亦有著述说，据经历过当年斗争的老同志分析，林彪对朱德的不满由来已久。有三件事使林彪对朱德耿耿于怀。一是1927年南昌起义失败后，朱德率起义军余部向湘南转移途中，林彪曾想脱离队伍开小差，但没有走出去又回来了，朱德为此严厉地批评了他；二是在井冈山时期，第二十八团团长王尔琢牺牲后，有人提议由时任第一营营长的林彪继任，但朱德鉴于林在湘南时的表现没有马上同意，后来林彪了解到这一情况后对朱记恨在心；三是下井冈山后部队在寻乌的项山遭敌人突袭时，第二十八团担任后卫，时任该团团长的林彪拉起队伍就走，致使毛泽东、朱德和军直属机关被抛在后面，情况十分紧急，朱德在战后严厉批评了林，并扣发了他当月的薪金，林彪对朱德更加不满。所以，林彪是借此次朱毛之间的争论，攻击朱德，以泄私愤。
四、毛泽东和朱德“各作一篇文章”
林彪究竟是出于何种动机给毛泽东写信暂且不论，但林彪的这种态度的确获得了毛泽东的好感。根据前委“各作一篇文章，表明他们自己的意见”的要求，毛泽东于6月14日在福建连城县的新泉给林彪写了回信，并送交前委。信中开始就说：“你的信给我很大的感动，因为你的勇敢的前进，我的勇气也起来了，我一定同你及一切谋有利于党的团结和革命的前进的同志们，向一切有害的思想、习惯、制度奋斗。”
毛泽东在信中说：“因为现在的争论问题，不是个人的和一时的问题，是整个四军党的和一年以来长期斗争的问题，不过从前因种种原因把它隐蔽了，到近日来才暴露出来。其实从前的隐蔽是错误了，现在的暴露才是对的，党内有争论问题发生是党的进步，不是退步。”由此可以看出，1929年春夏的朱毛之争，并不是刘安恭的到来才引发的，很大程度上是朱、毛两支革命军队会师后，在一系列的问题上存在不同认识积累所致。
自红四军成立以来，毛泽东任党代表兼前委书记，朱德任军长并兼一段时间的军委书记。红四军是由两支来自不同地区的革命武装合编而成，也正因为两支革命武装的会师，才有了著名的“朱毛红军”。两支来自不同地域、不同历史渊源、不同领导者的部队之所以能融合起来，能成为一个有机的整体，就在于两支部队都是共产党领导的革命武装，两军将士都把党的利益视为最高利益。同时也应看到，两支队伍毕竟来源不同，会合的时间不久，而且其成员或则来自于旧军队，或则来自刚刚放下农具参加革命的农民，难免受到旧思想、旧作风的影响。朱、毛之间在一些问题上（如党与军队、前委与军委的关系、军长与党代表的权责等）产生不同认识和不同看法也是很正常的。
在红四军的这场内部争论中，最核心的无疑是党与军队的关系问题。用毛泽东信中的话说：“个人领导与党的领导，这是四军党的主要问题。”之所以这个问题成为当时争论的核心，毛泽东在信中，其实对此已作了很透彻的分析。他说：“讨论这个问题，我们首先要记得的就是四军的大部分是从旧式军队脱胎出来的，而且是从失败环境中拖出来的。我们记起了这两点，就可以知道一切思想、习惯、制度何以这样地难改。”“红军既是从旧式军队变来的，便带来了一切旧思想、旧习惯、旧制度的拥护者和一些反对这种思想、习惯、制度的人作斗争，这是党的领导权在四军里至今还不能绝对建立起来的第一个原因。不但如此，四军的大部分是从失败环境之下拖出来的（这是1929年），结集又是失败之前的党的组织，既是非常薄弱，在失败中就是完全失了领导。那时候的得救，可以说十分原因中有九分是靠了个人的领导才得救的，因此造成了个人庞大的领导权。这是党的领导权在四军里不能绝对建立起来的第二个原因。”
毛泽东认为，那些坚持要设军委并为此攻击前委的人，“骨子里是要一个党的指导机关拿在他们的手里，以求伸张那久抑求伸的素志（即与历来指导路线不同的另一指导路线），然而表现出的理由仍然是冠冕堂皇的，可惜完全是一种形式主义罢了”。
至于红四军党内是否存在家长制的问题，毛泽东认为，“同样是一种形式主义的观察”。他首先解释了何谓家长制。他说，家长制是只有个人的命令，没有集体的讨论，只有上级委派，没有群众选举。用这个定义来衡量，就能很清楚的判断出红四军有无家长制。毛泽东接着说，四军党的集体的讨论，从支部到前委历来是如此的，各级党部会议，特别是前委纵委两级会议，不论是常委会、全体会，应到委员之外，差不多每次到的有非委员的负责同志参加，这个问题各纵队和前委的会议记录都是有案可查的。凡是涉及全军的重大问题，如井冈山之出发问题讨论，东固之分兵讨论，以及这一次的争论及分兵问题讨论等等，总是征求群众意见的。因此，不能说四军党内只有个人命令没有集体讨论。
