明眼人都能看得出来，清军来者不善，马化龙自然也看出了其中的端倪。所以，他领导的宁夏地区的回民没有被刘松山所欺骗，而是与陕西回民起义军一起抗击清军的进攻。
先看北路军。
当刘松山部从灵州向郭家桥进攻时，受到了沿途回民堡寨的枪炮阻击，驻守在宁安堡、同心城、预望城等地的陕甘回民起义军也前来助战，清军被阻在吴忠堡一带。另外，为了牵制北路清军，灵州回民起义军还破坏刘松山部的后方运输线，并乘虚攻占了灵州城。但刘松山部最终还是在9月8日攻占吴忠堡东面的郭家桥。
再看中路军。
在南线，马化龙派马万春率起义军一部前往预望城一带，妄图阻击清中路军的进攻。在此之前，白彦虎、杨文治等已经率陕西回民起义军残部从金积堡地区回到预望城、黑城子等地。但面对中路军的猛烈进攻，陕西回民起义军残部连招架之力也没有，更别说反击了。经过一番激战，回民起义军作战失利，先后失掉了预望城、黑城子、李旺堡等城堡。回民起义军一部分退回到金积堡，一部分相继撤离固原地区西行，经会宁、安定退往河州。
陕西回民军撤离以后，马万春部起义军孤军作战，无法阻止清军前进，以致同心城、韦州堡一带起义的回民大部向清军投降。
战争一开始就出现了一边倒的局面，这让马化龙很是恼火，他真正看到了左宗棠部强悍的一面。
不过，这没什么好担心的，对清军，马化龙一贯是采取两面手法：一边打一边求“抚”，如果打得赢，就打到底，如果打不赢，就求和。马化龙曾多次向清朝官府求抚，且改名马朝清，以表示对清朝的归顺，在同治四年由宁夏将军穆图善奏请赏加副将衔。这种有些无赖的手段让马化龙尝到了甜头，在西北游刃有余。
但现在面对的是强硬派左宗棠，马化龙的这个手段还行之有效吗？
当郭家桥一战失利后，马化龙便向穆图善、安定等替陕回军求“抚”，并说这次回军抵抗官军，是由刘松山挑起的。穆图善、安定都是主“抚”派，虽然他们也吃过回军的亏，也知道马化龙反复无常，但他们接受过马化龙的贿赂，希望得过且过，便告了刘松山一状，也等于是告了左宗棠一状。
清廷起了疑心，命左宗棠如实奏报，严肃处理。左宗棠早已洞悉了马化龙的诡计，无非是想赢得喘息的机会。不过，话又说回来了，如果真能和平解决金积堡的战事，也是功德一件。想想自己刚入甘时，马化龙也曾派人向自己请“抚”。所以，左宗棠命令部下认真对待回军请“抚”的事情。
再看马化龙，他本以为自己地处险要，清军不能深入，而且还有陕回军做挡箭牌，自己可以高枕无忧了。但他却打错了如意算盘，郭家桥的失败给他的震动不小。于是，他又派人到刘松山营中，代陕回军求“抚”。刘松山命他交出马械，他只拿一些瘦马朽械来敷衍了事。同时加紧修固堡垒，深挖战壕，积极备战。
这下，左宗棠彻底看清了马化龙的真面目，不再对和平解决金积堡抱有任何幻想，决定全力围剿，拿下金积堡。
11月中旬前后，中路清军打开金积堡的南面门户以后进到金积堡西南秦渠一带，距金积堡仅十多里。北路刘松山部在中路清军的策应下，又把灵州城夺了回来，打通了后路。至此，清军基本完成了对金积堡的包围。
但是由于回民起义军顽强抵抗，清军一时还难以得手，无奈，刘松山只好将驻定边、花马池的四营湘军调到前线参战。
11月26日，刘松山攻破马家寨等堡，搜获马化龙在10月17日给参领马重山、吴天德、杨长春纠党抗击清军的信札。清廷了解这一情况后，明白了马化龙假求“抚”的伎俩，终于发出了“迅图扫荡，不得轻率收抚”的“上谕”。
