新法在民间行使了一周年，秦国百姓来到国都申诉新法不便的人数以千计。太子也触犯了新法。公孙鞅说：“新法不能普遍推行，在于上边的人不遵守这些法规。”准备依法处置太子。太子是秦君的继承人，不能施以刑罚；就处罚教育辅导太子的太傅公子虔，在太子的太师公孙贾脸上刺字。处理完的第二天，秦国的人民都月枞了新法。新法推行了十年，秦国的百姓很喜悦，没有人拾路道上别人遗落的东西，山野中也没有盗贼出现，家家衣食够用，人人生活富足。人民勇于为国家作战，不敢为私事殴斗，乡村城镇都治理得很好，秦国百姓当初说新法不利的有的又来说新法的好话，公孙鞅说：“这些人都是扰乱国家秩序的刁民。”于是把他们都迁居到边境上，从此以后百姓不敢再随便议论新法了。
商鞅变法为秦统一六国打下了坚实的基础，秦始皇实行的许多重大政策正是从“商君法”发展而来。商鞅变法是战国时期最典型、最深刻、最彻底的一次政治改革，推动了社会生产力的发展，反映了历史发展的客观要求。
三、领兵破魏
公孙鞅又被秦孝公任命为大良造，率兵包围魏国的安邑，安邑的魏军投降了秦国。过了三年，秦国大兴土木，在咸阳建造了高大的城阙宫殿，从雍城迁都到咸阳。同时下令禁止父子兄弟同住一间屋子，又归并乡、邑、聚这些小的行政区域为县，各县设置县令、县丞，全国分三十一县，拆除原来的田埂地界（废除1日的田制，让人民重新认领土地），从而使国家的赋税变得合理平等，统一斗、桶、权、衡、丈、尺等度量衡制度，这些法令推行了四年，公子虔又违犯了法令，被处以割掉鼻子的刑罚，过了五年，秦国日益富强，周天子派人给秦孝公送来祭肉，表示对他的格外尊重，诸侯都到秦国来向孝公称贺。
此后第二年，齐国在马陵大败魏兵，俘虏了魏太子申，杀死了魏国的将军庞涓。又过了一年，公孙鞅劝秦孝公说：“秦、魏两国相存，就像一个人腹心有病一样，不是魏国吞并秦国，就是秦国吞并魏国，为什么这样呢？魏国在山势险要的中条山以西，立都安邑，与秦国隔河为界，独占整个中条山以东的地利，条件有利，可以西向侵秦；形势不利，可以向东发展收取地盘，如今由于您的圣贤，国家赖以强盛，去年魏国被齐国打得大败，诸候都背叛了它，我们可以乘此时机进攻魏国。魏抵挡不住秦军，必然要向东迁徙躲避。魏国东迁以后，秦国就可以占据黄河与中条山的险要地势，东向以控制诸侯，这样就能成就帝王大业了。”秦孝公觉得有理，就派公孙鞅为将率兵攻打魏国。魏国派公子任为将带兵阻击，两军对战，公孙鞅给魏将公子任写信说：“我原来和公交好，今天各自为两国的将军，我不忍心咱俩互相攻打，我可以和公子见面，两国会盟，欢宴之后彼此撤兵，使秦、魏两国都得到安宁。”魏国公子任认为不错，就过来会盟，然后饮酒欢宴，而公孙鞅却在酒席上埋伏了甲土，袭击俘虏了魏国公子任，秦军趁机进攻公子任的部队，将魏军全部击溃，然后带着俘虏返回秦国，魏国兵将屡次被齐国、秦国击破，国用耗空，国势一天天削弱，魏惠王心中恐惧，于是派使者将黄河以西的土地划归秦国，以此求和。而魏惠王便离开安邑，将国都迁到大梁，魏惠王说：“我后悔当时没有听公叔座的话。”公孙鞅率兵破魏归来，秦孝公把於商等十五邑封给他，称公孙鞅为商君。
四、不听忠言
商君当了十年秦国的丞相，因为变法触及贵族与部分当权者的利益，所以得罪了很多人。秦国宗室与贵戚中有很多怨恨他的人。商君去见赵良。商君说：“我因为孟兰皋的介绍，能够和您见面，我知道您是位贤人，现在我想和您结交为朋友，可以吗？”赵良说：“小人不敢有此奢望。孔子曾经说过：‘推荐贤能，善治爱民，人们就会来投奔他了；如果收聚庸才那么讲求王道的人自然离去。’小人无能，所以不敢听从您的吩附，小人听人说：‘不称职而据位的人称之为贪位，名不符实而图名的人称为贪名。’小人接受您的厚谊，恐怕会受贪位贪名之累，所以我不敢从命。”商君说：“您对我治理秦国的成就不高兴吗？”赵良说：“能够听取不同意见的叫‘聪’，能够不断地自我反省的叫‘明’，能够克制自己的冲动的叫‘强’。虞舜曾说过：‘谦虚而自处卑下的人反前更受到尊重。’您根本不按照虞舜所说的话做，所以无须问我了，”商君说：“秦国过去的风俗和戎狄一样，父子不分别立户，同住一间屋子。如今我移风易俗，让他们父子分户，男女有别，又建造了高大的城阙，把秦国经营得像中原的鲁国、卫国一样了。您看我治理秦国的成就与五羊大夫百里奚相比，谁更贤能呢？”