自宗喀巴①创立新教格鲁派（亦称黄教）以来，西藏喇嘛教内新教与旧教（亦称红教）之争便开始产生。明清之际，黄教与红教的矛盾日趋尖锐，掌握西藏政务的藏巴汗与信奉红教的青海却图汗②结成反对黄教的同盟。黄教三大寺（色拉、哲蚌、甘丹）遣使赴乌鲁木齐，与和硕特部顾实汗联络，请其出兵援助。1636年（清崇德元年，明崇祯九年）顾实汗进军青海③击败却图汗，占领青海。顾实汗应达赖第巴④之邀，于1641年（清崇德六年，明崇祯十四年）进军西藏，生擒藏巴汗⑤，建立由和硕特部蒙古贵族与黄教联合统治西藏的体系——达赖居前藏、班禅居后藏，庶务由顾实汗长子达延及达赖的第巴联合执掌。顾实汗成为青海、西藏地区的实际统治者⑥。翌年（1642年）顾实汗与达赖、班禅即遣使盛京，与清朝廷建立联系。
五世达赖圆寂所引起的风波。
康熙十八年（1679年），达赖五世任命心腹桑结嘉错出任第巴⑦。在此之前，达赖喇嘛通过扩建布达拉宫和增建黄教寺院，不断扩大实力，同统治西藏的和硕特部贵族抗衡。康熙二十一年（1682年）达赖五世圆寂，桑结嘉错匿丧不报，以达赖代言人自居，“伪言达赖入室，居高阁不见人”⑧。直至康熙三十五年（1696年）六月，昭莫多之战后，清朝廷才从被俘获的西藏人处得知达赖已去世多年，桑结嘉错“阳奉宗喀巴之道法，阴与噶尔丹比欺”⑨。在受到清朝廷责问后，桑结嘉错于康熙三十六年（1697年）发丧，并宣布达赖喇嘛的转世灵童仓洋嘉措已经坐床（喇嘛教活佛继承仪式，转世灵童升座后才成为合法继承人）。仓洋嘉措时年十五岁，并未得到顾实汗之子达赖汗（达延汗之弟）的认可，达赖汗之子拉藏汗屡将其“行为不端”之处向清朝廷汇报，并将硕特部贵族与西藏上层人物之间的矛盾公开化。
康熙四十三年（1704年），拉藏汗统兵从西藏北部直逼拉萨，经色拉、哲蚌、甘丹三大寺调解，达成桑结嘉错退位（由桑结嘉错之子出任第巴）、拉藏汗退兵的协议。时过一年战事又起，藏兵战败，桑结嘉错被杀，拉藏汗将达赖六世仓洋嘉措废黜，解送北京，并于西藏另立伊喜嘉措为六世达赖。拉藏汗此举，激起青海蒙古王公的抵制，彼等拥立在里塘出生的噶桑嘉措为真达赖。为避免矛盾激化，清帝康熙令噶桑嘉措暂居西宁塔尔寺，并派侍郎赫寿入藏解决达赖灵童转世所引起的争端。
策妄阿拉布坦派兵入藏。
策妄阿拉布坦系僧格长子，在噶尔丹统治时期，因受逼迫“带领七人潜逃至吐鲁番”，在噶尔丹东征喀尔喀后返回伊犁，“收其父旧属及噶尔丹余众，复成部落”。策妄阿拉布坦把一部分维吾尔族人迁往伊犁，从事农业生产，伊犁河流域、额尔齐斯河流域以及乌鲁木齐一带，大片沃土得到开垦。在他的统治下“历十余年，部众繁滋”，实力大增。
为了向青海、西藏扩张，策妄阿拉布坦一方面同拉藏汗联姻；一方面同黄教三大寺的喇嘛来往频繁，暗中结成一个反对拉藏汗的同盟。康熙五十五年（1716年）策妄阿拉布坦派其弟策凌敦多布领精兵六千，绕戈壁滩，越大雪山，“涉险冒瘴，昼伏夜行”，从西藏北部腾格里山入藏，击败藏兵。康熙五十六年（1717年）十月准兵攻入拉萨，拉藏汗逃往布达拉宫，布达拉宫驻军迎降，拉藏汗在突围时坠马被杀。准噶尔军遂“虏其妻子，搜各庙重器送伊犁”，又将拉藏汗所立达赖六世伊喜嘉措囚禁。据一位在拉萨的外国传教士记载：“策凌敦多布一踏入王宫，就下令洗劫拉萨……他们拿着武器，闯入民房”，“还冲入寺庙，进行洗劫，抢掠庙宇积存和藏匿的财物”，“把一些人背绑着吊到粱上折磨，逼使他们讲出财富埋藏的地方，这种洗劫连续两昼夜，直至每件有价值的东西都被取走为止。”
