然而，这样一项有利于国计民生的国策，其推行之路并不平坦。众所周知，开源节流是封建社会通行的经济原则，张居正比先辈技高一筹的是，他不拘泥于节流，而是把开源列为重中之重，这才有推行一条鞭的决心。在他看来，堵漏节流并不能从根本上摆脱财政的匮乏，必须在政策上突破耻言利的局限，以理财作为国本，使百姓得到实惠。因此，他倡导以理财“植国本”，这可不是明代的祖训。明初有人提出“理财以纾国用”的建议，遭到明太祖的严厉驳斥，说：“宋神宗用王安石理财，小人竞进，天下骚然，此可为戒！”从此，再也没有人敢以财利建言。后来，又有人说河南有银矿，可以开采以资国用。明太祖大怒说：“君子好义，小人好利，好义者以利民为心，好利者以找民为务，故凡言利之人，皆戕民之贼也。”固然“罕言利”、“重义轻利”是儒家的传统，但儒家只是少说和轻重而已。朱元璋却把“言利者”视为“戕民之贼”，杜绝一切言利的主张，这是把“罕言利”的传统恶性扭曲到极端的结果。经济改革离不开言利，朱元璋此论作为开国皇帝的祖训，给反对者提供了言之凿凿的依据，这给一条鞭法带来的阻力何其沉重！以银折算也遭到强烈的抵制。由此可知，一条鞭法从局部施行到推行全国，为什么会经过一百多年的反反复复，真是举步维艰！
从明代的祖训和诸多反对的言论中，可以理解为什么张居正在谈及清丈和一条鞭时说出这样的话：“苟利社稷，死生以之！”以这样的重誓来表白决心，以超乎常人的魄力，毅然把一条鞭法推行到全国，促进了商品经济的发展和资本主义的萌芽，在一定程度上确实达到了张居正所设想的厚农资商的目的。这是他的远见卓识，也是他改革中最有价值、最有影响的重大决策。
一些有识者并非只言好事而无视其中存在的问题，有的指出，一条鞭法不失为良法，遗憾的是：“书吏为奸，奉行无状，一丈量之余，征口有大小，册籍有虚伪……呜呼！除一弊，滋一弊，改革之难，诚难哉！”对此，张居正不是没有清醒的认识。诚如时人所叹，改革之难，太难了！经济改革实际上是改变财产和利益的再分配，一旦涉及财利，很容易滋生新的弊端。俗话说，吏弊如鼠穴，此塞彼又通，这是经济改革中的通病。王安石的新政不可谓不佳，但被各种弊端淹没，无力自救，被后人骂了几百年。张居正却把弊端减少到最低程度，这是一个改革家所能做出的最大努力。
公道自在人心！顾炎武这样评论一条鞭法的施行：“百姓完此外无一事矣，法，诚良哉！”“一条鞭法，最称简便直捷。”
在张居正的经济思想中突出开源，并不是不注意节流。为此，他做了许多努力。在国家各项开支中，以宫廷耗费最大，扰民最多，要节流就要从上层抓起。皇室的日用器物都由地方作坊生产，在苏州、杭州就有染织局供给各种绸缎衣料，这本身就是地方的沉重负担。万历七年（1579年），南方遭灾，大臣纷纷上疏要求撤销织造，神宗不准。张居正苦口婆心地劝说：“索之库藏，则库藏已竭；加派小民，则民力已疲。”除了赏赐异邦有利于睦邻修好以外，凡属宫廷所需的绸缎都要减少供应。这一年，宫廷采办酬鱼。对此，举张居正又指出，为了皇帝要吃时鲜，采办者沿途骚扰，到一处就索要水钱二三十两，上百名夫役，地方受到祸害也不敢声张。如此铮铮言说，堪为百姓伸张正义。其时的神宗已是17岁的青年，大婚以后，享受的欲望日益膨胀，内库积钱再多也不够穷奢极欲的花费，索性下令铸钱，此事非同小可。张居正严正指出，前朝铸钱是为了通币便民，只有少量样品供皇帝使用。万历二年（1574年），已增至新铸钱的一半，这已不合规定，现在又要铸新钱供内廷使用，小民会受到拖累，要求皇帝“蹲节财用”，凡是无益之费、无名之赏，一概都要裁减。
从这些来看，张居正又很是保守，始终坚持在封建时代的民本思想当中，他的一些举措只在于减少务农的成本，而没有促进人们弃农从商的意思，这就无疑重新回到了以往的老路。改革的失败，旧有规矩的复辟已成必然。因为新的规则必须有新的阶层来维持它的正常运行，张居正虽然用一条鞭法将税务的收缴方便了许多，但没有及时地、更深层次地进一步出台有利于商业发展和商人阶层存在发展的法规，最终使得一条鞭法成为没人收养的弃儿，在实行一段时间后又被废止。
张居正要求皇帝节省开支，对农民则主张轻徭薄赋。隆庆年间税收拖欠有七成之多，在此情况下，他并不主张对百姓催科。他认为：“出赋税以供上者，下之义也；怜其穷困，量行蠲免者，上之恩也。”你有义我有恩，百姓出赋税供养朝廷是有义，朝廷就应该施惠于民以施恩，把朝廷征税这一强制性的规定道德化，以相互的道义和悲天悯人的情怀，讽谏皇帝减轻农民的负担。这种不离人情的传统做事原则没有丝毫的严格性，遵与不遵不会带来什么法律责任，也没有相关的机制作为保障，最终难免达不到促进历史发展到另一个新的层面。
