会议最重要的是作出了“工业要退够”的决定。《中共中央关于当前工业问题的指示》提出：为了系统地解决当前工业发展中存在的严重问题，逐步协调工业内部各行业之间、工业和农业之间、城市与农村之间的关系，所有的工业部门，在今后七年里，都必须毫不动摇地贯彻执行调整、巩固、充实、提高的方针。在今后三年内，必须以调整为中心。中共中央在文件中提醒各级党委：“我们已经丧失了一年多的时机。现在，再不能犹豫了，必须当机立断，该退就坚决退下来，切实地进行调整工作。如果不下这个决心，仍然坚持那些不切实际的指标，既不能上，又不愿下，那么，我们的工业以至整个国民经济就会陷入更被动、更严重的局面。”
按照“坚决后退”和“必须退够”的要求，1961年10月16日，中共中央批转了国家计委党组《关于第二个五年计划后两年补充计划（控制数字）的报告》，对年初所确定的当年计划指标作了重大调整：基本建设投资由167亿元降到78亿元，钢指标由1900万吨降到850万吨，原煤指标由4.36亿吨降到2.74亿吨，棉纱指标由450万件降到250万件，粮食指标由4100亿斤降到2700亿斤。《报告》还提出1962年的基本建设投资暂定为42.3亿元，钢产量为750万吨，煤产量为2.5亿吨，粮食产量2900亿斤。从这时起，1958年“大跃进”以来畸形发展起来的重工业，开始了真正意义上的后退即调整。
大幅度精减职工和城镇人口，是国民经济调整的另一项重大措施。据国家统计局公布的数字，1958年底，全国职工人数比1957年底增加了40%，即增加了990万，职工总数达到了4400万人。新增的职工中，从社会上招收的约650万人，其中来自农村的410多万人，合作商店店员和手工业合作社社员转为国营企业职工的250万人，军队转业55万人，毕业学生就业38万人。在1959年上半年的纠“左”过程中，对过度膨胀的职工队伍作了有限度的精减，但在庐山会议后的第二轮“大跃进”中，职工队伍再度膨胀，城镇人口也大幅度增加。1957年全国职工共计3101万人，1960年达到5969万人，1958年至1960年三年共计增加2868万人；1957年全国城镇人口总计为9949万人，1960年达到13073万人，1958年至1960年共计增加城镇人口3124万人。在新增加的2800多万职工中，来自农村的有近2000万人。
由于城镇人口的大量增加，需要相应地增加商品粮的供应。当时，粮食供应十分紧张。1960年以后，交通沿线的国家粮食库存越挖越空。1960年6月上旬，北京市的粮食库存只够7天销量；天津市的库存只够10天的销量；上海已经基本没有大米库存，只能靠外贸部门的出口大米过日子；辽宁十几个城市只能销八九天。1960年9月底全国82个大中城市的库存粮食，比上年同期减少了近一半，还不到正常库存的三分之一。
要解决城镇居民的口粮供应问题，仅仅依靠粮食调动不可能从根本上解决问题，当时唯一可行的，就是将部分城镇居民精减回到农村。1961年5月21日至6月12日，中共中央在北京举行工作会议，作出了大幅度精减城镇人口的重大决策。会上，周恩来作了关于粮食问题和压缩城市人口的报告。报告指出：1961年农业形势虽有好转，但粮食形势还是继续紧张，库存已经减到最低限度。他从产、购、销、调、存几个方面，对全国粮食情况作了分析后认为，从现在的情况看，农业生产不可能很快恢复，每年要供应城市500亿斤粮食是困难的。解决粮食问题的根本办法，就是从城市压缩人口下乡。如何压？最重要的方针，就是人从哪里来，回到哪里去。
陈云非常赞同周恩来的意见，在发言中对动员城市人口下乡的重要意义作了进一步的说明。陈云强调，现在问题的实质，就是城市人口如果不下乡，就只好再挖农民的口粮。虽然有了紧急指示信“十二条”和“农业六十条”，但是，如果粮食的征购任务不减少，这些政策就起不到应有的作用。因为农民最后还是要看国家征购多少粮食。如果征购还是那么高，农民还是吃不饱，那么，他们的积极性仍然不会高。“所以，面前摆着两条路要我们选择：一个是继续挖农民的口粮；一个是城市人口下乡。两条路必须选一条，没有什么别的路可走。我认为只能走压缩城市人口这条路。”
