引发“朱毛之争”的，其实并不在于是否设立临时军委，而是前委与军委之间的职权如何划分。其导火线就是刘安恭担任军委书记一职不久，就作了一项限制前委权力的决定：前委只讨论行动问题，不要管军事。曾经历过这场争论的萧克曾在《朱毛红军侧记》一书中回忆说：“问题就出在新组织的军委。刘安恭在军委会讨论工作时，对上级机关——前委作了条决议，‘前委只讨论行动问题’。对这条决定，许多人就觉得不合适，下级怎么能决定上级的权力范围呢？从而议论纷纷。”时任红四军政治部秘书长的江华也在其回忆文章中说：“他（指刘安恭，引者）刚由苏回国不久，不了解中国红军发展历史和斗争情况，就主张搬用苏联红军的一些做法，并在他主持的一次军委会议上作出决定：前委只讨论行动问题，不要管其他事。这个决定限制了前委的领导权，使前委无法开展工作。显而易见，这个决定是错误的，是不利于革命斗争的，自然引起许多同志的不满。这时，原来在井冈山时期即存在的关于红军建设问题又开始议论起来，一些不正确的非无产阶级思想也颇有表露。”
刘安恭主持的军委作出这样的决议，显然是违背中共中央精神的。当时中共中央在关于红四军工作的指示中说得很清楚，前委不仅领导所在红色区域的地方工作，而且是在前委之下组织军委，也就是说军委是前委的下级组织，现在作为下级的军委竟然对其上级前委作出限制性的决定，作为前委书记的毛泽东对此不满，也就是情理之中的事了。
问题在于刘安恭为书记的军委能作出这样一个决定，似乎并不完全是刘个人所为。他初来乍到，对于红四军可以说是人地两生，虽然有“钦差大臣”的身份，但这样一个决定的作出，至少说明军内负责的干部中，有部分人对此决定是赞成或者同情的。由此也可以看出，“朱毛之争”表面看是前委与军委之争，实际情形并不是这样简单。
对于这个问题，中共中央文献研究室编纂的《毛泽东传（1893—1949）》是这样论述的：“转战赣南闽西的过程中，红军的环境相当艰苦。部队中，包括领导层中，对有些问题的认识出现了分歧。这时，刚从苏联回国的刘安恭，由中共中央派到红四军工作，担任临时军委书记兼军政治部主任，对毛泽东从实际出发的一些正确主张任意指责。这就促发了红四军党内关于建军原则的一场争论。”
可见，这场争论所涉及的，并非只是前委与军委的职权划分问题，也并非刘安恭来后才发生的，只不过由于刘安恭任临时军委书记后加剧了这场争论而已。
1929年9月，陈毅给中共中央的报告中，曾提到这个问题。他说：“因四军是由各种自有其本身奋斗的历史部队而组成，混编的办法始终未执行，因此历史的残余尚保留在一般同志的脑中，武昌出发（毛部）南昌出发（朱部）的资格在军队中是有相当的尊重的，尤其军队的习惯，一班，一排，一连，一营，一团，生活各为一集团，农民的自私关系，自然要划分界而且非常清楚，因此小团体主义的色彩就很浓重，各团为各团争利益，如〔各〕营为各营争利益，各连为各连争利益，如枪弹人员之类则主张自己要多，如担任勤务则主张自己要少一点，尤其各连还有同乡关系，广东人，湖南人，北方老乡，他们总是情投意合，分外不同，遇有病痛，以这一类人为最能帮忙自己的。”当时红四军中下级干部有这种“小团体”主义，那么军中高级干部的情况如何，陈毅报告中没有提及，恐怕也很难说一点也没有。
还应该看到，红四军虽然是中国共产党领导的新型人民军队，但毕竟有相当部分是由原来的国民革命军脱胎而来。在国民革命军中，虽然也有党代表制，有政治工作人员，但党代表与政治工作人员在军队中的地位与作用，与红军是不可同日而语的。在某种程度上，红军中的党代表和政治工作人员的地位或许还要高出同级军官，这就难免使一些军官不习惯。陈毅在报告中同样提及这个问题。他说：“政治工作人员与军官常常发生纠纷，恍惚是国民革命军旧习一样。前委为根本解决这个问题，特考查政治工作人员与军官可以有四个方式：一个政治工作人员与军官平等（结发夫妻式），结果天天要吵嘴。二，把政治工作人员权力只限于政治训练，这样军官权力过大，政治人员会变成姨太太。三，照江西红军二四团的办法，军官须听命于政治工作人员，这样成了父子式了。四，军官与政治人员平等，由党内书记总其成，一切工作归支部，这样可以解决许多纠纷，划分职权，但这要许多人才了。”其实红四军内部发生这场争论，在一定程度上可以说是新型人民军队在初创时期难以完全避免的。
