按田主实有的田数核算田赋，这个设想得到实现。史书记载说，当时丈量后全国的田数有700多万顷，比明中叶弘治年间统计的400万顷，多出300多万顷，在北京、河南、山东等畿辅之地，勋贵集中的地方，清出51余万顷之多。这个数字未必准确，施行中也有新的弊病，有的地方官为迎合朝廷，以多报为政绩，为求田多，把计算工具“弓”的长度改小，甚至将街衡、河道等公共用地都作为纳粮的田地上报，出现一股浮夸风。但是，这个弊病比遏制兼并和克服赋役不均的成效来说，还属于次要的问题。清查的结果，是严厉打击了权贵大地主，迫使他们守法，不敢轻易兼并土地，瞒产逃税，里甲乡邻免受贴累之苦，小农户也不至再有虚粮。在福建地区清查后的田数还略有减少，免除这部分不实的浮粮，减轻了农民的负担。国家不用加赋即能增加收入，扭转财政亏损，确实做到了公私两利。对此，明人有诸多议论，这在明代的笔记中屡有记载。有的说减少了税额：“太仓田旧额每亩三斗三升，今止二斗九升。”有的说：“田政既清，他政自举。”也有非议或不同意见相互斧正的，当初有人责怪张居正对清丈土地操之过急，也有人为其辩解说：“何尝是操切，自我看来，还是操而不切。”有的指责清丈中有不实之处，也有人认为：“豪奸巨室，大肆欺隐，代书算做了一场大买卖，何可尽归咎江陵！”从明朝建国以来，这是两百多年没有的大规模清丈土地运动，涉及全国各地，千家万户，各地发展并不平衡，施行的结果未必都圆满，但确实使多年的积弊得到清理，不愧是一场利国利民的盛举。在张居正身后四十年，户科官应震在追忆这一清丈的社会效果时，连连称赞：“既不减额，亦不增赋，贫民之困以纤，而豪民之兼并不得逞。”
此前的土地兼并不是因为生产的需要，而是为了避重就轻逃避社会责任。也就是所谓的趋利避害，懒惰猥琐的民，为了躲避税收自愿把土地归到拥有免税权的皇族功臣后裔及当朝权贵乃至一般的朝廷官员的名下。一次次上演这样的官民合作欺骗君主搜刮国家的自欺丑剧，逐渐使得皇权难以维系，权威不再，法令不行，社会陷入困境和混乱。重人情而轻法规，做事无原则，进而信义难以立足，信义不行，商贸难以兴盛。商贸不兴，民不得自由择业，不能自由择业则依赖附庸之风盛行，附庸之风不断树立、腐蚀、利用权贵，以公谋私，权臣哄骗皇帝，皇帝不知下情。长久如此，国势衰弱，皇权又一次难以维系。由此不得不通过再次的改朝换代得以重新确立皇权的尊严，保证权威的存在。而在这个过程中，不免要发生战乱，最终受苦受累的依然是这些曾经不愿辅助皇权的民。辅助皇权和利用、依赖皇权是不同的概念，在中国历史中，只有对皇权的利用、依赖以及无法依赖和利用皇权谋得私利时的唾弃和重建，从来没有建立在自立自强的基础上的对皇权的辅助，这才是历代王朝更替循环往复，历史悲剧不断重演的根本原因。民无独立自主的谋生选择权力，因而造成了没有自立自强的国民奴隶心态，由此进入循环往复的权与利的勾结。
要想走出这个怪圈，就必须发展商业，使得民有自由择业的可能。不要使他觉得坚守了自己的立场就会死路一条，使人不要为生存而出卖一切，有保留自己人格独立的可能和权力，进而获得独立自主的行为能力，逐渐走向辅助权威、规范社会秩序的良性循环道路，而不是阿谀附庸依赖权威，以公谋私的老路。张居正深知，要从根本上解决这种历史必然的途径，那就是促进商业发展。为此，他开始了中国古代财政乃至整个经济领域最伟大的改革举措——用货币征税，实行一条鞭法。
