但是他心中却依然对这位无以伦比的老师怀有热爱，并且第一次明确地思考了决裂的问题。他已收到了诗剧《帕西法尔》，他是否应当回信呢？如果回信，应该在信中用何种措辞？或者他用不回信这种坦率和简单的办法来解决问题？
疑虑和烦恼在他心中不断地增长。因此要搞清他当时的情形十分困难。他几乎不信任自己的妹妹了。而我们也许可以从他写给保尔·李的信中得到启发。
从1877年圣诞节开始，弗里德里希·尼采就有了更多的空闲，他教师的工作任务没有以前繁重了，因此他每天拥有了更多的自由时间。这是个很好的机会，因此他利用这个机会每周都会离开巴塞尔，他会独自在附近地区闲逛。他没有去爬那些高山，因为这些“庞然大物”无法吸引他，他更中意的是侏罗山和黑森林，因为，在这些林木茂密的高地中，他可以回忆起他的童年生活。
此时他在思考什么？我们可以猜测瓦格纳的作品完全占据了他的思想。两个月过去，他仍然没有对收到《帕西法尔》做任何答复。出版商已经印好了《人性的，太人性的》，等待着最后的出售。但是尼采应当怎样提醒老师，怎样使他做好准备而不至于倍感惊讶呢？他已经习惯了他的信徒们的巴结逢迎。尼采深知，这部作品对独持己见的坚持必将激起拜洛特那帮温顺的人的愤慨。当大家都撕破脸的时候，他会胆怯。他对瓦格纳和公众的反应一样顾虑重重。他对自己将要拿出来的、作为自己哲学的东西感到惭愧了。他已经写了这些文字，并且永远都不会后悔。这些富有生命的逻辑曾经支配过他的内心，他也很清楚，这相同的逻辑总有一天会引领他走向一种新的激情，而且还会使他习惯于掩饰这些年里不断出现的危机。他的脑海里突然蹦出了一个奇怪的主意：他可以用匿名的方式出版这本书，他只让瓦格纳一个人知晓这部作品的作者是他的朋友兼学生，并理解学生内心对他的忠诚。于是，尼采起草了一封长信，这封信至今还保留着：
我将《人性的，太人性的》这本书寄给你，我信任你，并要把我的秘密完全告诉你和你那些高贵的朋友们，这个秘密是属于你的，同时又和我的作风相符。我是这本书的作者……
我总觉得自己在精神上已经攻克了许多堡垒，我像指挥官一样伤痕累累，却仍坚持屹立在高地上挥舞着手中的战旗。我知道周围的场面很可怕，但我看到的是欢乐，比痛苦多得多的欢乐。
我曾经告诉过你，我没有思想上的知己。而且，我还自以为，我已经深刻体会并思考了关于孤独和社交的最独一无二的感情，在思考这些问题时，我不是一个人，而是一个团体的代表……
先驱者总是行动敏捷，但他并没有清楚地知道骑兵是否紧跟其后，甚至不知道骑兵是否存在。
出版商拒绝了尼采匿名发表的提议，尼采只好放弃了这个主意。他最终下定了决心。1878年5月，伏尔泰逝世一百周年时，欧洲正在准备各种纪念活动，尼采挑选这个日子来作为自己作品的出版日，并将这本小册子作为了对这个伟大作家的纪念。
1879年，他这样写道：“在挪威，人们称那些太阳整天停留在地平线下的日子为‘阴暗时期’。在阴暗时期里，温度持续缓慢下降。这个象征对所有的思想家来说是多么的绝妙！对他们而言，象征人类将来的太阳也曾一度昏暗过。”尼采了解自己的“阴暗时期”，欧文·罗德不赞成这本书的观点，理查·瓦格纳对他的回信不作应答，但是尼采清楚在老师的圈子里，追随者们是怎样评价自己的。他们会说：“如果这个拜洛特的漫画家不是个背信弃义的人的话，他一定就是个疯子。”一个匿名的人（格斯道夫，难道不是吗？）从巴黎寄来一个小盒子，盒子里装着一个伏尔泰的半身塑像和一张便条：
“伏尔泰先生的英灵向弗里德里希·尼采先生致敬。”伊丽莎白一想到自己的哥哥这样一个内心纯粹的德国人，竟然愿意拜倒在这样一个法国人的旗帜下时，便难过地哭了。
毫无疑问，尼采的一些朋友对这本书作出了不同的评价。雅各布·布克哈特说道：“你的书让精神变得更加独立。”保尔·李写信则说：“你的书和歌德、爱克曼的谈话录一样给了我如此多的启示。”除此之外，彼得·加斯特忠诚不渝。欧维贝克及其夫人也给予了尼采鼓励和支持。尽管如此，尼采依然有着深深的挫败感，《人性的，太人性的》没有获得成功。据说当理查·瓦格纳听到这本书的销售量少时曾经幸灾乐祸。他打趣地说道：“哈，哈，你瞧，尼采只有在捍卫我的事业时才会被人关注，否则，没门！”
1878年8月，拜洛特杂志对《人性的，太人性的》进行了评价，这篇文章名为评价，其实是谴责。作者匿名写道：“德国教授一生之中都得写一本书来帮助自己获得声誉，但这并不意味着遍地都能发现真理，所以有的人就满足于通过证明前人的观点是谬误来博得眼球，而且当这个被侮辱的前辈声名卓著时，这种效果也就愈加明显。”尼采认出了这个匿名的作者，他是瓦格纳。