在毛泽东看来，红四军党内事实上找不出什么家长制，但为何有少数人有这样的说法？“就是四军中有一种党部书记兼充红军党代表制度，一些同志分不清楚党代表与书记在职务上是两样东西，因为党代表与军官的权限历来没有弄清楚，时常发生争权问题，由是引起了头脑不清楚的人把党代表在那里工作看做是党的书记在那里工作了。”“要除去此弊，只有使党代表与书记分开，这是应该一面从内部找人，一面从外面多找人来才可以解决的”。
毛泽东进一步分析了红四军内部产生这样的纷争的思想根源，他在信中写道：“我们千万不要忘记红军的来源和它的成分，五月份统计，全军一三二四名党员中，工人三百一十一，农民六百二十六，小商人一百，学生一百九十二，其他九十五，工人与非工人的比例是百分之二十三对百分之七十七。讨论到个人思想时，不要忘记他的出身、教育和工作历史，这是共产主义者的研究态度。四军党内显然有一种建立于农民、游民、小资产阶级之上的不正确的思想，这种思想是不利于党的团结和革命的前途的，是有离开无产阶级革命立场的危险。我们必须和这种思想（主要的是思想问题，其余是小节）奋斗，去克服这种思想，以求红军彻底改造，凡有障碍腐旧思想之铲除和红军之改造的，必须毫不犹豫地反对之，这是同志们今后奋斗的目标。”
信的最后，毛泽东解释了他为何在白沙会议提出辞职的理由：
（一）对于与党内错误思想奋斗，两年以来已经既竭吾力了，现在我又把问题的内容提出以后，使多数同志们作不断的奋斗才能得到最后的胜利。
（二）我在四军的日子太久了，一种历史的地位发生出来的影响是很不好的，这是我要指出的中心理由。
（三）我个人身体太弱，智识太贫，所以我希望经过中央送到莫斯科去留学兼休息一个时期。在没有得到中央允许以前，由前委派我到地方做些事，使我能因改环境而得到相当的进步。
（四）四军的党已经有了比较坚固的基础了，我去之后，决然没有不好的影响。党的思想上的分化和斗争既已经起来了，决不因我去而不达到胜利的目的，所以你的信上的后面一段是过虑的。自然我的工作我只能提出意见，决定要在党部，我没有离开一天仍旧可以随大家作思想奋斗一天!
毛泽东给林彪写信的第二天，朱德也给林彪写了一封信，就红四军党的组织领导问题阐述了自己的看法，表示不同意“党管理一切”为最高原则，如果真要执行此口号，必然使党脱离群众，使党孤立，认为“党管理一切”的口号，违背了党的无产阶级专政的主张。朱德在信中说，党的组织的最高原则，此前已印发的中共六大关于组织问题的决议案中已有明确的规定，我们不能有丝毫的修改。“至于我个人如稍有不合原则的，即可以铁的组织纪律拒绝。”
朱德认为，在党对于军事机关的核心作用的密切关系问题上，军事行政的路线是受党的政策指导的，他的行政路线是自理责任的，党员在此机关内起核心作用时，亦是党给予的行政责任，绝非机械式在去执行。朱德说，我们反对此口号，是因为拥护共产党的组织最高原则，恐被人曲解。一切工作归支部，此原则我是极端拥护的。党的新生命，就在此原则的实行，巩固党的基础，要打破家长制及包办制。一切实际工作集中于前委，前委开联委开了数日，各级党部坐等命令到来，以便遵照办理，这样何尝有工作归支部呢？
朱德还说，此次的辩论，不但对党没有损失，并且使党有很大的进步，必定会培养多数党员的精神来。及支部基础建立起来，各级党部的职权实行起来，党的群众机关，行政路线正确起来，收效必大。各个同志积极的斗争，使党内一切不正确的一切的错误，都要全部清除，努力建设新生命的党。要克服困难，只有各同志大家担负起来，迅速建造党的新的基础。为此问题，请大家站在党的立场上去讨论。
毛泽东和朱德给林彪的信，都公开登载在这年6月中旬前委编印的油印刊物《前委通讯》第三期上，实际上也使朱毛之争在军内公开化。这时，因在白沙会议上被免除军委书记和政治部主任职务的刘安恭，不仅继续坚持设立军委的主张，并且说红四军的党分成两派，一派是朱德为首，“是拥护中央指示的”；一派以毛泽东为首，“是自创原则，不服从中央指示”。刘进而提出，要通过建立“完全选举制及党内负责同志轮流更换来解决纠纷”，也就是要采取轮流坐庄的办法，实际不赞成毛泽东继续担任前委书记。这样一来，红四军内部的争论非但未能停止，反而呈愈演愈烈之势。萧克回忆说：“在这种情况下，各纵队、支队党委讨论得更热闹了，甚至连朱毛去留问题都提出来了。四军驻新泉的七八天，连以上尤其是支队、纵队干部天天开会，老是争论这么几个问题：党应不应管理一切?是管理一切、领导一切还是指导一切?等等。当时，领导上号召大家发表意见，放手争论。但得不出结果，大家觉得该由上边领导人来管了，多数干部希望停止争论。”
