首先，他不知道怎样付清从奥梅先生店里拿的药费，虽然他作为医生，可以不付钱，然而这笔人情债总使他有点脸红。其次是家务开支，现在由厨娘管家，钱用得可怕。帐单像雨点一样落到家里来。供货的商人老是低声抱怨，勒乐先生老来缠他。事实是，在爱玛病得最严重的时候，他利用这个机会，加大了发票上的数字，赶紧将斗篷、旅行袋、两只箱子都拿了过来，其实原来要的是一只，此外还有许多其他的东西。夏尔说他并不需要它们，可是没有用，这个商人傲慢地回答说，这些货物都是向他订购的，他不能再拿回去；再说，这样做会影响夫人身体康复，请先生考虑。总之，他决心宁愿打官司也不放弃他的权利，不把货物带走，后来夏尔吩咐把它们送回他的商店去，费丽西泰忘记送了，他有别的许多事操心，谁也没有再想到这件事。
勒乐又来要钱了，他又是威胁，又是诉苦，结果使得包法利最后不得不签了一张六个月的期票。但是他刚刚签了这张票据，脑子里突然出现了一个大胆的念头：向勒乐先生借一千法郎。于是他带着局促不安的神情问勒乐有没有法子弄到这笔款子，并且说借期一年，利息多少都听便。勒乐跑回他的店里，拿来了现钱，又口授了另一张借据，包法利同意照他的规定还钱，明年九月一日还一千零七十法郎，加上原来欠的一百八十法郎，一共是一千二百五十法郎整。这样，百分之六的利息，再加上四分之一的佣金，供应的货物至少可以赚到三分之一的钱，十二个月后，就会使他得到一百三十法郎的利益。他希望来往不到此结束，希望到时候对方付不出欠款，延长归还期限，于是他的这笔数目可怜的钱，在医生家里吃喝，如同进了私人开的疗养院，有一天回到他那里，变得出奇地胖，胖得要把钱袋都撑破了。
此外，他在各方面都很顺利。他投标供应纳夏特医院的苹果酒得了标，吉约曼先生答应他占有一些格吕梅及尔泥炭矿的股份，他想在阿格伊和卢昂之间新开一班公共马车，它跑得比较快，收费比较便宜，行李也装得比较多，所以不用多久便肯定会挤垮金狮客店的那辆破马车，把雍维尔的所有生意都抓到他的手中。夏尔好多次寻思明年用什么办法能还清这么多的钱。他想出一些法子，比方向父亲求助，或者变卖一些东西。但是他的父亲是不会理睬他的，而他自己也没有东西可以变卖。他发觉自己遇到了很大的困难，一想到这件事就不愉快，因此很快就不再想它了。他责怪自己忘掉了爱玛，仿佛他的全部思想都属于这个女人，没有每时每刻想她，就是从她那里偷走了什么。
这一年的冬天是严酷的，包法利夫人的康复期很长。天气晴朗的时候，他们就让她坐在扶手椅里，把她推到面对广场的窗前，因为她现在对花园很厌恶，那边的百叶窗一直关着。她想把马卖掉。过去她喜爱的东西，现在她都反感。她的所有的念头似乎都集中在如何保养自己。她待在床上吃点心，拉铃叫来女佣人，问她的汤药煎得怎样，或者是和女佣人聊聊天。这时候，菜市场屋顶上的雪反射出的静止的白光照进了她的房间，以后，又下起雨来。爱玛每天带着焦虑的心情，等待那些与她几乎无关的琐碎的小事按时地再现。最重大的事情是傍晚“燕子”回到镇上，女老板就高声喊起来，另外的嗓门儿应和着。伊波利特在篷布上找行李箱，他的手提灯在黑暗中像星星一样闪光。中午夏尔回来，后来又出去，随后她喝汤，将近五点钟天快黑了，孩子们放学回家，拖着木鞋在人行道上走，个个都用手上的尺敲一扇又一扇窗子上的挡雨披檐。在这个时刻，布尔尼西安先生总来看望她。他问她的健康状况怎样，给她带来一些消息，同时稍稍有点罗唆地一再劝她信教，他的话说得动听，并且能吸引人。她只要一看到他的长袍，就得到了很大的安慰。
