在遵义会议上，毛泽东重返中央领导层，但当时他的领袖地位并不十分稳固，至少中央名义上的一把手还是张闻天。尤其是王明回国后，更是不断向他和中央发起挑战，以至于毛泽东说他是孤立的、命令出不了窑洞。在这种情况下，他怎么可能在全党范围内发动一场整风运动呢？但恰恰在这个时候，历史选择了毛泽东，为他提供了发动整风的条件，那就是他在与王明斗争的过程中获得了最终胜利，这主要包括两个回合。
（一）1938年9月的六届六中全会
六届六中全会是中国共产党历史上一次非常重要的会议。毛泽东在七大上就曾把六届六中全会与遵义会议相提并论，并称为党的历史上“两个重要关键的会议”，甚至强调“六中全会是决定中国之命运的”。他为什么会这么突出六中全会呢？这是因为正是在六中全会上，他获得了与王明交锋的第一个胜利。
1938年9月14日至27日，中共中央召开政治局会议。这次会议是为召开六届六中全会做准备的。会议第一天，刚从莫斯科回来的王稼祥传达了共产国际总书记季米特洛夫的口信，其中最重要的内容就是承认毛泽东是中共领袖。季米特洛夫让王稼祥转告全党：“在领导机关中要在毛泽东为首的领导下解决，领导机关中要有亲密团结的空气。”在当时，王稼祥转达季米特洛夫的这些话无疑是对毛泽东的最大支持，从根本上剥夺了王明以共产国际钦差大臣自居、不断向毛泽东和中央挑战的资本。李维汉晚年曾回忆：“季米特洛夫的话在会上起了很大作用，从此以后，我们党就进一步明确了毛泽东的领导地位，解决了党的统一领导问题。”毛泽东也说：“六中全会的很好的条件就是王稼祥带回了共产国际的指示。”
9月29日至11月6日，中共中央召开六届六中全会。毛泽东代表中央作了《论新阶段》的政治报告，并作了会议结论，全面总结了抗战以来党的政治路线，着重讲了统一战线中的独立自主问题、战争和战略问题，同时针对“一切经过统一战线”的口号提出了严厉的批评。他说：“如果是要求国民党‘一切’都要‘经过’我们同意，是做不到的，滑稽的。如果想把我们所要做的‘一切’均事先取得国民党同意，那末，它不同意怎么办？国民党的方针是限制我们发展，我们提出这个口号，只是自己把自己的手脚束缚起来，是完全不应该的。”会议最后通过了《中共扩大的六中全会政治决议案》，批准了以毛泽东为代表的正确的政治路线，克服了王明右倾错误对党的工作的干扰。毛泽东也由此取得与王明交锋第一个回合的胜利。
（二）1941年9月的政治局扩大会议
1938年王稼祥带回了季米特洛夫的口信，拥护毛泽东当中共领袖，但季米特洛夫同时又强调中共要着重于抗战中的实际问题，不应花太多时间去争论过去十年内战中的问题。关于总结十年经验，共产国际认为要特别慎重。所以，六届六中全会只是确立了毛泽东的领袖地位，并没有解决思想路线问题。对于这个结果，毛泽东是不大满意的，他认为必须从根本上解决思想路线问题，否则像王明这样的教条主义者还有可能卷土重来。只是因为共产国际刚刚有过这么一条指示，所以他也不得不暂时忍耐下来，但一直都在等待时机。
时隔三年，1941年6月，苏德战争爆发，苏联开始卫国战争，已经顾不上中共内部事务了。这一年9月，中共中央召开政治局扩大会议，大家围绕土地革命战争后期的“左”倾错误和抗战初期的右倾错误展开了热烈讨论。毛泽东首先严厉批评了长期以来在党内占统治地位的主观主义思想路线。他说：“过去我们的党很长时期为主观主义所统治，立三路线和苏维埃运动后期的‘左’倾机会主义都是主观主义。苏维埃运动后期的主观主义表现更严重，它的形态更完备，统治时间更长久，结果更悲惨”，“过去的路线在遵义会议后，在政治上、军事上、组织上都不能起作用了，但在思想上主观主义的遗毒仍然存在”。他还指出：六中全会打击了主观主义，但仍没有引起一般的注意。主观主义已不占统治的地位，但还相当地存在着。
毛泽东做完报告后，张闻天和博古这两个临时中央的负责人紧接着发言表态，对自己曾犯的错误作了诚恳和深刻的自我批评。张闻天说：我是最主要的负责者之一，应当承认错误，特别在宣传错误政策上我应负更多的责任。过去国际把我们一批没有做过实际工作的干部，提到中央机关来，这给党的事业带来了很大损失。过去没有做过实际工作，现在还要补课。博古也说：一九三二年至一九三五年的错误，我是主要负责的一人。当时我们完全没有实际经验，……又搬运了一些苏联社会主义建设的教条和西欧党的经验到中国来。过去许多党的决议是照抄国际的。他还表示：现在我有勇气公开研究自己过去的错误，希望在大家帮助下逐渐克服。
