《文星》第九十期被查禁，只是一个动手的信号，杀戒一开，自然就有好戏看。1965年11月，是孙中山先生百岁冥诞。台湾省医师公会约李敖写一本有关孙中山和中国西化医学的书，由《文星》出版，他同意了。10月14日，李敖写信给林枕客，说“孙书大纲已拟好，书名拟定为《孙逸仙和中国西化医学》，现先把长序赶出……”孙中山从事革命事业的一个重要起点是学医，学医又是他接触西方近代科学文化的基点。对这一个重要的专题，过去的学者并没有认真地研究过，尤其没有注意到西化东渐时，孙中山在文化史与医学史方面所占的地位，这是很大的缺憾。台湾省医师公会是为弥补这项缺憾而约李敖写书的。
《孙逸仙与中国西化医学》的代序《新夷说》，长约六七万字。代序指出，在近代的先知先觉中，孙中山不但不是排斥西方的人，并且还是接受西方最有成绩、火候最够的一个伟大人物。文中引孙中山发表于1894年（光绪二十年）的《上李鸿章书》（原题《上李傅相书》），说“孙中山深切知道：欲救中国，必须实行西化——实行彻底的西化，‘富强之大经、治国之大本’的西化，而不是皮毛的西化。”因为孙中山说过：“窃尝深维欧洲富强之本，不尽在于船坚炮利，垒固兵强。而在于人能尽其才、地能尽其利、物能尽其用、货能畅其流。此四者，富强之大经、治国之大本也。我国家欲恢廓宏图，勤求远略，仿行西法，以筹自强，而不急于此四者，徒唯船坚炮利之是务，是舍本而图末也。”又引孙中出于1905年（光绪三十一年）在日本东京所做《中国应建设共和国》演说中的“我们中国先误于说我中国四千年来的文明很好，不肯改革；于今也都晓得不能用，定要取法于人”和“中国此时的改革，虽事事取法于人，将来他们各国定要由中国来取法的”两段话，说明孙中山曾公开指出“事事取法于人（外国）”并没有什么不妥。李敖说：“现在在我们的思想界中，扫荡的一个主要对象，是‘中国的旧文明’中的‘义和团思想’。提到‘义和团思想’这个词汇，追溯起来，最早点破并加以谴责的不是别人，就是西化论者孙中山。孙中山在民国六年，在《再复李村农论借外资书》里，首先发出‘真义和团之思想耳！’的感叹，他一生中对愚民式的‘排外主义’，一贯的表示是深恶痛绝，这在民国元年的《凡事须论公理不必畏惧》的演说中，可得明证。”如是看来，孙中山乃是中国西化派的“祖师爷”。
代序在介绍了林语堂《给玄同的信》和钱玄同《回语堂的信》中“孙中山非中国人”（“当然不是说国籍上‘非中国人’，而是指孙中山没有中国人的坏毛病，‘若惰性、若奴气、若敷衍、若安命、若中庸、若识时务、若无理想、若无热狂’。孙中山本人不但没有‘老大帝国国民癖气’，相反的，他是一个深受西化欧化的最卓越的现代外国人般的中国人”）的论断以后，概括了孙中山的洋派作风共三十二例，计有“破除迷信”、“反对小脚”、“尊重妇女”、“通令剪辫”、“严禁鸦片”、“不许打人”、“不准修理”、“不可卖人”、“保障人权”、“革除称呼”、“坚持旗帜”、“整饬官规”、“不用亲人”、“辞受勋位”、“指摘伪善”、“蠲除畛域”、“取消报禁”、“热爱自由”、“阻止暗杀”、“容忍异已”、“不惜斥骂”、“主打官司”、“赞成陪审”、“采行阳历”、“抨击祀孔”、“不靠祖宗”、“反附古说”、“不肯品题”、“慎于写序”、“不收门生”、“向不荐人”、“不信中医”。
《孙逸仙与中国西化医学》写好了，在出版过程中，台湾省医师公会忽然来信，要求出书前文稿“送达本会转呈‘中央党部’审核认可”，这是很荒唐的事，因为它于法无据。李敖自然严词拒绝了。书出版后，山雨欲来，风声四起，《文星》已经岌岌不可终日。这时已是11月中旬，正好发生了国民党中四组（文工会前身）主任谢然之与《征信新闻报》（《中华时报》前身）余纪忠的冲突——余纪忠在11月29日的《征信新闻报》上发表题为《党纪国法不容诬陷忠良——请谢然之交出证据来！》的社论，向这个党官发出挑战。李敖“趁火打劫”，以“清君侧”为名，在12月1日《文星》第98期发表《我们对“国法党限”的严正表示》，直指国民党。李敖在这篇文章中指出谢然之的错误，一方面是政策上和技术上的，一方面是为人上和人品上的。他以反讽的口吻，指出谢然之已违反了国民党蒋总裁“必须放弃一切偏激的、狭隘的、不容忍的作风”的指示，违反了国民党蒋总裁“以自反代报复”“以说服代斗争”的指示，违反了国民党蒋总裁“要以组织的活动改变个人的作风”的指示。李敖写道：
