明朝万历末期至天启初年，接连发生了轰动朝野的三大案，即梃击案、红丸案、移宫案，三大案与神宗、光宗、熹宗祖孙三人密切相关，也和朝廷派系斗争紧紧纠缠在一起。三案成为明末政坛关键，各种势力纷纷介入，案件无法正常审理，因此变得扑朔迷离。
梃击案
国本之争
万历帝于10岁时即位，到万历四十八年（1620年）去世，在位49年，是明朝历史上在位时间最长的皇帝。万历帝死后约10天，太子朱常洛在文官的安排下，经过一番虚情假意的推辞后，终于在八月初一日正式登基即位，年号泰昌。
泰昌帝的正式即位，令天下臣民大大松了一口气。因为在万历帝咽气前的最后一刻，他们仍担心这位太子能否顺利即位。
既然是太子，又何以要担心他能否顺利即位呢？
原来，这位生于万历十年（1582年）的朱常洛，其母亲王氏本来在太后身边做宫女，地位低贱。有一天，年轻的万历帝来到慈宁宫向母亲请安，刚好太后不在，万历帝正要离开时，发现了清秀可人的王氏，于是私下临幸。按照宫中规矩，皇帝临幸宫女，应该赐一物件给对方，作为临幸的凭证。但万历帝认为王氏是母亲宫中的宫女，私下临幸是一件不光彩的事情，所以没有给王氏任何信物，自顾自地去了。谁知道这片刻风流后，王氏竟然怀上了龙种。慈安太后本人也是宫女出身，知道此事后不但没有为难王氏，还十分高兴地召来万历帝询问究竟，万历帝不承认。太后命太监取出文书房内侍记录的《内起居注》，对万历帝语重心长地说：“吾老矣，犹未有孙。果男者，宗社福也！”就是说我已经老了，现在还没有孙子呢。如果这个宫女将来生个男孩的话，那是宗庙和社稷的福啊。话说得语重心长，万历帝只好承认了。
当时明朝皇位的继承，一般遵照三个原则：一是皇位继承，父死子继。就是说皇位的继承，父亲死了儿子继承。二是有嫡立嫡，无嫡立长。“嫡”就是皇帝的正妻皇后生的儿子，在有嫡子的情况下，要立嫡子，没有嫡子，才可以立其他妃子生的儿子，原则是选择其中最年长的。三是帝无子嗣，兄终弟及。皇帝要没有儿子，只好由他弟弟来继承。
万历帝没有嫡子，按照当时明朝皇位的继承原则（有嫡立嫡，无嫡立长）理应立恭妃王氏所生长子朱常洛为太子。但万历帝宠爱的是郑贵妃和她的儿子常洵，想立宠爱的郑贵妃之子朱常洵为皇太子，当时万历帝皇后还在世，为了能够名正言顺地立郑贵妃之子朱常洵为太子，唯一的办法就是等到原配皇后死了，扶郑贵妃为皇后，这样朱常洵的身份就变成了“嫡子”，名分超越了朱常洛的“长子”。基于这样的考虑，所以万历帝一直拖延着，迟迟不册立太子，但朝廷的绝大多数文官们担心将来定有废长立幼的事情，于是上疏请册立东宫，有“祖宗朝立皇太子，英宗以二岁，孝宗以六岁，武宗以一岁，成宪具在”之语。但明神宗在郑贵妃的怂恿下，总想借机立朱常洵为太子，于是就想出了种种办法拖延，但遭到大臣们的极力反对。他们认为，既然皇帝的正宫皇后没有嫡出，那么就应该在庶出诸子中立长。朱常洛虽是宫女所生，但他是皇长子，就理应被立为太子。而种种迹象表明，皇帝似乎没有这样的意思。这可是了不得的事情！在大臣们看来，常洛不立为太子，就是违背了朝廷得以立国的根本基础--祖宗之制。因此，保证常洛的法定权利，也就是捍卫朝廷的立国之本，绝对不能让步。因此，皇帝与大臣间的这次斗争又称为“国本之争”。
到了万历二十九年，万历帝到到慈圣太后那里问安，这位老太后不满意地问万历帝为什么迟迟不立太子。可能是老太后威风犹在的缘故，也可能万历帝对太后的问题事先没有准备，惊惶之下竟然说了一句关键的错话：“他（指儿子朱常洛）是都人（明朝皇宫内称呼宫人为都人）之子。”意思是说朱常洛出身卑贱。但明神宗显然是鬼迷心窍，他忘记了他母亲也是都人出身。当慈圣太后怒气冲冲地指着他说“你也是都人的儿子”时，万历帝这才醒悟过来，然后惊恐地“伏地不敢起”了。
