此刻，阿古柏面前有三条路可走：一是死战到底，二是夹着尾巴逃走，三是自裁。作为一个侵略者，他已经把新疆当成了他的第二个故乡，本想在这里作威作福，终老此生，没想到半路杀出个左宗棠。他不愿意逃走，更不愿意和清军死战，所以他最终选择了第三条路。
自从丢掉吐鲁番后，阿古柏便从喀喇沙尔退守库尔勒。在四月十七日凌晨，他在库尔勒服毒自尽，结束了自己可耻的一生。
阿古柏的次子海古拉听到父亲的死讯后悲伤不已，把坚守库尔勒的重任交给白彦虎后，便把父亲的尸体包裹进香牛皮里，与死党一起运送遗体向西逃去。
俗话说，树倒猢狲散，如今阿古柏倒下了，这群匪帮为了争夺汗位注定会分崩离析、刀剑相向。
果然，在海古拉离开库尔勒两天后，艾克木汗就登上了汗位，接着向西占据了阿克苏。
五月十三日（6月23日），海古拉从阿克苏赶往喀什噶尔，在离喀什噶尔不远的克孜勒苏河桥上遇到长兄伯克胡里。父亲的尸骨未寒，处在悲伤中的海古拉没想到这么快就要和哥哥刀剑相见，所以对哥哥伯克胡里毫无防备，结果被杀死在桥上。就这样，伯克胡里率部占据了喀什噶尔。
六月，伯克胡里率领五千人进攻刚刚占领阿克苏的艾克木汗，结果，艾克木汗大败，投靠了沙俄。
阿古柏匪帮内部人心涣散、一片混乱。一些原本依附阿古柏的南疆上层分子见势不妙，便也纷纷投降清军。所以，阿古柏建立的所谓“哲德沙尔汗国”已经处在分崩离析的状态之中了。
盛夏一过，经过休整补充的刘锦棠所部的兵力已经达到32营，而敌方由于内讧，已经成瓦解之势。可以说，形势对西征军非常有利，全军也做好准备，等军粮运到后，就一鼓作气，攻占南疆的全部失地。
自古都是如此，不管你胜也好败也好，总有一些不和谐的声音出现。
这不，在胜利指日可待之际，朝中一批患有“恐外症”的人又站出来反对进兵南疆，首先发难的是库伦大臣志崇。他还是老调重弹，如果进攻南疆，强大的英俄很可能会参战。那么，清军就会陷入进退两难的困境。只有“划定疆界”，与英俄讲和才是大清唯一的出路。
朝中有些人也附和志崇的主张，认为西征军耗费过大，如今既然收复了乌鲁木齐和吐鲁番，就应该节省兵力，不必再前进了。
国内的投降派如此，而英国也为了保存阿古柏残余力量，继续确保自己在喀什噶尔地区的既得利益，又一次厚着脸皮出面，派驻华代办傅磊斯向清廷提出三项无理要求：
1阿古柏愿以中国为上国之主，命使臣入贡；
2中国与喀什噶尔划清地界；
3两边议和后，永远和好，彼此互不侵犯。
从表面看，阿古柏政权愿意做清朝属国，是一种让步，实际上仍然想把南疆从中国划分出去。
总理衙门一时束手无策，又询问左宗棠的意见。
左宗棠气得真想拿刀砍人，朝中的一些人想用自己好不容易取得的胜利作为和谈的资本，而甘愿把大清的大好江山拱手送人。真搞不懂这些人是不是炎黄子孙，身体里是不是流着祖辈的血液。
愤怒的左宗棠毫不让步，在复奏中一针见血地指出：目前英、俄两国矛盾重重，俄国本土战争日益激烈，而英国目的是想将阿古柏反动政权当做阻止沙俄南侵的缓冲区，从而保护英国在亚洲的殖民地印度。英、俄都没有精力顾及东方，何况我国出兵收复新疆是名正言顺的事情，即使节外生枝，我们也可以理直气壮地加以驳斥。再说，阿古柏已经自杀，敌人已经呈现土崩瓦解之势，这是彻底收复新疆的大好时机。还有，自古重视新疆，才能保蒙古；保蒙古，才能卫京师。如果新疆不安定，则京师也不会平安。最后，左宗棠还提出为了新疆的长治久安，必须“设行省，改郡县”。