清军入藏。
在准噶尔部入侵西藏之后，拉藏汗恳请清朝廷“速发救兵并青海之兵即来策应”。康熙五十七年（1718年）二月清政府令“西宁、松潘、打箭炉、噶斯等处各预备兵马”，令青海派兵六千，又令从“西宁满洲兵内选二百名，绿旗兵内选二百名及土司之兵一千带至青海地方，会同青海王、台吉等商酬行事”。
康熙在得悉拉藏汗遇害、准噶尔部占领并洗劫西藏后，任命皇十四子胤禵为抚远大将军，前往西宁，指挥入藏作战。胤禵于康熙五十八年（1719年）三月十一日抵达西宁，从征诸军驻扎索诺木。为入藏作战，“自阿什罕至索诺木设驿十五站，自索诺木之旁通柴旦之路设驿五站，每驿设兵二十，马十五”。
暂居塔尔寺的“真达赖”噶桑嘉措活佛，在清军抵西宁后，发表告示，号召西藏人民配合入藏清军“扫除准噶尔人，收复藏地，以兴黄教”。鉴于噶桑嘉措得到西藏、青海僧俗的拥戴，康熙谕令胤禵在入藏作战的同时，护送噶桑嘉措入藏地，“令登达赖喇嘛之座”。为了牵制准噶尔的兵力，康熙命傅尔丹等从巴里坤、阿尔泰出兵。
根据康熙的部署，西征大军于康熙五十九年（1720年）六月，兵分两路向西藏推进：北路军由平逆将军延信率领从青海出兵；南路军由定西将军噶尔弼率领从四川出师。噶尔弼采纳部将岳钟琪的建议，以土司兵为前驱，沿途招募藏兵七千，以皮船渡河，迅速切断准噶尔军的饷道。延信所率北路军在卜克河、齐嫩鄂尔、绰马喇等地多次大败策凌敦多布，策凌敦多布“计穷力竭，狼狈而逃”仅带数名随从逃回伊犁。
清军在占领拉萨后，在各寺庙抓获准噶尔喇嘛一百零一人，把策凌敦多布所任命的五名总管喇嘛斩首，其余尽行监禁。该年九月十五日，平逆将军延信为噶桑嘉措活佛举行隆重的坐床大典，确立其作为西藏宗教领袖的地位。同时把拉藏汗所立六世达赖伊喜嘉措，送至北京安置；封第巴阿尔巴布、康济鼐为贝子，封第巴隆布奈为辅国公，令彼等管理前藏；封颇罗鼐为一等台吉，令其管理后藏，此即四噶隆共治。
鉴于“西藏屏藩青海、滇、蜀”，防务尤属重要，清朝廷采纳大将军胤禵的建议，从西征军中抽蒙古兵一千五百人、绿旗兵二千、八旗兵五百人驻守西藏，由公策旺诺尔布、将军延信统之，其余西征军从康熙五十九年年底陆续撤回。
驻藏大臣制度的确立。
雍正年初（1727年）副都统鄂齐从西藏归来，向朝廷汇报前藏情况：达赖喇嘛偏袒其父索诺木达尔礼；索诺木达尔礼娶隆布奈二女，遂与隆布奈结为一党；阿尔巴布行事阴险；康济鼐居功自傲，为隆布奈等所仇。清朝廷遂于正月三十，作出遣内阁学士僧格、副都统马喇携谕旨入藏的决定，令将隆布奈解任，谕达赖喇嘛、阿尔巴布、康济鼐和舟共济。
该年六月十八日，阿尔巴布、隆布奈发动叛乱，执杀康济鼐，当时钦差一行尚未抵藏，主持后藏事务的颇罗鼐一方面聚集后藏兵马同叛军作战，一方面疏报清朝廷，亟请发兵进藏，剿灭叛军。十一月初一，雍正帝令左都御史查郎安、副都统迈禄统兵一万五千，于明春草青时入藏。
雍正六年（1728年）八月初一，清军抵达西藏。在此之前阿尔巴布、隆布奈等所发动的叛乱已被颇罗鼐所平定，清朝廷晋封颇罗鼐为郡王，令其协助达赖处理全藏事务。诏令入藏兵两千留守，两位钦差分驻前藏、后藏，是为设置驻藏大臣之始。
《西藏善后章程》的制定。
乾隆十二年（1747年），颇罗鼐病故，由其次子珠尔墨特那木札勒承袭郡王。珠尔墨特那木札勒为实现大权独揽，派人暗杀在后藏的长兄策布登，进攻策布登的军队，派人监视驻藏大臣。同达赖喇嘛屡屡发生冲突，“潜结准噶尔为外援”。
