光绪三年（1877年）初，中国第一任驻英公使郭嵩焘抵达伦敦。英国外交部又加紧向郭嵩焘提出“调停”建议，还让到英国求援的阿古柏使者直接与郭嵩焘来往。同年4月，英政府又宣布将派罗伯特·肖充任驻喀什噶尔“公使”，极力支持阿古柏集团。于是，郭嵩焘往国内写信，称英国“调停”是千载难逢的机会，放弃南疆才是明智之举。
在这种国际形势下，清朝内部停止进军南疆的呼声也日益高涨。
虽然左宗棠能打敢拼，但万一真的和英国开战了，他能胜利吗？没有人能回答这个问题。清廷最高统治者开始犹豫了，因为两次鸦片战争给清政府留下了严重的后遗症，在英帝国面前，清政府永远不敢抬头。
但清廷最高统治者还是决定征询一下左宗棠的意见，再做最后定夺。1877年7月26 日，左宗棠复奏清廷，批驳了放弃南疆的主张和英国庇护阿古柏的险恶用心及卑劣行为。
左宗棠的力争和前线军事的顺利进展给清廷吃了定心丸，最后，清廷决定力挺左宗棠，全力进取南疆。
威妥玛的努力没有取得任何效果，他只能留下几句狠话过过嘴瘾，灰溜溜地无功而返。
被人当软柿子捏的晚清政府，总算做出了一个正确的决定，让世人看到了软弱背后比较强硬的一面。
进军南疆第一枪
虽然清军收复乌鲁木齐这一记重拳只是动了阿古柏的皮毛而已，但还是给盘踞在南疆的阿古柏匪帮以沉重的打击。
从兵法上来讲，应该乘胜追击，一鼓作气，把敌人打得连喘气的机会也没有。然而清军收复玛纳斯，还师乌鲁木齐时，已届冬令。如果立即进兵，则正赶上大雪封山，无论筑垒、支帐都不方便。再说，全军有一半将士身体不适，需要休整，而且后勤保障也跟不上。针对这种情况，左宗棠决定全军暂且休养生息，等第二年雪融冰消时，再全力进兵南疆。
再看阿古柏得知北路全失后，非常惊慌。本来以为借助英国的势力能够让左宗棠退兵，结果却空欢喜一场。但他还是企图凭借天山之险，负隅顽抗。因为他的主力部队还在，加上逃来的马人得与白彦虎残部，总兵力达到了27万多人。他手里握有的这张王牌就是能与左宗棠一拼的枪杆子。
于是，阿古柏开始着手加强达坂城——托克逊——吐鲁番一线的防务。达坂城是天山的要隘，他派大总管爱伊得尔呼率精兵4000人在这里坚守；又命马人得和白彦虎守卫吐鲁番；在托克逊修筑三个城池，互为犄角，让次子海古拉率步、骑6000人，大炮6门坚守。阿古柏本人则退到托克逊以南800多里的喀喇沙尔指挥。
经过一番布置后，阿古柏认为凭借天山防线以逸待劳，可以确保万无一失，于是又做起了春秋大梦。
对左宗棠来说，若想率领大军南下，必须先攻取阿古柏利用天山关隘重点设防的达坂城、托克逊、吐鲁番三角地区。只有攻下这三个地方，才能打开南疆门户，形成势如破竹之势，彻底摧垮阿古柏政权。
在正确分析了军事形势后，左宗棠多次告诫前敌将帅，在屡胜之后千万不可骄傲大意，要稳扎稳打、步步为营。既不要轻率进兵，也不要把希望寄托在敌人的内变上。
眼见手握重兵的左宗棠迟迟没有动静，清廷沉不住气了。光绪二年十月（1876年11月），清廷催促左宗棠迅速率兵南下。
这时，刘锦棠的病已经痊愈，可以带兵出征了。但将在外，君命有所不受。作为主帅，要做到在战略上藐视敌人，在战术上重视敌人。所以左宗棠仍然坚持自己既定的方针，采用“缓进急战”的战略战术。他安排全军在乌鲁木齐过冬，错开不便行军和转运的严冬，让各营官兵获得治病养伤、休整的机会。同时肃清各路残匪，稳固后方。等到来年春暖花开、冰雪消融后再展开新的攻势。