有一天，她的病情非常严重，她以为自己快死了，要求领圣体。大家在她的卧室里为圣事做准备，把堆满糖浆的五斗橱布置成祭台，费丽西泰在地上撒大丽花。别人这样做的时候，爱玛觉得有某种力量传遍她的全身，帮她摆脱了痛苦、一切感觉、一切情感。她的肉体没有了负担，不再思想，另一个生命开始了。她仿佛觉得她向着上帝上升，将在对上帝的爱里化为乌有，就像点燃的香化成一阵烟一样。他们在她的床单上洒圣水，神父从圣体盒中拿出白色的圣体饼。她伸出嘴唇去领受在她面前的救世主的身体（据《圣经》和《马太福音》：“他们吃饭的时候，耶稣拿起饼来，先作感谢的祷告，然后掰开、分给门徒，说‘你们拿起来吃，这是我的身体’”。），心中感到一种神圣的喜悦，使她几乎昏迷。她的卧室的帏幔徐徐地鼓起，像云朵一样，五斗橱上的两支点着的蜡烛的光在她看来如同耀眼的光轮（指基督身体周围的光轮。）。于是她让头又倒了下去，她相信听见了空中传来的上品天神（上品天神，基督教共分九品的天神中最高位的天神，有六翼，守卫上帝宝座。）的竖琴声，看到在碧蓝的天空中，全身光辉、崇高威严的圣父（圣父，是基督教基本信条三位一体中的第一位。）坐在金子的宝座上，两旁是手拿绿棕榈枝的圣徒，他做了一个手势，长着火焰翅膀的天神们就遵命到人间，抱着她上天。这个壮丽的幻象长久地留在她的记忆里，就像她能梦见的最美好的事情，因此现在她总竭力重新抓住那种感觉，感觉继续在那里，但是已经不太完整，只是温馨的意味更深了。她的给自尊心折磨得疲倦万分的心灵，终于在基督教的谦逊中得到休息。爱玛品尝着作为弱者的快乐，注视着自己的意志在自己身上遭到毁灭，让圣恩从一个很大的入口进来，更加巨大的至福（指基督教所指的最崇高持久的幸福。）代替了原来的幸福，在所有的爱的上面有另一种爱，它不会间断，永无止境，还不停地增长！在她的希望产生的种种幻觉中，她隐隐约约地看见在大地之上飘浮着一个纯净的境界，它和天空融合为一体，她渴望进入那里。她想成为一名圣女。她买了念珠，随身带护身符。她希望在她的卧室的床上有一只镶嵌纯绿宝石的圣物盒（盛放基督徒圣徒遗物的盒子。），每天晚上好吻它。
她的这些情绪使本堂神父大为惊叹，虽然他感到爱玛的宗教信仰由于太热诚最后会走向邪道，甚至做出荒谬的行动来，但是这些问题一超出某种程度，他就不太精通，于是他写信给主教的书商布拉尔先生，请他寄“一些有名的作品，给一位才智过人的女性阅读”。这位书商却漫不经心，像给黑人寄五金用品一样，把现时流行的宣传对宗教虔诚的书胡乱地包在一起寄来了。其中有问答类的手册，有用德·梅斯特（德·梅斯特(1753—1821)，法国作家，哲学家，反对法国资产阶级革命。）先生的傲慢的口气写的小册子，还有一些小说之类的书，粉红色的纸板书壳，令人肉麻的文笔，都是吟诗人似的神学院学生或者忏悔的女才子写的。例如有《善思》，多次获得勋章的某某先生所著的《跪在玛利亚脚下的上流社会人物》，青年读物《伏尔泰的谬论》，等等。
包法利夫人的智力还没有完全恢复，不能认真地专心做任何事情。此外，她开始读这些书，过于急促。她对宗教仪式的规定很不喜欢，理论性文字的狂妄的口气令她讨厌，因为它们总是猛烈攻击一些她不认识的人，那些宗教气味很浓的世俗故事使她觉得对人间之事毫不了解，她原想在这些故事中找到真理存在的证明，然而却不知不觉地离开了真理。不过她坚持看书，当书从她手上落下来的时候，她自以为感染到了那种天主教的最深沉的忧郁症，只有纯洁的灵魂才会这样。对罗多尔夫的回忆，她已经把它沉入心灵的最底层，比地道中的国王的木乃伊还要庄严，还要固定，就这样呆在那里。从这个涂了防腐香料的伟大的爱情散发出的香气，穿透一切，使她一心想在里面生活的纯净的空气芳香，充满了柔情。
她跪在哥特式的跪凳上，对上帝说的那些温柔的话，也就是她以前在和情夫私通的时候向他低声倾诉的话。她祈祷是盼望能产生信仰，但是没有喜悦从天而降。她站了起来，四肢酸痛，隐隐约约地感到受到莫大的欺骗。她想，这样的追求只是又一个功德，爱玛为自己的虔诚自豪，就拿自己和从前的那些著名的贵妇人相比，她对着拉瓦利埃尔的画像，向往她们的荣耀。她们威严地拖着装饰着花边的长裙袍往后退，退隐僻静之地，任凭一颗受到生活伤害的心流出的泪水漂在基督的脚下。于是她开始做许许多多的善事。她给穷人缝衣服，给产妇送木柴，有一天夏尔回家，看见厨房里有三个乞丐坐在桌子旁喝汤。她生病的期间，她的丈夫把他们的小女儿送到奶妈家里，现在她接了回来。她想教女儿识字。贝尔特不管怎么哭，她都不发火。她决心对万事顺从，对一切宽容。她的语言不论涉及什么都是充满理想的色彩。她对她的孩子说：“你肚子疼好了吗，我的天使？”