在这次会上，王明也作了发言，但他更多是推卸责任，为自己辩解。他强调自己长期不在国内，所以跟苏区的错误没有关系，而博古则应该是这些错误最主要的负责者。他还在发言中谈论了到会的与未到会的、担任中央领导的和未担任中央领导的、活着的和去世的约20人的这样那样的“错误”，唯独没有说自己有什么政治性错误。鉴于王明没有深刻地认识到自己的错误，毛泽东、王稼祥、任弼时一起多次找他交谈，希望他能够转变态度认识错误。但王明却利用季米特洛夫刚发来的一封质询中共如何考虑改善国共关系的电报，转而批评中央和毛泽东的方针政策太“左”了，过于强调独立自主，吓着了蒋介石。他认为我们与蒋的关系应是大同小异，以国民党为主，我党跟从之；党的黄金时代是抗战之初的武汉时期，1937年12月会议前和1938年10月六届六中全会以后这两头的政策皆是错误的。他建议中央发表声明，不实行新民主主义，与蒋介石设法妥协，并表示决心与毛泽东争论到底，要到共产国际去打官司。王明这种拒绝承认错误的态度遭到与会者的一致批评。王稼祥、任弼时分别在会上向大家介绍了季米特洛夫对王明的负面评价。毛泽东接着批评说：王明在武汉时期有许多错误，我们等待他许久，最近我和他谈过几次，但还没有谈通。他认为我们过去的方针是错误的，太“左”了。恰好相反，我们认为他的观点太右了，对大资产阶级让步太多了，只是让步是弄不好的。
因为王明在争论中提出了如何看待目前时局这一严重的原则问题，毛泽东提议停止讨论苏维埃后期的错误问题，集中讨论抗战以来中央的政治路线。他希望王明把他的意见在政治局会议上加以说明。但王明却突然称病不再出席政治局会议，使会议未能举行。至此，王明的最后一击被彻底粉碎，毛泽东也获得与王明斗争的最终胜利，为他开展整风运动奠定了基础。所以，这次1941年9月政治局扩大会议非常关键，毛泽东后来就曾说：“九月会议是关键，否则我是不敢到党校去作报告的”，那样，“整风也整不成”。
三、毛泽东是怎样领导延安整风的？
在充分酝酿和准备的基础上，延安整风于1942年正式在全党范围内拉开了帷幕，整个运动大体可划分为三个阶段。
（一）思想动员阶段（1942年2月至4月）
1942年2月1日、8日，毛泽东先后在中央党校的开学典礼以及中宣部和中央出版局联合召开的宣传工作会议上，作了《整顿学风党风文风》（1953年收入《毛泽东选集》时改名为《整顿党的作风》）、《反对党八股》的报告，全面系统地提出了反对主观主义以整顿学风、反对宗派主义以整顿党风、反对党八股以整顿文风的任务，同时阐明整风的宗旨和方针是“惩前毖后，治病救人”。这两个报告实际上是发动全党整风的动员报告。以这两个报告为标志，延安整风在全党范围内正式开展起来。各单位均传达了毛泽东的报告，并制订了学习计划和检查工作计划，普遍和充分地向党员、干部作了思想动员。
（二）整顿三风阶段（1942年4月至1943年10月）
1942年4月3日，中宣部发出《关于在延安讨论中央决定及毛泽东同志整顿三风报告的决定》（简称“四·三决定”）。6月8日，中宣部又发出《关于在全党进行整顿三风学习运动指示》。这两份指示进一步对整风运动的目的、要求、方法和步骤作出明确的规定，从此开始了以整顿三风为中心内容的全党整风。同时中共中央成立由毛泽东担任主任的总学习委员会，领导全党的整风运动。中央直属机关、军委直属系统、陕甘宁边区系统、文委系统和中央党校都相继建立了分区学习委员会。在学习委员会的领导下，延安的中央机关和陕甘宁边区政府等各单位近万名干部参加整风学习。华北、华中各抗日根据地的党组织和在国民党统治区的中共中央南方局，也先后开展整风学习。
1942年4月至8月初，重点是反对主观主义以整顿学风，这是延安整风的中心内容。党内的主观主义表现为两种形态：教条主义和经验主义。多年来，党的工作主要是受到教条主义的危害。因此，毛泽东着重指出，决不能把马克思主义的理论当作死的教条，那些“言必称希腊”，只知背诵马克思主义书本上的个别结论和个别原理，而不能根据马克思主义理论来研究中国的历史实际和革命实际，不能从理论上来思考中国革命实践的人，是不能妄称为马克思主义理论家的。他还进一步提出，只有从客观实际中概括出来而又在客观实际中得到证明的理论，才称得上是真正的理论；而犯教条主义错误的同志把马克思主义书本上的个别词句看成是包医百病的灵丹妙药，结果就阻碍了理论的发展，害了自己，也害了革命。在批评教条主义错误的同时，毛泽东还强调，从事实际工作的同志，虽然有很可宝贵的经验，但如果把局部经验误认为普遍真理，那也很危险；这种经验主义是难以把革命事业做好的，而且很容易为教条主义所俘虏。所以，为了反对主观主义，就必须把马克思主义的普遍原理与中国革命的具体实际紧密结合起来，把马克思主义中国化。
