南迁后，建州部与中原地区来往密切，社会生产力显著提高，经济繁荣，八旗制度随即建立，而此时正是努尔哈赤担任明朝建州部首领。明万历十一年（1583年）努尔哈赤袭封为指挥使，以祖、父遗甲十三副，相继兼并海西四部，征服东海女真，统一了分散在满洲地区的女真各部。万历四十四年（1616年），努尔哈赤在赫图阿拉称汗，建立大金（史称后金）。
1618年，努尔哈赤公布名为“七大恨”的讨明檄文，开始公开起兵反明，并屡次到关内扰乱，甚至侵到燕京的四郊。1619年萨尔浒之战，努尔哈赤以少胜多，致明军惨败，由此成为明清战争史上一个重要的转折点。此后明朝在关外就转为守势。
满洲朝气正盛，对新战术能迅速地学习，所以暮气沉沉的明朝也没有以武器优良制胜的机会。满洲当初只知焚杀劫掠，后来也渐感到抚育政策的必要。定国号为大清之后，与明争天下的野心日趋明显。最后明完全失去抵抗力，虽仍不肯承认事实而以上国共主自居，但最少中国北部的陷于清不过是时间的问题。
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《永乐大典》
成书于明代初期的《永乐大典》，是我国古代最大的一部类书，也是我国历史上最大的一部百科全书。
《大典》辑有上古至明初的图书七八千种，计有22877卷。《大典》的编排体例以《洪武正韵》为纲，按韵分列单字。天文、地理、人事、名物、诗文词曲、奇闻异见等，都随字收载。尤其值得称道的是，当时规定所辑入的书，不准删改，必须照原著整部、整篇、整段地编入，因此《大典》保存了我国宋元以前大量的珍籍。
《大典》编成后，只缮写了一部。朱棣从南京迁都北京后，《大典》也运至北京。由于卷帙过多，此书始终未能刻版付印，直到明嘉靖末年，才照原本摹写了一部作为副本。《大典》的正本约于明亡之际被焚毁，副本在清朝前期由皇家档案库移至翰林院藏存。乾隆年间纂修《四库全书》时，由于官吏们的偷盗，《大典》缺失了2400多卷；1900年八国联军攻陷北京后，《大典》惨遭浩劫，部分被烧毁，部分被抢走，剩下的仅有64册了，损失惨重。
新中国成立后，经多方努力，到1959年为止，已搜集《永乐大典》215册，加上复制本等，共730卷，1960年由中华书局影印出版。虽然这730卷只是原书的百分之三，但其中仍然保存了不少散佚的珍贵资料。
明朝的灭亡
明代军事本就不很强，到末季更不能用，筹饷反成了一种扰民的借口。战争时期军饷是极其严重的问题。神宗天性贪财，熹宗宠用的魏忠贤贪财，军官也大肆贪污，虚报兵数，于是军费开销越来越大，户部越来越没钱，只有加重老百姓的赋税。就这样矛盾越来越激烈，军事问题却没有解决。
开矿的时代狂又加重人民的苦痛。按道理说，矿产可增加财富，但因开矿激发社会矛盾的比比皆是。浙江的温州、处州，福建的浦城等地，明代有银矿，每年朝廷在此征税。税额逐渐增多，到明代中期福建银矿增加到三万两，浙江增加到八万两。地方财政为此枯竭，百姓苦不堪言。朝廷一度下诏令封闭矿山。但是政府不开，一些所谓的“奸民”私下里偷开矿山，利益驱使之下，因盗矿相互斗殴，死伤不断。朝廷又派遣宦官充当矿监，没想到这又成为百姓的一大灾难。这些矿监、税吏都是皇帝的亲信密探，他们到哪里就与当地的流氓无赖勾结起来，把当地的官府衙门也不放在眼里，另建税署衙门，自成天下，横行各地，中饱私囊。
矿监可以借口开矿，随意诬陷，凡是民间田园屋宇，都可随意指为矿穴，进行抄家毁屋，或者挖墓盗尸。百姓怨声载道，忍无可忍只好起来造反。民众冲击矿监税吏的事件时有发生。
明万历时起，朝政日趋腐败，党派林立，党争迭起。万历三十三年（1605年），被革职的官员顾宪成与好友高攀龙等人，在无锡东林书院讲学，讽议朝政，品评人物，抨击当权派，一部分在职官吏如赵南星等也遥相应合。东林党以此得名。与东林党同时，另一批官吏士绅又组成浙、齐、楚、宣、昆各党派。这些党派相互之间也有矛盾，同时又有一部分人勾结魏忠贤“阉党”，满朝汹汹，相互倾轧。东林党人激烈反对“阉党”掌权。杨涟上疏劾魏忠贤二十四大奸恶，被锦衣缇骑逮捕。左光斗、魏大中、周顺昌、黄尊素等人也被捕处死。政局大坏，严重削弱了明朝的力量。
