但是大清的腐败已经深入骨髓，百姓缺衣少食，生活在水深火热之中。各地的农民起义不断，冲击着这个腐朽不堪的大清王朝；外国列强的虎视眈眈，更是让这个王朝如惊弓之鸟。
左宗棠第一次感到有心无力，自己就是有三头六臂，也无法改变大清的现状。他真有些搞不明白，自己为什么会死心塌地地为这个王朝卖命。既然自己的大半辈子都在走这条路，现在回头，否定追击，又有什么意义，只能是一条道走下去了。
小皇上还不到14岁，这少年天子不知道到底是什么模样。虎父无犬子，想想道光帝，那么洞察秋毫、明辨事理，他的孙子应该也不会差到哪里去。两宫太后都还年轻，据说西太后有当年武则天的女皇风范。左宗棠恨不得马上见见大清的灵魂人物。
八月十五日（9月30日），当左宗棠在养心殿真正见到两宫太后和小皇帝后，彻底失望至极。因为慈安、慈禧两太后只是询问什么时候可以将陕甘问题解决，对百姓的生活及国家的前途毫不关心。左宗棠只好谨慎地回答： “非五年不可。”结果，慈禧太后嫌时间太长了，要速战速决。
左宗棠心想，真是站着说话不腰疼，有本事你去打打看呀。当然这是左宗棠心里想的，对自己的领导说话要客气。所以，他罗列了一大堆困难，慈禧挥挥手道：“哀家不想听你诉苦，你就本着‘越快越好’这个原则带兵打仗吧。”接下来开始东一句西一句唠起了家常。左宗棠算是明白了，这次让他进京的唯一目的就是尽快镇压西北的回民起义，还大清一个安定的局面。
唠家常式的召见让左宗棠感到非常寒心，最让他想不通的是端坐在宝座上的小皇帝，望着远远的门帘子，并不看他。皇帝虽然年纪不大，但已经做了8年的皇上，接见大臣竟然一句话也不说，和摆设没有什么区别。不要说与12岁亲政的康熙相比，恐怕与前代多难之主的咸丰也不能相提并论。
太后、皇帝“同治”天下，原来就是这样“同治”啊。如今，在太后和小皇帝手中的大清朝是兴还是衰呢？明眼人都能够看出来，有这样的摆设君王和只顾京城安危的太后，想要再现康乾盛世，简直就是一厢情愿、痴心妄想。
在来京城之前，左宗棠就耳闻：作为一国之都的京城，乞丐成群，大白天公开抢劫屡有发生，市民连吃饭都成了问题。如今一见，果然不是传闻那么简单。京城如此，整个天下可想而知，好不到哪里去，恐怕迟早都要发生大变乱。
虽然国家安定久了，势必要走向纷乱，谁也阻止不了朝代的更迭。合久必分，分久必合，任何一代王朝都逃脱不了这个客观规律。但左宗棠着实不想看到这一天的到来。因为保卫大清江山是他的职责所在，如果大清不在了，他的信仰也就破灭了，没有了精神支柱，那他就和一个死人没什么区别了。
连年的征战，已经使大清满目疮痍，再加上洋人的侵略和欺侮，已经使全国上下都怨声载道。如果皇上不能拿出好的治国方略，体恤民情，那大清真的是无可救药了。
真是皇帝不急太监急，左宗棠虽然为大清的社稷担忧，但他也没有回天之力，只有做好自己的本职工作，为大清尽力罢了。
平定陕西回乱
同治七年十月十三日（1868年11月26日），左宗棠刚刚抵达西安，便着手与署陕西巡抚刘典等人商讨军情，把目标对准了陕西回军和董福祥等部“土匪”。
其实，在西捻军退出陕西后，回民起义军便大部转入到了甘肃。在陕西，除了董福祥领导的武装仍然在陕北一带活动，对清军造成很大的威胁，还有就是占据董志原的回民起义军了。
为了能够握紧拳头给敌人以重击，左宗棠决定先把“土匪”式董福祥的武装清理掉，然后再集中兵力对付占据董志原的回民起义军。