1942年8月至12月中旬，重点是反对宗派主义以整顿党风。毛泽东认为，宗派主义是主观主义在组织关系上的一种表现，它妨碍了党内的统一和团结，也妨碍党团结全国人民的事业。宗派主义在党内关系上的表现，是只顾局部利益，不顾全体利益，背离党的民主集中制，以至向党闹独立性。闹这种独立性的人，实际上常常抱着个人第一主义，而把党放在第二位。同时我们在外来干部和本地干部、军队干部和地方干部、老干部和新干部的关系上，以及几部分军队之间、几个地方和几个工作部门之间的关系上，也要反对和防止宗派主义倾向。宗派主义在党外关系上的表现，是实行关门主义，对党外人士妄自尊大，看不起人家，藐视人家。这种倾向也是完全错误的。毛泽东强调，共产党员和党外人士相比，无论何时都占少数。共产党员应团结党外一切愿意和我们合作和可能同我们合作的人，只有同他们合作的义务，而绝无排斥他们的权利。
1942年12月中旬到1943年3月中旬，重点是反对党八股以整顿文风。毛泽东指出，党八股是主观主义和宗派主义的宣传工具和表现形式，那些教条主义者不论作报告、写文章、发指示，总是空话连篇、言之无物、装腔作势、借以吓人、无的放矢、不看对象，这“不但不便于表现革命精神，而且非常容易使革命精神窒息”。因此，必须反对党八股，才能使主观主义和宗派主义无藏身之地，实事求是的、生动活泼的创造精神才能发扬，马克思主义才能得到广泛的传播和发展。
1943年3月中旬至10月，是审干运动阶段，各单位都开展了审查干部的运动。在此阶段，延安整风出现了一些偏差，即审干运动扩大化。3月16日，毛泽东在政治局会议上明确提出：整风既要整小资产阶级思想，同时也要整反革命；过去我们招兵、招生、招党，招了很多人，难于识别；抗战以来，国民党对我党实行特务政策，在社会部和中央党校都发现了许多特务，现在我们要学会识别特务与贤才。3月20日，康生向中央汇报说：抗战以来，国民党普遍实行奸细政策，最近从审查干部中才发现这一政策的阴谋。他提出在1943年的工作中，要把审干工作当作重要的一项。根据康生的这一汇报，***当天即致电华中局陈毅、饶漱石，发出了《关于警惕国民党特务政策问题》的指示：“最近延安在整风及全面清查干部思想历史的过程中，发现大批国民党特务与日本特务，……今天国民党向我们斗争的主要方式是特务斗争。”此后，他又向华中局强调：“国民党的特务政策已经是非常精明、非常广泛使用的政策，是国民党目前反对我们的主要斗争方式。大后方的党几乎全部被国民党破坏，并还有成千的特务与自首分子派进各根据地来。如果我们不能现在学会反对国民党特务及日本特务的全部艺术，我们一定失败无疑。我们要把反特务斗争看成和军事、政治、经济斗争一样的重要。”
1943年4月3日，中共中央发出《关于继续开展整风运动的决定》（即第二个“四三决定”），指出：“自抗日民族统一战线成立与我党大量发展党员以来，日寇与国民党大规模地施行其特务政策，我党各地党政军民学机关中，已被他们打入了一大批的内奸分子，其方法非常巧妙，其数量至足惊人。”因此，中央决定从1943年4月到1944年4月，继续开展整风运动，“整风的主要斗争目标，是纠正干部中的非无产阶级思想（封建阶级思想，资产阶级思想，小资产阶级思想）与肃清党内暗藏的反革命分子。前一种是革命队伍中无产阶级思想与非无产阶级思想的斗争，后一种是革命与反革命的斗争”。由此，整风运动转入全党性的审查干部、清理队伍阶段，“不仅要审查干部的思想，又要审查干部的历史和政治面目，发现和清洗隐藏的奸细，这是整风的一个主要目标”。为加强领导，中央于4月28日成立反内奸斗争专门委员会，***为主任，康生、彭真、高岗为副主任，日常工作由康生负责。遵照中央这一部署，审干工作在延安全面展开，并迅速发展成为大规模的审干运动。