但是，刘安恭的到来加剧了这场争论，用《毛泽东传》所说的“促发”倒也贴切。刘的第一“促”，就是作出了前委不能讨论军事的决定，这就涉及前委与军委的关系问题，不难理解他的这一决定是针对毛泽东的。刘与毛泽东没有任何的历史关系，而刘与朱德可以说不但是同乡，而且是相识多年的旧友。革命当然没有地域之别，革命者也应当是以党的事业、革命大局为重，不能有旧时代的同乡关系，但革命毕竟是在中国进行的，中国旧有的习俗（如重乡谊之类），不可能在革命者身上一点也不产生影响。
虽然1929年春夏红四军内部的这场争论可以追溯到下井冈山之初，但刘安恭的到来及临时军委书记一职的设置，加剧了这种争论并且使之表面化，确也是事实。差不多在此一年前，即1928年6月，中共六大在莫斯科召开。由于交通问题，六大有关文件传送到红四军时，已是1929年1月了。接到六大通过的有关文件后，红四军前委自然要组织学习。六大通过的党章规定：“共产国际，中国共产党全国大会，中央委员会及其他上级机关的决议，都应当迅速而正确的执行。同时在未经决议以前，党内的一切争论问题可以自由讨论。”这样一来，“大多数人从关心党、爱护党的角度出发，发表自己的看法，展开争论。”一时间，军委书记究竟该不该设，成了红四军中的一个热门话题。
三、湖雷会议与白沙会议
1929年5月底，红四军前委在福建永定的湖雷召开会议。会上，就个人领导与党的领导，前委与军委的分权等问题发生了争论。一种意见是要求成立军委，理由是：“既名四军，就要有军委”，建立军委是完成党的组织系统；而前委“管得太多”“权力太集中”“代替了群众工作”，是“书记专政”，有家长制倾向。半个月后，毛泽东在给林彪的信中，曾是这样描述主张设立军委的意见的：“争论的焦点是在现在时代军党部要不要的问题，因为少数同志坚决地要军委，遂不得不攻击前委，于是涉及党的机关的本身问题，‘党太管多了’‘权太集中前委了’就是他们攻击的口号。在辩论中论到支部工作，便有人说出支部只管教育同志的话，这亦是由于党的管辖范围一问题生出来的，因为他们主张党所过问的范围是要限制的，便不得不主张支部工作也是要有限制的了。因为党的意志伸张，个人意志减缩，一切问题都要在各级党的会议席上议决之后，才许党员个人依照决议去执行工作，使得个人没有英雄式的自由，于是从要有相当自由要求出来的‘一支枪也要问过党吗?’‘马夫没有饭吃也要党去管吗?’这就成他们嘲笑党部精密细小工作的口号了。以上是他们在湖雷前委会议时发表的意见”。
另一种意见是不必再设军委，因为现在领导工作的重心在军队，军队指挥需要集中而敏捷，由前委直接领导更有利于作战，不必设置重叠的机构，并且批评要求设立军委的人是“分权主义”。至于毛泽东本人，对是否应设军委态度很明确，他认为，“少数同志们硬是要一个军委，骨子里是要一个党的指导机关拿在他们的手里”。在他看来，虽然主张设立军委的人提出的理由“是冠冕堂皇的，可惜完全是一种形式主义罢了”。那种“既名四军，就要有军委”，“完成组织系统应有军委”的说法，是完全形式主义的。“现在只有四千多人一个小部队，并没有多数的‘军’如中央之下有多数的省一样。行军时多的游击时代与驻军时多的边界割据时代又决然不同，军队指导需要集中而敏捷。少数同志们对这些实际的理由一点不顾及，只是形式地要于前委之下、纵委之上硬生生地插进一个军委，人也是这些人，事也是这些事，这是什么人都明白在实际上不需要的。”
毛泽东还认为，少数人为了成立新的指导机关——军委，便不得不搜出旧的理由，攻击旧的指导机关——前委以至支部，指责党代替了群众的组织、四军党内有家长制。其实他们的“这种攻击又全陷于形式主义”，因为“党的组织代替群众组织，自有四军党以来就是严禁的，就前委指导下的工农组织说来，未曾有党的支部代替过工农协会的事，就兵士组织上说，未曾有任何一连的连支部代替过连士兵委员会的事，这是四军中有眼睛的人都见到的。至于党部机关代替了群众机关或政权机关，如纵委代替了纵队士委、纵队司令部、纵队政治部，前委代替了军士委、军司令部、军政治部，亦是从来没有过”。
毛泽东的这些话，虽然不是他在湖雷会议上所讲，而是6月14日给林彪的信中写的，但基本反映了他对是否应当设立军委一事的态度。至于这场争论中另一个主要当事人朱德，在湖雷会议上对此持什么态度，相关文献中似乎没有留下什么记载。