左宗棠不仅阐述了保卫新疆的重要意义，而且第一次正式向清廷提出于新疆设置行省的建议，他的高瞻远瞩为清政府的正确决策起到了积极的作用。
由于南疆和伊犁地区还没有收复，设行省的建议被搁置了下来。不过，清廷最终采纳了左宗棠收复全疆的意见，没有妥协求和。
收复南八城
达坂城、托克逊、吐鲁番之战结束后，西征大军在吐鲁番、托克逊一带集结。吐鲁番在明代被称为“火州”，它的热在新疆是出了名的。当时又是伏暑，蚊虻很多，士兵容易感染疾疫，需要休整，养精蓄锐。所以，左宗棠决定等秋高气爽再向南八城进军。
我们先来了解一下南八城。
乾隆二十四年平定南路后，建立了八座城池：喀喇沙尔、阿克苏、库车、喀什噶尔、乌什、叶尔羌、英吉沙尔、和田。各城间的距离相距遥远，还有浩瀚的塔克拉玛干沙漠横亘其间。
在这样一个空间辽阔、人烟稀少的地域作战，一旦军粮不继，后果将不堪设想。这也是左宗棠推迟作战计划的另一个原因。
等军粮到齐，天气凉爽后，左宗棠才决定进兵南八城。
光绪三年（1877年）七月十七日，刘锦棠率领湘军32营从托克逊出发，他的第一个目标是托克逊西南的库尔勒。
八月初一日（9月7日），为了配合刘锦棠的大军顺利攻城，左宗棠派总兵张俊、董福祥等率三营步兵到曲惠驻扎，又派提督张春发从伊拉湖小道到曲惠和张浚等部会合，开挖井泉，预备柴草饮水，迎接主力部队的到来。另外，左宗棠又调易开浚的“安远军”到吐鲁番换防。这样一来，从托克逊、吐鲁番出发的湘军各部汇聚在了曲惠。
八月二十一日（9月27日），刘锦棠命吐鲁番、托克逊步兵各营从大路向曲惠挺进，自己则率马队走小路。八月二十六日（10月2日），刘锦棠领主力军队到达曲惠。
刘锦棠作为名将，不是吹出来的。他头上的耀眼光环也是靠自己的足智多谋和能征善战拼来的。这不，他决定兵分两路进攻，一路大军从正面进攻，另一路攻向库尔勒的背后，出奇制胜。
八月二十七日（10月3日），刘锦棠派提督余虎恩、黄万鹏率马步14营，取道乌沙塔拉，沿博斯腾湖向西，绕到库尔勒背后，奇袭该城。自己率主力在二十九日（10月5日）从大路向开都河一带推进，直取喀喇沙尔。
当时，听到清军大部人马来攻，海古拉与艾克木汗都逃走了，在喀喇沙尔一带，只有白彦虎的残军在开都河西岸驻扎。他知道自己势单力薄，无法抵御清军的攻势，于是掘开开都河堤，想用泛滥的河水阻止清军的进攻。
滔滔河水扑面而来，深的地方灭顶，浅的地方也能到了马背。但清军没有被吓倒，一面泅渡搭桥，堵塞决口，一面赶修车道。
蔓延的河水没能阻止清军前进的步伐，但却淹没了库尔勒和喀喇沙尔两城和附近的村落、房舍、庄稼。当地的维吾尔族同胞纷纷逃到山中，但来不及逃走的老弱妇幼都没能逃过这场劫难。
九月初一（10月7日），刘锦棠轻而易举地将喀喇沙尔城收复，但城内积水数尺，空空如也。官署民舍荡然无存，城内的百姓除了被白彦虎迫胁随行外，幸存下来的也隐匿到山谷中不敢出来。
初三日（10月9日），清军进入库尔勒，仍然是一座空城。从被抓的探子口中得知白彦虎秋收之后便连人带物退往库车。刘锦棠本想一路追去杀敌，但此时，清军已经没有现粮，无法继续前进。
战机就在眼前，为了不延误战机，刘锦棠真想插上翅膀，飞到库车杀了白彦虎。但要想行军，就必须解决军队的粮食问题。
军粮一下子是不可能运到的，刘锦棠便动员士兵挖掘窖粮，希望能有所收获。真是天无绝人之路，最终挖得窖粮数十万斤，解决了清军的燃眉之急。