正当红四军内部就党与军队的关系问题争论不休之际，蒋介石却没有放松对红军和革命根据地的进攻。6月16日，他命令江西、福建、广东三省的国民党军务必于半个月内分途集结于闽西边境，做好“会剿”红四军的准备，国民党参加“会剿”的兵力达13个团又2个营，约2万余人。因此，大敌当前，必须尽快解决内部的争论问题。6月中旬，红四军前委召开了一次扩大会议，决定由陈毅代理前委书记，于近期内主持召开中共红四军第七次代表大会。为使陈毅集中精力筹备这次会议，又决定陈毅担任的红四军政治部主任一职，由李任予继任。所以，毛泽东的前委书记一职，实际在中共红四军七大前就已经离职。不过，他此时仍是红四军的党代表。
五、中共红四军七大毛泽东落选
6月19日，红四军第三次攻占龙岩城。6月20日，毛泽东就中共红四军七大如何召开问题向前委提出建议：通过总结过去斗争经验的办法达到统一认识，解决红军建设中存在的主要问题，以进一步提高红军的政治素质和战斗力，担负起发展农村革命根据地的斗争任务。但是，前委并没有采纳毛泽东的这个意见。
6月22日，中共红四军第七次代表大会在龙岩城的公民小学召开。大会由陈毅作报告，参加会议的有支队以上干部和士兵代表共四五十人。会上，毛泽东、朱德都发表了讲话。至于毛泽东和朱德讲了些什么，陈毅在1971年林彪事件后曾回忆说，朱德在发言中承认自己过去有些看法存在片面性，表示欢迎大家对他提出批评。毛泽东在发言中强调，现在还要根据我们历来的实际斗争经验，加强政治工作，加强党对红军的领导，军队应该严格地在党的领导之下，军队要做群众工作，要打仗，要筹款，要讲三大纪律八项注意。至于会上对他的批评，他现在不说，如果对他有好处，他会考虑的，不正确的，将来自然会证明是不正确的。
另外，参加了会议的第四纵队司令员傅柏翠后来也回忆说：“当我到会场时，在主席台上坐有三五个人，朱军长正在发言，还在答辩那些问题，说得很多。大家说不要再讲了。他还在讲，并说让我说完吧。毛主席也发了言，他讲话简明扼要，胸怀宽阔，我记得毛主席说，有问题以后还可以争论，也可以写文章，现在不需要作出答辩则非留待以后由历史来证明，不同意见可以保留吧。”陈与傅的回忆虽然有所出入，但大致意思还是相同的。
陈毅是这次会议的主角，他自上井冈山以来，实际上红四军中的第三号人物，对朱毛的性格应当是比较了解的，而且也了解朱毛之争的内情。现在红四军的两位主要领导人在一些问题的认识上产生了分歧，客观形势将他推上了前台，需要他当这场争论的仲裁人。陈毅的看法是，毛泽东的思想领导是正确的，但不太民主；朱德对红军有建树，但重用刘安恭是不对的。
因为此前中共中央的“二月来信”曾提出朱毛离开红四军的问题，此次朱毛两人间又发生了争论，而且毛泽东不止一次地提出要辞去前委书记的职务，会议专门讨论了两人的去留问题，提出这个问题将由中共中央决定，在中央未派人到军中工作前，他俩可以继续工作。会议还讨论了前委的组成人选问题，决定以前由中央指定的前委委员毛泽东、朱德不变动，仍为委员。按照中共中央的指示，红四军所到之处的地方党部派一名主要负责人为委员。其余的委员名额，由军直属队推行出陈毅，第一、第二、第三、第四纵队各推选纵队负责人林彪、刘安恭、伍中豪、傅柏翠，上述五单位又各推选出一名士兵代表。在正式选举中，这十三个人选全部当选。接着举行前委书记的选举，结果陈毅当选，而原本是中共中央指定任前委书记的毛泽东却落选了。
对于毛泽东落选、陈毅当选的原因，萧克的解释是：“当时在四军上下比较有威信的是毛、朱、陈。朱毛因对一些问题认识不一致，大家认为他们两人都有不对的地方，陈毅受命筹备‘七大’并主持召开会议。因为自四军成立以来，陈毅同朱毛一样也曾担任过军委书记、前委书记，尽管我们也觉得毛陈两人相比，毛应居先，但陈亦是好领导人之一。所以通过民主选举，陈毅担任了前委书记。但决议还强调了一点，要把决定呈报中央批准，没有批准之前，先开展工作。”