至正十五年（1355年），在朝的小人，认为对脱脱的处分还轻，又将其发配到云南大理宣慰司的镇西路。十二月，哈麻令人将其鸩杀于贬所，年仅四十二岁。
一代名臣，竟死于谗奸小人之手。《 元史 》作者感慨地说：“功施社稷而不伐，位极人臣而不骄；轻财货，远声色；虽古之有道大臣，何以过之！”
脱脱高邮被贬，颇类岳飞朱仙镇班师。虽然进击的目标不同，但昏君自毁长城，又何其相似！
脱脱“更化”
脱脱出任中书省右丞相后，开始大刀阔斧地改革，历史上称为“脱脱更化”。主要措施有：
第一，恢复科举制度。这一举措大得知识分子人心。
第二，平反昭雪。伯颜掌权的时候，倒行逆施，排斥、打击自己的对立面。脱脱掌权后，立刻为那些无辜受到打压的人平反，这对聚拢人心，稳定朝野也有重要作用。
第三，减轻剥削，放宽政策。
第四，主持编写宋、辽，金三史。中国历来有修前朝历史的传统。元朝建立以后，宋朝、辽朝、金朝三个朝代的历史，一直没有正式编写过。脱脱为了完成这一任务。官方二十四史中，只有《宋史》《辽史》《金史》三部是少数民族宰相当主编的。
脱脱是元朝后期有作为的政治家，在四年多时间的改革中，取得了不少成绩，使元朝末年的昏暗政治渐渐有了起色。可惜大厦将倾，孤木难支。
元朝政治的特点
大元是横亘欧亚的大帝国，并不以中国为重心。这是与此前外族统治中国大不相同的一点。政治中心原在上都，全在中国本部的范围之外。后来虽迁都燕京，但这是事实的问题：中国虽无意间成为大元帝国的主要部分，在蒙古人心目中他们仍是以外族入主中国，始终不肯与中国同心同德。国家用人并不限于汉族，更不限于儒生，例如元朝的著名宰相耶律楚材便是原契丹贵族。由于李璮之乱牵涉忽必烈倚信的王文统，使忽必烈极为震动，以至他对许多藩府旧臣和汉人军阀产生很大的猜忌。平灭李璮之乱后的一系列措施，既有加强中央集权的意义，同时也是出于对汉人的防范之心。凡是帝国以内甚至帝国以外的人都可擢用。所以蒙古人多不习汉文。他们不只不想汉化，甚至要鼓励汉人蒙古化。
因为蒙古人始终以征服者自居，所以种族间有很严的阶级分别。在官制上，总是蒙古人为长；在刑法上，两族的待遇也不相同。忽必烈把各地的人分成为四等，即蒙古人、色目人、汉人和南人。这种区划，便于忽必烈的分而治之，但是它加深了各民族之间的矛盾。各民族在政治和经济上的地位很不平等，在政府机构中，重大权力为蒙古和色目人的贵族所掌握，高级官员主要由蒙古和色目人担任。汉人的地位次一等。南人在南宋灭亡后的一个时期内几乎没有人在中央担任要职。地方上，也主要是蒙古人掌握大权。按规定，达鲁花赤由蒙古人担任。同知由色目人担任，汉人做总管。
元朝法律明显地反映出民族压迫的性质。蒙古人因争斗或者因醉杀汉人者不处死刑，只是罚凶犯出征，征烧埋银。法律还规定汉人和南人不能收藏兵器。土地的占有状况同样反映了阶级压迫剥削和民族上的差异与不平等。蒙古贵族在消灭南宋的过程中，没收各种官田，占有大量的无主荒田，侵夺民产。元朝皇帝赐给皇亲、贵戚、勋臣、大将以及各种寺观田产的数量相当惊人。
蒙古自己行征兵制，对汉人也行半征兵制，兵的数目一定很大；但元对汉人始终歧视，军机重务汉人不得参与，所以元兵的数目至今无从稽考。驻军各地，镇压汉人，以便永久维持蒙古族的统治地位；但蒙古人虽不肯汉化，却不能避免腐化，统治中国的时期比金朝尚为短促。元朝末年，天下纷乱，很多蒙古军人在镇压各地起义中，总是诛杀无辜百姓以邀功，当真正的起义军出现时，他们却又作鸟兽散。
