朱利安诺·德拉·罗维雷（1443—1513）于1471年被他叔叔教皇西克斯图斯四世任命为大主教，后来于1503年10月被选入主教教区，成为教皇尤利乌斯二世。1505年末，他当教皇的初期，尤利乌斯搬出早期由教皇亚历山大六世居住的寓所
搬进教皇尼古拉五世于50年前建造的夏季公寓的三楼之前，他发起一场建筑物重建和重修的运动。传达自己的信仰、政见和个性。，拉斐尔替塔代伊对米开朗基罗的浮雕作的习作，画在其另一张为赞助者所画的《草地上的圣母》（The Madonna of the Meadow ，从圣母领口的金色字母可断定这是1505年或1506年的作品）的草稿纸上。仅仅在《圣母子与天使》创作一年之后，拉斐尔的风格发生了惊人的变化。在这幅美丽的画作中，年轻的画家坚持忠于佩鲁吉诺风格的一些关键方面。比如圣母衣着的浓厚色彩、象征性地点缀的雏菊、硕果累累的草莓、罂粟，以及翠绿的草地背景和掩盖了远处湖边的镇子、山丘的蓝色烟雾。然而，人物不寻常的姿势及自然的表情，沉溺在圣母温柔怀抱中的小基督光洁的皮肤，以及对人物群体的合理设计、对人物真实的描绘，明显是拉斐尔向达·芬奇学习的结果。圣母伸展的腿几乎与达·芬奇的《圣母子与圣安娜》中的一模一样。值得说明的是，拉斐尔从未复制或试着复制达·芬奇的由岩石组成的粗糙背景。
商人洛伦佐·纳思与塔代伊在一个圈子中，与其家族联姻，和拉斐尔也是亲密的朋友。纳思娶桑德拉·卡尼佳妮（Sandra Canigiani）时，拉斐尔为他的卧室绘制了另一幅《圣母子和圣约翰》。《金翅雀圣母》和《草地上的圣母》几乎是同一时期绘制的。小圣约翰的跨步姿势是画中共有的特色，这个姿势最终运用在《草地上的圣母》中基督（圣母在他走第一步时扶着他）的身上。但在《金翅雀圣母》中，基督向后倚在圣母的怀抱中寻求庇护。然而，基督没有为表亲呈给他的金翅雀着迷，而是像对待真正的宠物一样轻抚鸟儿的头部。这幅画的奇特之处是，除了他们叠加的脚，圣母和圣婴几乎没有别的动作（在拉斐尔其他的圣母画中，圣母都是保护着圣婴的—— 用一只或两只手，抱着或触碰着）。尽管对圣母的描绘绝对是达·芬奇风格，但拉斐尔没有完全掌握达·芬奇开创的主人公之间情感互动的手法。透过人物接触显示出的温柔的缺失、类似他在佩鲁贾壁画中的僧侣式古板形式的残余，都表明《金翅雀圣母》是在《草地上的圣母》之前完成的，因为《草地上的圣母》已没有这种缺陷了。实际上，米开朗基罗对拉斐尔《金翅雀圣母》的影响最大：小基督从母亲的肩膀向后望的精巧姿势，是拉斐尔从《东尼》浮雕中获取的，依偎在母亲双膝之间的方式毫无疑问是米开朗基罗的《布鲁日圣母》赋予的灵感。
《金翅雀圣母》和《草地上的圣母》均为圣母画中大型费时、费力的作品范例，均为富有的高品位的委托人制作，而高品位的画正是拉斐尔的专长。同样这类作品还包括洛伦佐·纳思的妻舅多米尼克·卡尼佳妮（1487—1548）的《圣家族》—— 大约画于1507年和路克蕾齐娅?弗雷斯科巴尔第（Lucrezia Frescobaldi）成婚之际，还有1508年为锡耶纳所画的《美丽的女园丁》（1507）。这些大型的长方形或上部呈拱形的关于圣母子和圣约翰的作品，是小型宗教画和大型祭坛画的结合，是起居室和私人礼拜堂所用的室内画。它们都算奢侈品。拉斐尔在1504年至1508年制作了三幅浮雕：一幅是为塔代伊所作，一幅是为不知名的赞助者画的《棕榈树下的圣家族》，以及一幅失传的名为《沉默的圣母》（似乎是为锡耶纳所作）的作品。实际上，这三幅作品都分作一类。拉斐尔绝对不是以这种篇幅描绘圣母全身像的第一人，但其创新地将这个主题诠释得栩栩如生，不但在结构中体现了人物的关联性，而且在人物的身体和情感中通过人物的触碰和微妙的色彩表达了出来。拉斐尔竭尽全力让笔下的人物融入山间装饰着象征性花朵的背景当中。
