洪武元年（1368），朱元璋即皇帝位，定应天府为南京（今属江苏），称京师。永乐元年（1403），明成祖诏以北平为北京。十九年（1421），诏改京师为南京，以北京为京师，迁都北京。
初，洪武三年（1370），朱元璋第四子朱棣受封为燕王，十三年（1380），就藩于北平（今北京）。建文元年至四年（1399-1402），朱棣夺取皇位，改元永乐，是为成祖。明成祖以为夺位得天下，恐为建文朝大臣所不容。靖难军进入南京，建文旧臣出迎者寥寥无几，余者或效死建文，或逃匿不仕，或指斥其非，或图谋行刺。朱棣遂大肆诛杀，株连甚众，以至于其内心颇为不安，曾微语尚书茹常：“朕毋得罪天地祖宗乎？”茹常叩头大言曰：“陛下应天顺人，克成先志，何罪！”①成祖这才放心。故虽定都南京，却经常往来于两京之间。
北平乃辽、金、元三朝古都，形势雄伟，左环沧海，右拥太行，南控江淮，北连朔漠，足以“控四夷创天下”②，于当时抵御北元蒙古势力的威胁，在军事上指挥调度极为有利。亦可进一步控制东北地区，有利于维护全国统一。北平又是明成祖龙兴之地，自封藩燕北，经营二十余年，有雄厚的政治、军事实力及广泛的社会、经济基础。因此种种，明成祖早欲迁都北京。即位之初，永乐元年（1403）正月，礼部尚书李至刚等言：“自昔帝王，或起布衣平定天下，或由外藩入承大统，而于肇跻之地皆有隍崇。切见北平布政司实皇上承运兴王之地，宜遵太祖高皇帝中都之制，立为京都。”明成祖认为：“其可以北平为北京。”③永乐迁都北京的准备工作遂逐步展开。
二月，成祖下令改北平府为顺天府，设北京留守、后军都督府、行部国子监。三月，成祖命舟师重开海运，往北京运粮，以后岁以为常。八月，发流罪以下犯人往北京垦荒，徙直隶、苏州等10郡、浙江等9省富民近4000户落籍北京。二年至三年（1404-1405），又徙太原等山西民20000户落籍北京。同时，成祖下令浚通南北大运河，以通北京漕运。四年（1406）闰七月，“诏以明年五月建北京宫殿。分遣大臣采木于四川、湖广、江西、浙江、山西”④。同时命大臣督兵士、僧众、工匠造砖瓦；命工部征天下诸色匠作；在京诸卫及河南、山东、陕西、山西都司，中都留守司，直隶各卫选军士；河南、山东、陕西、山西等布政司、直隶凤阳、淮安、扬州、庐州、安庆、徐州、和州选民丁，期明年五月俱赴北京听役，“其征发军民之处，一应差役及闸办银课等项悉令停止”⑤。
各路军士、工匠、民丁，各地良材、巨木不久便汇聚北京。原定永乐五年动工营建之北京宫殿工程却未能如期开展。究其原因，约略有三。其一，永乐四年爆发明与安南之战争。成祖命成国公朱能“帅十八将军、兵八十万”分道进讨，六年（1408）“复命张辅帅师二十万征讨”⑥；其二，明与北方鞑靼、瓦刺不断展开大规模战争。永乐八年（1410），成祖“自将五十万众出塞”亲征鞑靼，十二年（1414），又亲征瓦刺。⑦战争连年不断，需仰大量人力物力支持，从而影响营建北京宫殿计划如期进行，其三，永乐五年（1407），徐后去世。七年，明成祖车驾至北京，礼部尚书赵舡及廖均卿等得吉壤于北京昌平黄土山，车驾临视，遂封其山为天寿山，始营建山陵即成祖长陵工程。
营建北京宫殿工程虽停，迁都准备工作始终未断。永乐九年（1411），成祖命工部尚书宋礼等修会通河。十三年（1415）平江伯陈碹等开凿淮安附近之清江浦，使废弃已久的运河重新畅通。十四年（1416）三月，长陵工程竣工。十一月，成祖复诏群臣商议营建北京事。于是，公、侯、伯、五军都督及在京都指挥等武官，六部、都察院、大理寺、通政司、太常寺等衙门尚书、都御史等文官纷纷上疏，请求立即择日兴工，营建北京。上奏称：北京“诚天府之国，帝王之都也，皇上营建北京，为子孙帝王万世之业。”今日“引河道疏通，漕运日广，商贾辐辏，财货充盈，良材巨木，已集京师，天下军民，乐于趋事，揆之天时，察之人事，诚所当为而不可缓。伏乞上顺天心，下从民望，早敕所司兴工营建，天下幸甚”⑧。成祖欣然同意。
自永乐十五年（1417）六月兴工，至永乐十八年（1420）十二月，北京宫殿、门阙、城池、郊庙、钟楼、鼓楼等京师必备建筑先后竣工，于是，成祖下诏迁都。十九年（1421）正月，明成祖御新建成之奉天殿，受百官朝贺，正式迁都北京。
