因为河套地区灌溉便利土地肥沃，更加利于农耕，俺答做了鞑靼首领后，一改以往蒙古遗部的措施，他不再游移不定，而是把大本营扎在这块土地上。他仿照汉人的方式修筑宫殿，设立朝廷，招纳汉人做辅佐之臣，其中以赵全、邱富两人比较知名，也为大明朝廷深恶痛绝，将他们列为汉奸。同时，他还找大多数在内地失去土地的汉人进入河套耕种，虽然他们被称作“板升”（是蒙古语音译，意为有房子的人），但被与蒙古人一样同等对待。于是，在内地因为土地兼并等原因大量贫困潦倒的汉人都跑到河套地区归附俺答了。
王崇古升任三边总督后，对这件事情进行了深入的调查，并提出了一些应对方案。他发给士兵银钱，让他们收买一些边民，为自己充当探子，并不断改善边境地区的政策，减轻了课税，以此来吸引更多的“板升”重新返回内地。另一方面，加大“贸易制裁”，不允许私自向河套地区贩运日常用品，使得这些“板升”不得不回到内地在大同等地采购生活必需品。随着来往的渐渐加强，一些叛逃的汉人发现内地的政策有所改变，生活在这边更好一点，于是又纷纷再叛俺答，回到明朝境内，王崇古的策反政策初见成效。但对于逐渐壮大的俺答势力，依然无法下手，不敢冒进，从来没有主动出击过，这也是对朝廷以守为主的战略政策的执行。
但谁也没想到，他们祖孙二人会因为一个女子反目成仇。如何处理把汉那吉的归附这一事件，直接关系到明朝与当时蒙古族中最强大的鞑靼部的关系。而此时俺答汗已调兵“分道入犯，索把汉（把汉那吉）甚急”。边关战火一触即发。王崇古与方逢时联名上书，他们认为，应接受把汉归附，“宜给之宅舍，授之职衔，易其服用，以悦其心”。
但在王崇古的上书到达皇帝的同时，张居正的一个指示意见也到了王崇古的手中。这让他很是奇怪，这件事情他还没有禀报朝廷，远在北京的张居正怎么就已经提出了解决方案呢？这就与张居正的尽职尽责有关，他虽然身在北京，但时刻关注着边疆的动态。一有什么新动向，他马上就能知悉。
张居正的意见也是让他们赶紧善待把汉那吉，他可是奇货可居啊。先扣着他，看看新动向。如果俺答执意要赎回把汉那吉，那我们就要求他拿赵全、邱富等人进行交换。如果俺答置之不理，那我们就给他这个孙子册封一个新号，让他们祖孙二人在内斗中互相消耗。
这些设想的提出，说明张居正处事的精细和谨慎。他提醒王崇古对于各种可能性都要有所准备，以防患于未然。待情况稍有明朗，俺答决定以赵全换回把汉那吉，张居正又及时做出判断，认为这是难得的机遇，一个周密的谋划已经成竹在胸。但一些大臣因为13年前的桃松寨事件，怕上当受骗，不再相信俺答交换人质的诺言。桃松寨事件发生在嘉靖三十六年（1557年），俺答之子辛爱的小妾桃松寨因与人通奸事发，为逃避惩罚，投降了明朝。辛爱得知后，佯装以赵全、邱富交换，骗取总督杨顺放回桃松寨，桃松寨随即被辛爱所杀，汉奸也未交还明朝。把汉那吉的来降很容易使人联想到桃松寨事件，因担心再次上当受骗，官员们反对接纳把汉那吉。在俺答派出大兵压阵，强行索要把汉那吉之际，朝臣们更是惊恐不安。张居正当机立断，力排众议，认为这不同于桃松寨事件，不仅不必为之担心，反而是可以利用的大好时机。在给王崇古的信中，他做了详细、具体的布置。他认为，俺答兵临城下，索要其孙，这是对我方有利的事，我方可一面扼险守要，严阵以待；一面据理相告要求结盟，并让俺答杀掉赵全。张居正在给王崇古的信中按捺不住自己的兴奋，他说：“向者仆固谓：世必有非常之人，然后有非常之事；有非常之事，然后有非常之功。此所谓非常之事，非公孰能了之？”
在这封信中，张居正还提醒王崇古说，把汉那吉的出逃，是其谋士出的主意，此人很有智谋。可派人暗地与他联络，告诉他明军知道一切都是他的谋划，会记住他的功劳，请他促成结盟之事。如果有可能除掉俺答，我们即封把汉那吉为王，遣兵送归故地，从此可长享富贵。
