1871年7月底，左宗棠下令四十多营清军分三路向河州挺进：中路傅先宗率鄂军从狄道渡河，左路杨世俊率楚军取道狄道南面的南关坪进峡城（狄道南九十里），右路刘明灯率部由马营监经红土窑进康家崖（狄道北五十五里）。
同治十年八月初二日（1871年9月16日），左宗棠率军抵达安定（今定西县）后，即向河州马占鳌部回军发动攻势。
洮河东岸的康家崖和狄道，是河州回民军的两个出入口。狄道被清军占领后，康家崖便成为起义军出入河东的唯一通道。因此，回民军着重加强了康家崖对岸一带的防御。
面对清军的猛烈攻势，回军为缩短战线，重点防守，便在洮河东岸进行了阻击，给清军以一定的杀伤后，就撤往河西，驻扎在离洮河西岸十里的三甲集一带。
没想到马占鳌是个软柿子，尝到甜头的清军从几个方向会攻三甲集，妄图一举消灭河州的回军。三甲集虽属狄道，却是河州的第一重门户。但为了诱敌深入，回民军有意放弃三甲集，采取节节阻击的办法，逐渐退至太子寺（今广河）。
太子寺在三甲集西南三十多里处，是河州重要的关隘。河州回民起义以来，太子寺成了起义军的重要据点。马占鳌领导回民军环绕太子寺挖掘长壕一道，深约二丈多，宽四丈多，并在险要处设置了许多关卡和堡垒。
只要攻下了太子寺，河州就唾手可得，清军就取得了全面的胜利。急于取胜的清军直逼太子寺，回军依托有利地形顽强抵抗，打退清军多次进攻。清军损失惨重，转而从南面进攻。回军又在太子寺寨外挖掘深壕二道，并派出小股部队袭击清军运粮部队，截夺军粮。清军断粮，只得宰牛马为食。
心急吃不了热豆腐，好在，拿下河州已经没什么悬念了，所以左宗棠心里暗自高兴。但战场的形势瞬息万变，貌似有利于清军的形势正在悄悄改变。
进攻太子寺的清军密布于太子寺南面二十多里的新路坡。马占鳌侦察后发现坡上有个稍低的山头没有清军驻守，便在2月12日晚派马海晏率精干回民军数百人乘夜悄悄地潜入新路坡，占领山头。马占鳌又密派千人连夜浇水砌墙。虽然当时正是隆冬季节，但在一夜之间硬是筑成光滑坚硬的三座堡垒。第二天，清军发现回军堡垒突然出现在他们的阵地中间，大为震惊。
中路统领傅先宗立即调派部队，企图拔掉这个钉子。马海晏沉着应战，多次打退清军的进攻。14日，傅先宗亲掌大旗督兵猛攻，结果阵亡沙场。清军统领的丧失让军心开始动摇，防守的回民军乘机出击，抄到清军后面。清军两面受敌，又没了将领指挥，一下乱了阵脚，纷纷弃垒逃命。
太子寺一战，清军损兵折将，全线溃退三十多里，而且粮运梗阻，几乎到了不可收拾的地步。这让左宗棠大惊，急忙重新调配军力，应对这一惨痛的失败。
这个胜利对回军来说是一个不小的胜利，多数回军将领主张乘胜反攻，扩大战果。但是，马占鳌听说左宗棠正在调动军队，又听说西宁回军已经投降，他感到大势已去，如果继续抗争的话，只能做无谓的牺牲，便想用起义军取得的胜利作为投靠清朝统治者的资本。于是，他召集起义军将领议事，力主向清军缴械投降。随后，马占鳌派他的儿子马安良等人前往安定向左宗棠求降。
这个消息对左宗棠来说，绝对是一个天大的好消息。但想想出尔反尔的马化龙，他就感觉其中有诈，毕竟，现在回军处于优势，没理由投降的。