左宗棠没有屈从于朝廷的一纸命令，而是根据自己的判断，做出正确的决策，这一点真是难能可贵，为收复南疆奠定了坚实的基础。
为了保证战役的顺利进行，清军统帅左宗棠决定：仍以刘锦棠为南进主力，攻打达坂城；而疲弱的金顺部则加以裁并，留守北疆后路，全力为刘锦棠部稳固后路、保护粮道。另外，奏请调驻扎在包头统领金运昌率马步兵5000多人出关到古城至乌鲁木齐一线防守，从而替换原来驻扎在该地的湘军徐占彪、张曜等部进攻吐鲁番。等两城克复后，再攻取托克逊。
由于刘锦棠部连续作战，部队减员较多，急需补充。左宗棠除从兰州防营挑选近千名士兵补充湘军缺额，调侯名贵炮队归他指挥外，又将肃州镇总兵章洪胜、总兵方友升、桂锡桢所率马队3营，调归刘锦棠指挥。这样一来，刘锦棠的南征军一下子达到29营，大大增强了湘军的战斗力和机动性。
光绪三年（1877年）二月，前线部队已经休整3个多月了，清军官兵个个情绪高昂、斗志旺盛，尤其是急性子刘锦棠多次向左宗棠请求发兵，收复失地。但当时金运昌的“卓胜军”还没有到达指定的驻地，所以，左宗棠仍然按兵不动。
光绪三年三月，金顺已被清廷任命为伊犁将军，驻守玛纳斯以西，负责北疆西部地区的防守，并监视伊犁俄军的动向。金运昌所率“卓胜军”也抵达乌鲁木齐一线。而且天山的冰雪也开始化冻，西征军南进的时机已经成熟。
左宗棠命刘锦棠与徐占彪、张曜共同约定进攻日期，以便三军协同作战。这样，经过几个月的休整和补充后，光绪三年三月（1877年4月），攻打达坂城、吐鲁番和托克逊的战斗终于打响了。
全军按照原定计划分三路并进：刘锦棠亲率马步各营及炮队从乌鲁木齐翻山越岭，进军达坂城。同时，张曜和徐占彪分别从哈密和巴里坤西进吐鲁番。这样，西征军从东面和北面对达坂、吐鲁番、托克逊一带的阿古柏匪帮主力展开了强大的攻势。
这次南征，清军的总兵力约50营，共两万多人，和阿古柏布防的守敌人数大致等同。但作为进攻的一方，要攻破坚固的壁垒，自然要费一番力气。
三月初一日（4月14日），刘锦棠亲率马、步各营旗及开花炮队南下，首先拔除了敌人外围据点，并在初三日（4月16日）抵柴窝堡驻扎，通过侦察得知达坂城守敌毫无防备。兵法上讲究兵贵神速，所以，刘锦棠决定打敌人一个措手不及。他命陕安镇总兵余虎恩和董福祥等人率马队9营，汉中镇总兵谭上连等率部队4营，乘夜进军，衔枚疾走，务必在黎明前到达达坂城，完成对守敌的合围。
达坂城附近有一片草泽，为了阻止清军，守敌将湖水引入草泽中，形成一道淤地，深及马腹，成为达坂城的一道天然屏障。但区区一个沼泽地岂能阻挡大军前进的步伐？余虎恩等人率队在半夜到达坂城郊外，官兵们都下马蹚过泥水，迅速占领了达坂城周围的有利地形，在一夜之间就神不知鬼不觉地包围了达坂城。
当天亮时，面对从天而降的清军，城上的守军惊慌不已，赶紧命令加强防守并用枪炮猛烈轰击城下的清军。因为清军的大炮还没有运到，此刻攻城的话，会造成很大的伤亡。所以，刘锦棠命令清军官兵在四周修筑营垒，挖掘壕沟，暂时按兵不动。
当天中午，为了摸清敌军实力，刘锦棠不顾个人安危，亲自骑马在城外的战壕前巡视。城上的子弹如雨而下，他的多名随从亲兵被流弹击伤，就连刘锦棠自己的坐骑也中弹立毙。在这种危急情况下，左右随从都劝说刘锦棠赶紧离开前线回营寨。但刘锦棠不为所动，换了一匹战马继续巡视。
