利玛窦在广东居住10年，深感僧人的社会地位不及儒生，于是向范礼安建议，传教废僧名，留须蓄发，穿丝绸服装。1594年获准施行。次年，他衣儒服自韶州北上。定居江西南昌，结交儒士、官员、皇族，谈论天文、地理、哲学；作《 交友论 》，传述亚里士多德、西塞罗等哲学家关于交友之道的格言百则。完成第一部中文宗教论著《 天学实义 》初稿。利玛窦不但通晓中文，而且熟读五经，最擅长用儒家的经典来解释基督教教理。他将儒教与基督教相互结合，并以完美的理论、丰富的学识和无碍的辩才令士大夫们折服，争相拜访、宴请这位泰西大儒。利玛窦拥有一种让中国学者十分敬仰的本领——过目成诵、倒背如流。他惊人的记忆力使见过利玛窦表演的读书人对他佩服得五体投地。他还撰写了一本叫《 西国记法 》的小书，介绍他的那种局部记忆法。？摇？摇
1597年，范礼安任命利玛窦为耶稣会中国传教会会长。同时，指令他以北京为永久驻地，并为他筹办了一批贡品。次年，他以进贡方物、协助修整历法为由，随进京复职的礼部尚书王忠铭北上。后因未获准在京居留，随即南返。1599年定居南京，与达官名人相交往，结识李贽、徐光启等，名声益盛。1600年，利玛窦再度以进贡方物的名义北上。次年，获准向明神宗进贡天主图像、天主母像、天主经、珍珠镶十字架以及报时鸣钟、万国图志等。明朝廷因其天文、地理等方面的知识，授予官职。自此，他接受俸禄，为宫廷修理时钟，定居北京。当时与其交游同学的有徐光启、李之藻、冯应京、杨廷筠、叶向高、曹予汴等。他介绍的西方科学有地理、数学、天文等。利玛窦在肇庆绘制的《 山海舆地图 》经其本人校阅作序后重刻刊行，以后又以《 坤舆万国全图 》等名多次刊行。
他在地图上添加了罗马教皇的注说：“他是独身主义者，住在罗马，把自己的一切奉献给了天主教，全罗马帝国以及欧洲人都崇敬他。”以及中国人祭祖祭孔的风俗，“在孔子诞辰，及一年的某些季节，以极隆重的礼节，向他献死动物及其他食物，为感谢他在书中传下来的崇高学说……使这些人能得到功名和官职”。由利玛窦口述、徐光启翻译出版的数学著作有《 几何原本 》前六卷、《 测量法仪 》等；李之藻从利玛窦问学，撰《 浑盖通宪图说 》《 同文算指 》等。他的《 天学实义 》援引儒家经典来论证基督教教义。自称：“我太费心思，从那儒教先师孔子身上觅取我们的见解；我援引书中有意义不明的章句，作有利于我们的见解。”此外，还著有《 畸人十篇 》《 辨学遗牍 》以及《 中国札记 》等。
利玛窦容忍尊孔祭祖等社会习俗的对华传教策略，在西方和在华传教士中颇多争议，以后并引发了中国礼仪之争。与天主教传统传教方法不同，利玛窦采取了一种离经叛道的方法。这种冒险在一个多世纪后结束了，“礼仪之争”的结果导致清朝的百年禁教，耶稣会也受到教皇克雷芒十一世的严厉斥责，耶稣会传教士最后被开除教籍。他要求派遣天文专家来华修订历法，以巩固传教士在华政治地位的建议，生前亦未被采纳。1610年在北京逝世。？摇？摇
利玛窦通过自己的重新诠释，使天主教披上了儒家的外衣，获得了在中国传教的权利。西方科学知识是他用以征服中国的手段，是为他的传教工作打前站的。但不论目的如何，这位远道而来的西方传教士，其贡献是应该予以肯定的。？摇？摇
另外—位著名传教士汤若望，出生在德国科隆一贵族家庭，1611年加入耶稣会。在1620年来到中国（澳门），天启二年（1622年）进入北京，不久又去西安传教。1631年回到北京，那时候钦天监教士邓玉函已死，他就顺理成章（顺当时传教士在中国活动之理）地继任下来，工作则是帮徐光启编修《崇祯历书》。他还会制造天文仪器，获得崇祯皇帝特赐“钦褒天学”匾额。另外据说还监造过20门大炮。
