历史地看来，在当时党的队伍迅速扩大、国民党加紧特务活动的情况下，开展审干是必要的。但是，在审干过程中对敌情作了过分的估计，一个时期，似乎“特务如麻，到处皆有”，把一些干部思想上工作上的缺点和错误，或者历史上未交代清楚的问题，都轻易怀疑成政治问题甚至反革命问题，并采用“逼、供、信”的错误方法，这就出现了严重偏差。特别是在1943年7月15日，总学习委员会副主任、中央社会部部长康生在延安中直机关干部大会上作深入进行审干的动员报告，提出开展“抢救失足者运动”以后，混淆敌我界限的错误进一步扩大，造成了大批冤、假、错案。在短短十几天中，延安就挖出所谓特嫌分子1400多人，在干部和群众中产生了恶劣的影响，使审干工作大大偏离了正确的轨道。
在此之前，中央曾经发现审干工作存在“左”的错误，已通过制定工作条例和讲明正确路线试图予以纠正。在发现错误仍在扩大时，毛泽东在7月30日再次强调了防奸工作的正确路线，并明确指示停止“抢救失足者运动”。8月15日，中共中央通过《关于审查干部的决定》，重申审查干部的九条方针，纠正反特扩大化和逼、供、信错误，指出：“只有少捉不杀，或少捉少杀，才可保证最后不犯错误”，“如果是冤枉的或被弄错的，必须予以平反，逮捕的宣布无罪释放，未逮捕的宣布最后结论，恢复其名誉”。10月9日，毛泽东又指示要坚持“一个不杀，大部不抓”的原则。经过许多努力，才使抢救运动中的错误得到制止。后来中共中央于1944年春领导有关部门开始对错案进行甄别平反，并对受到冤屈的人员赔礼道歉。毛泽东也一再主动承担责任，并进行自我批评。他曾多次向中央党校的学员道歉说：在审干运动中，“整个延安犯了许多错误，谁负责？我负责，因为发号施令是我。别的地方搞错了，谁负责？也是我负责，因为发号施令的也是我。……党校也搞错了一些同志，如果在座的有这样的同志，我赔一个不是。”
我们站在今天来看，审干运动之所以犯了扩大化错误，从原来整风的和风细雨变成了后来抢救的暴风骤雨。这一方面是因为过分夸大了敌情而引起的，但更深入一层来看，审干运动扩大化或许还有另一方面的原因，那就是这种采用大规模的群众运动方式本身就是不妥当的，容易造成过激行为，而且容易失控。在所谓“高度的群众运动”“发扬群众的火力”等思想支配下，审干运动将召开大规模的轰轰烈烈的群众斗争大会作为一种主要手段，试图通过群众斗争去发现暗藏的敌人，结果在一次又一次的群众斗争大会上，“所谓依靠群众的力量，事实上成了依靠群众的喉咙，依靠群众的拳头，依靠群众声势汹汹的态度，依靠群众来做打气加油的拉拉队！……这种完全沉浸在群众狂热情绪下面的斗争大会，相反的结果只是使得大家的头脑愈来愈偏激反常，视线愈来愈模糊混乱，事态也愈来愈扩大化”。后来中央也承认：“任何地方只要群众反奸运动坦白运动开展起来，逼供信的‘左’的毛病，就会随之而来。”何况，“坦白运动中的群众压力，是一种极严重的神经战，在某种意义上对某些人来讲，甚至比任何刑法还厉害。在群众威力下，即使不打不骂不逼不斗，都可能使青年人在沉重的神经刺激下，自己戴上帽子”。这里面的一些教训是值得我们今天深刻吸取的。
（三）总结历史经验阶段（1943年10月至1945年4月）
1943年10月，中共中央决定高级干部进一步研究和讨论党的历史问题，延安整风由此转入第三阶段。这一阶段整风的主要任务是在全党整顿三风的基础上，对党的历史经验，特别是党的历史上几次大的路线错误进行全面、系统的总结并作出结论。
从遵义会议到六届六中全会，党批判并纠正了王明在土地革命战争后期的“左”倾错误和抗战初期的右倾错误。但是，由于没有来得及在全党范围内对党的历史经验进行系统总结，特别是没有从思想路线的高度对产生历次“左”倾和右倾错误的根源进行深刻的总结，所以全党在指导思想上仍然存在一些分歧。这种分歧在一定时期内，在局部地区和某些方面继续给革命事业带来损失。在这种情况下，毛泽东认为有必要组织党的高级领导干部对党的历史经验和路线问题进行认真学习讨论。他在中央学习组专门作了《如何研究中共党史》的报告，明确提出：“如果不把党的历史搞清楚，不把党在历史上所走的道路搞清楚，便不能把事情办得更好。这当然不是说要把历史上每一件事统统搞清楚了才可以办事，而是要把党的路线政策和历史发展搞清楚。这对研究今天的路线政策，加强党内教育，推进各方面的工作，都是必要的。我们要研究哪些是过去的成功和胜利，哪些是失败，前车之覆，后车之鉴。这个工作我们过去没有做过，现在正在开始做。”
