为了防止徐阶卷土重来，高拱忙于再次“整顿吏治”调整官员。隆庆初年，谭纶出任蓟辽总督，他本是台州知府，长期在东南沿海任职，有丰富的反击倭寇的经验。像他这样通晓战争的文官，在明代官僚体制中，是非常少见的。在吸取徐阶的教训的同时，张居正看着更有谋略、更有手腕的高拱还朝，再次出任首辅重任，而自己也抛去了被皇帝怀疑为专权的后顾之忧，在高拱的授权下，执掌了边防大权。如今，他以文官的身份为武将请命，要求练兵和作战摆脱地方官的牵制，减少地方官干涉军务的权力，这是对一百五十多年来以文制武传统的挑战。地方巡抚刘应节、巡关御史孙代等都激烈反对，但都不是张居正的对手。他的退去不仅成就了朱元璋的统治，也为蒙古保存了实力，使得蒙古并没有像党项人那样落得个国亡族灭的悲惨下场。在首辅徐阶的支持下，张居正为谭纶争得独立的指挥权，开创了有明一代提高地方将领权力和社会地位的先例。至此，明军才觉得蒙古部落再也没有东山再起的可能了，就此罢兵。
为了加强边防的实力，张居正又调用谭纶的老搭档抗倭名将戚继光总理蓟州、昌平、保定三镇的练兵事务，各路总兵统由其统辖，这在军队是一个创举。戚继光被任命为总理，这就在三镇总兵以外，又增设一职，与原有体制不合，加上戚继光是南方军人，以水战见长，一般舆论认为水军不习陆战，纷纷加以抵制，这一职务被总兵们认为是“缀疣”。遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。但种种议论都不能动摇张居正调用戚继光的决心。在他看来，这是“弊在人心不一，论议烦多，将令不行，士气难作”，断然以特旨的名义任命戚继光为蓟州镇总理练兵事务兼镇守，这既保留了戚继光总理练兵事务的头衔和节制三镇总兵的大权，又让他拥有了直接管辖蓟州军务的权力。都司之下，在重要地区的府（含直辖州）、县（州）置卫或设所。张居正还把工作做到细处。为了平息舆论，他请出素有威望的凌云翼说服众将领。
在这样的军制牵制下，任何一个都督府及其中的任何一个都督，连率领本部军兵的权力也是没有的。正是因为张居正的决心和斡旋，才使得戚继光在北方再展雄风。张居正力排众议，打破常规地任用谭纶与戚继光，从此改变了明王朝以文制武的传统军制。这种体制虽然在王朝初期起到了防范军权旁落，巩固政权稳定的作用，但同时使得军队效率低下，反应迟钝，不能迅速调动。
在军事方面，明朝一改元朝的军事制度，创立了独具特色的卫所制：皇帝独揽军事大权，在全国各个军事要地设立卫所，我们没必要强求古人。，给养仰赖屯田。
为了激励将领兵士的积极性，张居正大刀阔斧地改变赏不当功，罪不当罚的积弊，重奖有军功的将士。宣府总兵马芳在隆庆元年（1567年），转战宣大、威宁、黑山，战功卓著，获得荫子千户及银币的赏赐；陕西延绥总兵赵苛曾经防御失利，后戴罪立功，在塞外大战中杀敌三百余人，夺马一百多匹，官升至大同总兵，荫子正千户。他们答应高拱，利用他们在皇帝身边一个叫李芳的太监给高拱说说好话，让他重新返回北京。这超常的奖励，遭到文官的抵制，连兵部都不敢做主。一心想马上投入整顿荒废的政务的高拱在回家隐居两年后再次入京，而张居正也以促成高拱再次入阁的功臣自居。张居正愤怒地指出，不给予重赏，谁肯冒死犯难？他执意破格奖赏。
重赏重罚是张居正军事思想的重要组成部分，他主张有功于国家的，即使千金重赏、通侯之印，概不吝予；无功于国家的，一个笑脸、一条破裤子也不轻予。
由于各种原因，蒙古各部却长期与明朝为敌，不断骚扰边境。新兴的明王朝依仗强盛的国力，以攻为守，多次击败来犯者，巩固了边防。同时，面对明军的强大攻势，蒙古遗部意见一时难以统一，出现了内讧，最终分裂为鞑靼、瓦剌和兀良哈三部。然而，时过八十余年，从宣德以后，朝政败坏，边防废弛，逐渐强大的瓦剌威胁到明朝边境的安全，正统十四年（1449年），英宗御驾亲征，在土木堡被虏，京师告急，举国震惊，幸得兵部左侍郎于谦成功地组织了反击，才转危为安，但却充分暴露了明朝政治的腐败和军事的脆弱。
军事改革，为武将争来独立权
元末各地农民起义此起彼伏，明朝的缔造者朱元璋乘机崛起，以勤王的名义攻打各路义军，最终重新稳定了局面。一代名将李成梁是行伍出身，按明制不能担任镇守一方的大将，是张居正论功行赏，破格提拔，使他成为镇守辽东的主将。在这种思想的主导下，隆庆年间，奖励有功将士的记载史不绝书，大大激励了有为之士，效命疆场，创建军功。
