明代特务统治可谓臭名昭著，其机构便是令人闻之变的“厂卫”。它犹如附着在大明王朝肌体上的一个可怕的毒瘤，拼命吞噬着健康的细胞。明王朝由此病入膏肓，不可救药。
明太祖朱元璋即位之初，喜欢与左右近臣谈论古今君王待臣之道，太史令刘基（伯温）上言道：上古时期，公卿大夫触犯刑律，君主只是赐予他宝剑，劝其闭门自裁，未曾轻易加以污辱。这种做法主要是为了维护士大夫的尊严。侍读学士詹同也将《大戴礼记》与西汉名臣贾谊论君臣之道的奏疏进呈朱元璋，并委婉进言道：古时“刑不上大夫”，并不是说士大夫有罪不罚，而是不欲折辱士大夫，以激励民间养成行己有耻的风气，惟有如此，方能显出君王宽宏大度的恩德。对此，朱元璋深表赞同。
刘基、詹同等人的进谏并非无的放矢，而是事出有因。出身游方僧的朱元璋在登基之后，一些处罚方式让众多士大夫出身的大臣感到难以接受。如朱元璋在刑法上的一个重要发明就是所谓的“廷杖”，即在朝堂之上杖责触犯龙颜的大臣。试想，在庄严的廷殿之上，众目睽睽之下，裸露肌肤承受武士们的杖责，该是何等屈辱难堪的情形！这对于信奉“士可杀不可辱”的中国士大夫而言，比下地狱更加痛苦。皮肉之苦事小，而为人为臣的尊严却已丧失殆尽了！这种“廷杖”的惩罚，连公侯、权臣也在所难免。有明一代，许多显赫一时的大臣悲惨地死于杖笞之下。
与“廷杖”相比，朱元璋的另一项发明更是让朝野上下闻之毛骨悚然，这便是“锦衣卫”，亦即秘密特务组织及刑狱机构。朱元璋生性多疑，在贵为人主之后更是缺乏安全感，生怕臣下对自己不忠，更担心千辛万苦得来的江山与荣华富贵会化为乌有，因而他时时处处充满戒备之心，对臣下的一举一动都不放过。他不仅要求大臣们当面对他毕恭毕敬，言听计从，忠心不贰，就是回府之后的言行也要在他的监视与掌握之中。为此，朱元璋煞费苦心，派出密探四处巡视，保证以最快的速度向他汇报各位大臣的动向。
《水东日记》记载了这样一件事，典型地反映出朱元璋手下密探的厉害：大臣钱宰受命编纂《孟子节文》，连日劳作，自感非常疲倦，一日散朝回到家后诗兴突发，成诗一首云：
四鼓咚咚起着衣，
午门朝见尚嫌迟。
何时得遂田园乐，
睡到人间饭熟时。
这本是一篇信笔之作，诗成之后，钱宰也就宽衣歇息了。没想到第二日上早朝时，朱元璋一见钱宰就笑着说：“昨天爱卿作了一首好诗啊，可是寡人没有嫌你上朝‘迟’呀，是不是用‘忧’字更好一些呢？”这一番话说得钱宰心惊肉跳，连忙磕头谢罪，心中暗自庆幸：多亏昨日还没有胡言乱语，否则今天此头就难保了。
朱元璋如果仅仅派亲信四处刺探臣下的隐私，显然还不足以对朝野构成严重威慑。起初，朱元璋任用的亲信密探名日“检校”，任务是专门负责侦察探听在京大小衙门官吏不公不法之事，及风闻之事，事无大小，全部上奏。至洪武十五年（1382年），著名的皇家特务衙门——锦衣卫正式挂牌。
所谓“卫”者，皇帝亲军之谓也，但锦衣卫的使命主要不在于保护皇帝的人身安全，而是专掌不法风闻之事。锦衣卫的最大头目为指挥使，官居正三品，佐官有同知、佥事、镇抚、千户等，部属有将军、力士、校尉。锦衣卫下设经历司与镇抚司，经历司主管文卷出入，而镇抚司为其核心部分，职理狱讼，后分南北司，北司专理刑狱。锦衣卫最厉害之处并不在于他们可以直接向皇帝汇报，而在于他们拥有独立的法庭和监狱，也就是说，他们在直接听命于皇帝的同时，可以在朝廷“三法司”之外，自设公堂，有权拘留与审讯疑犯，号称“诏狱”，即皇家自设监狱。