为了消除左宗棠的顾虑，马占鳌亲自向左宗棠“请罪”，向清军交出骡马四千匹、枪矛一万四千多件，换取了左宗棠对他的信任和赏识。马占鳌投降后，将部队按楚军的编制改编为三旗马队，转过头来镇压西宁等地的回民起义军。
不久，左宗棠又从马占鳌回军中挑选两营，饬马占鳌督带，并赏马占鳌五品顶戴翎顶。 这样，左宗棠捡了个大馅饼，比较顺利地解决了河州问题。
河州平定后，在同治十一年七月十五日（1872年8月18日），左宗棠便从安定进驻任所省会兰州，距离被任命为总督之时，已经有6年之久了。
民心向背的西宁之战
甘肃回民起义军的四大基地，清军已经攻克了两个，接下来该攻打第三个堡垒——西宁了。在讲西宁战役之前，我们先讲一个和当时政治形势关系比较密切的小插曲。
清军开始进攻河州回军的前七天，即同治十年七月二十五日（1871年9月9日），左宗棠接到了清廷的一个“上谕”，内称俄国已派兵于五月十七日侵占伊犁，并听说俄国人还想带兵前往乌鲁木齐。
这俄国人占了伊犁还不罢休，真是贪得无厌。其实，他们的胃口是整个新疆，所以对乌鲁木齐也垂涎欲滴。
清廷着急了，赶紧诏命荣全署伊犁将军，前去收复伊犁；还命乌鲁木齐提督成禄统率所部出关，与都统景廉会合收复乌城。又命刘铭传率淮军绕赴兰州北路，由甘、凉、肃一带出关，节节前进，收复新疆各城。并命左宗棠进攻肃州。
军情紧急，左宗棠本应统筹全局，和各部军队共同抵御沙俄入侵者，但他分析了当时的军事形势，认为用兵应该先关内、后关外，当然也可以先派部分军队出关。但总的来说，关外还没有到最紧急的时候，应该先集中优势兵力，肃清关内。
不过，肃州是通往新疆的通道，所以在得到诏令后，左宗棠先派徐占彪率军开赴肃州，消灭肃州回军，以便打开西进的道路。而他的大军则在攻下河州后，迅速向回军的第三个堡垒——西宁进攻。
左宗棠能根据实际情况做出自己的判断，而不是照搬圣旨。这是一名军事统帅必不可少的特质。所以，左宗棠之所以能取得让人羡慕的军事成就就不足为怪了。
在这里想到了拿破仑，如果在滑铁卢战役中，格鲁希元帅不墨守成规，能根据瞬息万变的战场情况做出增援滑铁卢法军的决定，拿破仑就不会兵败滑铁卢，历史就会重写。可悲的是，格鲁希元帅没有左宗棠的这种特质。
废话少说，言归正传。
在清代，西宁是甘肃的一个府治，管辖西宁、碾伯（今青海乐都）、大通三个县和贵德、循化、巴燕戎格（今青海化隆）、丹噶尔（今青海湟源）四个厅。从1862年以来，马文义（又名马尕三）领导的起义军力量迅速发展，屡次打败“进剿”的清军和民团，占领了碾伯至享堂（今青海民和北）的大道，截断了兰州至西宁的交通。马文义死后，马桂源、马本源即成为西宁回民的首领。西宁周围完全被回民军所控制，成为甘肃回民起义军另一个重要基地。
虽然接连取得胜利，但左宗棠不敢有丝毫的大意，调自己的爱将刘锦棠所部老湘军进攻西宁。1872年9月初，刘锦棠率部队十八营从平凉进抵碾伯。
大敌当前，回民起义军本应联合一切抗清的力量全力抗敌，但西宁回军首领对于要不要同经河州来到西宁地区的陕西回民军一起抗击清军进攻的问题出现了分歧。这是有一定原因的，金积堡失败后，一些回民领导人意志消沉，思想动摇。当河州之战正在进行的时候，有人就有投降之意。但是马化龙投降被杀的沉痛教训让他们暂时放弃了投降的念头。
