玛加丽塔的身份已透露给了爱翁，难免受到美国政府的追查。为安全起见，苏联方面命令他们夫妇回国，以免招惹不必要的外交麻烦。情人就这样永久离去，爱因斯坦难受万分，如同万箭穿心，无数遍恳切哀求，甚至以死威胁，终不能留住玛加丽塔；但是，玛加丽塔继续留在美国的危险性，他比谁都清楚。
1945年圣诞夜前夕，两人最终泪眼相别。
大功告成，玛加丽塔夫妇安全返回苏联。几天之后，两人神秘地出现在克格勃总部。当时参与见面的领导人仅两名，主席维克托·阿巴库莫夫及前面提到的巴维尔·苏多普拉托夫中将。
作为功臣，他们获得了政府的最高奖赏：一笔丰厚的奖金、莫斯科市区的一套高级民宅，外加莫斯科郊外的一幢乡间别墅；玛加丽塔被授予特工英雄勋章，科涅库夫则被批准为科学院院士。
直到此时，科涅库夫才知道，自己的妻子与爱因斯坦之间并不是单纯的友谊。他开始是震惊，继而痛苦，但最后还是理解了妻子。
不过，他们随即退役并隐居，迅速离开了人员繁杂的市中心。从此他们远离闹市区，隐姓埋名，过起了风平浪静的十足的平民生活。
夫妻二人选择了不同的生活道路。科涅库夫将所有精力投入到艺术创作中，绘画、雕塑、打猎；玛加丽塔则足不出户，在回忆中度过自己的晚年。
玛加丽塔奉克格勃指示，寄给爱因斯坦一个虚假的收信地址，用异地通信的方式安慰爱翁受伤的心，帮他平稳渡过感情危机。
不久后，苏美陷入冷战阶段，由于苏美新一轮情报大战的保密需要，玛加丽塔被迫彻底切断了与爱因斯坦的通信联系。
岂知，爱因斯坦并未由于玛加丽塔断绝通信、彻底消隐，而减弱对她的眷恋与思念。爱因斯坦不能如常收到玛加丽塔回信后，像焦急的初恋情人一样，接连给玛加丽塔寄出数封情真意切的情书。这样，便使得玛加丽塔与爱因斯坦的情书往来，又恢复了一段不长的时期。
正是这时，爱因斯坦也许已经意识到，有一种不可抗拒的外力正在毁坏他们的爱情，于是写出了人类情爱史上那些最动人的越洋情书。
爱翁在一张有亲笔题词的自画像中这样写道：
苦难也罢。
甜蜜也罢。
都来自我不能左右的外部世界。
而我只能孤寂地生活着。
回想往事。
我曾经痛苦万分。
也曾甘之如饴……
让一切都留在永远的记忆中吧。
有人说，这首小诗是他思念玛加丽塔有感而发所作的。
有人说，爱因斯坦这是准备有朝一日重见玛加丽塔时，当面赠送给这位爱侣的。
然而，爱翁至死也没有再见到这位曾经让他着迷销魂、令他魂牵梦萦的神秘女郎。那张凝结着痛苦的思念与甜蜜的回忆的趣味横生的自画像，至今仍然保存在爱因斯坦纪念馆里。
玛加丽塔回到祖国后，安静地老去，死去。临死前，她让家人销毁了大部分信件。但是，从她至死保留的爱翁最动人的9封情书以及手表等物品来看，这位美丽的女性，这位销声匿迹、日渐衰老的“燕子天后”，她并未能忘怀与老科学家曾经的甜蜜时光，一直珍藏着对爱因斯坦的那份爱情。只是“人在江湖，身不由己”，不能凭感情行事而已。
玛加丽塔成天待在家中，沉浸在对往事的回忆里。只有当夜深人静的时候，玛加丽塔才会悄悄地拿出精心保存的发自美国的若干书信，和一只刻有发信人名字的老式手表。她默默地读着手中的信件，并回忆起与爱因斯坦分别时的情景：
听到她将秘密辞别的消息后，老人极度伤感，但是他没有说出一句规劝的话，而是强忍内心的激动，默默地摘下自己手腕上刻有“爱因斯坦”名字的金表，又满怀深情地套在玛加丽塔的手腕上……
在漫长分离的日子里，他们都只能生活在互相的思念之中。
10年后，爱因斯坦因为动脉瘤破裂而去世。
1980年，玛加丽塔也永远地合上了双眼。