于是，左宗棠调派高连升、周绍濂、魏光焘、刘端冕、吴士迈等军“剿回”；令刘松山军从河南经山西赴陕北与陕北清军刘厚基、成定康、刘厚填等部进攻“土匪”。此时，署宁夏将军金顺也已经驻扎在陕北榆林。
部署完毕后，清军开始派重兵对陕北进行围剿，董福祥连战失利，十二月十八日（1869 年1月30日），刘松山等军在延安府定边县的镇靖堡击败董福祥军。董福祥的父亲董世猷、弟弟董福禄向清军投降，董福祥虽然突围成功，但他不想当一个光杆司令。于是，他又发挥了他一贯擅长的“墙头草”风格，在同治七年十二月投降清军刘松山部。
董福祥投降清军后，刘松山很赏识他的军事才能，委以前敌总指挥。董福祥所部经过精减，被编为“董字三营”。董福祥率领“董字三营”，冲锋陷阵，屡立战功。
接下来该对付盘踞在董志原的回民起义军了。
董志原在甘肃宁州境内的马莲河西岸，纵约一百五十里，横约二百八十里。这里不仅自然条件优越，地势平旷，土地富饶，可以耕种，也可以放牧，而且北通灵州，南达陕疆，是扼陕甘两省的咽喉宝地。
此时，虽然清军步步为营，取得了不少胜利，但左宗棠发现清军非常庞杂，编制不统一。他认为，自古在边塞用兵，不在多而在精。因为兵精的话，粮饷和运输问题就迎刃而解了。
所以，为了提高军队战斗力，把清军的最大威力发挥出来，左宗棠开始整顿部队，决定采取精兵政策。他下令淘汰疲弱军士，一律按楚军的编制加以整顿。同时，还在陕甘地区就地招募新兵。
到1869年时，左宗棠和刘典直接统辖的楚军就有步队五十五营、马队十五营，共三万人左右。再加上招降的“董字三营”，左宗棠变得异常自信，所以他完全没有把起义的回民放在眼里。
我们知道，自从1864年以后，陕西回民起义军主要以董志原为根据地。他们按原来的村寨或教坊关系择地而居，一个大的居住区叫做一营。营既是生产单位，又是作战组织。每营人数不等，多至数万，少则几千。陕西回民军在董志原共有十八大营，这是一支不可小觑的军队。
同治八年（1869年3月），左宗棠派兵向活动在正宁（今正宁西南）、邠州的回民起义军进击。回民军没有料到左宗棠的楚军如此强悍，在作战中严重失利，只好退回到董志原。
据守董志原的十八营回军在同治八年（1869年）二月多次分股反击，都被击败，后来又全力主动迎击，也没取得什么实质性的进展，只好又败退董志原。志在必得的左宗棠没有给回民军任何喘息的机会，派重兵压境。
伤亡重大的回民起义军决定改编，将原来的十八大营合并为四大营。面对气势正旺的楚军，回民起义军放弃了董志原根据地，准备撤往金积堡。4月3日，回民起义军一部护送家属辎重，分两路北撤，一部分埋伏在董志原断后，阻击清军，掩护撤退。但清军在起义军刚刚开始撤退时，便分路猛扑。结果，回民军又损失三四万人，仓皇撤退到金积堡地区。而清军则顺势占据了董志原一带并打通了进军金积堡的通道。自此，陕西回民起义以失败告终。
剿抚兼施的策略
在入甘前，左宗棠就了解到汉回仇杀的残酷情形，他认为甘肃官员负有很大的责任，他曾感慨地说：“甘肃之军，不能保卫百姓，反而扰民；甘肃之官，不能治理百姓，反而激起百姓的怨恨。”换句话说就是“官逼民反”，所以，左宗棠处理回事的政策是：剿抚兼施。
平心而论，左宗棠的政策是没什么大错的。因为中国是一个多民族国家，在漫长的岁月中，各民族自然融合，团结友爱、互相合作是历史的主流。在清代，回民和其他民族一样，也参加科举考试，也做官。虽然回汉在局部地区有过短暂的纷争和矛盾，但不曾扩大。同治元年至十二年间，陕甘一带的回汉矛盾激化，回民和汉民互相仇杀，回民大起义就是在这个当口发生的。