这件事过后，八月份内阁大学士沈一贯上了一疏，竟然立竿见影地收到了奇效。奏疏中用“多子多孙”劝明神宗早立太子，终于打动了皇帝，下诏即日举行册立太子礼。
朝野上下，闻讯而欢声雷动。但郑贵妃却坐不住了，为此与明神宗大闹了一场，万历帝又开始动摇，以“典礼未备”为由，要改期册立太子。在关键时刻，沈一贯起了相当关键的作用，他将万历帝的手诏封还，坚决不同意改期。在这样的情况下，万历帝总算下了决心，到了万历二十九年（1601年）十月，在拖延了19年之后，万历帝终于立朱常洛为太子，同时册封朱常洵为福王。
闹了十几年的“国本之争”终于画上了句号。
朱常洛虽然当上了太子，但其实日子并不好过。明神宗不喜欢他，郑贵妃也对太子位虎视眈眈，随时想“易储”。就在此期间又发生了震惊朝野的“妖书案”。
妖书案
万历十八年（1590年），著名大儒吕坤担任山西按察使，在职期间，他采辑了历史上贤妇烈女的事迹，著成《闺范图说》一书。宦官陈矩（后来执掌东厂，参与审理第二次“妖书案”）出宫时看到了这本书，买了一本带回宫中。郑贵妃看到之后，想借此书来抬高自己的地位，于是命人增补了十二人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃本人终篇，并亲自加作了一篇序文。之后，郑贵妃指使伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻了新版的《闺范图说》。
郑贵妃改编、外戚出版发行的《闺范图说》，流传比吕坤的原著更广。由于当时为争国本君臣猜疑、朝局纷乱，有人认为郑贵妃如此做，是为了让自己的儿子当太子自己晋为皇后大造舆论。和吕坤素来不和的给事中戴士衡这下抓住把柄了，上疏弹劾吕坤，说他先写了一本《闺范图说》，然后又上《忧危疏》，是“机深志险，包藏祸心”，“潜进《闺范图说》，结纳宫闱”，逢迎郑贵妃。
这下已经致仕在家的吕坤当然明白事态的严重性，卷入天下第一大是非可不是闹着玩的，连忙向万历帝上疏辩诬，因为整个事情牵涉到郑贵妃，明神宗装聋作哑，没有理睬。
但是不久有一个自称“燕山朱东吉”的人专门为《闺范图说》写了一篇跋文，名字叫《忧危竑议》，以传单的形式在京师广为流传。“朱东吉”的意思是朱家天子的东宫太子一定大吉。“忧危竑议”四字的意思是：在吕坤所上的《忧危疏》的基础上竑大其说，因为《忧危疏》中没有提到立太子的问题。文中采用问答体形式，专门议论历代嫡庶废立事件，影射“国本”问题。又说：吕坤疏言天下忧危，无事不言，唯独不及立皇太子事，用意不言自明。又称吕坤与外戚郑承恩、户部侍郎张养蒙，山西巡抚魏允贞等九人结党，依附郑贵妃。
此文（即所谓的“妖书”）一出，立即引起了轩然大波。人们不明所以，纷纷责怪书的原作者吕坤。吕坤忧惧不堪，借口有病致仕回家了。
万历帝看到《忧危竑议》后，大为恼怒，可又不好大张旗鼓地追查作者。郑贵妃伯父郑承恩因为在《忧危竑议》中被指名道姓，也大为紧张，便怀疑《忧危竑议》为戴士衡和全椒知县樊玉衡所写。在戴士衡上疏之前，全椒知县樊玉衡曾上疏请立皇长子为皇太子，并指斥郑贵妃。
万历帝也不想把事情闹大，便亲下谕旨，说明《闺范》一书是他赐给郑贵妃的，因为书中大略与《女鉴》一书主旨相仿佛，以备朝夕阅览。又下令逮捕樊玉衡和戴士衡，经过严刑拷掠后，以“结党造书，妄指宫禁，干扰大典，惑世诬人”的罪名分别谪戍广东雷州和廉州。而吕坤因为已经患病致仕，所以置之不问。
可到了万历三十一年（1603）十一月，已经消停的“妖书”风波又沉渣泛起，而且闹出一桩惊天的冤案。