在肖像画领域，拉斐尔同样学会通过研究其他画家的作品来构图和描绘人物特征，很快成为一位肖像画大师。他在佛罗伦萨为阿格诺罗·东尼（生于1474年）及其妻子玛塔莲娜·特罗兹（生于1489年）画的一对用来做悬挂装饰的肖像画，是他所作的最精美的肖像画之一。这对夫妇于1504年1月成婚，当时新娘只有15岁，而此肖像画大概是两三年后（1506—1507）所作。瓦萨里认为东尼很吝啬（东尼针对米开朗基罗为他画的浮雕的价格进行过一次不成功的讨价还价），但有着对绘画和雕塑的热情—— 这也是东尼的投资领域。这两幅肖像画的背面装饰着奥维德（Ovid）关于繁殖的黑白场景，表达这对夫妇对后代的渴望。他们很快就梦想成真—— 女儿于1507年9月出世，儿子于1508年11月出世。
这两幅肖像画开始被设计成一对，要画在同一块椴木板上。从拉斐尔对自然观察的角度和画中人在背景前并列而坐的方式来看，他画的是基于荷兰模式的传统肖像画。这种画风最初体现在梅姆灵的肖像画中，后来在佛罗伦萨被佩鲁吉诺、达·芬奇和多米尼克·吉兰达约固化并沿用。画中，阿格诺罗浓密的头发在天空的衬托下呈现出的暗色轮廓，是明显的佩鲁吉诺风格。尽管他平衡而复杂的姿势—— 左臂倚在矮墙的扶手上，右臂固定在画面角落中—— 是从达·芬奇处借鉴而来。作为传统的男性肖像画，阿格诺罗的肖像画比妻子要更详尽。他大大的鼻子，有中缝的下巴（上面有一层胡茬子），他全神贯注皱眉的神情和手部的纹路，在画中被仔细地描绘。达·芬奇于1503年画的《蒙娜丽莎》对《玛塔莲娜》[还有拉斐尔的《抱独角兽的女子》（Lady with the Unicorn ）]的影响更明显。拉斐尔保留了达·芬奇革命性的构思，但又坚定地将画作带到现实。拉斐尔把表情画得更加世俗化，而非采用《蒙娜丽莎》虚无缥缈的感觉，玛塔莲娜的手也仔细地安放—— 不仅是展示手本身，还展示戴在圆润手指上的镶有珍贵宝石的金色戒指（阿格诺罗是首饰和宝石的狂热收藏者）。年轻女士在画中呈现出均匀的肤色和理想的身材（圆圆的头由修长的脖颈和拱形的肩膀支撑着），然而身形对她的脸来说太大—— 她的躯干紧裹在紧身衣中，戒指也很紧。甚至她脖子上垂下的用精美线绳穿起的珠宝—— 象征忠贞的独角兽装饰和象征纯洁的水滴状的珍珠，看起来都像佩戴它的主人一样高贵。达·芬奇神秘的以岩石为背景的全景视图，以更易辨认的方式放置在拉斐尔画的肖像画中。晴空万里的托斯卡纳乡村，两个干草堆在玛塔莲娜身后的农舍相互倚靠，又一次使人想起巴托洛米奥对此地风景的习作。