朱元璋统一全国建立大明朝后，采纳刘基的建议，立军卫法，在全国建立卫所，控扼要害。
没过多久，在张居正和另外几个内阁成员的一致建议下，皇帝果然下诏重新请高拱入阁，而且是做首辅。这种制度在维护明朝君主专制主义中央集权的统治中发挥了巨大的作用。虽然高拱对此并不买账，但他对张居正的做事为人是极其欣赏的。但到后来，随着朝政的衰颓，法令不行，权臣当政，皇帝很难直接统领军队。这使得明朝的军队受文臣牵制较大，反应迟钝，效率低下。高拱只好任命他信任的张居正全权负责处理边防事务。
通过一系列务实的任命，张居正在形式上依然尊崇大明王朝旧制，但本质上已经改变了过去错综复杂的兵权牵制的制度。他把练兵、用兵的大权通过设立新官职的方式，重新统一到一个将领手中，加强了机动性，有效地抵御了蒙古余部的侵扰。在地方，设都指挥使司（简称都司），置指挥使，为地方统兵长官。
筑城固边以防为主
然而，严重的边患，已不容他坐观国势的衰颓。土木堡事件以来，军事积弊愈加深重，要想“一起而振之”，必须从源头上加以改变。另外，吕光又说希望他做了首辅后，能给徐阶的儿子留条活路。明代从成祖以来实行以文官统率武官的政策，主管军事的统帅都是进士出身，边防将领对部下没有独立的指挥权和调配权。指挥和实战的脱节，严重地压抑了将领的积极性。
面对颓废的朝政以及不断吃紧的边防，还有两次京城被攻陷的教训，张居正及时出手，改变了明朝以往的军事战略，从以攻为守变成以守为主。这使得明朝朝廷在短时间内很快扭转了京城多次被攻陷的危险局势，但也为以后其他边疆政权再次发起反抗提供了战略主动性。因为明王朝还规定：兵部有出兵之令而无统兵之权，五军都督府有统军之权而无出兵之令。
明朝前两任皇帝朱元璋和朱棣都擅长武略，一个横扫各地义军最终重新稳定天下，建立了大明王朝；另一个穷追不舍迁都北京，以前线为京城，一种时刻准备战斗的姿态，有把自身放置在每时每刻都是最危险的时候的勇气。不管是朱元璋设立的卫所，还是朱棣及以后的皇帝设立的九边，都体现了一股豪气逼人，勇于应战的主动形势，这个时期明朝的军事策略基本上是以攻为守。正好这个邵大侠和吕光曾经都是白莲教的成员，互相认识，走到一起一合计，觉得应该去找高拱。采取这种策略的根本原因在于朱元璋及其后继者对明朝代替元朝的认识，他们一致认为这一事件只是改朝换代，而并非驱除异族侵略。与此同时边防吃紧，倭寇刚被戚继光肃清，北部蒙古遗部又进犯边境。所以，在他们的战略中，这一事件是中国内政。由此大明王朝的版图不仅包括被他们占领的区域，而且包括更广范围的在蒙古余部及其他边疆政权手中的领土。就这样，在元朝灭亡后蒙古残部退到塞外，但后来明军穷追不舍，一直杀到贝加尔湖，著名的开国大将常遇春就战死在冰天雪地的西伯利亚，成了继苏武之后又一个葬身北国的传奇人物。
从此以后，明朝的边患日益严重。中央设大都督府，统领和牵制各个卫所。嘉靖初年，鞑靼部首领俺答汗占领河套，坐镇一方，聚集力量，发兵南侵，人称“套贼”。但征讨、镇戍、训练等与实际用兵有关的事情，则听命于兵部。从嘉靖二十一年（1542年）到二十二年（1543年），连连侵犯大同、太原、平阳等38个州县，杀戮百姓多达20余万人，掳掠牛、马、羊、猪200万头，明朝军队反击不力，从此年年为患。首辅夏言任用曾铣总督陕西军务，奋起反抗，并取得初步的胜利。这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制。河套自被俺答占领后成为南侵的重要据点，曾铣主张收复河套，并得到夏言的积极支持，但由于内阁意见不一，迟迟不能行动，结果在这期间俺答骚扰不断，一度到达居庸关，京师告危。严嵩以此为由，诬陷夏言、曾铣轻举妄动收复河套，招致俺答的报复，并将他们处死，造成千古奇冤。一般卫由卫指挥使率领，辖5个千户所，共5600人；千户所由千户率领，辖10个百户所，共1120人；百户所由百户带领，辖两个总旗，共112人；总旗辖5个小旗，共50人；小旗10人。嘉靖二十九年（1550年），俺答又到顺义、通州掠夺，再逼京师，总兵仇鸾竟斩杀老百姓的首级以冒功请赏。如此黑白颠倒，忠奸不分，更助长了俺答的气焰，防务的虚弱已成为明王朝的心腹之患。张居正的上祖张少保就是一个千户长，也算个中级军官吧。张居正为此痛心疾首地指出：“声容盛而武备衰，议论多而成功少，宋之所以不竞也。不图今日复见此事。有军事行动时，兵部奏请委派某一都督府某一都督率兵出战，而分调其他各都司、卫、所的兵丁归其指挥。”强调文臣牵制武将的明朝制度与宋朝如出一辙，带来的结果也使得大明王朝可能会重蹈南宋的亡国之祸。此时，高瞻远瞩的张居正已经看到，出自内阁的对立和矛盾，已成为政治败坏、边防衰弱的主要原因。这就大大地削弱了明朝对蒙古遗部和东南倭寇的军事威慑力，使得对方有机可乘，更加肆无忌惮。为此，他坚决远离内阁中的权力之争，专心于处理边防事务。但由于其他事务繁忙，还没来得及处理，那些人还关在大牢里。