一条鞭法促进商业兴起
以土地为主要经济来源和财产的明朝农民不仅要面对以土地和人口为标准的赋税，而且还要接受一定的徭役，也就是不光要出物，还要出力。只不过出物每人每亩地都有份，而出力则是按田亩的数量，几家人轮流合出。张居正在通过清丈土地规范了土地的所有权归属问题，明晰了土地数目，扩大了财政来源之后，又对徭役采取减免措施。一方面，为了扩大政府财政收入，削减收税成本，也为了减轻民众负担，张居正将之前在局部地区试行没有成功的一条鞭法推行全国，最终获得成功。这不仅直接方便了政府的收取，也促使农民参与市场交换以获得交税的货币，从客观上促进了商业在更广范围内的兴起。
赋税不均的现象初步克服后，随之需要解决的是徭役问题。清丈土地的告成，为全面的赋役改革准备了条件，张居正立即于万历九年（1581年）在全国推行一条鞭法（又称一条鞭）。起初叫条编法，后来民间为了形象起见，就以讹传讹叫成一条鞭法了。
明朝的赋役除正赋田税外，其他各种杂税和力役的名目繁多，重叠征收。弘治时夏税秋粮多达41项，万历时又增至50多项，额外增收难以计数，税粮交仓，一石米要三石米的运费，田粮折银，每两要加火耗2钱到5钱。所谓一条鞭法，即是将赋役中的各项名目如杂泛、均徭、力差、银差等项合为一种，将力役归入田赋，一律按田亩核算，统一征收。除了上缴朝廷的漕粮外，都可改折银两，以货币税代替实物税，允许被征调的差役出资雇人代役。同时，简化征收的手续，减去由里甲征收的中间层次，改成官收官运。
一条鞭法的施行，将徭役归入田赋，虽然同样都是由民众承担，但以身服役，此人身就不由自己支配，以银充役却使人身有了自由支配的选择，这是封建社会历史上从未有过的创举，这已大大超出均赋役的意义，进一步减轻了土地对劳动力的束缚。自此以后，在全国通行计亩征银的同时，又具有了以银代役的机制，只要出钱就可以免除力役，削弱了人身依附，扩大了货币流通的范围，使农民可以脱离土地到城镇打工，商贩和工匠获得自由迁徙和自主经营的可能，这对促进商品经济的发展和资本主义生产关系的萌芽起到了积极的作用。在资本主义已经在西方崛起的16世纪后期，这是促进中国经济发展的重大革新，在客观上顺应了世界发展的潮流，在中国经济发展史上有不可磨灭的功绩。
一条鞭的起源可追溯到宣德五年（1430年）。当时，浙江巡抚周忱和苏州知府况钟建议按民田起科调剂赋役不均，被户部指责为变乱成法，不了了之。嘉靖十八年（1539年），于应天巡抚欧阳锋和苏州知府王仪在苏州府内创行征一法，“以一田为母，以户为子”。计亩征收田赋，受到豪门的反对，没能继续下去。此外，还有纲银法、一串铃等近似一条鞭的措施，都因受到阻挠，难见成效。嘉靖、隆庆之际，海瑞、庞尚鹏又在江南一地区推行一条鞭法，遭到户部尚书葛守礼的反对，上疏：“乞正田赋之规，罢科差之法，使小民不离南亩，则流移渐复，农事可兴。”这种观念主张农民不离田亩，永远附着土地，才能使农业兴旺。户部是主管财政的，连这财政部长都持反对态度，可见阻力之大。有些官员虽然认为“徭赋之一法，盖莫善于今之一条鞭矣”， 但鉴于屡行屡停的教训，又担心虎头蛇尾，“虑其不终”，疑虑重重。
