噶尔丹系准噶尔部①首领巴图尔珲台吉②第六子，少时被送往西藏拉萨出家③，在五世达赖门下当了一名喇嘛。康熙十年（1671年），噶尔丹的同母兄僧格在嗣汗位十几年后④，被巴图尔珲台吉的庶出长子车臣所杀，噶尔丹闻讯即从拉萨返回准噶尔牧地，杀长兄车臣，自立为汗。
噶尔丹的崛起。
康熙十年十二月，噶尔丹遣使北京进贡，获得同清朝廷继续贸易的权力。
康熙十六年（1677年）噶尔丹袭杀和硕特部一支——驻牧在套西的鄂尔齐图汗。“噶尔丹娶鄂尔齐图女，旋以兵袭杀鄂尔齐图，破其部”，“于是西套厄鲁特溃散，或投西藏，或被虏归伊犁”⑥。“青海和硕特诸台吉惧、挈帐数千避居大草滩”⑦
康熙十七年（1678年）二月，噶尔丹起兵袭青海和硕特部，因内部意见不一，出发十一天后撤归，又恐与青海和硕特部结怨，遂以女嫁该部博硕克函济农之子根特尔。未几噶尔丹越过天山占领喀什噶尔，叶尔羌等城，势力扩张到维吾尔族所居住的南疆地区。噶尔丹派官员去上述地区统治，将维吾尔族首领及其家属掳回伊犁关押。
康熙十八年（1679年）噶尔丹袭取哈密、吐鲁番，控制天山以南，居住在南疆的维吾尔族全部沦为噶尔丹的奴隶。
噶尔丹“思北并喀尔喀，乃自伊犁东徙，至阿尔泰山，并使杜尔伯特部众屯田，且耕且牧，以恃其食”⑧。在此期间喀尔喀土谢图汗部与札萨克图汗部因“互将人民隐占”，“蓄怒交恶”⑨。康熙二十五年四月（1686年）清朝廷遣理藩院尚书阿喇尼前往喀尔喀，调解土谢图汗与札萨克图汗之间的矛盾，噶尔丹亦派己弟多尔济札卜偕达赖五世所派代表西勒图前往。多尔济札卜以调解为名，大肆挑拨离间，竭力拉拢札萨克图汗沙喇，盟誓会上又指责哲布尊巴丹活佛同达赖五世代表“抗礼踞坐”、对土谢图汗察珲多尔济“肆行凌辱”，酿成土谢图汗怒杀多尔济札布、札萨克图汗沙喇的事件。噶尔丹遂以报仇为名，率精锐三万越过杭爱山，“分南北两路”，大举进攻土谢图汗部。此时土谢图汗部主力集中在楚库柏兴防御俄议和团戈洛文军队的袭掠，猝不及防，时为康熙二十六年九月（1687年）。
康熙二十七年（1688年）六月，噶尔丹在击溃土谢图汗部后，对喀尔喀各部肆行杀掠。喀尔喀各部“各弃其庐帐器物，马驼牛羊，纷纷南窜”⑩，奔入清汛界，乞求保护。喀尔喀故地尽被噶尔丹占领。
乌兰布通之战。
康熙皇帝噶尔丹既“兼有回部、青海、漠北，则益骄”，“踞喀尔喀王庭，征诸属国，控弦之士数十万”。康熙二十九年初（1690年），噶尔丹以追杀土谢图汗、哲布尊巴丹活佛为名，大举南下，向漠南（即内蒙古）逼近。三月初，康熙令调鄂尔多斯、四子及归化等处兵六千，携三个月口粮，赴土拉防备，且命理藩院尚书阿喇坦赴军前，安排驿站。该年五月初，噶尔丹率军渡过乌尔伞河，康熙得报急调科尔沁、喀喇沁、翁牛特、巴林等部兵三千三百人，开赴土拉，听阿喇坦节制；又从京师抽调八旗前锋兵二百、汉军炮兵二百及每佐领护军一名（约千余人）开赴军前。旋即调乌珠穆沁、阿巴垓、苏尼特等部兵赴土拉，又从京师八旗兵中抽调前锋兵二百、每佐领抽调护军两名开赴军前。六月中旬，在得悉噶尔丹的军队沿喀尔喀抢掠，“所有牛羊尽为所掳”，康熙令贝勒苏努统京城八旗起程，亦令科尔沁、敖汉、土默特等部兵全部开往土拉。