起初，他们以攻为守的姿态就是对收复所有中国领土怀有必胜的信心的体现。但是，后来由于社会日益稳定，文臣当政，大量的南方士子因为曾被元朝定为南人的历史记忆，对蒙古问题的看法始终是以外族入侵对待。洪武二十六年（1393年），进行了重新调整，确定了全国的都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。这种认识渐渐地浸染了朱棣之后的一些明朝皇帝，使他们安于现状，甘愿做一个汉人王朝复兴者的角色，从而放弃了他们的先祖制定的战略。
进攻北方，在朱元璋和朱棣的眼中是继续收复失地的正常举措，但在后来的皇帝那里就觉得有点侵占他族领土的顾虑。徐阶一上台就马上把这些方士抓了起来，准备正法。于是，渐渐在战略上放弃了以攻为守的策略。这时，再以北京做首都就显得很危险了。最后，一纸书信让元朝最后一位皇帝退位。朱棣之所以迁都这里，是为了体现他收复所有失地，一统天下的决心。但后来者已经没有这个决心了，却还要以这里为首都。兵额最多时达270余万人。这就使得保护北京的战事有了稳定战略后方和保护前线阵地的双重使命。一心想复出的高拱满口答应，吕光也把高拱愿意复出的事情告诉了张居正。
明朝末期，也就是张居正时代，国家面临的内忧外患比较严重，南有倭寇的不断侵袭，北有蒙古遗部的不断骚扰。张居正在大明历史上的地位依然是无可厚非的，另外还有一个叫邵方的侠客，他的几个方士朋友曾经给嘉靖皇帝炼丹，这些丹药不仅使皇帝沉迷于道教，而且送了他的命。振兴朝政最迫切的当属加强军备，抵抗外辱。在高拱做了内阁首辅之后，把处理军务和边防的大权给了张居正。他们的伙伴邵大侠四处走访，希望能拉点关系保他们一命。张居正利用自己的权力，很快做出了相应的改革，提拔在抗击倭寇中成长起来的一代名将戚继光，让他主持北方边防，取得积极效果。为了提高办事效率，让武将不再过多受到文臣的牵制，张居正对大明王朝的军事制度也做了适时的改革。希望高拱回到内阁后，在皇帝那里吹吹风，把他们的兄弟放出来留条生路。
而与此同时，不管是蒙古各部还是刚刚兴起的后金，他们认为占领北京只是入主中原统一天下的一个必然过程。对与明朝朝廷的战事，他们的理解和朝廷的理解有出入。战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所。朝廷认为他们是入侵，而他们觉得自己只是在推翻现有统治而已。在这样的形势下，蒙古及后金攻占北京是必然的选择，而大明王朝却在北京已经失去了早先战略目的之后依然坚守，这就使得北京的攻防战事更加错综复杂。洪武十三年（1380年）改为五军（即中、左、右、前、后军）都督府，为最高军事机关，掌管全国卫所军籍。
张居正就是在这个关键时刻，彻底改变了明朝的军事防御战略，从初期的以攻为守转为以守为主。这不仅预示了大明王朝对重新收复天下的决心的丧失，也使得它成了一个以汉族政权自居的区域政权，这就使得以后清军入关，再次挑起收复天下的大旗时，明朝朝廷在中华大地的接受度远不如清朝那么广泛，最终使得清将它取代。军事行动结束，将帅即归回原都督府，兵丁归回原工所建制。这样一来，这一次战略转移对明朝的覆灭起了推波助澜的作用。但这是历史后来演进的结果，我们是拿着这个结果逆推的，怎么说都很合理，但古人是迫于自己的职责和眼前的任务而做出具体决定的。
作为一个军籍出生的士子，张居正对其中的弊端早就有深刻的体会。他决定从实际需求出发在体制上不作变动，但在事实上改变这种状况。由此开始了进入仕途以后的第一次实务操作，为以后的变法积累了经验，也聚集了人脉。首先，从伸张将权启动他的军事改革。这样做，既满足了应急需求，也避免了因为改革祖制而遭到的阻力。这位皇帝很识时务地退到漠北去了，史称元顺帝。
自己的恩师徐阶把严嵩赶下台，又把高拱逼退后，自己却被贬下台仍然无法到达权力的中心。作为一个有谋略的能臣宰辅，军丁世代相继