拉斐尔停止了在佛罗伦萨的逗留，到乌尔比诺照料被他忽视的工作，于1507年10月在乌尔比诺购买了一座房子。他显然保持着和家乡的联系—— 那里居住着他的亲戚，他回去的次数比我们知道的要多得多。尽管他从来没有像乔瓦尼·桑蒂和提墨特沃·维提一样被宫廷正式地接受，但似乎已为宫廷的赞助人，即为圭多巴尔多公爵、公爵夫人伊丽莎白·康萨卡、公爵的姊妹乔瓦尼·德拉·罗维雷及其女弗朗西斯科·玛利亚绘制了一系列的肖像画和一些可随手携带的精美的小型画作。从1508年拉斐尔在乌尔比诺给叔叔的信中的题外话可见，他那时在佩鲁贾和佛罗伦萨为宫廷创作了很多小型作品，还将这些作品送到乌尔比诺。圭多巴尔多公爵去世、弗朗西斯科·玛利亚·德拉·罗维雷继承爵位后，拉斐尔特别热心完成她要求的作品。因为她可以将他的野心扩展到乌尔比诺宫廷以外，通过她的家族和教皇尤利乌斯二世的关系，他可以将影响力拓展到罗马的教皇宫廷。
拉斐尔在乌尔比诺为宫廷所绘的作品，都是罕有的精心打造的珍品。《骑士的梦》一作出色的质量和既文学又宫廷性的主题，使学者们认为，这幅作品的垂饰和封面都表现了拉斐尔于1504年在乌尔比诺为赞助者所绘的《美惠三女神》中的特征和风格，尽管也有假设认为它与锡耶纳有关。两种说法都没有明确证据。另一对在大小和质量上都很相似的作品，表现了圣乔治和圣麦克两位圣人，但年代相差了一两年的画作，无疑都与乌尔比诺宫廷有关—— 画中两位圣人分别是英国的嘉德勋章（the English Order of the Garter）和法国圣米歇尔勋章（the French Ordre）的赞助人。乔瓦娜·费尔切拉的父亲和兄弟都被授予嘉德勋章，而她的丈夫和儿子都被授予圣米歇尔勋章，所以这幅画可能是受她或她的亲戚委托绘制的。另一幅1506年左右的在华盛顿的小型圣乔治画—— 在嘉德勋章上刻了“HONI”字样，与圭多巴尔多公爵1504年被授予嘉德勋爵士的荣誉有着必然联系。1506年或1507年，公爵夫人委托拉斐尔画了《在花园里苦恼》（Agony in the Garden ），作为给卡马尔多利（Camaldoli，在乌尔比诺和佛罗伦萨之间）隐士的礼物。皮耶罗·本博和瓦萨里几十年后对这幅画的描述，都暗示这幅画在微型复制品中是质量最高、制作最精致的。瓦萨里提及，拉斐尔于1507年在乌尔比诺为圭多巴尔多公爵所绘的两幅用第二种方式所画的尺寸小但很美丽的圣母图，至今未被发现。
在这个时期，拉斐尔开始在佩鲁贾为圣弗朗西斯科·阿普拉托的亚特兰大·巴格里奥尼礼拜堂制作重要的祭坛画。他在1506年开始着手设计，在1507年交付了这幅祭坛画。拉斐尔从巴格里奥尼宗族的女族长处，接受了这个神圣的使命。这幅画现存的前期研究、复杂的设计和主题、完成品上乘的质量，都见证拉斐尔对其用心良苦。尽管这幅画是为佩鲁贾画的，拉斐尔却热心于在佛罗伦萨充满竞争的环境中树立自己祭坛画家的地位，所以这幅作品无论在概念上还是在风格上，都是佛罗伦萨的。这幅画遵循了阿尔贝提叙事性画作的规则，仅限于从经典的作品中寻找灵感，如阿尔贝提推荐的墨勒阿格尔的石棺。这幅作品还把米开朗基罗动态的人物和佩鲁吉诺的风景画结合在一起。瓦萨里对这幅画作的评价，显示了他对这幅作品真诚的钦佩。尽管瓦萨里没有提到亚特兰大委托的原因—— 为了纪念她因暴力事件死亡的儿子并为之赎罪，他的直觉告诉他，这幅画的主题和这位赞助者的经历有着莫大关系。此外，他表现出主题中的感情冲击力：“在绘制这幅作品时，拉斐尔想象他们埋葬基督最亲爱的儿子时的悲伤—— 这个担负着全家的福祉、荣誉和利益的儿子。”拉斐尔对《基督下葬》的处理是突破性的，将原来只局限于祭坛画的叙事性行为带到主要领域中，但又替换了祭坛画中的叙事做法，转而使用石头浮雕的形式表现神学伦理。
