尼采强烈地想要离开这个城市，阿奎拉的美名传到了尼采这里，那里还居住着阿拉伯人和犹太人的君主，天主教教皇的敌人——弗里德里希·冯·霍亭斯托芬。尼采也想住到那里去，他在那里寻找到了漂亮的寄住房间，它在巴贝里利广场一幢房子的顶楼，位置极好。同时那个房间可以让人忘记自己身处于城市：广场上的泉水从一个半人半鱼的海神头角里流出来，水声淙淙，将繁杂的人声淹没了，同时被淹没的还有尼采的忧郁。一天晚上，在那个房间里，尼采即兴创作出了抒发其绝望和孤独的感人诗句。
我是光，唉，我多么希望自己是黑暗！但这就是我孤独的见证，因为黑暗总是在光的包围之中。
唉，我真希望自己是阴影和黑暗！我会从光的乳房中吮吸营养啊！
但是我深居在自己的光芒内，我所吮吸的是我自己心中流溢出来的光辉！
《查拉图斯特拉如是说》，这本被尼采称作奉献给全人类而无人能懂的书终于在6月初出版了。
尼采写道：“书的出版让我感到非常激动。我现在处于令人惬意的上流社会中，但是只要我离开人群，独自一人，激动的情绪就会涌上我的心头。”但是很快，他便看到了这本书的命运。他的朋友们谈论这本书的极少，评论界几乎未提起过这本书，没有一个人对查拉图斯特拉感兴趣，这个奇特的先知，用圣经训诫式的口吻教导人们要放弃信仰。伊丽莎白·尼采和弗罗琳·冯梅·梅森伯格在看了书之后说道：“书中所说的让人多么痛苦啊！”这两位妇女是基督教的虔诚信徒，书中的言论也惹怒了她们。尼采在给彼得·加斯特的信中说道：“她们都说我言论过激，但是我自认为我的书是如此的温和。”
盛夏到来时，罗马的社交圈因为天气状况而解散了。尼采不知何去何从。他一直憧憬着的是非同寻常的日子啊！他一度相信，那些有修养的欧洲人最终会被自己感动，会成为自己忠实的读者，或者（更确切地说，也许）他吸引的会是信徒和侍从们，他们要朝拜的不是虚弱的自己，而是强大的查拉图斯特拉。5月初，他给彼得·加斯特写信说道：“我有一个避暑计划：我会在某个森林里选择一个城堡，这个城堡是从前本笃会的僧倡们为了沉思而布置起来的，我将邀请我的朋友们，当然他们必须是经过我挑选的，住进这座城堡……我必须继续寻找新的朋友们。”6月22日左右，在种种打击之下，尼采离开了阿奎拉前往恩加丁，那里是他最喜爱的隐居地。
伊丽莎白准备返回德国，因此她与尼采同行。根据伊丽莎白的记录，在这几个小时的旅行中，尼采心情愉快，才思横溢。他在路上进行了即兴创作，在妹妹的建议下，他创作了限韵诗，为了避免麻烦的人打扰他的欢乐，他在每一站都请卫兵进行了护送。
自1881年，尼采在恩加丁构思了永恒轮回思想和查拉图斯特拉之后，他便再也没有回过这里。在回忆往日之后，孤单的尼采灵感迸发，只用了十天时间就写出了作品的第二部。
这一部分的内容满带痛苦，自去年冬天以来的怨恨在文字中显露无疑。“我不能大材小用。”这是查拉图斯特拉的口头禅，他从不将对手放在眼里。他在世人面前是个善良的施主，但是没有人认真倾听他的谈话。于是尼采决定让查拉图斯特拉转换语气，他在笔记本上记下了短促的话：“查拉图斯特拉是法官，他是正义的化身，他要进行改革，而改革的结果便是摧毁。”
转变为法官的查拉图斯特拉说出的话满带侮辱和哀悼，他吟唱的歌是尼采在罗马的一个晚上为自己创作的夜歌。
真的，我的朋友们，我走在人群中，就如同走在人类的碎片和肢体当中。