可恶的是，满人官员没有摆正天平，而是挑拨汉回关系，以至于使回族和汉、满关系降到了冰点。
左宗棠顺应时事，以“不论汉回，只辨良匪，以期解纷释怨，共乐升平”为原则，希望能够给西北百姓带来和平的生活。
在“剿抚兼施”中，左宗棠更看重“抚”，他认为回民之所以乱，是因为清廷歧视回民。如果朝廷能宣布政策：汉回一视同仁，那么，回民起义就会渐渐平息下来。
但左宗棠“剿抚兼施”的政策受到了来自各方面的阻挠。
一方面是地方士绅和部分地方“剿”派官员，他们希望左宗棠的大军能够对付回军，最好是把对方杀得片甲不留。但左宗棠非常厌恶这种变态的民族“仇恨”心理，坚决反对。所以这些人对左宗棠极为不满，常常给左宗棠设置一些障碍。
另一方面是满族高官中的“抚”派，这些公子哥儿们既胆小又不懂用兵，但却喜欢指手画脚。因为甘肃是个穷省，无兵可用，无饷可筹，再加上他们又接受了回军首领的贿赂，希望能够苟且偷安地过太平日子，所以极力主张“抚”。
还有，朝廷虽然同意了“剿抚兼施”的政策，但也给左宗棠很大的压力，命令他尽快平乱，稳定局势。而且在暗地里还怀疑他， 生怕他拥兵自重。
对左宗棠来说，主剿派和主抚派都不在话下，最让他寒心的是清廷对他的怀疑。为主子在外卖命，却得不到主子的充分信任，这的确是左宗棠的悲哀，更是清廷的悲哀。
在这里，你也许会问，左宗棠不是提倡“剿抚兼施”的政策吗？为什么对陕西回民毫不留情地剿杀呢？其实，左宗棠本来对陕甘回民起义是表示要“剿抚兼施”的，但是因为陕西回军曾经阻挠他镇压捻军，以致捻军进入山西、直隶，左宗棠也因此被清廷大加指责，所以他才下定决心全力剿杀陕西回军，让对手付出血的代价。
人无完人，左宗棠也不例外，他虽然深知冤冤相报没有尽头，但在陕西回民起义军面前，他还是毫不犹豫地选择了用武力解决问题。
给力的“马大善人”
俗话说，粮草未动兵马先行。
左宗棠一直认为，陕甘的事情，筹粮和筹饷是最主要的。也就是说经济是基础，如果没钱，就打不了胜仗、硬仗。而胜保、多隆阿、杨岳斌等人没有认识到在西北用兵的特点，一味增兵猛进，结果后方不稳，兵多饷少，粮运不继，遭遇失败就在所难免了。
所以，左宗棠决定实行稳扎稳打的方针。为了巩固占领的地区，他就地兴办屯田，解决了军粮困难的问题，稳定了大后方。
在军事策略上，左宗棠决定分三路向甘肃进军：北路军刘松山率部由绥德西进，佯攻花马池，实际上直指金积堡；中路军左宗棠和刘典率军自干州经邠州、长武赴泾州；南路军李耀南、吴士迈率部由陇州、宝鸡奔赴秦州。
在这三路大军中，北路军是重点进攻方向；中路军以协助北路为主：南路军切断其他义军与金积堡之间的联系，并摆出进攻河州的架势。
同治八年六月（1869年7月），左宗棠抵达甘肃泾州。在一切准备就绪后，左宗棠开始向甘肃回民起义军大举进攻，金积堡成了他第一个要攻克的目标。
金积堡在灵州西南50多里处，东通花马池，南通固原，西枕黄河。这里自古就是兵家必争之地，也是马化龙部回民起义军的中心。
如今，左宗棠面对的强硬对手就是以马化龙为代表的回民起义军。我们先来了解一下马化龙，看看他到底是何许人也。
马化龙是回族人，祖籍宁夏灵州（今灵武），中国伊斯兰教“哲赫忍耶”学派第五代教主，世居宁夏金积堡（今属宁夏吴忠市），富甲一方。他有智有谋，在回民中有较高的威望。