拉斐尔对这幅作品最初的研究，有佩鲁吉诺为佛罗伦萨圣恰拉（St. Chiara）教堂画的《哀悼》（Lamentation ）—— 描述基督的身体被一群仪式化而优雅随行的旁观者包围。但拉斐尔很快放弃了这种静止的方法，转而用一种戏剧化的方法描绘抬尸人竭尽全力来支撑基督的尸体的画面，玛格德琳（Magdalen）披散头发、流泪的画面和圣母昏倒在玛丽丝怀中，她瘫软的左臂反映她儿子的死亡。这幅祭坛画是拉斐尔对米开朗基罗钦佩的宣言，也有对曼泰尼亚的版画和古代艺术的借鉴。在探索许多画作中死亡基督的姿势后，拉斐尔选择了一个与米开朗基罗在圣彼得教堂的《圣母怜子图》（Pieta ）中描绘的基督相似的姿势。亚利马太人约瑟夫在米开朗基罗未完成的画作《圣马修》中的姿势，后来被加进这幅作品中。跪着的女人将身体扭曲成弧形试着抓住圣母的画面，是从米开朗基罗的《东尼》浮雕中得到的启发，抬尸人则借鉴了米开朗基罗在罗马圣奥古斯蒂诺教堂同样主题的祭坛画的人物。拉斐尔约在1506年去了罗马（这并不是他第一次去罗马），这也可以解释他为什么对米开朗基罗在罗马的作品如此熟悉。
1507年至1508年，拉斐尔最后接受了一个佛罗伦萨要人的祭坛画的委托——《伯得奇诺的圣母》（The Madonna del Baldacchino ）。这是拉斐尔唯一一个要在佛罗伦萨制作的大型作品，也是一个他并未打算完成的作品。这幅祭坛画是为圣灵教堂（St. Spirito）中德依家族的礼拜堂所画—— 里涅里·贝尔纳多·德依（Rinieri di Bernardo Dei）在1506年7月的遗嘱中把它留给了礼拜堂。拉斐尔逐渐精明的商业头脑在给叔叔的信中反映出来。信中提及没有提前与西蒙·席亚拉在祭坛画的价格上达成一致的原因，是他想冒险在完成后获得独自定价的权利。然而，这位赞助者表明原因，希望价格至少压到300达克特，这对当时的祭坛画来说是相当“专业”的价格，是拉斐尔从巴伦西祭坛画中得到的报酬的十倍多。他在1508年4月21日写这封信时，已完成了草稿部分，要在那个夏天去罗马之前加紧赶工。这幅祭坛画的设计是圣母子在台上进行“神圣交谈”，旁边有圣彼得、伯纳德、安东尼·艾伯特和奥古斯丁，让人想起他早期在佩鲁贾的祭坛画中凸起的台上的人物。那些天使比起他在1501年至1502年画的《基督复活》中的天使位置下降了，但这幅作品与伟大的人物、宏大的古典建筑—— 布鲁内莱斯基教堂的塞茵那石（pietra serena）相融合，被赋予一种意义深远的当代特征。
前进，罗马
拉斐尔在1508年4月的信件，显示他准备在这片大陆最有声望的艺术家聚集地和赞助者中心—— 罗马的教皇宫廷谋取一个职位。他不满足于仅仅得到佛罗伦萨的第一个祭坛画的委托，希望代表他叔叔从弗朗西斯科·玛利亚·德拉·罗维雷—— 教皇尤利乌斯的侄子，即将成为下一个乌尔比诺公爵—— 处得到去皮耶罗·索代里尼那里工作的推荐信。拉斐尔的兴趣在“要建造的那个屋子”上，而这个委托始终没有被分配。这个屋子可能不是“人民会堂”（Sala Grande，因为它不能被称为房间），可能是梵蒂冈宫殿众多屋子中被教皇尤利乌斯二世改作自用的一个套间（至今作为“客房”而闻名）。