无论那种语言都有它的语系，但有一种语言却例外，那就是日语。曾有人认为日语与汉语是同一语系，因为日文中夹杂着汉字。其实不然。汉语属汉藏语系汉语族，而日语属哪种语系，至今仍是一个谜。
如何确定不同语言是否同一语系，在语言里一般是通过辨别各语言中数字读音相似与否来确定的。在当今世界语言中，没有发现与日语数字读音相似的数字读音，因此，美国学者将日语列为独立语系，中国学者将其视为系属不明的语言。
但日本学者对日语作为一种孤立的语言体系而存在不满，总想找出日语的所属语系来。有人把日语与太平洋诸岛语言相比较，把日语与南美语言相比较，但都没有令人满意的结果。现在能明确证明与日语同系的语言只有冲绳语，而冲绳是日本领土的一部分，冲绳语充其量也就是日语的一种方言而已。
从日语的语法结构看，日语具有与阿尔泰语系相似的一些特征，由此有人推断，日语可能和阿尔泰语系相关联，如果这种可能成立的话，将证明日本人祖先中的一支来自亚洲北部的蒙古高原、西伯利亚平原，经库页岛、北海道或千岛群岛、朝鲜半岛，进入日本本土。对于中日两国同文同种的误会，则是由汉文化对日本的历史影响造成的。公元4世纪，汉字和汉文化被引进日本，对丰富日语词汇起了重要作用，但日语只是从汉语中吸收了大量的文字、词汇、修辞等形式上的东西并为其所用，而并没有改变日语固有的语言思维方式、语序、语法结构等本质性的东西。中日两国，既不同文，也不同种。
那么，日语到底属于何种语系，至今也无法解答。