张居正非常关注这些议论和历史教训，并不讳言一条鞭有不尽如人意之处，但他强调的是，行法在人，既然这方法在南方施行，民众称便，那就可以试行到北方。他雷厉风行地推行新政，并非一意孤行，看不到可能发生的副作用，而是注意民意，权衡利弊，找出问题的症结所在：“条编之法，有极言其便者，有极言其不便者，有言利害半者。仆思政以人举，法贵宜民，势此例彼，俱非通论。”又说：“法当宜民，政以人举，民苟宜之，何分南北？”他坚定地以“宜民”作为衡量新法的准则，突出“政以人举”的思想，把补弊救偏的希望放在官员的选择和提高执行能力这一环节。事实上，一个正确政策的出台，并不能包打天下，关键是在于能否有得力的人才，正确进行贯彻，及时纠弊补偏。他反复考察一条鞭法执行情况的反响，主张精选人才，谨慎行事，于万历四年（1576年）先在湖广地区试行，进行示范，一年后得到多数人的称道，再推向北方。等到土地清丈完毕，又不失时机地将一条鞭法推向全国。这项改革从明中叶酝酿，至万历九年通行，一百多年来，几经周折，时行时止，最后定为国策，不能不归功于张居正的努力。
起初，张居正将一条鞭法在福建试行，因为那里历来受倭寇的侵扰严重，民生凋敝，急需减轻负担，作为旨在减轻人民负担的一项税赋改革措施，在那里试行当然再好不过了，果然初次试验就大获成功。但一向小心谨慎步步为营的张居正没有马上在全国推行，而是紧接着又在自己的老家湖广地区试行。这里地处中部，农业基础好。如果新政策真的有效，就会立即显示出来。在进行了两次试行之后，张居正仍然没有向全国大面积推广，而是选择山东这个具有代表性的北方地区进行试验。结果，施行效果很不理想。经过细心查证，张居正发现原因在于地方官怕得罪权贵望族，不敢推行新政。
张居正当机立断，一方面运用考成法的强力后盾，严格督促地方官员执行新政，另一方面他又注重做地方要员的工作，加强与他们的沟通，申明大义，强调自己的坚决态度以及改革新政的切实好处。如此上下兼顾各方突击，软硬兼施势推力导。为此，他专门写信给当时的山东巡抚李世达，恳切地表达自己的看法：“条编之法，近旨已尽事理……仆今不难破家沉族，以殉公家之务，而一时士大夫乃不为之分谤任怨，以图共济，亦将奈之何哉！计独有力竭而死已矣。以公知己，敢布区区。”
张居正在信中情诚并叙，不光诉了苦，还把对方拉为知己，也让对方看到了自己作为京官的决心，扫除了地方官的后顾之忧，最终使得一条鞭法在北方也推行开来，之后又进一步推向全国，最终取得初步成功。
一条鞭法是建立在清查土地和户口基础上的新税制，有四大优越性：
一是赋役一律按田亩征收，这对拥有土地最多的封建地主来说，增加了本该由其负担的赋税，追交漏税，增加了国家的财源；
二是国家税收的一部分得以从农民转移到大地主身上，相应地减轻了农民的负担；
三是将劳役归于土地的政策，使商人得以摆脱徭役的牵制；
四是以银代役的举措，扩大了货币使用的范围，促进了商品流通，有利于松弛土地对农民的束缚，对商人、工匠、农民等各阶层提供了可以流动的人身自由。
这些都是有利于促进商业经济发展的，达到了立竿见影的成果。比这些影响更深远的是，一条鞭法将赋税改折白银征收的政策，使白银成为广泛的支付手段。这就方便了人们的支付，有利于增加货物的流动，在很大程度上促进了贸易的繁荣。商品交换越是打破地域的限制，对白银的需求愈加迫切，白银货币的广泛使用，使商品经济有了更为广阔的天地，有助于形成全国性的市场。在这以前，中国虽有使用贵金属货币的历史，但时断时续，范围有限，明初又一度禁止用银，自一条鞭法实施后才沿用不衰，这是商品经济发展的必然趋势。人们用白银交纳赋税，领取俸禄，支付工资，买田造屋，购买一切生活日用品。白银成了财富的象征，成为人们争相追逐的对象。这进一步稳固了银本位的货币流通体系，有助于商业的长期稳定发展，但这种好利鄙农的现象又和中国传统重农轻商的观念不相协调。所以，在没有上层坚决推行的情况下又很快回到原来的状态，最终没有促成资本主义的发展，也没有促成工业时代的到来。