为了使新税赋制度下的农民减少压力，免得在新政策执行初期在受到上层保守派的阻碍之后又受到关系到其切身利益的纳税人——农民们的反对，张居正制定了许多相应的措施，以皇恩浩荡的名义减免不交者的税赋或者奖励积极交税者。万历六年（1578年）夏季，免去湖广、四川的欠税，秋季又规定江北诸府，凡年满十五岁的无田者，由官方供给牛一头、田五十亩供其耕种，免税三年。接着，又规定苏州诸府开垦荒田者可免税六年。万历十年（1582年），再次提出免去积欠以安民生的主张，认为百姓财力有限，丰年的收成尚可供一年之需，遇有灾荒，免不了父母冻饿，妻子流离，哪有余力交纳累岁之积欠？张居正以减钱粮来实践他“安静宜民”的思想，清代学者对此有很高的评价，认为“足国裕民，一举兼得”。
总之，张居正执行一条鞭法的目的是为了缓解大明王朝的财政紧缺，这项举措是他的一系列经济改革政策的一部分。所以，它的地位没有凸现出来，由此带来的深远影响和开创革新的意义也被当时乃至以后清朝的统治者们所忽略，最终没有起到促进生产力的发展，完善和改变生产关系的作用。这无疑是这项伟大举动留给历史的一个巨大遗憾，也因此对当代的人们更加有了借鉴意义。
合流法治理黄河
在中国古代，面对脆弱的生产力水平，各种自然灾害就成了历代执政者必须面对的重大问题。而在一系列自然灾害问题当中，黄患又成了一个难以征服的障碍。在定都北京的明朝，北方的稳定尤为重要，加之皇都的一切物资都要靠运河的输送，而黄河的泛滥势必影响运河的畅通，进一步影响京城的物资供应。张居正的新政必然要面对这个积弊繁多的问题，而他却初生牛犊不怕虎，以一个外行的身份参与到治理黄患的事业当中。起初有一两次小小的失误，但他并没有灰心，而是起用治水方面的专家，最终取得突破性的进展，获得了巨大的成效。
张居正在调整经济政策的同时，还把兴修水利作为发展农业生产、厚农利商的重要任务。水患素来就是明朝的心腹之患，当时的政治、军事中心在北方，经济资源主要靠南方，国家官僚机构和数十万边防军的给养全靠南粮北运，主要的运输干线就是纵贯南北绵延1700多千米的大运河。政治中心和经济中心分离的格局，使得南北的联系离不开运河这一主要渠道，运河一旦发生故障，不仅400万石漕粮面临断绝的危险，中央王权也可能失去对南方的控制。运河是分段连通几大水系的通道，没有固定的流向，在过了徐州之后，有一段黄河就是接替运河的，这一段黄河和运河重合。因此，黄河一旦决堤就会冲塞运河，治运河实质上就是治理黄河。
历来治河的方针是以保护漕运为重，这在朝廷是作为国家大事来抓的，而对黄河水患带来的民生问题，相比漕运来说，只是兼顾的问题。“治黄”中是突出民生还是以保漕为先，实际上是治标还是治本的问题，不同的方针对治河的方法有重要的影响。以保漕为先，必然运用急于见效的办法，这就是历史上常用的分流法，在河水汹涌的下端开出河汊，用分流的办法来减缓水势，以分散黄河对运河的冲击力，由于长期使用此法，河汊愈开愈多，明中叶时只分流两三支，到嘉靖末年已有十三支。分支虽可缓解一时之急，但不能解决容易淤沙的难题，下游一旦沉积泥沙，河床垫高，就不能再行分流，又要重开新支流泄洪，河汊愈多，愈易淤塞，不利于保护河道。但是，此种方法往往能在短期内见效，便于官员们救急邀功，官府也可借此渔利，一直作为传统的办法治理，但却使分支愈开愈多、愈多愈淤，这已是屡分屡败的教训。
在明中叶以前的治水工程中，以分流法治河的思路长期居于主导性的地位，当然这里也有对黄河泥沙认识不足的科学水平问题。此外，还有过新开河道的设想。隆庆年间漕运受阻，海运又不安全，高拱主张开凿胶莱河，以解决漕运。张居正委派工科给事中胡玉吾去山东实地勘察，发现水源不足，不得不作罢。
分流既然是屡行屡败，与此相对立的合流说，相应而起。该学说以正确认识黄河水性为特点，切实注意泥沙的治理，运用筑堤束水、以水冲沙的办法，维护河道的畅通。这就把治河的重点从单纯的防水转向积极的治沙，抓住了泥沙淤积才是水患频繁的要害。此后300年间，黄河能保持河道的稳定，不能不归功于合流法的成效。从分流说到合流说，这是中国水利史上的一大转折，其代表人物就是潘季驯。