有这种把自己的生死置之度外的大将，真是清朝的万幸。从此刻起，战争的天平就开始向清军这边倾斜了。
随后，刘锦棠一面命令各军不仅要防止敌军突围，而且还要狙击敌人的援军，争取早日拿下达坂城。
初五日（4月18日），宁夏镇总兵谭拔萃押解几门开花大炮来到前线，大大增强了湘军的攻击力量。于是，刘锦棠命令立即修筑炮台，做好攻城前的准备工作。
就在清军紧锣密鼓地做攻城准备时，正如刘锦棠所料，从山后来了约千人的敌军增援骑兵，结果被早有准备的清军一举击溃。
当时，阿古柏在南疆的统治不得人心，他采取一套民族压迫、经济剥削、特务监视的野蛮、残酷手段。没有法律，不讲道理，安集延人可以肆意横行。当时有这样的记载：“在现今的南疆是很难生活的，无论是人身安全和财产，都没有保障，人人都在为明天担心。”
哪里有压迫哪里就有反抗。各族同胞对安集延人痛恨不已，当听到清军围困达坂城后，都暗暗欢欣鼓舞。还有少数维吾尔族同胞冒险从城中给清军带来了情报：城中的敌人盼不到援军，准备要逃跑了。
这个消息非常重要，刘锦棠命令各军加强戒备，防止敌人逃窜。到了夜晚，各营都点起火把，照耀得如同白昼一样，结果，敌军夜晚突围的企图也化为了泡影。
初七日（4月20日），炮台陆续建成后，刘锦棠命令用大炮对城内进行连环轰击。清军炮火首先摧毁了城中敌军的炮台，接着又把城墙轰塌了多处。更巧的是，一颗炮弹正好击中了敌人的弹药库，引起山崩地裂般的爆炸，顷刻间浓烟弥漫，一片火起。加上正刮着大风，火焰迅速蔓延起来。敌人储存的弹药被不断引爆，连续不断的爆炸让敌人肝胆俱裂。城中守敌犹如一群无头苍蝇，四处乱窜，伤亡惨重。
敌人乱了自然是好事，于是，清军乘势发起攻击，经过短时间的激战，敌军被击毙2000多人，其余的都纷纷举手投降。结果，俘虏1200多人，缴获马匹800多、枪炮1400多件、大炮1门等等。
就这样，刘锦棠率兵闪电式地打了一个漂亮的歼灭战，南疆门户第一座要塞达坂城被攻克了。
连克两城
能在这么短的时间内攻克达坂城，刘锦棠功不可没。左宗棠不禁感叹：有刘锦棠在，真好。他连夜写了奏折为自己的爱将邀功。
对被俘的南疆土尔扈特人和维吾尔人，刘锦棠都给他们衣粮，让他们回到原来的部队中，等候官军前进，或做内应。这一做法对瓦解敌军起了很重要的作用。
从达坂城到托克逊只有不到两天的路程，被释放的俘虏到达托克逊后，达坂城被攻克的消息迅速在敌营中传播开来，让南疆的敌人大为震动。阿古柏的各级官兵都乱成了一团，十分恐惧，部分士兵或者投向西征军，或者逃回喀喇沙尔。
阿古柏的幼子哈克库里伯克担心俘虏被释放的消息会削弱军队的战斗意志，于是按照他父亲的命令，在喀喇沙尔处死了部分逃到那里的达坂城人，其余活着的人又逃回到清军那里去了。如此残酷的措施让阿古柏大失民心，在一定程度上反而帮助了清军。
面对胜利，刘锦棠没有昏了头脑，他认为不能给敌人喘息的机会，应该一鼓作气消灭敌人的有生力量。于是休整几天后，在三月十一日(4月24日)夜，率领大军秘密起程，并在第二天抵达白杨河。
为了能更快地攻克吐鲁番和托克逊，刘锦棠决定赌一把，把优势兵力分成两部分给敌人以重击。一路由道员罗长祜等人率马步6营3000多人向东南进军，与徐占彪、张曜会攻吐鲁番；一路由自己亲自统率马步14营7000多人，从西南直捣托克逊。
