又刑部所属衙门有司狱司，设司狱六1，管理监狱。
三都察院（南京都察院附）
（一）都察院设置沿革及组织
吴元年（１３６４）冬十月壬子，置御史台。“设左、右御史大夫，从一品，御史中丞，正二品，侍御史，从二品，治书侍御史，正三品，殿中侍御史，正五品，……察院监察御史，正七品。”洪武元年（１３７６），闰九月癸巳，“汰侍御史及治书、殿中侍御史。”洪武十三年（１３８０）春正月甲辰，专设“左、右中丞，正二品，左、右侍御史，正四品。”寻罢御史台。
洪武十五年（１３８２）冬十月丙子朔，“更置都察院，设监察都御史八人，正七品。……设浙江、河南、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、广东、广西、四川十二道监察御史，正九品。”洪武十六年（１３８３）六月戊子，“设左、右都御史各一人，正三品，左、右副都御史各一人，正四品，左、右佥都御史各二人，正五品。”洪武十七年（１３８４），升都御史正二品，副都御史正三品，佥都御史正四品，十二道监察御史正七品。”
“建文元年（１３９９）改设都御史一人，革佥都御史。二年改为御史府，设御史大夫，改十二道为左、右两院，止设御史二十八人。成祖复旧制。永乐元年（１４０３）改北平道为北京道。十八年罢北京道，增设贵州、云南、交址三道。……宣德十年（１４３５）罢交址道，始定为十三道。”
至于都察院之设官，依万历十五年（１５８７）颁行之《大明会典》所载，都察院设正官左、右都御史二1，左、右副都御史二1，左、右佥都御史四1。至于都察院十三道之属官，其1额如下：
１浙江道：监察御史十1。
２江西道：监察御史十1。
３湖广道：监察御史八1。
４陕西道：监察御史八1。
５广东道：监察御史七1。
６山东道：监察御史十1。
７福建道：监察御史七1。
８河南道：监察御史十1。
９山西道：监察御史八1。
１０四川道：监察御史七1。
１１广西道：监察御史七1。
１２云南道：监察御史十一1。
１３贵州道：监察御史七1。
至于南京都察院之设官，依《大明会典》所载，南京都察院设右都御史一1，右副都御史一1，右佥都御史一1。至于南京都察院之属官，其1额如下：
１浙江道：监察御史二1。
２江西道：监察御史二1。
３湖广道：监察御史二1。
４陕西道：监察御史二1。
５广东道：监察御史二1。
６山东道：监察御史二1。
７福建道：监察御史二1。
８河南道：监察御史二1。
９山西道：监察御史二1。
１０四川道：监察御史三1。
１１广西道：监察御史三1。
１２云南道：监察御史三1。
１３贵州道：监察御史三1。
（二）都察院职掌
都察院“称风审衙门，以肃政饬法为职。”《诸司职掌》曰：“左右都御史、副都御史、佥都御史，职专纠劾百司、辩明冤枉、提督各道及一应不公不法等事。”《明史·职官志》则曰：“都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。……大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。”后段会鞫重囚一事即“三法司会审”。
明代都察院是职官犯罪案件的司法审判机关。京师、直隶及各省的职官犯罪案件，经由一定程序后，绝大多数均由都察院初审或复审。除职官犯罪案件外，都察院亦得审理其他案件。刑部与都察院均设有监狱，监禁待审人犯。两法司各自审理案件完结后，均应将案件移送大理寺复核。有明一代，刑部与都察院是两个平行的司法审判系统。原则上，刑部审理完结的案件无须送都察院复核，都察院审理完结的案件亦无须送刑部复核，但三法司会审案件则属例外。
都察院司法审判上之职掌，主要有五，兹分述如下：
１复核或审理直隶及各省职官犯罪案件
直隶及各省巡按御史、各省提刑按察司均得奉旨审理直隶及各省职官犯罪案件。巡按御史及提刑按察司审理完结后，应转达都察院及大理寺复核，奏闻皇帝裁决，直隶及各省职官犯罪案件，其案情轻微者，多由巡按御史或提刑按察司审理。其案情重大者，则可能逮系北京，下都察院狱，由都察院直接审理，大理寺复核，都察院奏闻皇帝裁决。