随后，刘锦棠一面让后路转运接济，一面派人招徕并安抚难民，巩固收复的失地。
初六日（10月12日），清军粮饷运到，刘锦棠亲自挑选精锐步兵1500人，骑兵1000人为先锋，一路跟踪追赶。
白彦虎一路烧杀抢掠，胁迫当地居民随行，行动非常缓慢。十一日（10月17日）四更，在白彦虎狼狈逃到库车后，刘锦棠已经亲率大军追到了城下。一场激战下来，清军歼敌千余人，追杀40里，在第二天便非常轻松地收复了库车城。
这场从库尔勒开始的追歼战，清军在6天中行程900里，收复了喀喇沙尔和库车两城，救下了被迫胁随行的回众10多万人。在当时，这是一个不小的战绩。
刘锦棠一面向左宗棠报捷，一面命令部队向拜城前进，目标直指阿克苏重镇。左宗棠得到这个喜讯后，非常高兴。在给自己的这员爱将的回信中，他除了表扬刘锦棠外，还强调一定要做好善后工作，在收复城市设局发放赈灾物资，劝导百姓耕种和放牧，还要修路添船设驿站，以便军民和客商往来。
九月十四日（10月20日），刘锦棠部进军到距离拜城不远的和色尔。当时驻守拜城的是维吾尔族领袖阿克奈木厘，当白彦虎残部进入拜城前时，他又想让维吾尔族同胞和他一起西逃，遭到阿克奈木厘的拒绝。白彦虎在一怒之下杀死了阿克奈木厘，他本想用极端的手段让拜城的百姓屈服，没想到他的这个举动引起了公愤，被激怒了的维吾尔族官民紧闭城门，拒绝白彦虎残部进城。
前面无路可走，后面又有清兵追赶，白彦虎在无奈之下便把城外村庄洗劫一空，临了还不忘放一把火，继续他的逃亡之路。
十五日（10月21日），当清军赶到拜城时，维吾尔族同胞大开城门，夹队欢迎。刘锦棠得知白彦虎已经西逃后，便留下少量部队镇守拜城，自己亲自率领主力部队连夜追赶白彦虎残部。当时是深秋季节，南疆的气温一到晚上骤降，草原和沼泽地霜凌凝积。刘锦棠部乘夜踏冰急追，在寒风中，官兵的手足冻皲，人马交困，但硬是猛追了80多里，到达了木扎提河前的铜厂。
白彦虎正胁迫20000多居民渡河，刘锦棠见状，便挥军猛扑，把敌军杀得人仰马翻。敌军人马的尸体顷刻间堆积在河中，河水曾一度因此而断流。白彦虎做梦也没想到刘锦棠部的行军速度如此之快，哪里还敢恋战，渡河后便急忙向西逃窜。
清军各营渡过河流后，在上铜厂赶上敌军步骑左右包抄夹攻，刘锦棠从中路亲自率骑兵突进，大败敌军。
十八日（10月24日），清军追到阿克苏，白彦虎等已经逃跑了。城上枪矛林立，彩旗招展。该城十多万维吾尔人都守城等待官军的到来。
清军收复阿克苏后，白彦虎除经乌什逃往喀什噶尔外，已别无出路。为了消灭这个民族叛徒败类，刘锦棠决定全力追击白彦虎的残部，向西直趋乌什。
十九日，在胡玛纳克河边，清军恰好碰到数百敌骑保护白彦虎眷属前行。在清军猛烈的进攻下，击毙四五百名敌骑，俘虏千余眷属，救出数百难民。
二十日黄昏，西征军将乌什收复。
二十一日（10月27日），清军追到阿他伯什地方时，一望无际的茫茫戈壁之上，已经不见敌军踪迹，才返回乌什。
在这次追歼战中，刘锦棠率军穷追三千里，收复东四城：喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什，歼灭数千贼匪，追回数十万难民。清军从此可以就地取粮，不必再长途转运粮食，有更多的精力来对付残敌了。
鉴于刘锦棠所取得的战绩，朝廷奖赏他以三品京堂候补。
当左宗棠收到收复东四城的捷报后，欣喜万分。他再次命刘锦棠做好善后工作，对于败逃的敌人不可放松警惕，同时做好收复西四城，解放全南疆的准备。