我眼中的景色十分可怕，人们被肢解，碎片四处散落，就像屠夫铺子里的肉。
当我转过头去，看到的是一样的东西，碎片、肢体——独独少了人。
哎，我的朋友们，我最不能忍受的就是大地的过去和现在。如果我不是怀揣希望的话，是根本无法活下去的。
幻想家、创造者和通往将来的桥梁，哎，站在链接过去和现在桥梁上的跛子就是查拉图斯特拉。我行走于人群之中，四处都是将来的碎片，我一边沉浸于幻想，一边凝视着将来。
尼采曾经嘲笑过那些古代的道德戒律，他想在废除他们的基础之上建立自己的律法，但是我们能够活到建立新法则的那一天吗？尼采没有给我们答案。他这样写道：“超人的品质越来越明确。”这是他的希望，但是就连他自己都陷于不满和痛苦之中，他能实现自己的承诺，阐明和规定一种新的有关善与恶的道德形式吗？他正在努力。他现在被痛苦和狂暴的情绪所俘虏了，他所赞扬的道德是不加掩饰的赤裸裸的力量，摆脱了传统道德法则的削弱、改变或征服力量。他总是屈服于这种作用于他的诱惑力。
查拉图斯特拉如是说，炽热的太阳带来的奇观让我目不转睛，我欢欣鼓舞。它们是猛虎、是棕榈、是响尾蛇……真的，即使邪恶也有将来，但可怜的人类还没有找到自己的正午……终有一天，那些伟大的龙会降临世间……你们的灵魂远离伟大，以至于你亲眼看见超人时，会发现超人的美德是如此的可怕。
尼采在这一页加了着重号。这些话气势逼人但却缺乏真正的力量。也许尼采想用语言掩盖其思想上的困境：他搁下了这种有害的福音书，而选择中止他的先知就要宣布其法则的艰难时刻。查拉图斯特拉必须首先完成法官和虚弱的消灭者的责任。他要身先士卒，但是他的武器是什么？在此，尼采的思绪又回到了他在第一部分取消了的永恒轮回的思想。他将它从一种精神生活的训练，一种启发心灵的过程改造成了一把锤子，他自己给它的新定义是一种道德恐怖主义的工具，一种消除梦幻的象征。
查拉图斯特拉召集齐他的信徒，向他们宣讲了这一学说，可是他却声音颤抖，陷入了沉默。这一刹那，同情心瓦解了他，在即将唤醒这一可怕思想的前夕，他被痛苦击中了，他犹豫了。他的敌人是对一个更好的将来的幻想，是一种对生活的期待，它们将人的悲惨境遇掩盖起来，让人们感受到所谓的精神至福。但是摧毁的过程让查拉图斯特拉焦虑不安。一个驼背从他的表情中察觉到了他的忧郁，带着讥笑插嘴道：“为什么查拉图斯特拉自己表里不一呢？”这句话让犹豫中的查拉图斯特拉感到羞愧，于是他到一个新地方重新隐居起来。第二部分就这样结束了。
1882年6月24日，尼采前往西尔斯，7月10日前，他给妹妹写了一封信。
我请求你立即去找施迈茨勒，用你觉得最恰当的方式跟他达成口头或书面约定：以后查拉图斯特拉第二部分的手稿一旦交付，他就必须立即印刷。今天，第二部分已经完成了。试着想象一下，无论你用何种方式想象这种创作激情都不过分。但这种激情对我来说，就是危险。所以以上帝的名义，跟施迈茨勒交涉安排一下这些事吧，我太容易激动。
伊丽莎白很好地完成了哥哥的嘱托，施迈茨勒作出了保证，并立即付诸行动。8月，他给尼采寄去了校样，但是此时心力交瘁的尼采已经没有足够的精力校对了，所以他把这工作交给了加斯特和妹妹。他被他那已经说过的可怕想法以及他还必须要说的更为可怖的思想挫伤了。