这一阶段，党的高级领导干部围绕《六大以来》《六大以前》《两条路线》等党史文件汇编，展开了热烈的学习和讨论，同时还先后召开了多次座谈会，如湘鄂赣边区、湘赣边区、鄂豫皖边区、闽粤边区、赣东北地区、闽西地区、潮梅地区党史座谈会，以及红七军、红五军团历史座谈会、华北座谈会等。毛泽东也作了《学习和时局》的报告，针对同志们存在的一些疑惑提出了自己的看法。他指出：“这次处理历史问题，不应着重于一些个别人的责任方面，而应着重于当时环境的分析，当时错误的内容，当时错误的社会根源、历史根源和思想根源，实行惩前毖后，治病救人的方针，借以达到既要弄清思想又要团结同志这样两个目的。对于人的处理问题取慎重态度，既不含糊敷衍，又不损害同志，这是我们的党兴旺发达的标志之一。”毛泽东的这个讲话，为正确分析党的历史问题指明了方向。
通过这些学习和讨论，广大干部普遍提高了马克思主义理论水平，端正了思想方法和政治路线，并且从亲身经历中深刻总结了经验教训，更好地认识党史上的重大路线是非问题，从而使党在政治上、思想上、组织上达到了空前的团结和统一，为夺取抗日战争的彻底胜利和中国革命在全国的胜利奠定了坚实基础。在充分讨论和反复修改的基础上，1945年4月20日，党的六届七中全会通过了《关于若干历史问题的决议》。《决议》系统总结了党在各个历史时期的经验教训，对党史上的若干重大问题作出结论，高度评价了毛泽东对马克思主义中国化的杰出贡献。至此，延安整风运动胜利结束。
四、延安整风的深远影响
延安整风历时三年，取得了很大的成就，对后来的历史发展尤其是马克思主义中国化的进程产生了积极深远的影响。以下拟从几个方面对整风前后的不同状况来做一番比较。
（一）破除了对共产国际指示的迷信，推动了马克思主义中国化的进程。
延安整风前，教条主义在党内有着深厚的思想基础，许多人把苏共经验和共产国际指示奉为金科玉律予以照搬照抄，甚至不惜牺牲自己的民族利益。当然，这种情况的出现是有历史原因的。特别是在革命初期，中国共产党没有经验，只有苏联一个榜样，而且党的经费几乎都是靠共产国际提供的，自然也就不得不受制于人。当时，共产国际不仅在经费上援助中共，而且它的有些指示也是对的，比如关于建立抗日民族统一战线的指示以及季米特洛夫对毛泽东的支持，所以也不能完全否定共产国际。毛泽东后来就总结说：“共产国际对中国革命总的来说是功大过小，犹如玉皇大帝经常下雨，偶尔不下雨还是功大过小。没有共产国际的成立和帮助，中国无产阶级的政党是不能有今天的。”
但是不可否认，共产国际对中国共产党的帮助在很大程度上是与苏联的对华政策联系在一起的，取决于苏联能从中获得多少利益。另外它的很多指示也是不正确的，是不符合中国国情的，甚至单纯从苏联利益出发，而不考虑中共的利益。这就导致中国共产党在相当长一个时期不是犯“左”的错误，就是犯右的错误。例如在1929年的“中东路事件”中，苏联从自身利益出发，要求中共提出“武装保卫苏联”的口号。而从当时全国的舆论来看，中共提出这个“左”倾口号是非常不明智的，把自己搞得很被动。又如抗战初期，斯大林出于对苏联安全的考虑，希望中国拖住日本，使日本腾不出手来进攻苏联。他同时又认为，中国共产党的力量太弱小，只有蒋介石才有实力拖住日本，所以要求中共一再忍让，不要得罪蒋介石，以免对苏联造成不利的影响。这实际上也就是王明在抗战初期所犯右倾错误的国际背景。显而易见，这一系列“左”和右的错误，从根本上说都是源于苏联和共产国际的瞎指挥。
对于这种情况，毛泽东很早就有所警醒。他在1930年写的《反对本本主义》一文中就告诫全党：“中国革命斗争的胜利要靠中国同志了解中国情况。”但他当时地位还不高，人微言轻，所以他的这种认识并没有成为全党的共识。到了1938年六届六中全会，这时他已经成为党实际上的领袖，于是他立即不失时机地提出了“马克思主义中国化”的任务。他说：“离开中国特点来谈马克思主义，只是抽象的空洞的马克思主义。因此，马克思主义的中国化，使之在其每一表现中带着中国的特性，即是说，按照中国的特点去应用它，成为全党亟待了解并亟须解决的问题。”这是毛泽东也是中国共产党第一次明确提出了马克思主义中国化。但因为当时全党还没有经过整风，仍然笼罩在迷信共产国际的氛围中，所以毛泽东的这些话并没有引起大家的重视，甚至还有人反对。王明就说：“不要怕说教条，教条就教条，……如果一学就怕教条，一条也记不住，哪里谈得到运用？把理论运用于实际是对的，但是先有了理论才能运用，一条也没有哪儿去运用？”很明显，他不赞同毛泽东的观点。他还对毛泽东说：“把马克思主义中国化的口号是错误的。这样提出问题，本身就是非马克思主义的。民族的马克思主义是没有而且也不可能有的。”这些情况都说明在延安整风前，虽然毛泽东提出了“马克思主义中国化”，但是在党内遇到了很大阻力。