11月末，金运昌所部皖军也进到灵州一带。从12月起，刘松山和金运昌所部在北，雷正绾等部在南，开始会攻金积堡。
在金积堡外围，清军与回民军展开激战。清军采取步步为营的方针，相继攻占了吴忠堡周围和金积堡北面的堡寨。回军虽然伤亡很大，但他们没有放弃抵抗，依托秦汉二渠，挖壕筑墙，拼死防守。骑兵则主动出击，忽东忽西，不断袭击清军，在一定程度上打击了清军的士气。
我们知道，金积堡有两个地方是兵家必争之地：一个是西面的峡口，另一个是东面的永宁洞。峡口既是黄河青铜峡口，也是秦汉二渠的渠口；而永宁洞是山水沟（今山水河）通过秦渠涵洞的地方，秦汉二渠在这里会合，北流入黄河。这两个地方关系着金积堡的安危，但已经落入了清军的手中。
这样看来，形势对起义军非常不利，但战场的形势瞬息万变，谁也说不准下一刻将会发生什么。
1870年2月12日，回民军从河西履冰而过，夺回峡口。雷正绾等率部鏖战数日，除了伤亡惨重外，没有讨得一点儿便宜。
19日，雷正绾等清军被围，左宗棠下令黄鼎率部前往救援，又被包围。后来黄鼎和雷正绾虽然突围逃出峡口，但已经溃不成军。回军乘胜攻占河西广武营堡，并阻截清军粮道。
与此同时，回民起义军在永宁洞一带也发动进攻。2月9日晚，一千多起义军从金积堡东南的胡家堡突然进到秦渠南，占领了石家庄和马五寨几个村堡，抢修防御工事。石家庄扼秦渠之要，与下桥永宁洞水口紧接，为双方必争之地。
刘松山得知这一情况后，连夜率部来攻，回民起义军退到马五寨继续抗击。该寨墙厚壕深，刘松山部连攻不下。2月14日，刘松山在进攻马五寨时中弹而死。
刘松山是北路军的统领，也是左宗棠的左膀右臂，这员爱将的阵亡让左宗棠半晌无语、悲痛欲绝，更让清军将士士气低落。
不仅如此，还有更严重的问题摆在左宗棠面前：峡口丢失，粮道被阻。因为军中缺粮，甚至出现了兵丁弃甲夜逃的现象。这是左宗棠没有料到的，本来形势一片大好，结果却出现了这种戏剧性的场面。
回民起义军也绝对不是吃素的，因为他们也没有给左宗棠任何喘息的机会，而是乘机发动了大规模的反攻。一时战事吃紧，警报频传。与马化龙有联系的河州、狄道回民军也攻占渭源，直逼巩昌，甘肃战局发生了根本性的变化，战局对回民起义军十分有利。
面对这样的局面，清廷连下圣旨严厉斥责，在平凉的左宗棠如热锅上的蚂蚁，急得团团转。他本以为自己将深陷泥潭，无力收拾残局了，但老天爷还是眷顾他的，起义军的失策给了他重整旗鼓的机会。
此时的形势本来对回民起义军非常有利，但由于起义军缺乏统一的领导和指挥，各自为战，不能有力配合，没有把大好形势进一步发展下去。
先看金积堡地区的马化龙，他对清政府还抱有幻想，把战争的胜利当做筹码，几次向清军“求抚”，结果遭到拒绝。于是，恼羞成怒的他变得不理智了，下令分兵四出，虽然对永宁洞水口发动多次进攻也未能得手；虽然控制着峡口并多次放水，也没有给清军带来什么大的威胁。
这样一来，没有集中兵力给清军以致命打击，错失了良机。
再看进入陕西的起义军，由于没有建立起可以依托的据点，在清军的围追堵截下，被迫到处流动作战，最后只能败退到甘肃。
而左宗棠正好抓住了这个千载难逢的机会，开始重新调整部署清军。
俗话说人是铁饭是钢，军队更不能缺粮断饷，所以，左宗棠调集兵力截击进入陕西的回民军，并奏调郭宝昌部进攻花马池、定边，以便打通金积堡东路粮道。