老师这种低劣的批评方式使得尼采深感痛心。他现在想表达对从前的老师叔本华和瓦格纳的态度，只不过现在他想用一种平静和尊敬的口吻进行解释。对他而言，他已不再需要在一些人面前保持谦恭。在重新思考索伦托的笔记之后，他开始着手写《人性的，太人性的》一书思想的续篇了。
此时，伊丽莎白离开了巴塞尔。他度过了一个痛苦凄惨的9月份，我们可以知道其中的一部分情形。由于他那激动不安的境况令人感到惊恐，因此好多人都在回避他。他常常在走出校门时，碰见雅各布·布克哈特，这位历史学家十分明智，总会以机灵的手腕溜走，他在内心里尊敬尼采，但是却很害怕他。尼采试图在巴塞尔召集新的信徒，但是他所有的努力都是徒劳无功的。他这样写道：“我像海盗一般追捕着人们，我不是要让他们卖身为奴，而是想引导他们奔向自由。”年轻人无法被他提出的那种不合群的自由所吸引。尼采的一个学生，赫尔·沙弗拉曾记下了他的回忆：“我去听了尼采的讲座，但我几乎并不了解他。一次课间，他正好在我身边，于是我们并肩走了出去。此时天际掠过了轻柔的云彩，他说道：‘这些美丽的云彩飘得真快啊！’我于是回答道：‘它们就像保尔·维罗尼斯画中的云彩。’他突然转过头，一把抓住我的胳膊，说道：‘假期很快就要到来了，我也很快就要离开，跟我一起走吧，我们一起去威尼斯看云彩。’他的行为让我大吃一惊，当时我结结巴巴，口中说着含糊不清的话，尼采看到我的行为后转过了身，面如死灰。他沉默地走开了，把我一个人撇了下来。”
与瓦格纳的决裂给尼采带来了巨大和持久的痛苦。他写道：“当一个人的情感方式与判断方式发生了分歧，而最终导致他和某个人分手时，这样的诀别会阻止自己与其他人的友情，于是我们就会全力去拆除那堵大自然竖立在我们与他之间的墙。”1879年2月，伊丽莎白写信给科西玛·瓦格纳。是她的哥哥授意她作出这种表示的吗？尼采知道吗？态度如何？这些疑问我们不得而知。科西玛回了信，信中用了一种庄严、温和且又坚决的语气：“不要在我面前提起《人性的，太人性的》这本书。在给你的这封信中，我只愿回忆的是，你的哥哥曾经为我写了一些篇章，至今为止，我都认为那是最优美的……我对他没有怨恨，他已经被痛苦击垮，失去了自控力，只有这一点可以帮他开脱罪过。”她接下来的言辞带着更多的情绪而不是理智：“现在不用认定他目前的作品，我反对这种认为它们只是代表着心灵寻求自身的阶段这种说法，这几乎和贝多芬所说的话类似：‘在我的第三种风格中去看我。’而且，一个人在阅读的时候就会看出作者本人的怀疑，那么这部作品仅仅是没有动力的诡辩，只会引起读者的同情。”
1879年，尼采发表了《人性的，太人性的》一书的续篇《杂乱无章的观点和箴言》。如果说这第二篇引起的冒犯减少了，倒不如说是那些以前认识尼采的人回避了这篇文章，他们不再排斥尼采，反倒开始同情他。因为尼采的健康正在恶化，他终日被头痛、胃病和眼疾折磨着。就连医生们都在为他们无法确诊的症状和无法治愈的病人感到不安。在医生们看来，病魔正在威胁尼采的视力或者还有他的神志。尼采凭借直觉猜到了医生们的恐慌。彼得·加斯特在威尼斯等着尼采，但是尼采因为身体原因被迫放弃了这次旅行计划，他只能呆在自己在巴塞尔门窗紧闭的房间里。
他的病情将如何发展呢？罗德和格斯道夫曾将希望放在尼采身上，而尼采的健康状况令他们感到大为震惊，他们写信问欧维贝克：“听说尼采的病无法挽回了，这个消息是真的吗，告诉我们。”
欧维贝克回信道：“唉！他的状况简直糟透了。”尼采的病情甚至让瓦格纳都深受震动，他写信给欧维贝克说道：“我无法忘记他，这个以如此激烈的方式与我分手的朋友。我非常清楚，如果一个灵魂被如此的激情所折磨，那么要求他合乎常情地进行思考是不恰当的。一个人必须对这种异常的行为保持沉默，并对这个人心怀同情。但是我对他的生活和痛苦一无所知，这让我陷入到了苦恼当中，我冒昧地请你把我朋友的消息写信告诉给我。”
显然，尼采不知道瓦格纳写了这封信。就在这件事的几个月前，他在笔记中写下了这样的一段话：“感恩是资产阶级的美德，但它不适合瓦格纳那样的人。”如果那时他能够读到他老师所写的“要求他合乎常情的思考是不恰当的”，尼采一定会感到非常高兴，因为这句话和尼采的思想十分一致。
欧维贝克和他的妻子悉心照顾着这位病人，他们写信给伊丽莎白，向她描述了尼采的病情并告诉她，她应当在哥哥身旁。伊丽莎白接到信立即赶了过来，她一时之间几乎没有认出她的哥哥，这个一年之间老了十岁的佝偻、衰竭的人，后者只能通过手势表达对她的到来的感激。
尼采放弃了他的教授工作，他提交的辞职书获得了同意。学校给予他一笔三千法郎的退休金作为报答。