新都北京“规划悉如南京，而高敞壮丽过之”。朝廷以全国各地征调各色工匠数十万、民工上百万，及大量军士参与营建工程。明代北京在元大都旧城基础上，进行了全面改建与重建。宫城及大城均向南推移，宫城（紫禁城）为营建北京的核心工程，位于全城南北中轴线上，四周建城墙，城墙外有护城河。宫城为长方形，占地72公顷，以午门——玄武门为中轴线，依次排列有前三殿：奉天殿（后改称皇极殿、太和殿）、华盖殿（后改称中极殿、中和殿）、谨身殿（后改称建极殿、保和殿）；后三宫：乾清官、交泰殿、坤宁宫。前三殿主要用于举行国家大典以及l重要朝会，后三宫为皇帝处理日常政务及生活起居之所。文华殿、武英殿、东六宫、西六宫等建筑配置于东西两侧，严格对称。宫城之外为皇城。宫城后方为废土堆砌而成的万岁山，意在“席山建殿”，成为宫城之倚靠，又意在镇压前朝之风水，故又名镇山。万岁山亦为北京城的中心点及制高点，便于瞭望全城。宫城前方依“左祖右社”之制，左建太庙，右建社稷坛。皇城正门为承天门（今天安门），向南至大明门（今已不存）为一宽阔大道。道两侧筑有东、西千步廊。千步廊左侧为礼、户、吏、兵、工五部等中央机构。右侧为五军都督府衙署。皇城中心为优美多姿的太液池、琼华岛。皇城之外为大城。大城南部乃繁华商业区。钟楼、鼓楼位于大城中心。大城共开九门，前三门为正阳门、崇文门、宣武门，西有阜城门、西直门，东有朝阳门、东直门，北有德胜门、安定门。大城南郊建有皇帝祭祀天地的大祀殿及山川坛。嘉靖九年（1530），增筑圜丘，并于北郊筑方泽坛，东郊筑朝日坛，西郊筑夕月坛。明成祖营建北京，使北京城内建筑布局比元大都城更为匀称整齐，设计更为合理，巍峨壮观的建筑显示出中国古代独特的建筑风格。嘉靖三十二年（1553），在外城南郊增修外罗城，开七门，因此，大城又称为内城。原计划大城四周均筑外罗城，由于财力不济，终未能果，因此明北京城平面呈“凸”字形。
永乐迁都后，北京人口迅速增加，既有自元朝至永乐时期从全国各地徙来的富户，也有营建北京过程中留京的大批工匠，又有入京参试的科场举子以及大小商人等。京城农业、手工业及商业、文化事业都得到全面发展，迅速成为全国政治、文化中心。
北京地近边塞，北方蒙古鞑靼、瓦刺，东北女真等族相继对京都构成威胁。因此，自永乐迁都之时至明末均有回都南京之议。永乐十九年（1421）四月初八，新建成仅三月的紫禁城失火，三大殿烧成一片灰烬。廷臣中有议论迁都北京之非，主张重同南京，遭明成祖斥责。成祖以奉天门为临时听政之所坚持上朝，还都之议始止。但是，继续营建北京官署的工程却被搁置。永乐二十二年（1424），成祖驾崩，永乐时期长期居守南京的皇太子朱高炽即位，是为明仁宗。洪熙元年（1425）三月，仁宗宣布复都南京，“命诸司在北京者悉加‘行在’二字，并建北京行部及后军都督府”⑨。四月，仁宗崩，还都南京终未成事实。
宣宗朱瞻基即位，仍称北京为“行在”。直至英宗朱祁镇即位后，北京作为明朝都城的地位才得以确立。正统元年至四年（1136-1139），宣宗命军夫数万人修建京师九门城楼、月城、角楼、城濠、并各门石桥、闸，于是北京城“焕然金汤，巩固足以耸万国之瞻矣”。正统五年，重修已焚毁20年之久的奉天、华盖、谨身三殿及乾清、坤宁二宫。六年（1441），英宗于新宫殿落成之日宣布上谕书，重申定都北京，“罢移行在，定为京师”。此后，正统七年，又造会同馆、观星台，建宗人府、吏部、户部、兵部、工部、鸿胪寺、钦天监、太医院、五军都督府、太常寺、通政司、锦衣卫、刑部、都察院、大理寺、詹事府等文武官署，并于京师城垣内外砌以砖石。英宗正统时期的营造工程，使北京京师规模完整地体现出来，在明朝定都北京、营建北京的过程中，起了决定性的作用。此后，直至明亡，北京一直是明朝京师。
注释
①《罪惟录》。
②《明太宗实录》卷一，四。
③《明太宗实录》卷一六。
④《明史》卷六《成祖本纪二》。
⑤《明太宗实录》卷五七。
⑥《明史》卷一五四。
⑦《明史》卷三二七《鞑靼传》。
⑧《明太宗实录》卷一八二。
⑨《明仁宗实录》卷八七。