明初，为抵御蒙古残部的南侵，从鸭绿江到嘉峪关建立了绵延万里的军事防御线，实行以攻为守的战略，很有成效。明中叶后，由于朝政腐败，边防废弛，这一战略事实上已告终结。对来犯者，明军疲于应付，一朝失利，惊惶失措。皇帝好大喜功，有一点小小的胜利就摸不着高低，马上要穷追不舍，没多久便被对方转败为胜，又灰溜溜地不知所措。是战是防、是守是攻，没有一个明确的战略指向。面对强虏，明军多次失利，防守无力又不敢更改祖训，政治上的腐败与傲慢，事实上的无能与虚弱，致使明朝在国防上处于非常被动的地位。张居正对此有正确的分析，提出“外示羁縻，内修战守”的方针，这是以防御为主，争取主动的正确战略，由此实现了真正的战略转移。
在这样的情况下，以前用来作为进攻的桥头堡的九边重镇就从战略前线转变成了防御的边疆。而在这种强化防守的大方针下，显得最为重要、最为紧迫的当属离北京最近的几个重镇了。而在离北京较近的几个重镇中，又以蓟门最为突出。它是北京的北大门，要想牢牢地守住蓟门，就必须由辽东、宣府、蓟州三州统一行动加强协调，形成坚固的防线，并借助山势有力地阻击北边敌人的进攻。
为此，戚继光提出建筑敌台的动议，也就是修复长城。其实，大多数明长城正是这个时候建造的。这项工程由于花费太大，遭到许多人的反对，但却得到张居正的鼎力支持。他认为这是设险阻、守要塞的最佳策略，立即予以批复。他还写信给谭纶，一再表明建筑敌台，设防固守，实行以防御为主的战略主张。经过两年多的施工，从山海关西到镇边（今昌平）的两千里防线上，修筑敌台一千余座，敌台下驻军屯田，遇有敌情，以烽火为号，群起抗击。同时，又对原有的长城进行整修，加高、加厚城墙，沿线植树设险。西自嘉峪关，东至山海关，绵延万里，有效地阻止了蒙古旧部的南下。但最终，清军就是通过这条森严而又充满艰难险阻的防线突然进入北京的。面对如此遗憾的历史结果，只能说张居正是一个务实的行政高手，但却并不是一个高明的战略家。
出身军人世家的张居正，深知强兵之道在于训练。鉴于军队的组织紊乱，军纪松懈，他大力支持戚继光展开整军练兵活动，将蓟镇防区分设十二路，根据蓟州的地理环境与作战的特点，建置车营七座，并配以骑兵、步兵进行混合训练，以积累不同兵种协同作战的经验。
但是，张居正作为一个南方大臣又要使用南方的将领，好多北方的士兵有些不满，不好好训练。为了鼓舞士气，激励北方士兵，张居正又派遣杭嘉参将胡守仁调来三千浙江士兵到蓟镇进行示范。这些浙江士兵刚到蓟门，才排好队准备训练，恰好下起了倾盆大雨，他们从早到晚，任凭风吹雨打，“植立不动”，“北军见之大惊失色，无不折服”，北方的士兵这才信服了，开始遵守军纪严格训练。隆庆二年（1568年），明军与蒙古朵颐部初次交手，大败酋长董狐狸，一时军威大振。
与此同时，张居正又在京城整顿军营，训练士兵，纠正骄惰之风。为了进一步鼓足全军士气，张居正准备策动皇帝举行一次大阅兵。要说动懒惰成性的皇帝举行阅兵典礼已属不易，却又遭到南京刑科给事中骆问礼的激烈反对，认为练兵不是当今的急务，不必惊动圣驾，这使得阅兵一事几乎搁浅。张居正并不气馁，再次上疏陈述，认为如今举国上下军备懈怠，如果皇帝不亲自出面，不足以激励将士，扬我军威。经过反复力争，终于得到皇帝的同意，于隆庆三年（1569年）在京师北郊举行了军事大演习，规模之壮阔，军容之威武，为历年所未有的盛况，有力地激励了士气、鼓舞了民心。
凭借敌台天险和提高战斗力的训练，明军在北方边境建立了一条坚固的防线。这是自明中叶以后，百年来中国人孜孜以求的盛事，在隆庆年间初步得到实现。而这一切无不归功于主持这项事务的张居正，没有他勇于力排众议，举荐任用在抗倭战斗中成长起来的戚继光等著名武将，并根据具体形势的转变及时改变战略重心，将明朝以攻为守的战略策略转变为以守为主的举措，这些都是不可能的，明朝也就可能会更早地走完其历程。
