第二天，叶向高指示三法司严刑拷打王曰乾，把这个危险人物打死在狱中。他所告发的案情太严重，又真假难辨，只有以不加追查、不事张扬、消灭活口的方式了结，才能化险为夷，化有为无。叶向高不愧老谋深算，顾全了皇室的根本利益。
这种事态反映了皇帝对皇太子的冷漠态度。正是由于这种缘故，朱常洛身边的警卫人员寥寥无几，慈庆宫一派冷清景象。
在这种情况下，万历四十三年（公元1615年）五月初四日，有一个名叫张差的男子，手持枣木棍（即木梃），不由分说地闯入太子朱常洛居住的慈庆宫，逢人便打，击伤守门官员多人，一直打到殿前的房檐下。被打中的人的呼喝声、号救声，连成一片。多亏内官（宫中小臣）朝本用反应比较快，眼疾手快地将持棍男子抓获，宫内才平静下来。这时的东宫警备不严，内廷的太监们往往托病离去，侍卫人员也只有几个，所以就发生了梃击事件，也就是“梃击之案”。
张差被捆缚到东华门守卫处，收禁起来。巡视皇城御史刘廷元立即对案犯进行初审，案犯供称：本名张差，蓟州井儿峪人。此人言语颠三倒四，好像疯子。再三严刑审讯，他的供词仍语无伦次，只是说些“吃斋讨封”、“效劳难为我”之类不着边际的话。问答了数小时，也没有将实情供出，惹得审判官不耐烦，只好退堂，把他交给了刑部定论。
交到刑部后，由刑部郎中胡士相、岳骏声等奉旨审理此案。张差又供称：被人烧毁供差柴草，气愤之余，从蓟州来到京城，要向朝廷伸冤，便在五月初四日手持枣木棍，从东华门直闯慈庆宫云云。
胡、岳二人依照“宫殿前射箭放弹投砖石伤人律”，拟将张差判处死刑。这是一种简单化处理方式，仅仅以“疯癫闯宫”论处，不追究是否有幕后主使人，迎合朝廷希望大事化小小事化了的原则。
刑部主事王之宷认为其中必有隐情，五月十一日轮到王之宷提牢，在狱中仔细察看案犯的动态。王之宷见张差年轻力壮，并无疯癫迹象，便对他突击审讯，对他说：“实招与饭，不招当饿死！”张差望着边上的饭菜，低头不语，少顷，答道：“不敢说。”王志要随从人员退去，张差这才供出了内中的隐情。
原来张差是红封教的成员（当时，秘密结社盛行，红封教是北京附近地区白莲教的一支，马三道、李守才为教主，都住在蓟州地方的井儿峪）。一天，他的舅舅马三道、外祖父李守才带来一个不知名的老太监，对他说：“事成，与你几亩地种，够你受用。”然后就跟随老太监来到京城，住在一个大宅子里，另一个老太监说：“你先撞一遭，撞着一个，打杀一个，打杀了，我们救得你。”随即给张差一根枣木棍，领他到厚载门进入内宫，来到慈庆宫，结果就发生了上述事件。后经查证这两个太监是郑贵妃宫中的庞保和刘成。
从张差的供词可知，他并非“疯癫闯宫”，而是受宫中太监收买，闯宫梃击的。这是重大线索。王之宷立即报告皇上：“太子之势，危如累卵”，“臣看此犯，不颠不疯”，“中多疑似情节，臣不敢信，亦不敢言”。所谓“不敢信”“不敢言”的，居然是宫中太监策划的阴谋。
消息传开后，朝野内外开始议论纷纷，人们不约而同地把怀疑的目光投向郑贵妃及其兄弟郑国泰身上。都怀疑郑贵妃想要谋杀太子，以便扶立福王。但是没有充分的证据。这种局面很快被敢于披逆鳞的陆大受、何士晋打破了。
户部官员陆大受对于此案审理中的疑点提出疑问：张差已招供有太监策应，为什么不把他们的姓名公布于众？那个作为联络点的大宅院，为什么不指明坐落何处？他还含沙射影地暗示“戚畹凶锋”，暗指外戚郑国泰（郑贵妃的兄弟），意在引而不发。果然，郑国泰按捺不住，跳了出来，写了一个揭帖给皇上，极力为自己洗刷：“倾储何谋？主使何事？阴养死士何为？”陆大受根本没有提到“倾储”、“主使”，他不打自招，欲盖弥彰。