当刘锦棠的大军到达距离托克逊不远的小草湖时，从托克逊逃出的维吾尔人口中得知，托克逊守敌海古拉已经弃城西逃，而白彦虎正在指挥部下烧杀抢掠，准备裹胁当地居民一起西逃。居民们不堪忍受这样的蹂躏，请求大军速进，解救处在水深火热中的老百姓。
事不宜迟，刘锦棠马上派黄万鹏率骑兵先行，步兵随后，奔袭托克逊。在十三日（4月26日），行军到距城十里的地方，只见前面火光冲天，隐约听见枪炮声，知道敌人又在围攻庄堡，烧杀抢掠了。
黄万鹏率领骑兵向前突进，托克逊的敌军没有料到官军来得这么快，仓促应战，逐渐包围了黄万鹏军，双方展开了一场激战。幸好刘锦棠率步、骑大队人马及时赶到，分兵三路，冲散了敌人的包围圈。
面对清军齐鸣的号鼓，震天的杀声，敌军开始败退，还放火自焚了存粮和弹药，弃城而逃。西征军紧追不舍，把敌军杀得抱头鼠窜。
这场战役，清军毙敌2000多人，生擒百余人，夺获数百匹战马，2000多件枪械，而清军只伤亡了90多人。就这样，刘锦棠顺利地收复了托克逊，可惜的是让海古拉和白彦虎逃跑了。
再看徐占彪和张曜两路人马也不甘示弱。
在刘锦棠从乌鲁木齐进兵达坂之前，张曜派出所部记名提督孙金彪率领五营进驻东、西盐池。三月初一日（4月14日）徐占彪部出发后不久，在盐池便与孙金彪会师。三月初五日（4月18日），他们悄悄度过戈壁。在三月初八（4月21日），把吐鲁番东南的七格腾木攻取了下来。三月十二日（4月25日），又攻克胜金台、连木沁台、鲁克沁各城。
三月十三日（4月26日）凌晨，张曜、徐占彪等部主力到达吐鲁番城郊，此时罗长祜部湘军也前来会师， 兵力更加强盛。守敌马人得看不到胜利的希望，只好率部投降了。
西征军接受了马人得献城投降，命他缴呈马匹、枪械，然后加以安抚，让他和兵众都操旧业，安定生活。至此，清军收复了吐鲁番全境。
吐鲁番被收复后，通向南疆的大门就彻底向清军敞开了。这得益于刘锦棠运筹帷幄、决胜千里和将士奋勇向前、所向无敌。其中，刘锦棠居首功，赏戴双眼花翎。我们知道，按照清制规定，不是贝子贝勒是不能戴用双眼花翎的。刘锦棠以监司受戴，为二百年所未有，可见，朝廷对这员虎将厚爱有加。
达坂城、托克逊、吐鲁番之战是双方主力的一次大决战。在这次决战中，敌军大概损失了二万人。相当于阿古柏在这一地区整个防守兵力的五分之四，约占其总兵力的一半左右。这对阿古柏来说是一个致命的打击。接下来，清军肯定会发动更加猛烈的攻势，他铁定是没好日子过了。
这次用兵神速是古今所未有的，从三月初一日刘锦棠从乌鲁木齐出发，到三月十三日官军克复托克逊和吐鲁番，只用了短短12天的时间。左宗棠对这次战役非常满意，他这样评价道：这实在是西域用兵以来从来没有过的事情。
左宗棠的喜悦之情不必多言，自古都是一家欢喜一家忧。胜利者从来都不缺鲜花和掌声，但失败者就没这份好心情了。
老左也想砍人
阿古柏本来设防于达坂、托克逊、吐鲁番三城，形成坚固的三角防御体系，如果一点受到攻击，其他两点可以互为支撑，分兵救援。另外，阿古柏还在南山板房沟、水西沟一带埋设伏兵，妄图偷袭西征军后路，牵制西征军主力南下。但左宗棠派出优势兵力攻打达坂、托克逊、吐鲁番三城，还命刘锦棠、徐占彪搜山排进。结果，阿古柏绕袭西征军后路的诡计没有得逞，他的三角防御战术也被击破了。
南疆门户洞开，阿古柏的精锐部队又折损大半，维吾尔族同胞对他残暴的统治早就怨声载道，也都准备配合官军随时起义。此刻，阿古柏真的成了孤家寡人，他自知大势已去，自己无力回天。