上有所好，下必承风。锦衣卫的设立，为愿意充当御用爪牙的臣子提供了用武之地。不少人因此而受到朱元璋的宠任，如高见贤、夏煜、杨宪和凌悦均以“伺察搏击”驰名一时，就连功高盖世的公侯都惧之三分。而他们却博得了朱元璋的欢心，朱元璋曾得意洋洋地说：“惟此数人，譬如恶犬，则人怕。”这一比喻是十分贴切的，为了保住朱氏社稷，朱元璋可谓煞费苦心，不惜采用“以毒攻毒”的手段，用邪恶的方式来遏制群臣。事实证明，锦衣卫确为朱元璋铲除异己、大肆屠戮的得力帮凶。朱元璋大杀功臣，罗织大狱，绝大多数都是锦衣卫的干将承旨而为。朱元璋设立锦衣卫，是为了监视各级官吏的不法行为。皇帝本人不可能事必躬亲，去认真审理锦衣卫吏员所告发的每一件案情，因而定罪与量刑就完全掌握在锦衣卫官吏之手。朱元璋特别喜欢使用酷刑，锦衣卫官吏在实际运用中可以说是无所不用其极。古语云：“欲加之罪，何患无辞。”重刑之下，求死不得，焉能不诬？因此，酷刑就成为这些皇家特工发泄淫威、任意胡为的工具。锦衣卫校尉力士名为“缇骑”，都是“都中大豪，善把持长短，多布耳目，所睚眦无不立碎”。他们鲜衣怒马，横行无忌。后世人称：“幽絷惨酷，害无甚于此者”，也就是明代刑法系统中危害最烈的一部分。
首先，锦衣卫的设立本身就是对明代司法监察系统的一大破坏。明代司法系统承继前代，号称“三法司”，即刑部、都察院和大理寺。刑部掌管天下一切刑事诉讼案件的审理，都察院负责纠察百官治案，大理寺对具体案件审理结果进行驳正。朱元璋即位后，对天下案件的审理工作极为关心。并声称为了防止办案官吏有任意构陷罪名、严刑逼供诬陷的情况出现，特别规定凡有重大案件，必须由他本人当面审讯。因此，朱元璋在位期间，绝大多数重要案件都由他本人来亲审，“三法司”并无权干预，这无形中就是对“三法司”权力的一种剥夺与削弱。而朱元璋本人不可能亲自处理各个案件始末，故此一切事务均落在锦衣卫官吏的手中。这样，从案件的揭发到审理的全过程，三法司往往被搁置一边，而由锦衣卫来掌握。
其次，锦衣卫直接受命于皇帝，其他官员无权干涉他们的所作所为。因此，锦衣卫事实上就有了一把至高无上的保护伞，其飞扬跋扈的程度甚至可以不把“三法司”放在眼里。但为了遮蔽天下人的视听，锦衣卫往往将审理好的结果交给刑部。因此，在当时人眼中，锦衣卫及“诏狱”成为最高的刑法审理机构，“法司可以空曹，刑官为冗员矣”！“三法司”的职能与权力为皇帝及锦衣卫所剥夺，实际上导致了法制系统的破坏，朝廷法权竟成为锦衣卫官吏胡作非为的工具。至朱元璋晚年，鉴于锦衣卫“非法凌虐，诛杀为多”，朱元璋明确地禁止了“诏狱”，也就是将王朝司法权重新还给“三法司”。然而，朱元璋这些亡羊补牢的举措并没有就此使“诏狱”寿终正寝，后世的皇帝根据自己的需要，使锦衣卫及“诏狱”的祸害愈演愈烈，成为明代臭名昭著的弊政之一。