尼采因为另外一些烦恼而显得更加忧郁。这件事是因为伊丽莎白的一个笨拙举动引发的，这件事又唤醒了去年夏天的那种不和。尼采和妹妹是在春天和解的，那会儿，基于对妹妹好斗天性的了解，他就曾对伊丽莎白说过：“答应我，不要重提莎乐美和保尔·李的事情。”伊丽莎白对这件事保持了三个月的沉默。但仅仅三个月之后，她就食言了，开始旧事重提。她到底对尼采说了些什么呢？我们无从知道，资料的缺乏让我们再一次跌进了历史的迷雾当中。只是在给欧维贝克夫人的信中，尼采写道：“伊丽莎白的目的只是想报复那个年轻的俄国人。”毫无疑问，伊丽莎白一定说了某些事实，这些事实是尼采之前不知道的。尼采被这件事激怒了。他给保尔·李写了一封信，下面就是已经找到的这封信的草稿。（李收到的信是否和这封信相似？无法肯定。）
真是太晚了，整整一年之后，我才得知你在去年夏天的事件中扮演了什么角色。一想到多年以来你一直自称是我的朋友，但实际上你却是如此阴险狡诈的骗子和流氓，我的内心深处就充满了憎恶。我认为你简直是在犯罪，这种犯罪不仅是针对我，还是针对友谊，针对这个空空的字眼“友谊”。
呸，先生，你诽谤了我的人格，而莎乐美小姐只是转述了你对我的评判，我不得不说她也是一个非常不得人心的代言人。因此，必然是你在我不在的时候，将我描述成了一个庸俗低级的利己主义者，随时准备着劫掠别人；也正是你，指责我在理想主义的面具之下干着卑鄙的勾当，这种龌龊的想法甚至影响了莎乐美小姐；也正是你，竟敢说我是疯子，不知道我想要的是什么。直到现在我才对你的勾当有详细的了解，亏我还把你当作我最亲密的人和朋友。在过去的七年中，我为了维护你而宁愿牺牲了我的前途。
这样看来，我在知人识人这方面还需要好好学习，无疑我的蠢钝必然也成为了你的笑料。在你眼中，我是一个多么愚蠢的傻瓜啊！妙极了！对于像你这种人，我宁愿被你嘲笑，也不想和你走得太近。
在实用主义道德方面，我一定要用决斗的方式好好教训你，也许，如果形势大好，我会成功地永远打断你在道德方面的研究工作，阻止你从事这种工作，保尔·李博士，一个人还是需要保持自己双手的干净，不能让它们变得肮脏。
这封信并没有提供保尔·李有罪的证据。这是尼采在听了妹妹提供的情况之后，一怒之下写就的，我们知道尼采的妹妹缺乏理智，做事常常失之偏颇。这封信见证了尼采感情的变化，同时又是事情被曲解后的证据。保尔·李品行究竟怎样？事情的原委到底如何？1883年4月，在莱比锡困境过去六个月之后，保尔·李将一本讨论道德起源意识的书献给了尼采，这本书完全受尼采思想的启发。尼采拒绝了这种公开的敬意，他给彼得·加斯特写信说道：“我再不愿被和某些人相提并论。”1888年，从乔治·勃兰兑斯写的一封信中我们可以知道，当时保尔·李和莎乐美小姐一起住在柏林，据他们自己说他们两个的关系像“兄妹”一样。这时的时间是将近1883年，无疑那会儿莎乐美小姐在李的帮助下正在写她那本关于尼采的书，这本书理性而又高尚。我们更倾向于相信这两个原本是好朋友的人的决裂原因是基于对同一个女子的爱情。
