太阳黑子产生的一个最大的特征就是对地球磁场的破坏，它所产生的带电离子，通过破坏地球高空的电离层令大气发生异常，从而干扰到地球磁场，使电信中断。所以说，太阳黑子的出现并不是一件好事。一个发展完全的黑子由2部分组成：较暗的核和周围较亮的部分，中间凹陷大约500千米。黑子出来活动时经常成对或成群出现，其中由2个主要的黑子组成的居多。位于两面的叫做"前导黑子"，位于东面的叫做"后随黑子"。一个小黑子大约有方圆1000千米，而一个大黑子则可达方圆20万千米。然而太阳黑子到底是怎么形成的呢？
关于这个问题天文学界一直众说纷纭。有的说黑子可能是太阳的核废料，约11年出现一次。他们推测大概是黑子在太阳表里活动时上下翻动所造成的。另外，黑子温度较低可以算是废料的一个证明，就像煤炉烧过的炭灰一般情况不会再产生高温。
经过天文学家的科学研究表明，太阳黑子的形成应该与太阳磁场有密切的关系。但是它到底是如何形成的，仍然还没有找到确切的答案。科学家推测，很有可能是哪片区域的物质结构被某种强烈的磁场改变，从而使太阳内部的光和热不能有效地传送到达表面，就形成了这样的"低温区"。还有一种说法认为黑子附近的温度应该比太阳的正常温度高一些，由于太阳密度小和自转的原因，黑子朝着低纬度的方向运动，黑子所在的地方是凹下去的，可能就是因为温度低无法膨胀的原因。
此外，科学家们得到一个有趣的发现，黑子越多可能说明太阳越老，这个发现可以作为所有恒星寿命长短的衡量。