至于仕宦阶级，品格日下，最后几乎不知人间有羞耻事。万历年间，首辅张居正卧病，朝中官员为他祈天祷告，靡然成风，士大夫趋炎附势，相习成风，以至于此！天启年间，各地官员争相谄事宦官魏忠贤，为他建生祠。“每一祠之费，多者数十万，少者数万，剥民财，侵府库，伐树木无算。”（《 明史·阎鸣泰传 》）
少数比较有廉耻的人又愚昧可怜，对天下大势全不了解。古代士大夫的知识，只不过是些道德哲学，社会的知识极其贫乏，更不懂军事。国难当头，只会互相攻击，以道德标榜自己，或是争论迁都、议和，缺乏实实在在的办法。总之，君子与小人同样地努力断送国命。
历代乱时必有的流寇此时当然遍地皆是，张献忠、李自成率众在全国流窜，沿途烧杀掠夺，明军追随进剿，劳民伤财，耗尽了大明的气力，直接地结束了大明的天下。
明代湮没人才、摧残臣民的政策可说完全成功，明亡时一般王公大臣、文武百官的无能与无耻是历史上少见的丑剧。李自成进北京后，“成国公朱纯臣、大学士魏藻德率文武百官入贺，皆素服坐殿前。自成不出，群贼争戏侮，或椎背、脱帽，或举足加颈，相笑乐，百官慑服不敢动”（《 明史·李自成传 》）。但流寇不过是为久窥中国的满洲制造机会，江南虽仍可守，但因天下无人，连东晋、南宋的局面也不能维持，整个中国尽归清朝。
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晚明的风雨飘摇
晚明社会，由于商业的发达和市民社会的发展，从上到下形成了奢靡纵欲的风气。是以皇帝为首皇族勋戚的大肆敛财、生活奢靡，挥霍无度，这自然不用说，就是一般人家也竞相仿效，吃喝讲究排场，婚嫁大操大办，士大夫流连于青楼妓馆，不以为耻，反以为乐。
从表面上看，这种奢靡纵欲思潮是商业的盛况，歌舞的繁华，但这些都只是一种消极浪费型的风俗的兴起，对社会的发展并无裨益，反而加速了朱明王朝崩溃的进程。
在社会奢靡纵欲思潮的冲击下，士大夫的精神风貌、价值取向、人生理想都发生了变化。以天下为己任、维护大一统政权，不再是全体士人的基本的人生理想和立身之本，士大夫忠君爱国的观念逐渐淡薄。其次，这种纵欲思潮的泛滥造成虚假的社会繁荣。表面上社会财富通过纵欲挥霍而散发，实际上只是少数人对财富的吞噬，挥霍和浪费；表面上这种奢靡纵欲养活了很多人，而实际上带来的是商业的畸形繁荣，国家财政的贫乏，百姓生活的穷困。统治阶级为了追求和保持高档奢侈，上等消费，更加不择手段地集聚财富，社会分化加剧，朝廷卖官成风，受贿成习，吏治败坏。在地方则鱼肉百姓，巧取豪夺，更加剧了农民和下层贫民的反抗，使朱明王朝处于风雨飘摇之中。
腐朽的弘光政权
当李自成率领的大顺军攻陷北京、崇祯皇帝吊死的消息传到明朝的陪都南京时，城中官员一片慌乱。为了使朱明王朝苟延残喘，他们就忙着拥立新君。当时，从北方逃难来的明朝宗室有明神宗的侄儿潞王朱常涝和明神宗的亲孙福王朱由崧，也就是在洛阳被农民军镇压的老福王朱常洵的儿子。
这时，南京朝臣在拥立谁为新君的问题上发生了分歧。东林党方面的史可法等人认为朱由崧虽是神宗的亲孙，伦序较近，但以昏庸贪淫著名，而且他们担心朱由崧上台后会记“争国本”和“梃击案”的前仇，与东林党过不去，因此，就主张立较为通达的潞王朱常涝，理由是立贤。而凤阳总督马士英和因被定为“逆案”、罢官闲居在南京的阮大铖等一帮人却早就密谋好，主张立朱由崧，他们恰恰是要利用朱由崧和东林党的世仇，扶他上台，借以打击东林党，因此，他们极力主张应按伦序继统。
这样，两派官僚各为私利，各怀鬼胎，都想借立新君的机会猎取政治地位、掌握大权。于是马士英就勾结高杰、刘良佐等四镇总兵，用武力做后盾，派兵把朱由崧接到南京。东林党人无可奈何，只好屈从。福王在崇祯十七年（1644年）的五月就称了监国，没过几天，就正式即位当了皇帝，以第二年为弘光元年（1645年）。这就是崇祯政权灭亡后，明皇室在南方建立的第一个南明政权。