接下来就是战乱了，到了1644年，清人入关；清兵进了北京城后，到处圈地、赶人。连汤若望所躲避的宣武门内天主堂都让人端了，不仅人被赶出来而且还被清兵命令里头的东西也必须在三天之内搬出去，否则就要动家伙了！于是他只好上书恳请。理由是里面有未竣历书版片、天象仪器、书籍和教堂礼器等，三天根本搬不完，而且这教堂一旦损坏就很难修复了。可能是天主恩赐吧，居然让摄政王多尔衮看到了他的陈条，而多尔衮也大发善心第二天就允许汤若望等人回天主堂住，还勒令士兵不得进入。这一来汤若望就和清朝的上层搭上关系了，其后几次入宫讲解历法，同时献上了自己制作的天文仪器和世界地图。由于清廷当时很需要新的历法，所以他所制作的新历在实验成功后于顺治二年（1645年）得以颁布施行；而汤本人也被任命为钦天监监正（五品官）。而这仅仅是他在北京城里走红的开始。
当时在中国的外国传教士除了传教和为朝廷研究天文学外还大多擅长医术，因为从吸纳信徒的角度讲治好一个病人比施舍一百个穷人更有效率。汤若望也精于此道，在贵族向他求助时，一方面悉心治病，一方面传播教义。这一手法果然奏效，到最后连皇太后博尔济吉特氏也成为他的信徒，拜他为教父（另一说义父），而年轻的顺治皇帝也对他极其崇拜，先后赐下“通政大夫”、“太常寺卿”、“通玄教师”等多种封号，还赏给他很多金银绸缎等财物并且称呼他为“玛法”（爷爷）！到后来甚至下诏允许他“随意出入朝中，凡有启奏，俱准迳入内庭，不循常例”。
汤的名望从那时起达到了古往今来所有传教士的顶峰，如果顺治的时代能够再延续上20年，他大概会带着无上的荣耀去见天主。因为早在1654年顺治皇帝就按他的请求把靠近利玛窦墓地西部的一块地产赐予其作墓地。到了1660年，汤还在赐地上修建了一座圣母堂，堂前树碑，以满汉两种文字记载这个殊荣，表示在行弥撒时，要祈祷上帝保佑“吾君为尧舜，绵国祚于无疆”。
可惜顺治在24岁就得天花死了，临死还不忘问问他的“玛法”到底应该立哪个儿子为新一任皇帝。汤若望禀着科学精神回答说应该传给出过天花的皇三子玄烨。因为天花在当时几乎无药可救，而且越大出越危险，玄烨既然出了，从概率上讲应该比其他未出过的皇子们更有希望长寿。顺治得到他所信赖的人的回答后立即同意了，不久，玄烨成为了清的第三任皇帝。？摇？摇
鸦片战争以后，很多西方传教士成为西方国家侵略中国的帮凶。特别应该指出的是引发了很多教案。教案并不是到近代才有，可以说自明末耶稣会士来华之后不久就有了民教冲突。儒生和僧道是反对天主教的主力，明万历年间曾发生过南京教案。到清代康熙年间，天主教因反对中国教徒祭祖祭孔，兴起礼仪之争，雍正下诏禁教，驱逐外国传教士。此后乾隆、嘉庆两朝，中国官方对天主教的态度并没有改变，禁止西洋人入境传教被写进大清律法。但近代教案则是随着西方殖民主义侵略中国而发生的，与以前不同。
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基督教在国内的传播
鸦片战争，中国惨败，被迫签订中英《南京条约》开放沿海五口通商，允许外国人居住；1844年中美《望厦条约》签订，第十七款规定，美国人可在贸易港口租地自行修建教堂；同年，中法《黄埔条约》第二十二款规定，如有中国人把法国教堂、坟地毁坏，地方官要照例严惩。这是允许外国人在华设堂传教最初的法律根据。同年，两广总督耆英在法国公使拉萼尼的要求下，奏请道光皇帝弛禁天主教。1846年道光帝正式颁布上谕，不但准免查禁天主教，还同意发还以前没收的天主堂。这是清廷对天主教政策的一个重大改变，从此，被查禁长达120年的基督教传布，从秘密非法转而成为公开合法。
晚明面临的四大威胁
明朝晚期有四种新的势力兴起，如无意外的阻力，四者都有吞并中国的可能。
第一种新兴的势力就是重新强盛起来的蒙古。隆庆初年，蒙古土默特部俺答汗率军寇大同，陷石州（今山西离石），掠文水、文城，直捣山西中部。与此同时，土蛮（东蒙古左翼的图门台吉）亦犯蓟州，掠昌黎、卢龙，直逼滦河，京师再次告急。明朝对这个威胁实际无法应付，恰在此时蒙古内部发生问题。