尼采开始写信，这些信数量巨大并且冗长。他抱怨朋友们的背叛和自己的单身。弗兰兹·欧维贝克对尼采的情况感到越来越担心，他来到西尔斯—马利亚看望尼采，希望通过陪伴使尼采从伤害和吞噬着他的孤独中转移一下。伊丽莎白是一个富于资产阶级情调的精明女子，她是这样回答尼采的抱怨的，她向哥哥建议道：“你的孤独是事实，但难道你的孤独不是自找的？去某个大学求职吧，当你有了头衔和学生，人们就会承认你，你的作品就会有读者了。”尼采对于这个意见很宽容，他听从了妹妹的建议，还给莱比锡大学的校长写了信。那位校长毫不犹豫地对他进行了劝告，德国没有一所大学会允许其老师队伍中出现一个无神论者，尼采公开宣布反基督的行为将不能得到理解。尼采写信对彼得·加斯特说道：“这种答复令我勇气倍增。”他又给妹妹写了一封措辞激烈、充满讽刺的信，伊丽莎白感觉到了尼采的不满。
受人误解是我的必需课程，可我仍用良好的心态去迎接诽谤和蔑视。从去年夏天开始，我就知道我‘身边的人’将是首先反对我的人，而且，我非常清楚，我走的路是我自己的，因此当我走在路上感到‘我再也不能忍受孤独’时，我就会因为自己的这种怯懦而感到一种难以言表的自我羞愧，因为我是在厌恶自己心目中最崇高的东西。
9月，尼采回到了瑙姆堡，打算在那里住几个星期。他对母亲和妹妹有着一种难以分析的复杂感情。他爱自己的家人，这不仅因为她们是他的亲人，还因为他总是对记忆中的人物报以温柔、忠诚，同时还极其敏感。但是他的每一个想法，每一个愿望，都让他觉得自己和她们存在着代沟，他在理智上轻视她们。但是无论如何，瑙姆堡的那所老房子是这世界上唯一的只要呆上一小会儿就能感到生活的甜蜜的地方。
此时，尼采的母亲和妹妹正在争执。伊丽莎白爱上了一个叫福斯特的德国民族主义者和反犹太主义者，那时他正在巴拉圭创办一项殖民地事业。伊丽莎白想和他组建家庭，绝望的母亲则想要阻止她。因此尼采的归来让尼采夫人感觉是找到了救星，她将伊丽莎白的打算告诉了尼采，这个消息让尼采完全懵了，尼采知道福斯特及其思想，他鄙视福斯特身上那种靠宣传激发起来的低级乏味的感情，同时他更加怀疑这个人曾对自己的作品泼过脏水。而伊丽莎白，他的妹妹，竟要和这个人结婚，这是他万万不能接受的。他恶狠狠地把妹妹教训了一通。但伊丽莎白毫不示弱，在言辞上顶撞他。这个女子天生不具有纤细敏感的特点，她精力旺盛，这些特质都是虚弱的弗里德里希·尼采所不具备的，因此他珍视她身上那些他所缺乏的品质，但对整件事情却感到无能为力。
深秋的时候，瑙姆堡大雾弥漫。尼采离开了那里前往热那亚。和妹妹的争执让他的自尊心大受打击。
10月，他在给弗罗琳·冯·梅森伯格的信中写道：“诸事不顺，原因在于我回了一趟德国。现在我只能停留在海边。其他地方的任何气候都会令我的情绪沮丧，影响我的神经和眼睛，还在我心中带出悲哀和郁郁寡欢的情绪，这对我来说是个可怕的包袱。在我的一生当中，我遭遇的忧郁比其他祸害和出名的怪物要多得多。而潜伏着的最危险的敌人则是平日的无聊，而经历了巨大的灾难之后，一个人的地位会被提高。”
11月中旬快来的时候，他离开了热那亚沿着西海岸前进，他为这个冬季寻找到了一个合适的住处。他经过了圣莱摩、门托尼、摩纳哥，最后在尼斯停了下来，这里的景色让他陶醉，而那里还有新鲜的空气和充足的光线，这是必不能少的晴朗的日子。他这样写道：“光，光，光，我在光里重新得到了平静。”
但是尼斯是一个世界性的城市，这让尼采深感不快。所以，他一开始在尼扎这座古老的意大利城市里租了一间屋。邻居们中有工人、泥瓦匠、职员，他们全说意大利语，纯朴可爱，快乐的情形让他想到了自己1881年在热那亚的场景。