还有，群龙不能无首，必须选一名得力干将来接替刘松山的位置，左宗棠把手下的将领过了一遍，命令刘松山的侄子刘锦棠接统老湘军，重新组织力量向金积堡进攻。
刘锦棠的确是一个响当当的人物，父亲刘厚荣、叔父刘松山，都是湘军中的军官。刘锦棠10岁时，父亲因镇压太平天国农民起义而丧生。成年后，他投入到叔父所在的湘军，随同叔父镇压太平军和捻军，为朝廷立下汗马功劳，积勋至州同、巡守道，还获得了“法福灵阿巴图鲁”的称号。
左宗棠“伯乐”的这个头衔不是吹的，刘锦棠后来的杰出表现证明他的确是发现人才的一把好手。
再看接任后的刘锦棠毫不含糊，一面加强对永宁洞的防守，一面派兵在黄河两岸夹河筑垒，保护河西运道，逐渐稳住了清军的阵脚。
为了抵御刘锦棠的进攻，马化龙依托秦、汉二渠挖壕筑墙，修堡建垒，使金积堡内外墙壁纵横，堡垒环列，渠水环复，易守难攻，还相继掘开了秦渠、板桥堰和山水河，使清军营地陷入一片水泊之中。
面对这些困难，刘锦棠毫不畏惧。他身先士卒，往来于烂泥之中，率领老湘军逐次进攻，步步为营。乘回民军出击陕西之际，重新发起进攻，将灵州至吴忠堡之间的堡寨逐一攻占，并夺取了金积堡北面秦渠上的蔡家桥水口，放水淹灌金积堡。
9月，刘锦棠和金运昌部攻破东关和南门外回军寨卡数十处，将数千所铺屋全部烧毁。面对清军的猛烈进攻，回民起义军英勇抗击，宁死不屈。经过数月后，清军付出了很大的代价，才攻占了金积堡外围各堡寨，开始转入对金积堡的进攻。
为从南面进攻金积堡，左宗棠令黄鼎、雷正绾率中路军夺取了峡口，并攻占金积堡西面汉渠内外二十多座回军垒卡，直逼金积堡西南的洪乐堡。
10月，清军完成了对金积堡的合围，金积堡已经成了瓮中之鳖。但左宗棠却高兴不起来，因为金积堡修筑得十分坚固，堡墙高4丈，厚3丈，周长9里，堡中有堡，防守十分严密。该采取什么策略一举消灭殊死抵抗的回民起义军呢？
左宗棠想起了当年曾国荃围攻太平天国安庆城的办法，便命令清军在金积堡周围挖掘两道长壕，内壕防金积堡内回军突围，外壕防其他回军来援。壕沟距金积堡半里至三里不等，壕深1丈，宽3丈，壕边筑墙，高达一丈多。他一面让清军分段驻守，把金积堡围个水泄不通；一面命令部下严密监视河州等地回民军，防止他们增援金积堡。
金积堡危在旦夕，河州地区回民军派出两队兵力前去救援，一队趋平番（今永登）、镇番（今民勤），一队走安定、静宁，但都被清军截击，没有能如期到达金积堡，实施有效救援。
10月28日，南路清军攻下汉伯堡。此时，金积堡外的570多座堡寨只有5座还没有被攻破。11月，马家滩、王洪寨回军撑不住了，投降了清军。左宗棠围城打援的战法初见成效。
被围的金积堡已经弹尽粮绝，在这种情况下，马化龙无力再战，他不忍心看着弟兄们跟着自己同归于尽。在同治九年（1870年）冬，他上书刘锦棠“以我一人之死，赎万众无罪之生”，决定以自己一人“抵罪”，换取堡中将士与百姓的生命。
11月26日，马化龙又派人给左宗棠送去一封书信，重申了自己投降之意，希望不要累及堡中的无辜百姓。此刻的马化龙已经是砧板上的肉了，左宗棠可以随意宰割，所以，他根本就没有讲条件的资本。
马化龙反绑了自己，一个人向清军大营走去。当他到了清军大营中时，没等说话便被关进了牢里。成者为王败者为寇，一个军事上的失败者只有被奴役和宰割的份儿。马化龙这只猛虎虽然不再有以往的威风，但左宗棠会放过他吗？