这个由马士英等一些阉党余孽拥戴的皇帝所组织的政权，它的腐败程度也就可想而知了。马士英以翊戴元勋的身份入掌内阁，而负有众望的史可法却被排斥到扬州做了督师。马士英又起用阮大铖做兵部尚书，入阁办事。两人狼狈为奸，把朝政搅得一团糟。马士英和阮大铖又以兴复为名，借口筹办经费到处大肆搜刮、滥征赋税，这样，更加重了人民的负担。
在这危急存亡的时候，弘光小朝廷里仍然在闹激烈的党争。马士英、阮大铖等这帮阉党余孽对东林党人大施打击报复，东林党的张慎言、姜曰广等都遭到排斥，他们不得不一一告退，辞职归家。阮大铖因为自己曾经被列入逆案，因此愤恨不已，说：“他们攻逆案，我就作顺案。”所谓顺案，也就是惩办那些曾经归顺过李自成领导的大顺农民起义军的官员。同时，他又编一本名字叫“蝗南录”的黑名单，指东林党人是蝗虫，凡是被列入“蝗南录”的人都惨遭迫害。
昏聩的南明弘光皇帝成天躲在深宫里纵情声色，毫不关心政治，而他所关心的只是那些梨园的子弟，是否有佳色，对政治国事却是不闻不问。
纵情声色，吃喝玩乐的南明弘光皇帝却幻想着清兵停止南侵，这样，他们就能够苟安江南。因而，他们就不惜代价，向清朝统治者屈膝求和，派了一个使团，带上10万两白银，1000两黄金，以及大量缎绢等丝织品向清朝乞求议和，无耻地把这些礼物说成是酬答清军替明朝打退了李自成的农民军，另外一个议和条件是：割山海关以外的土地，每年向清朝纳银10万两。他们就是这样不思收复失地却想割地纳贡来换得片刻的淫乐。但是，满洲贵族们企求的是在全国范围内建立一个统一政权，而不是半壁河山，更不是早就为清朝所实际占领的关外土地。所以，他们不仅拒绝了南明弘光王朝的议和，而且拘捕了明使，并且指责弘光皇帝“僭立江南”。这样，清军在攻进陕西，打败了大顺军之后，就调出了一支军队来进攻南明弘光政权。
当清兵一路攻来，节节南下的时候，在南明弘光政权内部却是党争激烈的时候。驻守在江北前线的高杰、刘良佐、刘泽清和黄得功这四镇总兵，为争夺富庶地盘，搜刮民财，互相之间正在仇杀着。后来虽经史可法的委曲调停，但他们也只是维持表面的和平，却不能协力防守。
南明弘光元年（1645年）的三月，清兵逼近淮北地区，这时负责驻守武昌的左良玉在东林党官员的怂恿下，就以“清君侧”为名，兴兵顺流而下，直接攻向了南京。这时，马士英和阮大铖声称宁可投降清军也不能让左良玉得逞。这样一来也就不顾清军压境的危险了，就调总兵黄得功前去抵御，接着又调另外的刘良佐和刘泽清两镇总兵率领部队入卫。但左良玉刚到了九江就暴病身亡，他的儿子左梦庚又被黄得功击败，就率军投降了清军。左良玉的军队被击败了，负责防守清军的江北四镇的总兵也都撤了出来。这样，清兵就好像进了无人之境，只在四月中旬抵达扬州时才遭到史可法领导的扬州军民的抵抗。
但是史可法势孤力单，独木难支，挽救不了南明弘光政权的覆亡。当清兵包围扬州时，史可法坚守孤城，血战了10天。后来，清军攻破了扬州城，史可法自杀不遂，被清军俘获。但他始终没有屈服清军，最终被清军杀害了。
扬州城被攻破后，明朝防守长江的将领也闻风逃之夭夭，士兵们纷纷投降。清军一路毫无阻挡，轻松地渡过长江后，在南明弘光元年（1645年）的五月十六日那天，开进了南京城。南明弘光皇帝在五月十一日那天就已经仓皇出奔，逃到芜湖黄得功的军中，黄得功战死后，南明弘光皇帝又被清军俘到南京，后来又被押到北京斩首了。南明弘光政权就这样覆亡了，前后仅仅存在一年的时间。南明弘光政权覆亡后，马士英和阮大铖从南京逃到了杭州，后来他们俩又都双双投降了清朝。
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南明政权
南明是自公元1644年李自成农民军攻破北京到后来清朝入主中原，明朝宗室先后在南方建立的抵抗清政权的统称。包括弘光政权、隆武政权、鲁王监国、绍武政权及永历政权，前后共历18年。