赵良说：“千张羊皮不如一领狐腋之裘，众人随声附和不如一人直言相辩。周武王由于听从群臣的直言，使得周朝昌盛起来；殷纣暴政拒谏而君臣缄口不言，导致商朝灭亡。您倘使不反对周武王那种做法的话，小人请求整天在您面前直言而不受责怪，可以吗？”商君说：“有这么一句老话说，表面好听的话如同花朵，中肯切理的话如同果实，使人听了感到痛苦的批评是治病的良药，讨人喜欢的甜言蜜语是害人的疾病，先生果真愿意为我终日直言，那真是救我商鞅的良药，商鞅将拜您为师，先生又何必客气呢？”赵良说：“五羊大夫百里奚原来是楚国的下等人，听说秦穆公贤明而希望去秦国拜见泰穆公，由于路上没有钱资，就把自己卖给到楚国旅行的秦人，百里奚穿着粗布短衣替人家喂牛。过了整整一年，秦穆公知道百里奚是个能人，就把他从一个喂牛的贱人提拔起来，安置在高于百姓的相位上，秦国人没有敢怨恨的。百里奚在秦国做了六七年相国，秦国向东攻打郑国，帮助了三位晋的国君回国即位，又有一次解除了楚国造成的祸患。百里奚在国内实行教化，使得邻近的小邦巴国也自动向秦国纳贡；在国外对诸侯施行仁德，使得西部各戎狄之国都归服了秦国。由余听说百里奚的贤能，叩关求见。百里奚在秦国做相国的时候，虽然辛劳，但却不肯乘坐车子，暑天暴晒，也不肯张开车盖，他在国内巡行，不用车辆随从，也不带防身的武器，他的功业记载在丝帛上，收藏于府库中；他的德行延续流传到后世，百里奚死后，秦国的男女百姓都痛哭流涕，儿童也知道伤悲而不唱歌游戏，舂米的人不愿哼唱号子。这都是因为百里奚的德行（才使人们对他这么怀念）。如今您求见泰王，是依靠了秦孝公的贴身宠幸景监的推荐，爱名誉的人是不这样做的，您做秦国的丞相不去为为百姓做些实事，却大建城阙宫庭，为国家建功立业的人是不这样做的。在太子的师傅的身上加刑、刺字，用严峻的刑罚伤残人民，这就积聚了怨恨埋下了祸根，以身作则的教化比法令更为深切，人民遵仿君王所为，也比听从法令要快得多。如今您所做的事、所变的法又都违背了道理，教化百姓可不是像您这样做的。您又封有於商之地，可以面南背北自称寡人，天天以新定的法令来约束秦国的贵族。《诗经》说：‘老鼠都还有个完整的肢体，做人怎么能不讲究礼呢，人既然不讲礼仪，为什么还不快点死呢？’照《诗经》这些话看来，您要想长寿是不能这么做下去的。公子虔受割鼻之刑，因羞愧闭门不出已经八年了，您又杀了祝欢，而且在公孙贾的脸上也刺过字。《诗经》说：‘得人心的人兴盛，失人心的人崩坏。’您处罚别人的几件事，可不是得人心的做法。您出巡时，随从的车辆数以十计，车上载满武士，用力大而健壮的汉子为左右护士，执长枪和短矛的士兵夹护着您的车子奔跑。这些保护措施少了一件，您就不肯出门。《尚书》说：‘依靠仁德的人昌盛，凭借武力的人死亡。’您很危险，就像早晨的露珠，很快就要消亡，哪里还谈得上延年益寿呢？您不如将於商十五邑归还奏孝公，找个僻静地方种些瓜果菜蔬，再劝说秦孝公重用那些隐居山林的贤人，收养无依靠的老人，抚恤无父兄的孤儿，敬重父老兄长，褒奖对国有功的臣民，尊崇有德行的人物，这么做了或许可以减轻一些祸难，得些安宁。您如果仍然贪恋商於的富庶，以独揽秦国的政令为自己的荣耀，让百姓积蓄更多的怨恨，说不上哪一天秦孝公抛下人世不能再上朝了，秦国想捕杀你的人还会少吗？您的灭亡真是举足之间就可来到的。”如此精辟地分析，竟然没能让商鞅接受，所以商鞅不以为然，仍旧故我，而不为自己早做打算。商鞅地自以为是为其被诛埋下了祸根。
五、车裂而死
五个月以后，秦孝公去世，太子即位。这时，商鞅所依靠的后台倒下了，他的仇人们便开始报复。公子虔等人告发商君将要造反，派出兵吏去逮捕商君，商君逃到秦国的边关，想要住进客店，客店的主人不知他就是商君，说：“商君的法令规定留宿没有证件的客人，客人犯罪，主人要连坐。”商君叹了一口气，悲伤地说：“唉！变法的弊害竞然到了这个地步啊！”他离开秦国到了魏国，魏国人怨恨他欺骗公子任而打败了魏军，不肯接收他。商君想跑到别的诸侯国，魏国人说：“商君是秦国的逃犯。秦国如此强大，它的逃犯跑到魏国来，不送回秦国是不行的。”于是把商君送入秦境。商君重新回到秦国后，跑到他的封地商邑，与部属一起发动邑兵，向北攻打郑邑。秦国出兵攻打商君，在郑的黾池把他杀死了。秦惠玉用车裂的酷刑，将商君惩处示众说：“大家不要像商鞅这样反叛国家！”后来又将商君一家全部杀了。