２审理京师职官犯罪案件
都察院职专纠劾百司、辩明冤枉。自都御史至监察御史均得参劾在京在外文武官1，御史参劾文武官1后，都察院或刑部常奉旨审理该案件。此外，都察院又常奉旨审理登闻鼓案件。民人击鼓鸣冤案件，常涉及在京在外职官犯罪，都察院多奉旨审理。原则上，京师职官犯罪案件，由都察院初审，大理寺复审。大理寺复审后，都察院奏闻皇帝裁决。至于南京都察院，仅有权奏旨初审南京城及应天府之职官犯罪案件。
３委官复核直隶及各省斩绞监候案件
洪武三十年（１３９７），都察院即得委巡按监察御史与刑部官1公司审决直隶斩绞监候人犯。弘治二年（１４８９），各省巡按御史与都布按三司公同审决各省斩绞监候人犯。综而言之，都察院差遣至直隶及各省之巡按监察御史，得复核直隶及各省斩绞监候案件。
４复核京师斩绞监候案件（即朝审案件）
明初，常由多官审录重囚（斩绞监候人犯），至天顺二年（１４５８），形成朝审制度。每年霜降后，将已结案之斩绞监候人犯，由三法司会同五府九卿衙门，并锦衣卫各堂上官及科道官，逐一审录。都察院为三法司之一，亦参与复核朝审案件。其详细内容俟论述朝审制度时再为申论。
５奉旨派遣监察御史巡按直隶及各省
所谓“巡按”是指“分巡按治”而言。明代派遣监察御史巡按地方，始于洪武十年（１３７７）。洪武十年秋七月乙巳，“诏遣监察御史巡按州县。”《明史·职官志》曰：“巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。”
直隶及各省职官犯罪，如涉五品以上官，须奏闻皇帝裁决，俟皇帝决定是否逮问。如涉六品以下官，巡按御史得直接逮问，审理完结后，申都察院及大理寺复核，奏闻皇帝裁决。至于民人案件，或亲自审录，或交由提刑按案司、承宣布政司等衙门审理。“大事奏裁，小事立断。”
（三）都察院各机构及其职掌
都察院下设十三道，十三道监察御史虽属于都察院系统，却具有相当大的独立性。明代十三道监察御史，“虽与都御史相涉，而非其属官，直名某道，不系之都察院，事得专达，都御史不得预知。”都御史、副都御史、佥都御史及监察御史间，得相互参劾。十三道“各理本布政司（指本省）及带管内府、监、局、在京各衙门、直隶府、州、卫所刑名等事。”兹将十三道职掌分述如下：
１浙江道：掌理浙江布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶庐州府刑名案件。
２江西道：掌理江西布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶淮安府刑名案件。
３福建道：掌理福建布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶常州府、池州府刑名案件。
４四川道：掌理四川布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶松江府、广德州刑名案件。
５陕西道：掌理陕西布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶和州刑名案件。
６云南道：掌理云南布政司、按察司及都指挥司，带管北直隶顺天府、永平府、广平府刑名案件。
７河南道：掌理河南布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶扬州府、北直隶大名府刑名案件。
８广西道：掌理广西布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶安庆府、徽州府、北直隶保定府、真定府刑名案件。
９广东道：掌理广东布政司、按察司及都指挥司，带管北直隶延庆州、南直隶应天府刑名案件。
１０山西道：掌理山西布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶镇江府、太平府刑名案件。