9月12日，马桂源密约白彦虎、崔伟、禹得彦等在西宁东关家中召开紧急会议，一致主张西宁回军和陕西回军联合起来，共同战斗，并推举马本源为大元帅，统一指挥各部起义军对抗清军的进攻。
西宁在湟水南岸，湟水两岸高山对峙，是易守难攻之地。一条岸路宽仅数尺，人马只能鱼贯而行。回民军在山上筑起坚固的堡垒，驻重兵防守。
刘锦棠率领清军刚出碾伯不远，就遭到回民起义军的迎头痛击。回军利用有利的地形条件，一面坚守据点，一面派兵偷袭清军，阻截粮道，清军只能穷于应付，不能组织起有效的进攻。
从9月中旬到11月中旬，回军与清军接连交战五十多次。清军损兵折将，不能前进。左宗棠只得增调刘明灯率马步六营驻碾伯西南，专司护送；调杨世俊、吴隆海率马步十一营增援刘锦棠部。
刘锦棠部和援军会合后，开始发动猛烈攻势。
回民军的据点再坚固，也架不住清军的轮番进攻。在清军的紧逼之下，马桂源、马本源率领回军从西宁城内撤出，在外围作战。城内只剩下汉族和满族官员、3万多汉民和少数没有撤出的一千多回民。汉民便乘机关闭了城门，推举西宁道郭襄之守城，等候清军。
马桂源、马本源怎么也想不到后院会起火，相当恼怒，便用相当大的力量去围攻西宁城，结果陷入了两面作战的困境中。
刘锦棠抓住时机，指挥清军用开花大炮猛攻起义军堡垒。回民军因两面作战，兵力分散，阻挡不住清军的强大攻势，大峡至小峡一段隘路逐渐失守。
同治十一年（1872年）十月，在几路大军的围攻之下，马桂源、马本源兄弟回天无力，便放火焚烧东关，然后率部队逃往东川，不久又逃到巴燕戎格。就这样，被围困两个多月的西宁被清军攻了下来，城内男女3万多难民夹道欢迎清军的到来。
11月19日，刘锦棠部进入西宁，陕西回军首领崔伟、禹得彦等也率部投降清军，只有白彦虎率领的一部退到大通，与马寿领导的当地回民起义军一起继续坚持斗争。
刘锦棠命令已经投降的崔伟、禹得彦等所部回军为前导，北攻大通。若想攻下大通，就得先攻下大通南面的向阳堡。1873年2月1日，清军开始进攻向阳堡，刚开始，回民起义军凭堡放枪掷石，后来还展开了巷战。结果，清军付出了惨重的代价，才攻占了向阳堡。据记载，仅提督、总兵、副将被击毙者即达十人之多。
攻下向阳堡后，刘锦棠部又攻占了大通。但白彦虎仍然拒不投降，率领两千多人向北逃去，退到了肃州一带。
斩草就要除根，左宗棠是不会放过逃到巴燕戎格的马桂源、马本源的三四千回军主力的。他派人从河州进攻，同时派马永福前往“招抚”马桂源、马本源的部下，孤立敌人。3月2日，在甘肃提督马占鳌的策划下，马桂源、马本源在巴燕戎格东山被俘，后在兰州遇害。清军占领巴燕戎格城后，不久又攻占了循化，西宁之战便宣告结束了。
血战肃州城
肃州是西北的重镇，从甘肃进入新疆的要冲，也是回军最后的一个强大据点。
1865年初，在陕甘回民起义浪潮的影响下，凉州（今武威）回民首先起义，接着马文禄在肃州起义，占据嘉峪关和肃州城。
清政府为了镇压新疆回民起义，急图打通甘新通道，便命正在甘肃的新授乌鲁木齐提督成禄先率兵攻取肃州。由于马文禄的势力不断加强，再加上肃州地势险要，清军的多次进攻都被回军击败。在万般无奈的情况下，1868年，成禄和甘肃提督杨占鳌在“招抚”的名义下，与马文禄讲和。