隆庆四年（1570年），俺答汗之孙把汉那吉与俺答汗闹翻，归附明朝。宣大总督王崇古建议，采取安抚政策，优待把汉那吉，以此为契机改善明朝与蒙古各部的关系，内阁大学士张居正和高拱表示支持。俺答也有和明朝改善关系的愿望，于是双方议和，恢复贡市，边境的紧张情势才渐渐地缓和下去。
第二种威胁中国的势力来自日本。嘉靖年间，倭寇大盛，他们组织武装集团，在中国沿海大抢大掠。倭寇所以能猖獗横行，是有多方面的原因。一是日本经过了战国时代，商业有了很大发展，各诸侯都要求来中国通商，而官方贸易不能满足其要求，于是就组织武装进行抢掠。二是中国沿海地区也由于工商业发达，许多豪族大姓及海商巨贾都私自出海贸易，并且与日本倭寇相勾结，著名的头子有许栋、李光头、汪直、徐海等人，这些海盗集团对明末倭乱要负一部分的责任。这可说是国家不知扶助方兴的闽粤人向海外正常发展所收获的变态结果。
同时，人才的缺乏与政治的腐败又使这种中日合作的海寇难以平定。例如，嘉靖二十六年（1547年），浙江巡抚朱纨擒杀了海盗首领李光头及奸商等96人，但以通倭牟利的闽浙官僚豪绅群起攻讦，指使在朝官员诬陷朱纨擅杀良民，朱纨被迫服毒自杀。朱纨死后，海防更加废弛。嘉靖三十四年（1555年），有一股倭寇不过72人，竟然深入内地，直达南京，南京明军与之接战，死者八九百人，此72人不折一人而去。明朝官吏和官军的腐败无能，于此可见一斑。
但倭寇终是小问题，日本内部平定后倭寇自息。对明真正有危险的是方才安定盛强的日本国。日本关白（宰相）丰臣秀吉统一日本后，矛头直指朝鲜和中国。若非朝鲜的缓冲与丰臣秀吉的早死，最少中国一部很有一个日本朝代出现的可能。
第三种要闯进中国门户的势力就是西洋。明初中国对西洋的知识仍极模糊。明朝末叶最早由海路到中国的西洋人是葡萄牙人。正德年间，葡萄牙人占据广东屯门岛（今宝安县南头附近），旋被明军收复；又占浙江宁波的双屿、福建漳州的月港等地，又被逐。但葡萄牙殖民者总是不肯从中国离去，最终占据了澳门，这是西洋人在中国站稳的第一块地盘。
西班牙未得与中国直接交通，但在南洋与闽粤人发生正面的冲突。西班牙人在菲律宾屠杀华侨，华侨纷纷驾舟回国，明政府向视华侨为奸民无赖之徒，不但不予保护，反倒移书西班牙总督说，屠杀华侨一事，不必视为重要，中国皇帝决不兴师问罪。这使海外移民这支朝气正旺的汉族遭遇极大的挫折。
天启四年（1624年），中国早就知道而始终未十分注意的台湾大岛被荷兰占据，成为向大陆发展的根据地。
除了国家的政治经济活动外，西洋各国的人在天主教的支配之下都到中国来传教。为避免士大夫的反对起见，教士多假借中国所缺乏的科学为传教的秘诀，因此也很受一部分人的欢迎。如利玛窦介绍了天体知识，解释日食、月食的原理，著有《乾坤体义》一书，又与徐光启合作翻译了《 几何原本 》前六卷。但同时也有人直觉地感到西洋文化对中国是一种潜伏的威胁，非极力排斥不可。明末清初天主教的地位，在中国人士这两种相反的意见之下，时起时伏，升沉无定。
西洋人此时一方面忙于新大陆、印度、南洋诸地的争夺与开发，一方面对于中国的实情尚未看透，所以在中国的行动还不能毫无顾忌，不敢抱太大的野心。因此这个在可能性上最大的威胁，暂时在外表上反倒不成为一个严重的问题。
最后征服中国的是一个意想不到的新兴势力。以上三种势力已经兴盛之后，满洲仍是东北外边的一个无足轻重的半开化民族。满洲是女真族后裔，一直居住在中国东北。明朝永乐时，明朝欲压制北元残余势力，在中国东北一带设立远东指挥使司，开始着手控制女真各部。建州女真族猛哥帖木儿（努尔哈赤六世祖）时为明朝建州卫左都督，后带领部族定居于赫图阿拉（今辽宁新宾）。