收复东四城后，刘锦棠本打算在阿克苏等地补充兵员和给养，等张曜率军到达阿克苏后，再率全军直捣喀什噶尔。然而，局势发生了急剧的变化。
宣布反正的和田尼牙孜被伯克胡里打败后，投奔了清军。阿古柏派驻喀什噶尔汉城的原清军降将何步云也寻机反正，派人给刘锦棠送信，请求急速进兵援救。
此时，白彦虎率领不足百人的残部逃窜到喀什噶尔，饥疲交迫。但留守喀什噶尔的阿里达什没有得到伯克胡里接纳白彦虎残部的命令，所以把白彦虎残部拒之城外。伯克胡里虽然打败了尼牙孜，但没有想到何步云会反目，他回军喀什噶尔时，觉得白彦虎还有利用的价值，便允许他入城。
结果，何步云守着的喀什噶尔汉城成了一座被敌军围攻的孤城，如果清军不火速救援的话，迟早会被攻破的。
面对异常危急的形势，刘锦棠当机立断，改变原来先取叶尔羌，然后夺取喀什噶尔和英吉沙尔的计划，决定先取喀什噶尔，一来解救何步云部，二来断敌外逃之路。
他决定兵分两路进军，一路由提督余虎恩等带队从阿克苏取道巴尔楚克和玛纳巴什，从正面佯攻；另一路由提督黄万鹏等人从乌什取道布鲁特边界为奇兵，迂回包抄。刘锦棠要求两军于十一月十四日（12月8日）在喀什噶尔城下会师，并以余虎恩为两路总指挥。
为了声援前敌部队，刘锦棠亲自统率各营马步，在十一月初六日向巴尔楚克、玛纳巴什进军，以扼守和田、叶尔羌要冲。等张曜一军到齐后，就展开全面进攻。
攻取喀什噶尔是西征军最后一次重大战役，左宗棠对刘锦棠的进兵计划非常满意。他满怀信心，因为在西征军的周密部署之下，残敌已经成了瓮中之鳖。
十一月十三日（12月17日），当余虎恩和黄万鹏两军进抵喀什噶尔时，只见汉城火光冲天，杀声不断，战斗非常激烈。
余虎恩当机立断，分兵救急，首先从东门发起攻击。刹那间，清军号鼓齐鸣，马步齐进，奋勇搏击。守敌本想抵抗一番，但此刻黄万鹏也领兵从后面杀到，清军两面夹击，汉城守军也呐喊助威。敌军哪里禁得住清军这番猛攻，纷纷抱头鼠窜，从西门仓皇逃命。
十一月十四日（12月18日），阿古柏匪帮的巢穴被完全摧毁。白彦虎、伯克胡里等眼见全局崩溃，便率领死党开始逃亡。
黄万鹏和余虎恩一直追到中俄交界之地，击毙了白彦虎的副元帅王元林，俘获了余小虎等人，白彦虎和伯克胡里则由俄属布鲁特逃入俄境，清军只好返回喀什噶尔。
与此同时，刘锦棠也没闲着，他亲率大军由玛纳巴什南下，十七日（12月21日）收复叶尔羌，二十日（12月24日）收复英吉沙尔，二十二日（12月26日）进驻喀什噶尔，二十九日（1878年1月2日）收复和田。
就这样，在光绪三年十二月（1878年1月），除伊犁地区还在沙俄手中外，其余失地已经全部光复。可以说，在左宗棠的带领指挥下，历时一年半的收复新疆失地的战斗胜利结束了。
清军收复新疆的速度之快，让国外人士刮目相看，他们对西征军统帅左宗棠及刘锦棠等清军将士竖起了大拇指。
年近古稀的左宗棠领兵出入沙漠荒僻之地，历经艰难险阻，光复新疆，这是别人想也不敢想的事情。单单这一辉煌战绩就可以让他名垂千古。
这就是左宗棠，一匹骨子里带有不服输的千里马。
三十年不许奏左
除伊犁之外，新疆已经大部分收复了，当这个喜讯传到京师后，全国上下一片欢腾。这是自鸦片战争以来第一次取得对外战争的胜利。朝中的王公大臣和各级官员都兴高采烈，建议对功臣论功行赏。
鉴于左宗棠所取得的功绩，清廷晋封他为二等侯爵，以资激励。为什么不封他为一等侯爵呢？