万历三十一年（1603年）十一月十一日清早，内阁大学士朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖。《续忧危议》抓住皇太子岌岌可危的处境大做文章，指责郑贵妃企图废太子，册立自己的儿子为太子。一则说，“夫东宫（指太子）有东宫之宫，一宫未备，何以称安乎？皇上迫于沈相公（内阁首辅沈一贯）之请，不得已而立之，而从官不备，正所以寓他日改立之意也”；再则说，“曰：改立其谁当之？曰：福王（即朱常洵）矣。大率母爱者子贵，以郑贵妃之专擅，回天转日何难哉”。三则说，“夫在朝在野，固不乏人，而必相朱者，盖朱名赓，赓者更也，所以寓他日更立之意也”。接下来，列举了附和朱赓的九个文武大臣，“而又有郑贵妃主之于内，此之谓十乱”。总的意思是说，皇帝不得已册立朱常洛为皇太子，但太子居住的东宫及其规制都不具备，因此储位未妥，国本未固，在“十乱”的活动之下，不知什么时候太子就会被废掉，而改立郑贵妃之子朱常洵为太子。
指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。不仅朱赓收到了这份传单似的东西，之前一夜，已经在京师广为散布，上至宫门，下至街巷，到处都有。《续忧危竑议》假托一个叫“郑福成”的人接受采访时的问答。“郑福成”者，寓意“郑贵妃让福王成为东宫太子”。言之凿凿地分析，郑贵妃正在酝酿一场“易储”的阴谋，好让自己的儿子继承皇位，皇帝也有此意。因为新进的内阁大学士叫朱赓。国家有的是人才，为什么要用他？这是皇帝在暗示：朱家的皇位继承人将要更换，“赓”者与“更”谐音。真佩服中国人文字上的联想功夫，否则“文字狱”哪能代代相传。
此书大概只有三百来字，但内容却如同重磅炸弹，在京城中掀起了轩然大波。时人以此书“词极诡妄”，故皆称其为“妖书”。
万历帝生气了，真是树欲静而风不止，他要求锦衣卫和东厂加快侦缉工作，并且悬赏老百姓提供破案线索，发誓要找出那个制造谣言影响社会稳定的罪魁祸首。一时间，厂卫四出，大肆搜索，京师人人自危，笼罩在恐怖气氛中。
《续忧危竑议》中指名道姓地攻击了内阁大学士朱赓和首辅沈一贯，说二人是郑贵妃的帮凶。这二人大惊失色，除了立即上疏为自己辩护外，为了避嫌，不得不戴罪在家。沈一贯老谋深算，想利用这件皇帝督办的大案，来陷害自己的政敌。沈一贯与沈鲤本来就有嫌隙的，于是沈一贯化被动为主动，毫无根据的怀疑“妖书”出于沈鲤的门生、礼部右侍郎郭正域，指使给事中钱梦皋上疏诬陷郭正域、沈鲤与妖书有牵连，主张严查到底。由于“妖书”宣扬的基调是“东宫之立非上意，终必易之”，使万历皇帝十分恼怒，使他很容易接受沈一贯的主张，于是授权沈一贯大肆搜索。
郭正域正要离开京师时被捕。巡城御史康丕扬在搜查沈鲤住宅时，又牵扯出名僧达观（即著名的紫柏大师）和医生沈令誉。达观和沈令誉都受到了严刑拷打，达观更是被拷打致死，但二人都未能如沈一贯所愿，牵扯出郭正域等人。
因为郭正域曾经当过太子朱常洛的讲官（老师），朱常洛听说此事后，对近侍说：“何为欲杀我好讲官？”这话相当有深意，诸人闻之皆惧。为了营救老师，朱常洛还特意派人带话给东厂提督陈矩，让他手下留情。陈矩为人精明，尽管太子地位不稳，但也决不会轻易开罪太子。加上没有任何证据证明郭正域跟“妖书案”有关，显而易见地是场大冤狱。后来正是由于陈矩的鼎力相助，郭正域才免遭陷害。
针对郭正域的审讯一连进行了五天，始终不能定案。万历帝震怒，下诏责问会审众官，众官惶惶不安。东厂、锦衣卫，包括京营巡捕，压力都相当大，京师人人自危，如此一来，必须要尽快找到一只替罪羊。