机敏的工科给事中何士晋抓住郑国泰辩词中的破绽，质问郑国泰：陆大受并没有直指郑国泰“主谋”，何故“心虚胆战”？既然如此心虚，人们便不能不怀疑郑国泰了。他步步紧逼，质问郑国泰：“谁谓其倾陷？谁谓其主使？谁谓其阴养死士？谁谓其灭门绝户？又谁无踪影？谁系鬼妖？种种不祥之语，自捏自造，若辩若供，不几于欲盖弥彰耶？”何士晋这种逻辑严密的推理，把郑国泰“若辩若供”的丑态暴露无遗。何士晋虽然没有确凿的证据，但条分缕析，层层剥离，字字句句直逼郑国泰，使他无地容身，不由人们不信郑国泰与此案有千丝万缕的牵连。
正如《明史》所说：“东宫（皇太子）虽久定，帝待之薄，中外疑郑贵妃与其弟国泰谋危太子，顾未得事端……（张）差被执，举朝惊骇。”
事情发生后，太子和郑贵妃先后赶来见明神宗。太子常洛气愤地说：“张差做的事，一定有人主使！”郑贵妃光着脚走来，对天发誓，向万历帝哭诉冤情。万历帝说：“外延语不易解，若须自求太子。”于是，郑贵妃就找到了皇太子朱常洛。
史书记载，郑贵妃向太子号诉，就是郑贵妃找到了皇太子朱常洛，号啕大哭，诉说事情的原委，请求太子宽恕。朱常洛既不愿意得罪他父皇，也不愿意得罪郑贵妃，不敢深究此事，也想大事化小，小事化了，息事宁人。于是恳请父皇召见群臣，当众判明是非曲直，迅速了结此案。
万历帝破例在慈宁宫中召见有关大臣。万历帝在此以前，已有25年不见群臣。许多大臣，虽为官多年，也不知皇帝是什么样子。这次万历帝竟然为“梃击案”破例，也说明当时朝廷为太子的事闹得有多凶。
万历帝让太子常洛与他的三个儿子出见大臣，并严责大臣们的所作所为是离间他们父子亲情。他拉着太子的手，对大臣们说，此儿极孝，朕极爱惜。如果朕有别意，何不早作打算，废立更置，又何必要等到现在，况且朕的诸孙（指太子常洛的三子）现已长成！接着，万历帝要太子说话表态。太子也因事涉贵妃，不愿多惹是非。他要求群臣速速处理张差，并严厉指责群臣道：“我父子是何等亲爱，而你们在外廷却议论纷纭。你们这些无君之臣，是想让我成为不孝之子么？”话说到这分上，群臣们谁也不敢再说三道四。结果是张差被凌迟处死，郑贵妃宫中的两位太监也被秘密打死。“梃击案”至此总算草草了结。
据《先拨志始》记载，张差临刑前，颇感冤屈，用头撞地，大喊：“同谋做事，事败，独推我死，而多官竟付之不问。”他当然不会了解宫闱斗争的复杂性。为了不使事态扩大，“借疯癫为调护两宫计”，便是内朝与外延的良苦用心。只要不牵连到内宫，不牵连到郑贵妃，不使皇室蒙羞，一切供词、法理，都可以抛到九霄云外。在权大于法的时代，这样的事情是屡见不鲜的。
舆论普遍认为，梃击案不是一个孤立事件，它与先前一系列围绕皇太子的阴谋，若即若离，或许就是诸多环节中的一环，亦未可知。
然而宫闱争斗并未真正结束，反而在泰昌、天启年间更为剧烈地展开，“红丸案”、“移宫案”接踵发生。
红丸案
万历四十八年（1620年）七月二十一日，万历皇帝驾崩了。死讯传出，天下缟素，举国尽哀。臣民们个个都显出悲痛欲绝的样子。然而，不少人心里想的并不像他们脸上装的那样。
万历帝朱翊钧逝世前，嘱托内阁首辅方从哲及司礼监太监要齐心协力辅佐皇太子朱常洛，实际上已经着手帝位的交接，一切显得十分平静。