１１山东道：掌理山东布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶凤阳府、徐州、滁州刑名案件。
１２湖广道：掌理湖广布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶宁国府刑名案件。
１３贵州道：掌理贵州布政司、按察司及都指挥司，带管南直隶苏州府、北直隶河间府、顺德府刑名案件。
又都察院所属衙门有司狱司，设司狱一1，管理监狱。（旧六1，嘉靖以后革去五1。）
四大理寺（南京大理寺附）
（一）大理寺设置沿革及组织
“吴元年（１３６４），置大理寺卿，秩正三品，洪武元年（１３６８）革。”洪武三年（１３７０），置磨勘司，凡诸司刑名、钱粮，有冤滥隐匿者，稽其功过以闻。洪武十年（１３７７）革，洪武十四年（１３８１），复置磨勘司。洪武十四年十一月己亥，“复置大理寺及审刑司，以平庶狱。大理寺，卿一人，正五品，左右少卿各一人，从五品，左右寺丞各一人，正五品。其属左右寺正各一人，正六品。
……审刑司，左右审刑各一人，正六品。左右详议各三人，正七品。……凡大理寺所理之刑，审刑司复详谳之。”
洪武十九年（１３８６），罢审刑司。洪武二十年（１３８７），复罢磨勘司。洪武二十二年（１３８９），升卿秩正三品。洪武二十九年（１３９６），复罢大理寺，尽移案牍于后湖，建文初（洪武三十一年九月）复置。成祖初（洪武三十五年秋七月），仍置大理寺。其左右寺设官，复如洪武时。大理寺之设置，永乐初年方行确定，以迄于明末。
至于明代大理寺之设官，依《大明会典》所载：“大理寺正官，卿一1，左右少卿二1，左右寺丞二1。”至于大理寺左右二寺之属官，其1额如下：
１左寺：左寺正一1，左寺副二1，左评事四1。
２右寺：右寺正一1，右寺副二1，右评事四1。
至于南京大理寺之设官，依《大明会典》所载，南京大理寺设卿一1，右寺丞一1。至于南京大理寺之属官，其1额如下：
１左寺：左寺正一1，左评事二1。
２右寺：右寺正一1，右评事二1。
（二）大理寺职掌
《诸司职掌》曰：“本寺官其所属左右寺官，职专审录天下刑名。凡罪有出入者，依律照驳。事有冤枉者，推情辨明。务必刑归有罪，不陷无辜。”《大明会典》之规定大致相同。《明史·职官志》则曰：“（大理寺）卿掌审谳平反刑狱之政令。少卿、寺丞赞之。左右寺分理京畿、十三布政司刑名之事。
凡刑部、都察院、五军断事官所推问狱讼，皆移案牍，引囚徒，诣寺详谳。左右寺寺正，各随其所辖而复审之。”由《诸司职掌》及《明史·职官志》的规定可知，明代大理寺的主要职掌是平反冤狱。明初，大理寺对属京师刑名案件系直接审理。弘治以后，原则上，大理寺对于京师刑名案件，只为间接审理，不为直接审理。故《明史·职官志》曰：“弘治以后，（大理寺）止阅案卷，囚徒俱不到寺。”
三法司之中，大理寺是慎刑机关，其功能与刑部、都察院不同。弘治以后，明代京师刑名案件“三法司会审”制度逐渐确立，依《明史·职官志》，明代三法司会审分为初审与复审二级。按《明史·职官志》曰：“大理寺之设，为慎刑也。三法司会审，初审，刑部、都察院为主，复审，本寺为主。”惟本项记载似乎有误。
大理寺司法审判上职掌，主要有三，兹分述如下：
１复核刑部及都察院移送之直隶及各省案件
刑部及都察院复核完结之直隶及各省案件，均须送大理寺复核。刑部复核之案件以民人案件为主，都察院复核之案件以职官案件为主。两衙门复核完结之直隶及各省案件，均应送大理寺复核。此项原则早于洪武二十六年（１３９３）即已确定。“凡各问刑衙门转详，洪武二十六年定，在外都司、布政司、按察司，并直隶卫所府州。一应刑名问拟完备，将犯人就彼监收。具由申达合干上司、都司并卫所，申都督府。布政司、并直隶府州，申呈刑部。
按察司，呈都察院。其各衙门备开招罪，转行到寺详拟。凡罪名合律者，回报如拟施行。内有犯该重刑，本寺奏闻回报。不合律者，驳回再拟。中间或有招词事情、含糊不明者，驳回再问。”上述大理寺对于各省及直隶案件之复核，称为“详拟罪名”。