一条鞭法作为国家的税收政策，将力差全部并入田亩划一征收，商人没有田产因而得以免除差役。仅此一项，就足以吸引人们弃农从商。有民间谚语说：“将钱买田，不如穷汉日安眠。”羡慕商人“浮宅泛宅无牵挂，姓名不累官籍中”，“只将生事寄江湖，利市何愁远行役”。自古以来，商人经商盈利后，往往买田成为地主，坐收地租，商人资本因而源源不断地流入土地，转化为封建生产方式的固守者。在一条鞭法施行后，一批批商人发财致富，刺激了士大夫经商的欲望。在明代以前，读书人多埋头功名，很少涉足商业，士大夫耻言利的传统使他们对商人也多有偏见，到晚明情况大有改观，“缙绅仕夫多以货殖为急”，这句话充分反映了士大夫们争先恐后下海经商的心态。在新安地区，“士大夫之家，皆以畜贾游于四方”。在苏州“士大夫家多以纺织求利”，连一向被士人唾弃的典当铺也成为热门的行业。文人经商的大有人在，明末东渡日本传道讲学，被奉为日本儒学之父的朱舜水，士农工商兼而行之，是个成功的商人；启蒙思想家唐甄是个“牙人”，即中间商；当时的叛逆英雄李贽出身海商世家；东林党的领袖顾宪成是商人子弟；明朝最富裕的官员李三才本人就是大富商，他有480万两银子，相当于明朝中央一年的财政收入，他还以官员的身份作为漕运枢纽通州地区的商会总头目，也利用自己手中的财富支持东林党和其他派系的党争。著名的明代地理学家、探险家徐霞客的母亲主办纺织工场，率领女工纺纱织布，其精巧的手艺、优良的产品受到顾客欢迎，产品经常供不应求，人们称赞她的纺织品“轻弱如蝉翼”，用今天的眼光看，可称为杰出的女企业家。士大夫经商日益增多，在实践上突破了“君子谋道不谋食”的信条，从而在认识上改变了对商人和金钱的观念。李贽驳斥瞧不起商人的观念，为商人呐喊：“商贾亦何鄙之有？”唐甄以身为中间商而自豪，说：“吕尚卖饭于孟津，唐甄为牙于吴市，其义一也。”他公然把自己的商业运作与先秦圣人姜子牙相媲美。
在明末出现种种宣扬商人和商业的言论和活动，是对重农抑商传统的叛离，这一切莫不与张居正采取一系列的惠商、利商的政策有关。保守派攻击这是“变法乱常”，“力争其不可要”。张居正力摧传统偏见，坚持惠商政策，是因为他在青年时期就已经酝酿“资商”、“厚商”、“商农之势，常若权衡”的思想。他还在翰林院时，就与工部都水司官员讨论农商关系问题说：“商通有无，农力本穑。商不得通有无以利农，则农病；农不得力本穑以资商，则商病。故商农之势，常若权衡。”把商业在国民经济中的作用提到新的高度，待他掌权后，形成政策，付诸行动，有力地促进了商品经济的繁荣。以他内阁首辅的权位和魄力，作出这样的论断和决策，其影响面就不仅是一行一业，而是整个国民经济的发展。人们都知道“三百六十行，行行出状元”，这是明代的民间谚语，“行”是商业行当的简称，殊不知在这以前并没有三百六十行。在元代关汉卿的戏剧中，只有“一百二十行，门门都好着衣吃饭”的说法。从一百二十行到三百六十行，经营的行当多了三倍，民间话语生动地反映了明代商业的繁荣超过前朝历代。