永乐帝朱棣在位时期是明代厂卫制度发展的重要时期，也是宦官执掌厂卫机构的开始。朱元璋死后。由于皇太子朱标已于洪武二十五年（1392年）去世，便由皇太孙朱允炆继承皇位，史称“建文帝”。身为皇叔的燕王朱棣对皇位垂涎已久，借“清君侧”之名，起兵反叛，这就是明代历史上著名的“靖难之役”。结果，朱棣在皇位之争中取得了胜利。不过，许多忠于建文帝的大臣对朱棣怀有强烈的抵触情绪，朱棣为压制官民的不满情绪，震慑那些二三其意的大臣，全面恢复了锦衣卫的权力，也就是重新设置了“诏狱”。此前明太祖朱元璋废除“诏狱”后，锦衣卫的地位大大下降，不再参与刑法之事，与其他皇帝亲军一般无二了。朱棣则将亲信纪纲提升为都指挥佥事，治锦衣亲兵，“复典治诏狱”。纪纲从此大权在握，开始了构陷凌虐的生涯，锦衣卫的祸害也达到了一个新的高潮。
纪纲为朱棣手下得意的“恶犬”，禀承朱棣之意旨，对朱棣所痛恨的太监与武将进行残酷迫害，千方百计罗织罪名，必欲置之死地而后快。锦衣卫实际上成为朱棣诛除异己、纪纲聚敛财富的绝好工具，完全凌驾于刑部等司法机构之上。
凭借锦衣卫的特权，纪纲的胆大妄为，有时到了让人瞠目结舌的地步。如他受命前去籍没原晋王和吴王的家产，不仅将大批财宝掠为己有，而且穿上搜获的王服、王冠，在王府中大摆酒宴，命优伶歌舞献艺，“奉觞称万岁”，俨然以帝王自居。一次，纪纲欲买一年轻貌美的女道士为妾，没想到都督薛禄抢先一步，这使得不可一世的纪纲大为光火，发誓要报复以雪其辱。一日，在皇宫之内遇到薛禄。纪纲突然用铁瓜击其后脑，薛禄顿时血流满面，险些丧命。都指挥哑失帖木不满纪纲的胡作非为，一次在大街之上正巧与横冲直撞的纪纲一行相遇，他拒不让道，这令纪纲怀恨在心。其后诬陷哑失帖木冒领功赏，下狱棰杀之。
纪纲在朱棣的支持下，肆意构陷，横行无忌，已为天下人所痛恨，朱棣本人并不是不清楚，但朱棣也同其父朱元璋一样，就是想凭借这些“恶犬”来达到压制天下不满情绪的目的。当这一目标基本达到后，纪刚的存在就无足轻重了。其时，内宫有太监对纪纲早有夙怨，伺机向朱棣密告纪纲有“谋反”之心，对纪纲有所厌恶的朱棣不禁大怒，命御史当廷弹劾，立下都察院审讯，结果证据确凿，当天就将纪纲处以磔刑，恶贯满盈的纪纲受到了应有的惩处。
纪纲的出现，完全是朱棣唆使放纵的恶果。但在这一事件发生后，朱棣却得出结论：外廷之臣靠不住。因此，他对外廷之臣充满了戒备。故此。明代特务政治不但没有因纪纲之死而有所削弱，反而得到了长足的发展。朱棣并没有因此废除锦衣卫，而是又创立了一个由太监主掌的特务机构。目的在于使其与锦衣卫之间互相监督，这就是东厂。
《明史》载：“明朝宦官拥有出使、专征、监军、分镇、刺民隐事等大权均自永乐年间开始。”有明一代，重用宦官在朱棣在位时已初具规模。关于“刺民隐事”之权，即指东厂的设立。永乐十八年（1420年）八月，东厂正式设立于北京东安门外，“以内监掌之，自是中官益专横，不可复制。”
东厂的使命就是“缉访谋逆妖言大奸恶等与锦衣卫均权势”。前去主持东厂事务的宦官都是朱棣的心腹，人称“厂公”或“督主”。厂公有皇帝特颁密封牙章一枚，有重要事件须上奏皇帝，以此钤封，可以不经过任何手续，直接送到皇帝手中。东厂内部机制相当简单，厂公之下，只有掌刑千户一名，理刑百户一名，及掌班、领班等，东厂的骨干力量便是专门出外缉访的役长（又称挡头），有百余人之多，每一位役长又有番子（也称番役，或干事）数人，总计东厂常制有一千多人。这些役长及番子原来都是锦衣卫中挑选出来的“最轻黠猾巧者”，从此可以看出，东厂的设立就是朱棣直接剥夺与制约锦衣卫力量的一种重要措施。东厂直接受命于皇帝，不听任何外廷机构节制。除皇帝之外，普天之下的百官平民都是东厂侦缉的对象。
