二月二十四日（3月31日），太平天国杭州守将陈炳文弃城北走，二十五日清晨，左宗棠如愿以偿地攻下了杭州。三月初二日（4月7日），左宗棠率军进驻杭州。盘踞在余杭的汪海洋部听到杭州失守后，也在当天弃城而去，与杭州败军逃到德清、武康一带，与在浙北德清的李世贤、杨辅清等部会合。
清廷听到攻下杭州的消息后，大喜，开始论功行赏：加恩赏左宗棠太子少保衔，并赏穿黄马褂。另外，楚军的将士也都加官晋爵。
苏杭陷落是太平军苏浙根据地瓦解的标志。太湖地区的太平军再也没有回旋的余地了，这对太平军来说是一次非常重大的打击。因为太平军占据浙江，不仅可以作为天京的屏障，还可以南下闽越，西出赣皖，有很广阔的活动范围。如今丢失了浙江省，苏常也被攻陷，太平天国的地盘越来越小，天京真正成为了一座孤城，也到了最危险的时刻。
经济上咱也是一把好手
放下处在危急中的天京不谈，看看总督兼巡抚的左宗棠第一次进驻七大古都之一的江南重镇杭州城是什么感受。
早就听说杭州历来文化兴盛，商业繁荣，西湖的风景胜地更是让人神往，左宗棠这次进城要一饱眼福。但当传说中风景如画的杭州展现在面前的时候，左宗棠惊呆了。十多年的战乱把这座古都破坏到让人难以想象的地步。满眼都是凄惨的景象，城中原有的八十多万人口锐减到七八万，不是死，就是逃，逃不动的也缺衣少食，在街头流浪。一路上都是无人掩埋的尸体，哪里还有什么风景如画。
这就是战争，生灵涂炭，受到最大伤害的永远是生活在底层的老百姓。
面对战乱造成的残败状况，左宗棠进城的第一件事就是设立赈抚局，收养难民，对孤寡妇女儿童都妥善安置，还严禁军士擅入民居扰民。毕竟，攻城容易，守城难。只有得民心，才能图发展。
生在清朝末年的左宗棠，尽管无法扭转大清颓败腐朽的趋势，但他还是力图有所作为。
在能力所及的范围内，不仅关注国家和民族的长远利益，还竭尽全力减少人民的负担和痛苦，在四大“中兴名臣”中，他在这方面做得别具一格。
不过，左宗棠生活的时代经历两次鸦片战争和十几年国内战争，社会经济一片萧条，人民生活困苦不堪。据统计，同治五年（1866 年），浙江全省有三分之一的土地都荒芜了，有的府县荒芜的土地甚至占到了百分之七八十的比重。浙江的北部和西部，更是河渠阻塞， 海塘坍废，百姓颠沛流离、居无定所。
若想在这样的基础上实现百姓安居乐业的理想，得花费一番心思。左宗棠在行军打仗方面是一把好手，在经济建设方面他也能游刃有余吗？
为了缓解社会矛盾，恢复社会经济，左宗棠根据当时的实际情况采取了一些必要的措施：
1恢复生产
为了尽快恢复生产秩序，在军饷十分匮乏的情况下，左宗棠还下令匀拨钱米，赈济灾民，并筹集资金采买稻种、豆种和耕牛。鼓励农民和兵勇开垦荒地，让那些不参加作战的兵勇耕垦驻地的荒地，并招徕邻省农民耕垦浙江。这在一定程度上缓解了因为战争造成的人口锐减、劳动力缺乏的困境。另外，还命令浙省各州县清理河道，整修水利设施，并命地方富绅捐筹二十万两经费，购米赈灾。还在福州设“蚕棉馆”，向各府县推广种植棉花和养蚕栽桑。
2整顿钱漕
左宗棠在湖南幕府时，办理过漕粮，知道其中的积弊。浙江虽然在全国算得上富庶，但赋税比较沉重。所以，左宗棠在浙江采取了一些可行的措施： 奏请裁减了温州府属各属县和宁波、绍兴两府各属县浮收的米和钱。还在杭州设立“清赋局”，革除各种陋规、浮收。虽然这些规定在执行过程中受到各州县官吏的抵制而无法全部兑现，但减轻和缓解了一些土地占有者的负担，在一定程度上还是促进了经济的发展。