六月二十一日，理藩院尚书阿喇尼从蒙古各部中选精锐二百出击，噶尔丹采用“弓形阵”战术，利用火器掩护，大败阿喇尼。噶尔丹益发有恃无恐，攻入清帝国汛地——乌珠穆沁、克什克腾等部驻牧地，迨至六月底已兵临乌兰布通（昭乌达盟南端，毗邻直隶北部），距北京只有七百里，“京师戒严”。
六月二十二日，康熙下诏亲征，从征诸王有裕亲王福全（顺治第二子，康熙帝之兄）、恭亲王常宁（顺治第五子，康熙之弟）、简亲王雅布、信郡王鄂札、康熙长子胤禔；从征诸臣有内大臣佟国纲、佟国维、索额图、明珠以及都统、副都统多人。旋即命康亲王杰书、恪慎郡王岳希率军出张家口，驻归化城。且调直隶等处火器营兵一千、京师火器营兵一千随同亲征，又从盛京调兵二千、吉林乌喇调兵二千开赴军前；传谕内蒙古四十九旗备兵分汛警戒，于险要之处驻兵。
七月初六，裕亲王福全率部先行。七月十四康熙从北京出发，出古北口，十八日驻跸古鲁富尔坚嘉浑噶山。康熙因旅途劳累，病在军前，七月二十三日，顺从群臣吁请，即日回銮。行前康熙令裕亲王福全节制诸军，又命“选择肥壮马匹分给随驾火器营兵、前锋护军”，令彼等“驰赴大军前”听命。
八月初一晨，清军与噶尔丹军在乌兰布通展开激战。噶尔丹军队二万余“阵山下，依林阻水。以万驼缚足卧地，背加箱垛，以湿毡环列如栅，士卒于垛隙发矢铳，备钩距，谓之驼城”。清军“隔河而阵，以火器为前列，遥攻中坚，声震天地”，“驼毙于炮，颓且仆”，驼城“断为二”。清军“步骑争先陷阵，左翼兵又绕山⑩横击，遂破其垒”，噶尔丹不支，乘夜率军败逃。
次日清晨，噶尔丹“遣西藏喇嘛济隆”到清军营地，会见裕亲王福全，“卑词乞和”，口称“部下无知，抢掠人畜，系大非理”，皆“因索其仇土谢图汗及哲布尊丹巴，致有此误”，“请求“休征罢战”。福全因所调“盛京、乌喇、科尔沁诸军”未至，便允济隆所请，“檄各路领军诸王大臣暂止勿击”，噶尔丹遂乘机北撤，渡潢河，穿过大碛山，“所过皆烧荒，以绝追骑”。
噶尔丹在撤退中“尽失负驼”，“狂奔绝漠而北，沿途饥踣死亡，得还科布多者仅数千人”。
昭莫多之战。
乌兰布通之战后，噶尔丹在经过几年休整后，在康熙三十三年（1694年）“遣兵侵掠喀尔喀益甚，屡书索土谢图汗及哲布尊巴丹大喇嘛”，“阴遣使诱内蒙古各部叛归己”。一年后（康熙三十四年，1695年），噶尔丹率骑兵三万，从科布多出发，再次大规模东犯。该年七月已抵克鲁伦河流域兵抵巴颜乌兰，“自秋徂冬，踞之不去”。