东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制定了相当严密的制度。如每月初一东厂都要集中布置当月侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。在文献记载中，我们可以发现，东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记”，在各处地方官府访缉者名为“坐记”，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件”。
在任何时代的日常生活中，不可能时时都有惊心动魄的事件发生，无事可做的厂役们便将毫无情报价值的日常琐事记录在案，向皇帝汇报。如某地失火或遭雷击，皇帝当天也能知晓。至每月底，厂役还要特别奏报京师当月粮米油面价格。平时，厂役番子上报事件后，厂公首先审阅，经过润色之后方上送皇帝，但如有要事，即使在深夜宫门关闭之后，厂役也可从门缝中塞入，宫人接到后，立即交予皇帝。因此，东厂人员高效率的工作，使深居皇宫内院的帝王对外边发生的一切可以说是了如指掌。显然，东厂的设立使明代特务政治发展到了一个新阶段，朱棣在侦缉臣民隐事方面的手段超过了乃父。
侦缉他人隐事这种不光彩的勾当，吸引了大批地方上整日寻衅滋事的泼皮无赖，这些人自然而然地成了东厂役长、番子们的帮凶。于是他们就勾结起来，利用皇家鹰犬的身份，干起了敲诈勒索的勾当。当这些无赖打探到某家一桩隐事之后，即称获一“起数”，由番子负责向役长（即挡头）汇报，挡头则根据情报的价值支付银两，这叫“买起数”。然后，这些无赖就带领番子至此家周围进行监视，在找到一些蛛丝马迹后，番子们就冲人该户人家，加以拘捕审讯。如不立即交纳足够的贿金，就私动惨刑。并授意其诬陷周围富户，如果能捞足钱财，即告无事，如若没有油水可榨，即交于锦衣卫监狱处置，其性命便再无生还之望。
东厂的设立充分显示出朱棣过人的心机，一方面无论东厂厂公，还是下属番子，只有权侦缉，而无权审理处置，另一方面东厂侦缉范围极广，但只对皇帝汇报，不受其他朝廷机构的约束，其结果是大大增强了皇帝对臣下的监视及控制，一切决定都出于皇帝本人，这样就从根本上杜绝了任何机构（包括锦衣卫）的僭越专断。因而，在这种意义上，东厂称得上是名副其实的特务机构。
永乐帝朱棣在位期间，锦衣卫内部的变化主要反映在镇抚司权力的膨胀。镇抚司本是锦衣卫下属机构，朱棣即位后，增设北镇抚司，“专理诏狱”。成化十四年（1478年），在纪纲事件之后，朱棣特别规定：“增铸北司印信，一切刑狱毋关白本卫。”也就是说，北镇抚司有权独立处置刑狱之事，并不必通过锦衣卫长官的定夺。北司作为锦衣卫使属下的小官，自然不敢专断案件，因此，朱棣特许北司可直接请示皇帝，而且锦衣卫使不得干预，这样就造成了“镇抚职卑而权益重”。朱棣的手段是相当高明的，拥有特权的镇抚司就成为锦衣卫使的制约者与监督人，锦衣卫使须时时处处提防镇抚司，自然不敢任意专断妄为了。因而，“诏狱”也就是镇抚司狱了。朱元璋晚年鉴于锦衣卫的“非法凌虐”，曾尽焚锦衣卫刑具。至朱棣登基后，不仅恢复锦衣卫的特权，而且镇抚司监狱也成为残酷摧残臣民的人间地狱。