3停关税
当时货物税既有厘金，又有关税。其中，关税的收入大部分供给清皇室挥霍享用。左宗棠认为如果关厘并举，必定会涸泽而渔，所以上奏暂停关税。虽然这一做法违反旧制，但左宗棠手握地方军政大权，朝廷对他还是有所依赖，所以对左宗棠的做法也就睁一眼闭一眼了。
4改革盐法
虽然两江总督陶澍在魏源的协助下在两淮大力进行盐法改革，左宗棠在湘幕也推行过盐法改革，但浙江仍然沿用旧制，官府和盐商勾结，高价售盐，老百姓叫苦不迭。为了改变这一不利于经济发展的局面，左宗棠在浙江也改行票盐，民贩凭借当地州县执照买盐后，可以到指定的地区销售。这样就杜绝盐吏的贪污，降低成本，让老百姓能够吃到便宜的食盐，同时也增加了清廷的税收。
5整饬吏治
吏治是否清明、廉洁决定着一个国家是否能够长治久安。因为只有吏治清明了，才会有一个高效的团队，为百姓办事。左宗棠在湖南做幕僚时就深谙此理，所以他一直十分注意吏治的整顿。在对浙、闽两省吏治情况有了深入了解后，左宗棠着手进行吏治整顿： 对劣迹昭彰的贪官，一经查实，就进行严厉参奏，决不拖延；另外，在经济上裁减州县浮收钱粮的同时，又加以照顾地方官吏的实际需要，使其略有余财。虽然几次举劾和几道通令无法杜绝贪污腐化，还是起了一定的限制和震慑作用，并在一定程度上减轻了百姓的负担。
6设置书局
大清封建统治在意识形态领域的基础是儒家思想，但太平军焚毁了大量儒家经书，冲击了儒学权威。所以，左宗棠要振兴儒学，消除太平天国在江南大地的影响。首先在宁波设置书局，刊刻四书五经。夺取杭州后，又在城内设立翻刻儒家经典的书局。
经过左宗棠的一番整顿，浙江凋敝的民生出现了复苏的新气象。《清史稿》这样记载：“百废俱兴，东南诸省善后之政，以浙江为最。”可以说，这是对左宗棠善后政绩最公正的评价了。
赴闽粤督战灭残军
就在左宗棠为恢复浙江经济而努力时，天下发生了一件大事，有利于清廷的一件大事——天京城破。
同治三年六月十六日（1864年7 月 19 日），天京的坚固城墙最终被湘军撕开了一个大口子，湘军如潮水般涌进城内。当天京被攻占时，天王洪秀全已经病死一个多月了，城内的实际领导核心是忠王李秀成。
眼见城池不保，李秀成便保护着幼天王洪天贵福，带领精锐军队从城墙缺口处突围而去。出城后，为了尽快摆脱湘军的追杀，李秀成让幼天王等先走，自己担任断后任务。由于李秀成在出城时把自己惯骑的战马让给了幼天王，现找的马很不得力，渐渐地掉队了。眼看就要被后面的湘军追上了，万不得已，只好藏在南京城郊方山一座破庙中暂避风头。结果却因为随身所带财物暴露身份，被两个农民报告给了湘军、不幸在方山被俘。
幼天王突围后，到达安徽广德，再东向进入浙江，六月二十六日到达浙江北面的湖州。天京都丢了，天下哪里还有太平军的立足之地啊。此刻，左宗棠会同淮军郭松林、潘鼎新、张树声等部进围湖州。
七月下旬，黄文金与洪仁玕等人为了保存实力决定撤离湖州，沿浙皖交界一带西走，寻找时机，建立新的根据地。七月二十七日（8月28日），太平天国在浙江的最后一个战略要地湖州失陷。二十八日，楚军又在梅溪将由湖州西走的太平军击败。