元的财政政策，目的并不在压迫人民；只因不能量入为出，结果也成了暴政之一。财政困难，于是就大规模地推行钞法，以致物价腾贵，公私的生活都受损害。至元二十二、二十三年，元政府发行的交钞分别高达三百万锭。表明由于国家财政陷入崩溃，迫使政府靠多印钞票来平衡收支。后来虽想改革，也未收效，最后交钞成为废纸，社会临时又返回到以货易货的停顿状态。
至元二十四年初，为挽救财政的恶化，忽必烈复置尚书省，以藏人桑哥为平章政事，主持财政。桑哥执政后，发行至元钞以救钞制之混乱，开浚会通河以利漕粮北运，增加盐茶酒醋的税额，遍行钩考追征逋负偷漏。他的理财措施在稳定国家财政方面是有收效的。桑哥时规定的总税额，此后维持数十年之久，说明没有过分超出当时社会所能承受的范围。不过到了元末，由于社会混乱，元朝的财政总崩溃，百姓于绝望之中纷纷加入起义军中反抗元朝统治。
喇嘛教也是元代财政困难的主因之一。蒙古诸帝，或出于政策，或由于半开化民族的宗教热诚，或兼由于两种原因，对喇嘛教极端推崇。喇嘛教，至少八思巴个人，对蒙古文化确有很大的贡献；只因宗教的狂热程度太深，喇嘛对国家财政成了一种危险的寄生虫，对人民成了一种强暴的压力。元朝在各地大肆兴建吐蕃佛教寺院，这些寺院本身也拥有大面积的良田，很多番僧招摇过市、欺男霸女，十分嚣张。元朝法律规定凡是与番僧斗殴者砍断手指，争吵要割断舌头。所以有一种说法叫“元之天下，半亡于僧”。
元代史学
元朝在史学方面的成绩，以马端临的《文献通考》为开端，以脱脱所主编的宋辽金三史为收尾。这四部书都是不朽之作。《文献通考》的价值，次于唐朝杜佑的《通典》而优于宋朝郑樵的《通志》。次于《通典》，是不够精简。优于《通志》，是题外的话很少。关于宋朝的制度，这部《文献通考》又每每详于《宋史》各志。（黎东方《细说元朝》）
宗喀巴创建格鲁派
公元1357年，这一年离元朝的灭亡、明朝的建立还有11年，今天青海省西宁附近、湟中县的塔尔寺所在地，在一个虔诚的佛教徒家中，出生了一个男孩。这个男孩，就是后来创立了藏传佛教中最后一个，也是最大、最有实权的教派——格鲁派（黄教）的一代奇僧宗喀巴。
当时，在宗喀巴家的附近，住着一位出名的大喇嘛，名叫顿珠仁钦。十多年前，他在这里建了甲琼寺，因门下一直没有什么出色的好弟子而有些失望。一天，顿珠仁钦看到小宗喀巴，心里大喜，知道这孩子一定非常聪明，是一块难得的学佛的好料。于是，他送给宗喀巴父母许多财物，请求把这孩子给他做徒弟。宗喀巴的父母答应了。
7岁的时候，宗喀巴正式出家，由顿珠仁钦给他授了沙弥戒后，住进甲琼寺。从此，宗喀巴跟着师父顿珠仁钦，刻苦读书，学习藏文和佛经，一晃就是10年。
宗喀巴长成了一名16岁的少年，无论在藏文还是在显教教义或密教仪轨方面，都已经打下了扎实的基础。可是，要成就大事业，这还远远不够。师父顿珠仁钦决定让他入藏求学，进一步多拜名师，博览显密经典。
临行之前，顿珠仁钦给他提出学习的要求：今后无论学习什么，都必须分三步进行：首先是听最有名的老师讲解；其次是运用自身的智慧，思辨地把握各种教法的精义；最后还必须进行修行实证。
宗喀巴一一答应，辞别老师，向广袤而辽阔的西藏进发。经过一年的艰辛跋涉，17岁的宗喀巴来到了前藏的止公寺，这是西藏地区执掌政教大权的噶举派的一个寺庙。在这个寺庙里，宗喀巴学成了噶举派的主要密法。然后，他又去其他地方，继续学习显、密各派的教法，并且还学习藏传医学的知识。
公元1385年，宗喀巴29岁，这一年，他受了比丘戒，正式成了一名喇嘛。他已经学有所成。从前几年开始，他就已经在一些有名的寺院里，用大乘佛教显教的四部重要典籍来立宗答辩，这表明他在佛学上的造诣已经很深。他在西藏佛教界也有了一定声誉，已经有人来跟他学经，做他的弟子。