左宗棠深知老湘军与马化龙有不共戴天之仇，而且马化龙反复无常，总是利用求“抚”和投降来赢得反击的时间。对于这种人，左宗棠恨不得马上把他打入十八层地狱。但考虑到甘肃的局势还是要以“抚”为重，因为河州马占鳌早就有抚的意向，西宁马尕三也可能就抚。如果现在就把马化龙杀掉的话，对局势将造成不利的影响。
于是，左宗棠上奏朝廷，认为暂时不宜杀马化龙，等收复最后一个据点王家疃后，再根据罪恶轻重处置马化龙。清廷同意了左宗棠的请求，但给出了一个原则：不得以收复各处为乞恩，以伸国法，而快人心。
既然朝廷都决定严惩了，天王老子也救不了马化龙了。从这一刻起，马化龙的一条腿已经迈入了鬼门关。
接着，虽然马化龙和他的儿子马耀邦向清军交出各种火炮五十六门、各种枪一千多杆，并写信向王家疃庄等地回民军劝降，但这丝毫不能给他们带来生的曙光。
1871年3月2日，清军攻入王家疃庄。刘锦棠随即按左宗棠的预谋，以从金积堡内挖出马化龙藏匿不交的洋枪一千二百多杆为借口，将马化龙父子及其精悍部队一千八百多人全部杀害。
金积堡之战，清军虽然取得了全胜，但却付出了极大的代价。左宗棠直接调用的兵力有三万多人，还有大量部队保护粮道或配合作战，总计十二万人左右。还使用了包括从普鲁士进口的后膛大炮等新式装备，但仍然费时一年半，而且伤亡巨大，损失了多名大将。仅刘松山所部老湘军，营官损失四成左右，官兵死亡一千多人，因伤致残者达两千多人。
这是左宗棠始料不及的，他不得不承认：十多年剿发平捻所伤亡的人数都没有超过这次战役死伤的人数。这从侧面说明了“马大善人”的能量的确不容小觑。
戏剧性的河州之战
虽然左宗棠部攻打金积堡颇费了一番周折，并且伤亡巨大，但金积堡的攻陷对甘肃回军的震动很大。随着精神领袖马化龙的倒台，甘肃回军的形势急转直下。
形势一片大好，左宗棠的攻击也不会停止，他的下一个目标就是马占鳌据守的河州。我们先来了解一下马占鳌这个人。
马占鳌是河州牟泥沟河家庄人，先世念经传教，他本人也是阿訇。他富有谋略，敢作敢为，经常“济贫恤孤”，反对放债谋利，严于律己责人，声名渐渐地威震四方。在清末西北回民大起义中，马占鳌是一位举足轻重的人物，也是“三马”家族势力形成的最为重要的奠基者。
河州在兰州西南并与省城相连接，是一个多民族聚居的地区，除回族以外，还有撒拉、东乡等民族。1862年陕西回民起义爆发时，河州地区回民就积极响应，并推选马占鳌为主帅。当时的陕甘总督熙麟一时无法镇压，只得派人“抚谕”。1867年9月，河州回民起义军假降，署理陕甘总督穆图善出省受降，几乎被生擒。从此，河州一直在回民起义军的控制之下，成为甘肃回民起义军的四大基地之一。
由于清军在金积堡之战中损失巨大，不少将士都有了回乡的念头。为了增加胜算的几率，在进攻河州前，左宗棠进行了一系列的准备工作：
首先，甘南清军冗杂，战斗力很差，多次被回军所败。所以他加强和整顿了甘南部队，提高军队的战斗力。其次，河州在洮河以西，从狄道、陇西、安定等地用兵，必须渡过洮河，所以，左宗棠命令清军准备好渡河用的船只和架桥器材。另外，还整修道路，以便利部队调动和转运军需、传递文报等。左宗棠还派出部队专事转运，命令清军在静宁等地储存三个月粮草。
一切准备就绪，只等一声令下，左宗棠便可率领三军给河州的回军致命一击。
进攻日期的选定，左宗棠也费了一番心思。河州一带夏粮秋粮分别在7月底和9月底收割，所以，左宗棠把进军时机选定在收获季节，以便就地取粮，更好地解决三军的粮草问题。