马化龙一家都是虔诚的“办道”者，他的祖父和父亲分别是“哲赫忍耶”学派的第三代和第四代教主。马化龙幼年过着比较清贫的生活，成为阿訇（波斯语，意为老师或学者，中国伊斯兰教教职称谓）后，和弟弟务农经商，生活开始富裕起来，便捐了一个千总武职。
1849年马化龙继任第五代教主时，内忧外患的清廷已经无暇顾及哲赫忍耶派的宗教活动了。马化龙借此机会，开始振兴哲赫忍耶。他一方面以经商为名来往于宁夏、甘肃、陕西等地，走访教众，宣传教义，扩大影响，同时倡导兴办经堂教育，培养本派阿訇、满拉。另一方面，组成商队，四处经商，增加经济实力，作为传教经费，并对贫穷教众给予经济援助。
他的儿子马耀邦善于理财，从东北、西南以至东南各大都市都有他们经商的足迹。所以，仅仅数十年间，就富甲一方。又由于他在灾荒之年，能以宗教徒的善念，对贫苦的回汉百姓给予施舍，所以赢得了“大善人”的称号。
由于受到太平天国和捻军的影响，不堪忍受清王朝残酷压迫的马化龙在同治元年发动了着名的宁、灵反清起义。他坐镇金积堡，指挥陕回各路反清大军攻陷城堡，并且多次把进攻的清军打得大败，战火大有燎原之势。
不仅打仗顶呱呱，在治理方面也是无可挑剔的。马化龙在金积堡地区执行团结汉民和重农事的政策，领导回汉人民兴修水利，增加粮食生产，促进了经济发展，受到当地群众的信任和拥护。
清廷见硬的不行，便改变了策略。
1865年，原多隆阿部将穆图善接任宁夏将军，督办甘肃军务。他采取招降政策，宁夏起义回民举城投降。马化龙虽然也接受了“招抚”，但地方公事及征收钱粮等都由他主持，还拥有委任参领、协领以至知州等大小官吏和管理军政事务的职权，所以仍然保持相当大的独立性。
虽然是天高皇帝远，但马化龙知道清廷是不会允许这种“独霸一方”的状况长期存在下去的。因此，他在向清朝地方政府输粮输款，表示恭顺的同时，暗自在金积地区修仓储粮，筑寨建堡，购马造械，时刻准备防御清军发起的进攻。
一个篱笆三个桩，一个好汉三个帮。马化龙深知只有联合更多的反清力量，才能更加强有力地对抗清军。所以，为了壮大自己的力量，他还与河州、西宁、肃州等地的甘肃回民起义军保持联系。另外，陕西回民起义军退入甘肃后，马化龙不断在物质上给予帮助。所以，马化龙实质上成为了陕甘回民起义的领袖人物。就连左宗棠也不得不承认这一事实。
惨烈的金积堡战役
虽然马化龙的民众基础很深厚，是一块不好啃的硬骨头，但箭在弦上，不得不发。就是崩掉三颗牙，左宗棠也要啃他一啃。他认为，从大局来看，想要平定陕甘的局势，非先攻下金积堡不可，所以，左宗棠对马化龙部采取“主剿”的政策。
其实，更深的原因是，左宗棠率领的大军在攻打董志原时，马化龙曾经用粮食和军火接济陕西回军，而且还给予逃到了金积堡的陕西回军以物质帮助。这让左宗棠非常恼火，对马化龙部无比痛恨，于是决定对金积堡的马化龙部全力围剿。
古代军事家孙武说过：“兵者，诡道也。”没有不用计谋的战争，战争就是敌我双方你死我活的较量，只有善用谋略，伪装自己，才能给对方造成虚幻的错觉，从而在乱中取胜。所以，北路清军刘松山进行了“官军只剿陕回，已抚之甘回安居无忧”的宣传，但这种宣传会起作用吗？还得画上一个问号。
1869年秋，北路清军刘松山部打着只剿陕回的旗号进抵灵州。中路清军则从固原、平凉北进，左宗棠本人也由泾州进驻平凉。这样，清军对金积堡形成了大包围的态势。