这一切除了天资聪明外，与他付出的努力和牺牲也是成正比的。为访求名师，他常年在西藏各地奔波。23岁那年，有一次，他得到别人传来的口信，家里给他捎来了一些日常用品，放在远处的一个寺中。宗喀巴赶到这个寺中，拿到东西，打开一看，发现母亲随物附信一封，坚持要他回乡一见。宗喀巴已经多年在外，也十分想念父母，接信之后，立刻道经拉萨，东归故乡。走了一段路之后，只见劲风起处，天苍苍，野茫茫，心中一动，终觉宇宙浩荡，人生渺渺，时不我待，弘扬佛法为大，于是掉头，不再返乡，仍然回藏修习佛法，沉浸在事业中。
此后，宗喀巴经常给人讲经。大约到35岁的时候，他已经能同时给人讲17部经，这些经，包括各个教派的所有主要著作；而且，讲经时，他条理分明，剖析透彻，从无混淆和遗漏之处。
完全靠着自己的努力，靠自己扎实深厚的学问功底，宗喀巴在前后藏的广大地区，赢得了越来越高的声望。
正当他的思想逐渐成熟，并开始形成自己体系的同时，宗喀巴在宗教活动中，也表现了极强的组织才能和政治才能。
当时，西藏佛教界的风气很差，各教派的戒律已经废弛。喇嘛们经常喝酒玩乐，吵架斗殴。特别是一些修密法的喇嘛，更是无恶不作，他们借口修密的需要，到处强抢民间处女，还借口法事需要，挖取活人心肝作供品，用女孩子的大腿骨做法器。诸如此类，不一而足。
有鉴于此，宗喀巴挺身而出，逐渐对当时的寺院组织和规章制度，进行了调整和改革。
首先，宗喀巴把学经制度规定得极其严格。除了以严守戒律为基本前提外，他特别注意修习次第，强调必须先学习显教经典，学通之后，才能进而学习密宗。并规定，显教人人可学，而密法则只能传授少数有资质的人。在学习过程中，对于学习经典的次序也有一个规定。总之，循序渐进，系统完整。
其次，在寺院管理方面，宗喀巴也建立了一套完整而又严格的规范制度。他规定：管理人员，各司其职，谁也不得超越职权；寺院之中，学经的有一套学经的组织，管理寺院经济的又有一套管理组织。大小寺院，所属关系，也限制得十分严格，对彼此的责任、权利、义务都有明确规定。
经过这一系列的改革，宗喀巴为自己事业的发展奠定了一个坚实的基础。到公元1406年，宗喀巴写成了自己最重要的两部著作——《菩提道次第广论》和《密宗道次第广论》，构建了他整体的佛学思想体系。现在，宗喀巴创建一个新的教派的条件已经基本成熟了。
经过三年的精心准备，公元1409年藏历正月初一至十五日，在西藏最有实力的噶举派的帕竹地方政权的支持下，宗喀巴在拉萨大昭寺主持召开了大祈愿会。各地共万名僧人参加会议，这次全藏性的、不分教派的大法会的成功举行，实际确立了宗喀巴各派宗教领袖的地位，他一下子成了全喇嘛教的第一号人物。
按照预先安排的计划，宗喀巴在拉萨东面50里的旺古尔山旁，创建了著名的甘丹寺。西藏历史上，一个全新的教派崛起了。因为宗喀巴以后主要以甘丹寺作为活动的中心，人们因此把他的教派称为“甘丹寺派”，按藏语读音变化的规律，读为“格鲁”，一般就称为“格鲁派”。这一派僧人，因祖师宗喀巴提倡戴黄帽，又被人们称为“黄教”。
后来，黄教在西藏建立政教合一的统治制度。宗喀巴的两大继承人也形成达赖、班禅的活佛转世制度，影响至今不衰。
红教（宁玛派）
摇藏传佛教流派之一，由于该派的僧人都戴红色僧帽，所以也被称为红教。宁玛派是藏传佛教四大传承之一，相对于以后的其他三大传承（白教——噶举、花教——萨加、黄教——格鲁），它是旧派。
它在各派中历史最久，形成于公元11世纪。“宁玛”在藏语中的意思是“古”和“旧”。所谓古，是说它的教理是从公元8世纪时传下来的，历史悠久；所谓旧，是说它的一些教义教规是以古时候吐蕃的旧密咒为主。