乾隆十五年（1750年）十一月，新任驻藏大臣傅清、拉布敦抵藏后，珠尔墨特那木札勒为叛已迫在眉睫，二大臣遵照“相机擒戮”珠尔墨特那木札勒的密谕，以宣旨为名把珠尔墨特那木札勒引至驻藏大臣衙门处死，其党羽遂发兵围困驻藏大臣衙门，“枪炮齐发，环攻之”，因“墙高而固，不能入，贼乃积薪楼下，烈焰四起”，两位驻藏大臣相继遇难。
在清军入藏之前，达赖喇嘛即已率领僧俗民众，平定珠尔墨特那木札勒党羽所发动的叛乱。
乾隆十六年（1751年），清朝廷制定《西藏善后章程》，明确规定：
地方政府的噶隆仍为四人，凡事要四人“公共办理”；
噶隆办理政务应在噶厦衙门，不得“于私宅办事”；
重大事务须“请示达赖喇嘛并驻藏大臣酌定办理”；
任命第巴以及革除治罪，均须“公司禀报达赖喇嘛并驻藏大臣酌定”；
各寺院之堪布喇嘛，“或遇缺出”，均由“达赖喇嘛酌行”，各噶隆不得“专擅办理”。
《钦定西藏章程》的制定。
乾隆五十七年（1792年）清军在驱逐侵入西藏的廓尔喀军队后，命将军福康安会同达赖、班禅共同起草西藏善后章程，共拟定一百零二款，经清政府修改订为二十九款，归纳起来主要有驻藏大臣权限；达赖、班禅及活佛转世；建立西藏常规部队等方面内容。
根据钦定章程规定，“驻藏大臣督办藏内事务，应与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等”；遇有西藏地方官员缺出“统归驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选，分别奏补拣放”；对外交涉“俱由驻藏大臣主持”，境外写给达赖、班禅的信件，均须“报明驻藏大臣译出查验，并代为酬定回书”；西藏地方财政“统归驻藏臣稽查总核”。
达赖、班禅以及活佛的转世，均须在驻藏大臣的监督下，抽签决定，此即“金瓶掣签”（亦称金奔巴）制度。由驻藏大臣将各地呈报的转世灵童的姓名、出生时辰等交驻藏大臣汇总，用满、汉、藏三种文字写在牙签之上，放入清政府所赐金瓶之中，在大昭寺宗喀巴像前抽签抽中者即为新的转世活佛。新活佛长大后，须在驻藏大臣的主持下，举行坐床之典。“金瓶掣签”制度的确立，打破了“吹忠”（巫师）对转世一事的把持。
鉴于廓尔喀两次入侵所造成的混乱，《钦定西藏章程》规定在前藏、后藏各增设“番兵一千名”，并在“冲途要隘之定同，江孜地方安设番兵各五百名”，由清朝廷放发“钱粮口粮，加以训练”。
驻藏大臣制度的建立以及《西藏善后章程》、《钦定西藏章程》的相继制定，加强了清王朝对西藏地区的统辖。
注释
①宗喀巴生于明永乐十五年（1417年），得道于甘丹寺，以改革红教巫术流弊为己任。
②喀尔喀部却图汗在1634年占领青海，屠杀、囚禁黄教僧人。
③顾实汗在出兵青海之前，同准噶尔部的军事冲突时有发生。
④达赖喇嘛的执事及西藏地方官员均称作“第巴”。
⑤藏巴汗被装入牛皮囊，投入雅鲁藏布江。
⑥顾实汗把从西藏征收的赋税用以供养达赖，余为黄教经费。
⑦一说：桑结嘉错系达赖五世私生子。
⑧《圣武记》卷五。
⑨桑结嘉错对喀尔喀有自己的大活佛极为不满，鼓动噶尔丹出兵喀尔喀，且派代表在噶尔丹军中出谋划策，择黄道吉日出师。
⑩仓洋嘉措是位才华横溢的诗人，倜傥风流，厌恶宗教生活。
关于仓洋嘉措的下落有三种记载：一行至青海病死（《圣武记》）；二解送途中被拉藏汗派人杀害（《西藏纪事》）。三行至青海，“决然遁去，周游印度、尼泊尔、康藏、甘青、蒙古等处”（《西藏民族政教史》）。