七月底至八月，太平军在皖浙战场节节败退，纷纷转入江西。至此，左宗棠总算夺得了全浙要地，浙江一带的战争宣告结束。
同治三年（1864年）九月六日，左宗棠上奏朝廷：已经全部肃清浙江太平军。于是，为清廷立下“汗马功劳”的左宗棠被封为一等伯爵，并赐爵名“恪靖”。
天京的陷落和苏南、浙江根据地的丧失，标志着坚持了14年之久的轰轰烈烈的太平天国运动基本失败了。不管是曾国藩的湘军，李鸿章的淮军，还是左宗棠的楚军都在这场战争中名利双收，捞足了好处。不过，太平军的余部还在顽强抵抗，左宗棠的楚军还得继续作战。
太平军的余部分为南、北两支。南方余部以皖南和苏、浙的太平军为主，分别由李世贤、汪海洋等人统率，先是在江西会合，而后又转战福建、广东。北方余部由皖北的陈玉成部将赖文光等人统率，与张宗禹率领的捻军会合，组成新捻军，在黄淮一带活动。
左宗棠面对的正是太平军南方余部。此时，入闽太平军多达 20 多万人，面对这种情形，清廷不免有些紧张，左宗棠也担心太平军从漳州北进攻占福州。
同治三年十月二十八日（1864年11月26日），左宗棠从杭州出发，率清军分三路进入福建： 西路由刘曲部八千新军从江西新昌到汀州府对付汪海洋部，又奏请清廷令王德榜带所部五营自江西瑞金入汀州协同作战；中路由康国器一军进攻漳州府的李世贤部；东路则以署浙江提督高连升部4000人、知府魏光邴部500人从杭州东赶到宁波乘船到福州。
当时太平军在福建主要分为两大支： 李世贤拥兵十多万，以漳州城为中心，占有云霄、南靖、龙岩、永定一带；汪海洋拥兵约九万人，在南阳扎营，守下车、吉田、南岭一带。这样，太平军控制了闽西南的大部地区，开创了一个新的基地。
不过，进入江西的太平军难以组织起有效的攻势，无法摆脱被各个击败的困境。
但是，左宗棠还是感到兵力不足，便奏请朝廷增派了部分兵力。
十一月二十七日，左宗棠抵达福建延平（今南平县）扎营。他认为太平军今后的动向“非入江西，即入粤东”，所以，左宗棠希望即使不能消灭太平军，把他们撵出福建也不错。
十二月初四日（1865年1月1日），楚军中路黄少春到达漳州北溪，与高连升部联合进攻李世贤。二十八日，闽粤清军夺取永定县。
势头不错，看来太平军20万人马也就那么回事，左宗棠恨不得马上把江西的太平军全部消灭掉。
同治四年（1865年）初，左宗棠加紧调集各路人马进攻太平军。一月二十四日（1865 年2月19日），中路康国器率军攻夺九龙江上下游军事重镇——龙岩，切断了李世贤与汪海洋两军的联络。二十七日，西路刘典、王德榜联军在连城新泉大破太平军，消灭了汪海洋部的过半精锐。二月初七日（3月4日），刘典、王德榜在上杭白沙又一次将汪海洋部击败。
二月初，江苏巡抚李鸿章派郭松林、杨鼎勋两军由苏援闽，分别在三月初五日、三月十七日到达厦门。这下，清军的实力更加强大了。
三月初三日（3月29日），李世贤部从漳州分路北进，被高连升、黄少春击败。十六日， 郭松林联合高连升、黄少春将李世贤部击败。
这一阶段，太平军被打得找不到北，一路狂败，曾经威震八方并让清廷胆寒的太平军已经成为了历史。
接下来，该进攻漳州府城了，左宗棠在四月十五日（5月9日）抵达福州，就近督战。
四月中旬，淮军杨鼎勋、郭松林等，楚军王德榜等分别在漳州南面和西北击败了太平军，进而合围漳州府城，并在二十一日（5月15日）占领了漳州府城。李世贤部奋力抵抗，但无力回天，只好向西南败走。