从这些标准来看谢然之先生的党务工作方式，我们不得不说他的表现是与蒋总裁的指示完全背道而驰。从他所作所为的表现中，我们似乎着不到他时“化敌为友”的努力，“注重思想启发”的努力，或是“采取说服的态度”的努力，我们看到的只是他的“凭借权力，压制他人”，只是他的“偏激的、狭隘的、不容忍的作风”！
李敖又说：
蒋总裁这段指示，对谢然之说来，他又做到了哪一点呢？他改善了“一反过去立门户、分派系、拒人千里之外的作风”了吗？正相反的，他不但没有“以组织的活动改变个人的作风”。反倒以他个人的“活动”改变了组织的“作风”！
上面这些言论，当然不是谢然之容忍得了的，也不是国民党容忍得了的。国民党立刻动手了。12月26日下午，李敖正在家里忙下一期的《文星》，萧孟能走进来，平静地说：“别忙了，休息休息吧，命令下来了，我们杂志被罚停刊了。”就这样《文星》进入了坟墓和历史。又过了将近一年，文星书店股份有限公司董事长萧同兹，收到国民党函件，明告“兹据有关方面会商结果，认为在目前情况下‘文星’杂志不宜复刊”。于是，就在党的命令超过行政命令下，《文星》真正死了。
萧同兹，是萧孟能的父亲。他从1932年起就任国民党“中央社”社长，到1950年做了十八年。他对《文星》过急行为一直不闻不问，后来行政命令下来，他不能不让《文星》停下来。
《文星》被停刊一年，只是一个表面上的处分，骨子里处分是很严重的。那就是蒋介石手令：“该书店应即迅速设法予以封闭。”蒋介石下令封闭《文星》，当然会造成他和老同志萧同兹之间的不快。为防止这一不快，萧同兹先已得到党方高层人士传达的三点秘密意见：“一、萧先生为吾人夙昔敬重爱护之本党先进，希望不致因《文星》问题使‘总裁’对萧先生有所误会。二、关于文星书刊中如邓肯传、蒋廷黻文集序、孙中山先生与西医等文字，希望萧先生能阅看一遍，便能获知其错误所在。三、希望萧先生能说服孟能，使其不再与李敖接近，并将此类书刊停止发行。”
萧同兹在国民党中的多年耕耘有了收获，在蒋介石封闭手令到达“总统府”秘书长张群手中的时候，张群“党党相护”。偷偷压下了公文，火速通知了萧同兹，于是商定演一场戏给蒋介石看。1966年2月6日，萧同兹向蒋介石上了一份报告，措词谨微，处处站在蒋介石立场上进言，说什么“为免于被外界利用致产生不妥倾向”、“近闻海外有左倾分子托于言论自由之说阴有支援《文星》复刊之活动”，“同兹深虑此类活动，若不即时加以遏止，听其发展，不惟将陷孟能辈于罪累，亦恐因此影响政府之威信”等。张群附上签呈，送给蒋介石。蒋介石碍于老同志面子，批示“可如拟试办’。《文星》遂由萧同兹“老年人接了青年人棒子”，进行了改组。
改组后的《文星》，总编辑由军方人物胡汝森上校担任。
4月1日，李敖致信萧孟能，正式宣告离开《文星》，于8月1日完成交接手续。
在《文星》改组过程中，7月18日，警总忽然以（“55”）莒控字第四三六四号到四三七四号十一张联号公文，查禁了殷海光的《中国文化的展望》，李敖的《为中国思想趋向求答案》、《教育与脸谱》、《历史与人像》、《文化论战丹火录》、《上下古今谈》、《传统下的独自》，陆啸钊的《恶法录及其他》，李声庭的《人权·法治·民主》、《我志未酬》和于熙俭翻译的《邓肯女士自传》等多种图书。
李敖这年三十一岁。眼看前路布满荆棘，似无靠笔杆子维生的活路，乃宣布出版《李敖告别文坛十书》，得款做本钱，改行去卖牛肉面。9月1日在多家报纸刊登广告。11月9日，《李敖告别文坛十书》在装订厂被治安人员抢走，《乌鸦又叫了》、《两性问题及其他》、《李敖写的信》、《也有情书》、《孙悟空和我》、《不要叫罢》等书全被查禁。另有《妈离不了你》、《传统下的再白》、《大学后期日记甲集》、《大学后期日记乙集》，要求在涂掉蝴蝶页及封底后才可发行。