万历帝宾天后，皇太子朱常洛已于八月初一即了皇位，史称明光宗，改年号为泰昌，所以习惯把他叫做泰昌帝。为了这位太子，几十年来，朝廷不知闹出了多少风波，也不知有多少大臣，挨了棍子，丢了官职。现在终于等到了登基的这一天，天下臣民此时的心境，就不难想像了。因为万历帝的时代毕竟结束了，他们寄厚望于新的君主，希望新皇帝能给王朝带来一些新气象，甚至扭转乾坤，摆脱危机。
泰昌帝即位后，迅速做了些顺应民心的事。泰昌帝在万历四十八年七月二十二日和二十四日，各发银100万两犒劳辽东等处边防将士。同时，泰昌帝命令撤回万历末年引起官怨民愤的矿监和税监，召回在万历一朝因为上疏言事而遭处罚的大臣，补用空缺的官职。像邹元标、王德完等一些正直敢言的大臣，先后被下诏召回。
这一切都是用遗诏的名义进行的，是先帝临终前的既定方针。其实，遗诏往往只不过是一个借口，是借死人之口，说出活人想做的事情。万历帝临终前，曾召见英国公张惟贤，大学士方从哲，各部尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵等人。万历帝当时还能不能说话，到底说了些什么，只有这些人知道。在这些人起草公布的遗诏中，到底有多少是万历帝本人生前的意思，也只有这些人心中明白。但无论如何，遗诏确实给当时的朝廷提供了一个清除旧朝弊政的机会。
泰昌帝即位后，朝廷上下似乎看到了希望，指望泰昌帝能一改其父之风，与朝廷同舟共济，渡过难关。但天有不测风云，就在登极大典后仅十天，也就是八月初十日，泰昌帝却一病不起。新登基的皇帝却突然病倒了，而且病势来得凶猛。太医院几位医术高明的御医共同会诊后，连开了四服重药都没有扭转病情。
泰昌帝在登极大典上，“玉履安和”，“冲粹无病容”，就是行走、仪态正常，没有疾病的症象，怎么会突然病倒呢？“冰冻三尺，非一日之寒”，泰昌帝的突然病倒与他的纵欲过度有关。
朱常洛自从做了太子之后，由于离开了母亲的约束，加上父亲万历帝朱翊钧对自己的冷淡，生活失意，精神苦闷。所以，大部分的时间，他都是纵情于酒色。万历四十一年（1613年）皇太子妃郭氏去世以后，朱常洛就没有再立妃子。因为册封皇太子妃需要得到皇帝的批准，而神宗对于朱常洛基本上是不闻不问的。因此，在慈庆宫中，虽然有很多的女人，但却没有皇太子妃。也许，没有皇太子妃，对于朱常洛来说更加自由。然而朱常洛也为这种自由付出了惨重的代价。
另外，泰昌帝的突然病倒与郑贵妃也有着直接的关系。朱常洛虽然如愿以偿当上了皇帝，但郑贵妃似乎仍是朱常洛无法摆脱的阴影。他非但没有胆量去追查当年郑贵妃对自己的迫害，反而处处以先皇为借口，优待郑贵妃。万历帝在弥留之时，曾遗言于朱常洛，要朱常洛封郑贵妃为皇后。万历帝离世的次日，朱常洛传谕内阁：“父皇遗言：‘尔母皇贵妃郑氏，侍朕有年，勤劳茂著，进封皇后。’卿可传示礼部，查例来行。”
此时，万历帝原来的王皇后以及朱常洛的生母王氏都已经去世，郑贵妃一旦变成皇后，在接下来的泰昌朝中，这就意味着，她将成为皇太后，可以垂帘听政。这种做法显然不符合典章制度。
礼部右侍郎孙如游上疏给朱常洛说：“臣详考历朝典故，并无此例。”既然朱常洛另有生母，郑贵妃怎么能封为皇后呢？朱常洛对此感到十分为难，于是将奏疏留中不发。