李世贤撤出漳州后，即向粤闽交界的平和县撤退，王德榜、高连升、黄少春等领军穷追不舍，太平军伤亡很大。后来，李世贤逃到广东镇平县（1914年易名为蕉岭县）汪海洋处，汪海洋害怕被李世贤治罪，便把他暗杀了。这样一来，太平军仅有的一线复兴希望也熄灭了。
患难见真情，同是败军之将，本应联手对抗清军，没想到却上演了兄弟自相残杀的闹剧。再看，汪海洋也好不到哪里去，他本打算北上与捻军会师，不想在江西被清军所阻，被逼折返广东。
同治四年五月初十日，清军进抵漳州。闰五月初一日（6月23日），高连升等又在闽西南上杭把汪海洋击败，汪部只好败走武平。
自从汪海洋部撤入广东后，左宗棠一面令部下紧追，一面派康国器率部五千人入粤夹击。同年闰五月二十三日（7月25日），汪海洋被康国器所败，退回镇平，并在镇平城外分筑三十多座堡垒，囤积粮食，准备长期坚守。
左宗棠命高连升、刘清亮、黄少春等驻扎在距镇平数十里处，准备将汪海洋部太平军一举消灭，结果没有实现。
八月十三日（10月2日），清廷派左宗棠入粤督师，节制江西、广东、福建三省各军。八月十四日（10月3日），汪海洋以伏击战术打死高连升部数千人。九月初三日（10月22日），汪海洋夺取平和县（属惠州府）。九月二十一日（11月9日），汪海洋、谭体元等攻克广东嘉应州（今梅县），这是太平军占领的最后一座州城。
太平军多次击败前来进攻的左宗棠所部清军后，汪海洋决定在嘉应城外建立坚固的防御工事，准备死守孤城。其实，他犯下了致命的错误，因为此时的太平军没有根据地，只适合于流动作战，死守一处，无疑是坐以待毙。
果不其然，左宗棠抓住这难得的时机，调兵遣将，对嘉应州实现了合围。他希望嘉应州成为太平军余部的葬身之地。
十二月十二日（1866年1月28日），左宗棠指挥各路军队向嘉应州城发动总攻，血战数日。
为了突破清军的围困，汪海洋率领太平军激烈战斗，不幸的是，他在激战中头部中弹重伤而死。群龙不能无首，太平军诸将推举谭体元做新的领头羊。但终因孤城难以久守，太平军坚守嘉应州城 10 天，最终因为难以抵挡敌军的攻势而启西南门退走，嘉应州城失陷。
而分散逃出的太平军将士不是被招降，就是被杀害。撤退到黄沙嶂的谭体元虽然率残余军队奋战，最终也没有逃脱被捕牺牲的命运。至此，江南太平军余部的斗争彻底以失败而告终。
同治五年二月二十八日（1866年4月3日），左宗棠从广东回到福建的闽浙总督衙署。清廷赏他戴双眼花翎，还特意赏他的长子左孝威主事。
随着太平天国的覆灭，左宗棠的政治地位日渐提高。这就是战争，失败者要付出血的代价，而胜利者会踏着失败者的尸骨赢得足够的名和利。
师夷长技以制夷
作为一个封疆大吏，左宗棠在参与镇压了农民起义后，便师夷长技以制夷，把自造轮船以抵御外来侵略提上议事日程。
其实，早在同治三年，左宗棠在杭州就仿造了一艘小轮船，在西湖试航。他还特意邀请法国军官德克碑、税务司日意格前来观看。德克碑等人认为这艘小轮船与西洋轮船没什么大的差别，便出示法国造船图册，请求代为监造。后来，左宗棠忙于和太平军作战，便把这件事搁下了。
如今，太平军起义的火焰基本被扑灭了，国内暂时出现了太平的局面。为了加强海防御外侮，左宗棠开始集中精力解决设厂造船的问题。
在这里涉及了洋务运动，我们先简单介绍一下。