２复审或复核刑部及大理寺移送之京师案件
刑部及都察院直接审理完结之京师案件，均须送大理寺复审或复核。
刑部直接审理之案件以民人案件为主，都察院直接审理之案件以职官案件为主。两衙门直接审理完结之京师案件，均应送大理寺复审或复核。此项原则早已于洪武二十六年即已确立。“凡刑部十二部、都察院十二道、五军都督府断事官五司，问拟一应囚人，犯该死罪徒流者，具写奏本发审。俱由通政司挂号，另行入递，预先差人连案同囚，送发到寺。照依该管地方，先从左右寺审录。……如罪名合律者，准拟。……。如罪名不合律者，依律照驳……驳回原衙门再拟。”上述大理寺对于京师案件之复审称为“审录参详”。
３复核京师斩绞监候案件（即朝审案件）
天顺二年（１４５８），多官审录重囚（斩绞监候人犯）一事，形成朝审制度。
每年霜降后，将已结案之斩绞监候人犯，由三法司会同五府九卿衙门，并锦衣卫各堂上官及科道官，逐一审录。大理寺为三法司之一，亦参与复核朝审案件。其详细内容俟论述朝审制度时再为申论。至于南京大理寺，仅有权复核南京城及应天府之斩绞监候案件。
（三）大理寺各机构及其职掌
大理寺下设左、右寺。左、右寺之职掌数度变易，变化颇大。兹将左、右寺职掌分述如下：
１明太祖洪武年间：
（１）左寺：分管在京诸司及直隶卫所、府州县刑名案件。
（２）右寺：分管在外十三布政司、都司、卫所、府州县刑名案件。
２明成祖永乐年间至明神宗万历八年（１５８０）：
（１）左寺：分管两京、五府、六部、京卫等衙门刑名案件。
（２）右寺：分管顺天、应天二府，南、北直隶卫所、府州县并在外浙江等布政司、都司、卫所刑名案件。
３明神宗万历九年（１５８１）以后：
（１）左寺：分管刑部及都察院浙江、福建、山东、广东、四川、贵州六司道刑名案件。
（２）右寺：分管刑部及都察院江西、陕西、河南、山西、湖广、广西、云南七司道刑名案件。
明初，大理寺原设监狱，弘治年间罢革。
附表一：明代刑部及大理寺复核京师、直隶、各省案件职掌分配表二法司
京师、直隶、各省刑部大理寺
１京师各司带管左寺右寺分管
２北直隶各司带管右寺
３南直隶各司带管右寺
４浙江浙江司左寺
５江西江西司右寺
６福建福建司左寺
７山东山东司左寺
８四川四川司左寺
９山西山西司右寺
１０湖广湖广司右寺
１１广东广东司左寺
１２广西广西司右寺
１３河南河南司右寺
１４陕西陕西司右寺
１５云南云南司右寺
１６贵州贵州司左寺
说明：一、本表制作资料参见《大明会典》，卷一五九，《刑部一》，及同书，卷二一四，《大理寺》。
二、大理寺左右二寺职掌数度变异，本表以万历九年以后左右二寺职掌分配为准。
附表二：明代都察院及大理寺复核京师、直隶、各省职官案件职掌分配表二法司
京师、直隶、各省都察院大理寺
１京师各道带管左寺右寺分管
２北直隶各道带管右寺
３南直隶各道带管右寺
４浙江浙江道左寺
５江西江西道右寺
６福建福建道左寺
７四川四川道左寺
８陕西陕西道右寺
９云南云南道右寺
１０河南河南道右寺
１１广西广西道右寺
１２广东广东道左寺
１３山西山西道右寺
１４山东山东道左寺
１５湖广湖广道右寺
１６贵州贵州道左寺
说明：一、本表制作资料参见《大明会典》，卷二〇九，《都察院》，及同书，卷二一四，《大理寺》。
二、大理寺左右二寺职掌数度变异，本表以万历九年以后左右二寺职掌分配为准。
（第二节）内阁
一序言
明代内阁是明代创制的政治制度，它对于明代的政治制度有巨大影响，也对于明代的司法审判制度有所影响。明代的三法司是刑部、都察院及大理寺，三法司是法定的司法审判机关，“刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正。”但在三法司之外，明代中央许多衙门均兼理司法审判，这些衙门包括内阁等机关。三法司是狭义的中央司法审判机关，三法司之外的其他兼理司法审判的机关则属于广义的司法审判机关，内阁即属于广义的司法审判机关。
明代的内阁并非典制下的丞相机关，故明代官书均未单独论述内阁。