陈云的讲话，使与会者对粮食问题的严重性和动员城市人口下乡的必要性，有了更明确的认识，也坚定了大量精减职工和城镇人口的决心。会议讨论了如何减少城镇人口和压缩城市粮食销量的具体措施，并在会议的最后一天通过了由周恩来起草的《中央工作会议关于减少城镇人口和压缩城镇粮食销量的九条办法》。这次中央工作会议还明确提出，要将1960年底1.29亿城镇人口的基数上，三年内减少城镇人口2000万以上，1961年内争取至少减1000万人，1962年至少800万人，1963年上半年扫尾。
从1961年1月至1963年6月，全国共精减职工1887万人，城镇人口共计减少了2600万人。周恩来当时说，下去这么多人，等于一个中等国家搬家，这是史无前例的。
从1961年到1963年10月底，全国非农业人口口粮和食品工业用粮销量共减少了138.4亿斤。1961年全国职工工资总额比1960年减少了19亿元，1962年又比上年减少了30亿元。1963年8月，国家给40%的全民所有制职工调整了工资，但工资总额比1962年还略有减少。
从1958年起，一连三年超越国家的承受能力，出口了大批的粮食。其中1958年进出口相抵，净出口65亿斤，比1957年猛增73.1%；1959年净出口94.8亿斤，比1958年又增加45.9%，相当于1957年的2.5倍。1960年在粮食收不抵支的情况下，仍净出口20亿斤。1960年因农业歉收征购量减少、城镇居民增加，伴随而来的是商品粮供应量增大而造成的粮食收支逆差，仅靠加强粮食调拨，降低口粮标准，搞“瓜菜代”，甚至精减城镇人口，都难以缓解粮食供应的紧张局面。1960年冬，粮食形势越来越严峻。为此，周恩来和陈云建议：下决心进口一批粮食以渡过难关。
1960年12月底，周恩来、陈云和外贸部部长叶季壮商量后，确定进口粮食数量为120万吨。随后，中共中央决定加大进口，数量增大到50亿斤。1961年3月，中共中央在广州召开的工作会议上，又决定进口100亿斤粮食。从1961年到1965年，我国共进口粮食547亿斤，年均109.4亿斤。同期共出口粮食127亿斤，进出口相抵，净进口粮食420亿斤，年净进口84亿斤。这些粮食的进口，对于推动国民经济调整工作的进行起了积极作用。
为配合经济工作的调整，还对文化工作的各个领域也进行了调整，中共中央批准了《关于自然科学研究机构当前工作的十四条意见（草案）》（简称科学十四条）、《教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》（简称高校六十条）、《关于当前文学艺术工作若干问题的意见（草案）》（即文艺十条，后来改为文艺八条）等条例。这几个文件实际上都是围绕这样两个问题：如何处理好党同知识分子的关系，科学与文艺工作中如何贯彻百花齐放、百家争鸣的方针。这些条例的颁布，使党与知识分子的紧张关系得到缓和。在1962年3月的广州会议上，周恩来、陈毅正式宣布为知识分子脱帽加冕，即脱资产阶级知识分子之帽，加劳动人民知识分子之冕。
1961年6月12日，毛泽东在中央工作会议上的讲话中认为，1959年的“反右倾”犯了扩大化的错误，不应该把反右倾斗争搞到群众中，提出要对几年来批判和处分错了的干部、党员甄别平反。根据他的指示精神，会议通过的《中共中央关于讨论和试行〈农村人民公社条例（修正草案）〉的指示》明确规定：“为着发扬民主，有必要对于最近几年来受过批判和处分的干部和党员，实事求是地加以甄别。”由此开展了由农村到各界的甄别平反工作。
1962年4月，中共中央发出《关于加速进行党员、干部甄别工作的通知》，指出：“当前甄别工作的重点，是县级以下的农村基层干部。凡是在拔白旗、反右倾、整风整社、民主革命补课运动中批判和处分完全错了和基本错了的党员、干部，应当采取简便的办法，认真地、迅速地加以甄别平反。”到1962年8月，全国有600多万干部、党员和群众得到平反。
由于采取这些果断措施，到1962年底，国民经济开始好转。这年粮食总产量达到3200亿斤，比上年增产250亿斤。1962年国家财政收支平衡，结余83亿元，结束了四年连续赤字的状况。城乡人民生活也开始略有上升，与1961年相比，全国人均粮食消费量增加12斤，猪肉增加1.6斤。经过全党和全国人民的艰苦奋斗，新中国终于战胜严重的经济困难，从“三年暂时困难”的阴影中走了出来。