湖雷会议并没有解决军委是否应该设立的问题，可以说是议而未决。因此，6月1日，毛泽东在湖雷给中共中央写了一份报告，汇报红四军在赣南、闽西的斗争状况，以及红四军、红五军、江西红军独立第二团和第四团的实力和党组织的概况。至于湖雷会议所发生的争论，信中只是简单地说：“党内现发生些毛病，正在改进中。”
这次会议后，红四军第二次攻占龙岩，并在这里建立了革命委员会，这是闽西继长汀、永定之后的第三个红色政权。6月7日，红四军攻克上杭的白沙。第二天，红四军前委在白沙再次召开会议，再度讨论军委问题。出席会议的人员较之湖雷会议有所扩大，达到41人。毛泽东在会上提出了一份书面意见，认为前委、军委分权，前委不好放手工作，但责任又要担负，陷于不生不死的状态；还说，“对于决议案没有服从的诚意，讨论时不切实际论争，决议后又要反对归咎于个人，因此，前委在组织上的指导原则根本发生问题”。毛泽东甚至表示，“我不能担任这不生不死的责任，请求马上调换书记，让我离开前委”。
会上，朱德就党以什么方式领导红四军的问题上发表意见，认为党应该经过无产阶级组织的各种机关（苏维埃）起核心作用去管理一切；表示极端拥护一切工作归支部的原则，并认为红四军在原则上坚持得不够，成为一切工作集中于前委，前委对外代替群众机关，对内代替各级党部；还认为党员在党内要严格执行纪律，自由要受到纪律的限制，只有赞成执行铁的纪律，方能培养全数党员对党的训练和信仰奋斗有所依归。
朱毛之间在要不要坚持党对红军的领导上没有分歧，所不同的是领导方式。“朱德更多地强调党支部的作用和一切工作归支部的原则，不赞成前委代表群众组织和各级党委的职权。这同毛泽东的主张有明显的差异”。
白沙会议以36票对5票通过决议，取消临时军委，刘安恭的临时军委书记自然被免除，随后改任第二纵队司令员，政治部主任一职由陈毅继任。毛泽东对于会议的这一结果是满意的，他在6月14日给林彪的信中这样说：“因为现在的四军的党是比第一、二时期都有显然的进步，各纵队的基础已是不能动摇，个人自私的欲望决定会被群众所拒绝，我们只要看四十一个人会议中三十六票对五票取消那少数同志们硬要成立军委的一件事，就可知道大多数人一定不会拥护他们的‘不利于团结，不利于革命’的主张了”。
事后看来，毛泽东对于白沙会议的估计过于乐观了。其实“争论的根本问题仍未解决，少数人还把党内分歧意见散布到一般指战员中去，情况日趋严重”。
这时，这场争论中的另一个重要人物出场了，这就是红四军第一纵队司令员林彪。6月7日，也就是白沙会议的当天，林彪给毛泽东写信，其中含沙射影地攻击朱德：“现在四军里实有少数同志的领袖欲望非常高涨，虚荣心极端发展。这些同志又比较在群众是有地位的。因此，他们利用各种封建形成一无形结合（派），专门吹牛皮地攻击别的同志。这种现象是破坏党的团结一切的，是不利于革命的，但是许多党员还不能看出这种错误现象起而纠正，并且被这些少数有领袖欲望的同志所蒙蔽的阴谋，（附）和这些少数有俯视欲望的同志的意见，这是一个可叹息的现象。”
林彪从南昌暴动起就是朱德的部下，跟随朱德一路转战到了井冈山，并从连长、营长升至团长（纵队司令员）。红四军成立之初，军下有师，但只过了个把月，就取消了师的编制，由军直辖团。部队下井冈山后，在寻乌的罗福嶂进行整顿，将团改为纵队，全军只有第一、第三两个纵队，林彪为第一纵队司令员。此时的林彪还只有22岁。
于是，林彪给毛泽东写信的动机，就成了史家不能不分析的话题。有著述说，林彪在信中表示不赞成毛泽东离开前委，并称希望他有决心纠正党内的错误思想，这当然是无可非议的。但信中也暴露了林彪写信的严重私心。“林的私心已经在此之前的6月上杭县白沙一次支队长以上干部会议上便公开暴露过。他在会上说：‘朱德在赣南行军途中，说我逃跑暴露了目标，给了我记过处分，这点我不在乎，就是这个月扣了我两块钱饷，弄得我没钱抽烟，逼得我好苦。’其实，林彪对朱德给他处分是很在乎的，他马上就给毛泽东写了一封攻击朱德的信，说朱德‘好讲大话’、‘放大炮’、‘拉拢下层’、‘游击习气’（指衣着破烂不整，说话高兴时喜欢提裤子）。现在，林彪认为出气的机会终于来了，于是，他又给毛泽东写这封信。”