万历三十一年（1603年）十一月二十一日，妖书发现后整整十日，东厂捕获了一名形迹可疑的男子皦生彩，皦生彩揭发兄长皦生光与“妖书案”有关。
皦生光本是顺天府生员（明朝的生员不仅是官学生，还是一种“科名”），生性狡诈，专门以“刊刻打诈”为生。皦生光还胆大包天地借“国本之争”讹诈过郑贵妃的兄弟郑国泰。当时有个叫包继志的富商为了附庸风雅，曾经委托皦生光代纂诗集。皦生光故意在诗集中放了一首五律，其中有“郑主乘黄屋”一句，暗示郑贵妃为自己的儿子夺取皇位。包继志根本不懂，便刊刻了诗集。皦生光立即托人讹诈包继志，说他诗集中有悖逆语。包继志情知上当，却也无可奈何，只好出钱了事。皦生光又拿着诗集去讹诈郑国泰，郑国泰胆小，加上朝野上下舆论都对郑贵妃不利，只好出钱了事。
皦生彩揭发声名不佳的兄长后，皦生光之前的事迹全部曝光，锦衣卫如获至宝，立即逮捕了皦生光，将其屈打成招。获得了以下口供：本人被革去秀才功名，怀疑是皇亲郑家（郑贵妃家属）指使，意图报复。在刻了“妖诗”及《岸游稿》以后，再刻《国本有关》，命其子连夜散发，以为皇亲郑家“定有不测之祸，可报大冤”。
皦生光的“自诬服”是逼供得到的虚假供词，但参加会审的官员却认为“生光前作妖诗，继播妖书，众证甚确，自认无词”。皇帝也以为此案可以了结，要三法司尽快定罪。
事情到了这个地步，本来就可以结案了，主审的刑部尚书萧大亨为了讨好万历帝，还想把“妖书案”往郭正域身上引。但皦生光却表现出最后的骨气，在酷刑下始终没有牵连他人。他的妻妾和年仅十岁的儿子都受到了拷打，却都没有按萧大亨的意思招供。
尽管所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，就连急于结案的沈一贯、朱赓都不相信，他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能为，皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的能耐。但急于平息事端的万历帝还是匆匆结案，皦生光被凌迟处死，家属发配边疆充军。
皦生光死后，离奇的“妖书案”就此而平。“妖书案”虽平，但其影响所及，却已远逾宫廷，遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息。
上述事件反映出宫廷内外围绕皇太子的激烈争斗，处处闪现出阴森的刀光剑影，梃击案就是在这样一种背景下发生的。
梃击事件
万历三十九年（1611年）九月十三日，王恭妃病逝。死去的王贵妃的境遇，折射出活着的太子朱常洛的景况。王贵妃安葬一年之后，朱常洛遭到心怀叵测者的暗中诅咒，说明他的地位直到此时依然岌岌可危。万历四十一年（1613年）六月初二日，一个名叫王曰乾的武弁（锦衣卫百户）告发：奸人孔学等人，受郑贵妃指使，纠集妖人，摆设香纸桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披发仗剑，念咒烧符，又剪纸人三个（皇太后、皇上、皇太子），用新铁钉四十九枚，钉在纸人眼上，七天后焚化。
万历皇帝获悉后，愤怒不堪，责怪内阁首辅为何事先没有报告。内侍太监听到皇上问话，便把早已递进的内阁首辅叶向高的奏疏交给皇上。其实叶向高已经知道此事，他的奏疏建议：为皇太子考虑，皇上应该冷静处理此事。如果大张旗鼓，朝野上下议论纷纷，反而使事态恶化，那么“其祸将不可言”。万历接受了这个建议，因为只有大事化小，小事化了，才是唯一的上策，如果张扬出去，势必像“妖书案”那样闹得满城风雨。