康熙三十五年（1696年）二月，康熙再次亲征噶尔丹。经议政王大臣会议，决定兵分三路，东路由黑龙江将军萨布素率领，率盛京兵二千、宁古塔兵一千、科尔沁兵四千，沿克鲁伦河进剿；西路由归化将军费扬古率领共约二万四千，分别由归化（今呼和浩特）、宁夏启程；中路兵由驻京八旗及宣化绿营组成，约三万余，由皇帝自将。
该年四月初，中路军已至科图，东路军未能按期到达预定地点，西路军因噶尔丹东进时“尽焚草地”须“迂道秣马”及“粮运阻雨”亦不能如期到达。噶尔丹又大肆张扬“俄罗斯助兵之信”。从征大臣佟国维、索额图、伊桑阿等力劝康熙回銮，仅以西路军迎敌。康熙断然拒绝道：“如中路军撤退，贼尽锐注西路，西路不其殆乎？遂率兵趋克鲁伦河。”五月初七，康熙所率中路军已抵西巴尔台，逼近噶尔丹营地。
噶尔丹在得到康熙亲征至此的讯报后，殊为不信，亲“登北孟纳兰山，望山御营黄幄龙纛，环以幔城”，“军容山立，大惊，拔营宵遁”。初八中路军至克鲁伦河，“北岸已无一帐”。康熙令“领侍卫内大臣马思哈搜讨巴颜乌兰近地”，自率“前锋追之三日至施山不及而还，命内大臣明珠尽运中路粮以济西师”。五月十四，康熙启程回京，令领侍卫内大臣马思哈往迎西路军，做好歼敌之备。
噶尔丹率部“奔驰五昼夜”，“沿途遗老弱辎重”，有万余之众在五月十三日抵达昭莫多（蒙语树林）。该地位于“肯特岭之南，土拉河之北”（乌兰巴托东南约七十里），“平旷饶水草。回望大岭，千仞如屏，为自古漠北战场”。
费扬古所率西路军适行抵昭莫多，因长途跋涉“马僵其半，士多徒步”。费扬古以“马力不能驰击”，“以逸待劳”“距敌三十里即止营。其地有小山，三面皆距河，林木茂荟，可设伏”。西路清军“先遣前锋兵四百，且战且却”，诱敌至。费扬古率军“先据小山，阵于东，余沿土拉河阵于西，兼备林中伏贼”。孙思克率绿营居中而阵。
十三日晨，噶尔丹军被诱至，向孙思克部所扼守的山头发起猛攻，清军“据险俯击，弩迭发”。敌军“冒矢铳鏖斗，至暮不退，人人如怒虎，林木皆震”。费扬古遥望敌阵后方，“人马木动，必其妇女、驼畜”，“乃麾沿河伏骑一横冲入阵，袭其后辎重”。孙思克部“奋呼夹击”，噶尔丹军“始溃败”。清军“乘夜追击三十余里，天明收军。斩三千级，降三千，获马、鸵、牛、羊、庐帐、器械无算，并殪其可敦（可汗之妻）阿努”。噶尔丹仅率数十骑西逃。
噶尔丹的败亡。
噶尔丹“自破喀尔喀后，恋漠北地，久不归伊犁，旧部尽为兄子策妄阿拉布坦所并，自阿尔泰山以西皆非已有”。又连年征战“精锐丧亡，牲畜皆尽”。“欲西归伊犁则畏策妄阿拉布坦之逼，欲南投乌斯藏（即西藏）则道远不能至，欲北赴俄罗斯，而俄罗斯拒不受”。
当噶尔丹听到屯集在翁金河的清军余粮“运回宁夏，乃遣兵数千山谷中，突出掠之”，被清军护粮兵“前后夹击所败”。“欲掠喀尔喀之出边游牧者，闻有备，亦不敢犯”；其遣赴藏之使”又被青海所擒。准噶尔部台吉“络绎”降清，噶尔丹“尽丧羽翼”，所剩“皆老赢”，竟至掘草根为食。