然而郑贵妃却并不甘心，面对既成事实她采取了两方面的措施：一方面勾结朱常洛所宠幸的李选侍，请求朱常洛立李选侍为皇后，李选侍则投桃报李，请朱常洛封郑贵妃为皇太后。李选侍企图通过为郑贵妃请封皇太后，来抬高自己的地位。这使朱常洛感到左右为难。后来还是内阁首辅方从哲想出了一个两全之策--把进封郑贵妃为皇后的圣旨藏于内阁，暂时秘而不宣，巧妙地解决了这个难题。
对于郑贵妃而言，这不啻是一个信号。她一向要为自己的儿子朱常洵争夺太子的地位，处处排挤打击朱常洛，如今朱常洛已经成了当朝皇帝，而先帝进封她为皇后的圣旨又遭廷臣扣押，形势对她极为不利，迫使她不得不改变策略，力图使朱常洛捐弃前嫌，又要不失时机地控制住朱常洛。
于是郑贵妃又采取了另一个措施--向朱常洛进献美女，以取悦于朱常洛。朱常洛对于郑贵妃送来的美女，照单全收。据《明史》的说法，郑贵妃送来的美女数目是8名；《明史纪事本末》说是4名。但无论如何，喜爱美色的朱常洛面对美女，自然是夜夜纵乐。正如文秉《先拨志始》所说：“光庙（指光宗朱常洛）御体羸弱，虽正位东宫，未尝得志。登极后，日亲万机，精神劳瘁。郑贵妃欲邀欢心，复饰美女以时。一日退朝内宴，以女乐承应。是夜，一生二旦，俱御幸焉。病体由是大剧。”李逊之《泰昌朝记事》也有类似的说法：“上体素弱，虽正位东宫，供奉淡薄。登极后，日亲万机，精神劳瘁。郑贵妃复饰美女以进。一日退朝，升座内宴，以女乐承应。是夜，连幸数人，圣容顿减。”足见此事已引起人们的关注，成为朱常洛一蹶不振的一个转折点。
八月十四日，泰昌帝病重，召内官崔文升治病。崔文升本是郑贵妃宫中的亲信太监。朱常洛即位以后，升崔文升为司礼监秉笔太监，兼掌御药房。泰昌帝服用崔文升开的“通利药”（即大黄，大黄的药性是攻积导滞，泻火解毒，相当于泻药）后，就开始腹泻，一昼夜泻好多次，有的说一昼夜泻三四十次。此时的泰昌帝身体极度虚弱，处于衰竭状态。
泰昌帝服用郑贵妃亲信太监崔文升进奉的药，病情加剧的消息传出，外延舆论汹涌，纷纷指责崔文升受郑贵妃指使，有加害皇上的异谋。由此暴露出郑贵妃从送美女到进药，是预先策划的阴谋。《明史？崔文升传》说：“外延汹汹，皆言文升受贵妃指，有异谋”；《明史？杨涟传》说：“郑贵妃进美姬八人，又使中官崔文升投以利剂，帝一昼夜三四十起。”当时郑贵妃还住在乾清宫，与李选侍一起“照管”朱常洛的长子朱由校。泰昌帝的外戚王、郭二家发觉郑、李有异谋，向朝中大臣哭诉：“崔文升进药是故意，并非失误。皇长子（朱由校）常常私下里哭泣：‘父皇身体健康，何以一下子病成这样？’郑、李谋得照管皇长子，包藏祸。”大臣们莫不忧心忡忡，担心一旦皇上驾崩，郑、李控制皇长子（朱由校），实现垂帘听政阴谋。给事中杨涟、御史左光斗向大臣们倡议：郑贵妃应当离开乾清宫。杨涟还上了一道奏折，对于崔文升进药的资格和所进药物是否符合医学原理两点，对崔文升进行猛烈的抨击：“贼臣崔文升不知医……妄为尝试；如其知医，则医家有余者泄之，不足者补之。皇上哀毁之余，一日万几，于法正宜清补，文升反投相伐之剂。”杨涟认为，朱常洛本来身体就虚弱，应当进补，而崔文升反而进以泻药，其心叵测。主张将崔文升拘押审讯，查个水落石出；并且建议皇帝收回进封皇太后的成命。郑贵妃迫于外延强大的压力，不得不离开乾清宫，搬往她自己的住所慈宁宫。
八月二十二，朱常洛召见首辅方从哲等大臣，六品的给事中杨涟也在召见之列。泰昌帝看了杨涟很久，说：“国家事重，卿等尽心。朕自加意调理。”之后，泰昌帝下令，将崔文升逐出皇宫。