与此同时，张居正又让王崇古借助自己手下收买的探子，给俺答送信，声明希望议和的态度。信中明白指出俺答的肘腋之患正是他的儿孙之乱，并以明朝的军事实力儆诫，又利用俺答祖孙的矛盾，策动把汉那吉的谋士倒戈。阳谋、阴谋双管齐下，这一切又以深明大义的姿态，娓娓道来，在委婉中洋溢着义正词严的气度。果然不出张居正所料，这一席有关俺答切身利害的陈述，终于打动俺答。王崇古又让把汉那吉穿上汉人最尊贵的红袍玉带，与俺答相见，以示明朝的诚意。俺答本以为把汉那吉已被诛杀，却得到这意外的惊喜，从而打开了和解的大门。赵全眼见蒙汉和解的大势已不可阻挡，不得不为自己留了一条后路，投书方逢时表示悔过，愿回归中土。这又岂能为明军所容？于是，方逢时将计就计，随即把这封信转交给俺答。俺答见这汉奸反复无常，又要背叛自己，大为震怒，立即把赵全捆缚，送归明朝。
这就使得一个很紧张的边疆危机，最终化干戈为玉帛，以议和收场。但张居正认为，议和还不能从根本上解决问题。因为随着时间的推移，就像明朝已经改变了最初的军事战略一样，蒙古各部也囿于眼前利益迫于生计，已经不再怀有重新入主中原的野心，这时的战乱抢掠主要是以争夺日用物资为主。而解决这个问题只有靠经济手段才能完成。因此，张居正决定趁热打铁，准备提出封贡通市。
在明朝国境线内外，分别居住的是农耕民族和游牧民族，草原生活的游动性和农业生活的稳定性，形成相互依存和对立的形势，两个民族之间时战时和，结下了数不清的恩怨。但是，北方的马匹、牛羊、狍皮等土特产深受汉人的欢迎，而南边的盐米、机布、瓷器等日用品又为蒙古族人所必需。在和平时期，这些物资大多由官办，以朝贡和优赏的名义，互通有无。除了官办以外，在民间也有自发的交易，即使在战争期间，沿边的走私也难以切断，蒙汉和议（后称隆庆和议）必将带来互市的要求和交易的兴旺。所以，张居正认为，战争的平息只是“制虏安边”的开始，发展贸易才是谋求和平之道。张居正授意王崇古出面，提出“封贡通市”的上疏。
然而，要求实现封贡通市的主张也遭遇到不同意见的阻挠，巡按御史甚至弹劾方逢时通敌，议论汹汹。张居正痛斥这些飞短流长，与首辅高拱积极策划，终于说动皇帝，促成封贡通市的和议。隆庆五年（1571年），参照明成祖加封蒙古和宁、太平、贤义三王的成例，隆庆帝下诏封俺答为顺义王，赏赐大红蟒袍一套，其兄弟和儿子都得到相应的官职，受封的鞑靼头领共有六十多人，遍及各个部落，凡是接受赐封的都表示臣服明朝。双方又约定岁贡的马匹数量和交换的物品，定时定点进行贸易，从此揭开了蒙汉睦邻友好的新篇章。
相互敌对的势力达成和议后，往往还存有戒心，重要的是，能否以信义取信于对方。张居正在得知互市因故有可能延期后，立即予以制止，敦促如期开市。他认为既然结盟友好，凡事就当待之以诚信，并强调在不同时期、不同形势下，施以不同的对策，保证了和议的顺利实施。
在这过程中，张居正赞同王崇古的做法，极力支持他妥善解决这个事件，力排众议，使得王崇古的主张得以实现。后来，王崇古又在《确议封贡事宜疏》中全面提出赐封、通贡、互市的主张，还提出了对俺答汗等蒙古族各部首领封赐爵位、官职的具体办法：俺答汗可“赐以王号，颁给镀金印信”。隆庆五年（1571年）三月，明王朝册封俺答汗为顺义王，从此边关战火平息，“南来烟酒糖布茶，北来牛羊骆驼马”，“民老死不识兵革”。王崇古还规定交易日期，在开市期间，“令各支虏酋各差一的当首领，统夷兵三百驻扎边外。各镇各令本路副参等官，各统本支精锐官军五百驻扎市场”，以维持秩序，保护互市的正常进行。
明进士郑洛曾赋诗赞曰：“一尊酒尽乾坤大，万里风清气色开。”清代魏源认为，从隆庆和议之后，“不独明塞息五十年之烽熔，且为本朝汗二百年之太平”。
就这样，张居正在明朝最重要的边疆问题上，从战略改变到用人以及出谋划策等一系列举动，初次体现了他的治世才能，把他的全才优势充分地展现出来。这不仅得到了皇帝的认可，而且也被所有的同僚所称赞，更增强了他在朝野上下的威望，为他进一步接近权力中心，彻底掌权开展大规模的改革铺就了坚实的道路。即使没有以后的万历新政，就凭在边疆事务中的出色表现，张居正也不愧于一代名臣的称呼，仍然会是留名青史的人物。