昭莫多之战后四个月，康熙以试鹰、行围为名前往宣化、张家口一带，十月中旬抵达归化。此时噶尔丹部属仅千余，食用艰难，冻饿而死者甚众。策妄阿拉布坦联络土尔扈特部阿玉奇等集兵数千，于阿尔台之土鲁图地方阻击噶尔丹。
该年十一月，进退失据的噶尔丹遣格垒沽英等二十人前往归化行在请降。行前噶尔丹对格垒沽英等言道：“天下人果不相同，中国皇帝神灵奇异，闻其行军所至，泉涌于沙，草生于碛，冰泮于河，是天助彼也；今我所属之人皆往属之，是人助也。尔往其所，观其侍从大臣行止若何，归日议之，”言毕泣之。该月二十五日，康熙在东斯垓召见格垒沽英，并对随驾诸臣谕道：“朕原无征噶尔丹之意，皆噶尔丹所自取。且噶尔丹凶暴，朕惟待以宽仁；噶尔丹奸狡，朕惟示以诚信”，“今噶尔丹穷迫已极，遣格垒沽英前来乞怜，朕意欲抚之。”遂遣格垒沽英赍敕往召噶尔丹，“许以待喀尔喀恩例”，且对格垒沽英言道：“尔还语噶尔丹，令其亲身来降，否则朕必往讨。朕在此地行猎七十日待尔，限七十日内还报，如过期，朕即进兵矣。”
因噶尔丹终不肯归降，康熙三十六年（1697年）二月，康熙第三次亲征噶尔丹，兵进宁夏。此时噶尔丹身边只有人丁三百余，“噶尔丹使子塞布腾巴珠征粮哈密，为回人擒献，所猎萨克呼里之地野兽已尽”，“策妄阿拉布坦劲兵伏阿尔泰山将擒以献功。噶尔丹进退无地，不知所为计，每夕或数惊”。其亲信力劝噶尔丹当机立断，“如降圣上，则往近之；如不降当另图一策”。该年闰三月十三，走投无路的噶尔丹死于察阿穆塔台。“于是自阿尔泰山以东，皆隶版图，拓喀尔喀西境千余里”。
四月十五日，费扬古疏报送抵御前，康熙得悉“闰三月十三日，噶尔丹至阿察阿穆塔台地方，饮药自尽”，其属下丹济拉等“携噶尔丹尸骸及噶尔丹之女钟济海，共率三百户来归”。
注释
①准噶尔部牧地在额尔齐斯河。在厄鲁特四部中，准噶尔与杜尔伯特均系瓦刺太师也先之后（也先长子为杜尔伯特始祖，次子为准噶尔部始祖）；土尔扈特为元臣翁罕之后；和硕特部为元太祖弟哈布图哈萨尔后裔。
②巴图尔珲台吉在位期间迫土尔扈特迁往伏尔加河流域，占据该部牧地塔尔巴哈台；和硕特部袭取青海后，原在鸟鲁木齐的牧地亦被准部占领，其势力几乎囊括天山以北。巴图尔珲台吉与俄国交往频繁，购得大量火器。
③明万历年间，土默特部俺答汗入藏迎达赖三世至青海，建仰华寺奉之。此后蒙古王公均送一子出家为喇嘛。为了借助蒙古军事力量振兴喇嘛教，达赖向蒙古王公“广开喇嘛教万神殿之大门”，在蒙古出现了比西藏本土还多的活佛。
④僧格约于顺治十年（1653年）嗣位。
⑤套西指河套以西，其地东至宁夏，西到甘州，南抵凉州，北临瀚海，方圆七百余里。
⑥⑦⑧《圣武记》卷三。
⑨《清圣祖实录》卷一二七。据记，札萨克图汗内部争权夺利，混战不已，部民多逃至土谢图汗部。
⑩《清圣祖实录》卷一三五。