策反鞑靼实现封贡通市
中国自古中央与边疆的博弈中都少不了传奇女人的参与，或是亲自参战，或是和亲，或是其他。在张居正主政边防事务时，就出现了因为一个女子的纷争而引起的一次处理边疆危机的机会。张居正充分地利用了这次机会，做足了文章，既削弱了鞑靼的实力使得他们祖孙相斗，又惩治了汉奸，还实现了封贡互市，改善了蒙汉关系，为明朝及清朝的长期稳定创造了长久的稳定条件。
隆庆四年（1570年），与明朝长期为敌的鞑靼发生内乱。原因是老首领俺答汗抢走了自己的孙子把汉那吉喜欢的女人三娘子，这个“王孙”一气之下带人投奔到他们的敌对方大明朝廷。把汉那吉是俺答汗的继承人，俺答汗要求大明朝廷赶快把人送回来。
不过，古代通信交通都不发达，这件事情的发生以及它最终产生影响经历了两三年的时间。当时，因为自己的祖父抢去了自己看上的一个女子，这个叫把汉那吉的“王孙”一气之下带着十几个人渡过了黄河，跑到明朝管辖的大同，声称要找大同巡抚方逢时。方逢时不敢私做主张，马上又禀报自己的上司宣大总督王崇古。
王崇古是明朝有名的守边将领之一。起初，他是以治理东南沿海倭寇侵犯而逐渐成名，受到朝廷的重视。当时，倭寇是沿海地区的主要祸患。王崇古在常镇任兵备副使时，曾在夏港把倭寇打得大败。当倭寇逃走时，他率兵一直追至靖江，将其歼灭。以后，他又同俞大猷多次出海，袭击倭寇，立下战功，晋升为陕西按察使河南右布政使。
嘉靖四十三年（1564年），王崇古任右佥都御史，巡抚宁夏。他喜欢兵法，而且注重研究地形，到宁夏后，对边塞的各险要地势，大多作过调查。平时，他身先士卒，督修战守工事，做好边地防务工作。他还注意侦察敌情，瓦解敌人。一遇有利时机就率领士兵主动出击，袭扰敌人的巢穴。由于王崇古采取了这些措施，敌人多次入侵其他地域，而“宁夏独完”。因镇守宁夏有功，王崇古晋升为左副都御史。
当时，河套一带为吉能所占，这吉能是东蒙古遗部东部部落鞑靼部落首领吉囊之子。吉囊去世后，他和弟弟俺答共同主政鞑靼部落，一东一西，俺答的领地从河套一直到辽东。为了获得足够的日常用品，也为了壮大各自的力量，争得统治蒙古各部的主导权，他们不断通过河套地区向内地袭扰。总督陈其学既无兵略之才，又无指挥之能，屡战屡败，将士折损严重。为了解除吉能对陕西、宁夏、甘肃的威胁，扭转不利局面，朝廷提拔王崇古为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督陕西、延宁、甘肃军务。王崇古一到任，采取一系列措施，重新作了部署安排。他把权力下放，要求抚臣用军法指挥战争，并绘成地图，拟定作战方案，分别交给赵岢、雷龙诸将。由于加强了防范，准备充分，加上指挥得力，边境局势逐渐好转。着力免袭扰河东一带时，他指挥大将雷龙偷偷出兵兴武，去袭击着力免的营寨，杀死和俘虏很多敌人。当吉能又一次犯边时，他迅速指挥边防部队前去阻击，并移营于白城子，同时令雷龙由花马池、长城关出兵，去进行攻击，结果大胜而返。
后来，吉能去世，俺答乘机接管了他的领地，成为整个鞑靼部落的最高首领，并且称汗。而他的儿子又早就去世了，在他的后辈中只有一个孤儿孙子把汉那吉，他把这个孙子过继给吉能的儿子做养子。他的夫人特别喜爱这个孙子，不愿让他去西边和自己的养父母一起生活。而俺答正好想找个借口削弱自己侄子的影响力，就让把汉那吉的养父母东迁，来到河套地区。这样一举两得，既满足了夫人的要求，又防止了侄子的东山再起。