这里先说焚书：
秦始皇焚书事件出于司马迁《史记》，是可信的。
清朝末年，我国学术界出现了一股疑古思潮，一些学者认为秦始皇未曾焚书。
这些学者认为司马迁在《史记·秦始皇本纪》中的记述有颇多不实之处，有溢美或溢恶之词，如说：“乃令咸阳之旁，二百里内，宫观二百七十，复道甬道相连。”又说：“关内计宫三百，关外四百余。”这样一来，秦始皇所建宫观总数竟然近千了！如此规模巨大的“宫观群”，就是神仙也变不出来的，显然所记失实了。再说，多年来的考古发掘，从未发现“咸阳二百里内，宫观二百七十”及“关内计宫三百，关外四百余”的有关遗址。
这些学者认为“焚书令”即使曾经下达，也和当年的“逐客令”一样，刚一颁布又迅即废止了。只不过废除“逐客令”一事已被载入史册，而废除“焚书令”一事则没有记载。
汉朝建国后，典籍奇缺，曾由朝廷多次下令征求书籍，献书者多有重赏。于是，人们便怀疑古书都被李斯和秦始皇烧了。其实，这些奇缺的古书是被与秦始皇同时代的项羽烧了。
秦末陈涉起义后，项羽随他叔父项梁也起兵响应了。陈涉死后，项梁立楚怀王的孙子为王，仍称楚怀王。秦二世派出大批军队增援在前线作战的大将章邯，章邯大破楚军，杀了项梁。
章邯杀了项梁之后，以为楚军不足虑，便北进攻击反秦的赵国后人去了。赵王率军迎战，大败而逃，进入钜鹿城闭门不出，遣使向楚怀王求救。
这时，楚怀王和诸将约定：“你们谁能抢先攻进关中，灭了秦国，就封谁为秦王。”当时，秦军尚强，诸将都认为进攻关中是件危险的事，因此都默不做声。只有项羽为了给项梁报仇，奋然而起，表示要和刘邦联合起来打进关中。这时，楚怀王的老将对楚怀王说：“项羽为人粗暴残忍，所过之地经常屠城。应该派一名长者引军进入关中，不欺凌百姓，关中才能平定。刘邦为人宽厚，可派他进攻关中，不要派项羽去。”于是，楚怀王只派刘邦西进，去取关中，而派项羽北救赵国。
刘邦一路东进，势如破竹，进入咸阳后，诸将纷纷进入府库，分财分物，只有萧何到藏书阁，将文书和地图都收藏起来。从此，刘邦对天下用兵的地理形势了如指掌了。
项羽北上救赵，大败秦军，章邯投降了。为了报复，项羽将投降的二十万秦兵全活埋了。
项羽救赵获胜之后，本应到楚怀王那儿去报到。但他为了给叔父报仇，又率军向关中杀来。
不久，项羽也进了咸阳。为了替叔父报仇，他竟下令屠城，杀了秦王子婴。接着，又放火焚烧秦宫，烈火冲天，浓烟蔽日，火烧三月不熄。雕梁画栋化为灰烬，藏书阁中的典籍也全烧光了。
项羽未入咸阳时，秦朝藏书阁中的典籍还保存着，因此萧何才有可能从中取出文书和地图。
一部秦史几乎全由西汉官吏来写。秦朝是西汉灭亡的，西汉官吏哪敢歌颂秦朝啊？于是秦始皇成了暴君，罪恶累累，罄竹难书，必须打倒，必须推翻。这是很自然的事。西汉人笔下的历史能有多少真实性可言，是必须推敲的。他们笔下好多历史人物必须反复研究，反复核实，还其本来面目。
下面再说坑儒：
坑儒故事原型见于《说苑》卷二十《反质》，讲方士侯生、卢生害怕继续留在秦始皇身边会遭杀身之祸，于是诽谤了一通秦始皇，然后一起逃跑了。秦始皇大怒，让御史坑杀了四百六十余名诸生。
《说苑》是西汉末年刘向辑录皇家和民间藏书中的有关资料，分类整理而成的。《说苑》一书属稗官野史之流，其中所记坑儒一事是不足信的。唐代史学家刘知几就曾在其所著《史通·杂说篇》中指责刘向“广陈虚事，多构伪辞”。
刘向是西汉经学家、文学家、目录学家，曾领校皇家秘室藏书。
《说苑》是刘向校书时根据皇家藏书和民间传说，按类编辑的先秦至西汉的一些历史故事，并夹有作者的议论，常常借题发挥，宣扬儒家的政治思想和道德观念。书中记载的史事，多与《史记》、《左传》、《国语》、《战国策》、《荀子》、《韩非子》、《管子》、《晏子春秋》、《吕氏春秋》、《淮南子》等书有出入。
“焚书坑儒”这个词在《史记》中没有出现，但《秦始皇本纪》记载了焚书与坑儒这两件事。《汉书·司马迁传》称赞他“善叙事理，辩而不华，质而不俚；其文直，其事核，不虚美，不隐恶，故谓之实录”。但是，他叙述“坑儒”事件时，基本上因袭《说苑·反质》取材的传闻，不是史实。因而缺乏细节，如被坑儒生的姓名，坑杀儒生的具体办法、详细地点等。
二百多年后，坑儒故事的细节才由东汉儒者卫宏杜撰出来了。卫宏是东汉光武时代人，爱好经籍，曾担任议郎。卫宏所撰《诏定古文官书序》中说：“秦既焚书，患苦天下不从所改更法，而诸生到者拜为郎，前后七百人，乃密令冬种瓜于骊山坑谷中温处，瓜实成，诏博士诸生说之，人人不同，乃命就视之。为伏机，诸生贤儒皆至焉，方相难不决，因发机，从上填之以土，皆压，终乃无声。”
这段坑儒过程写得惊心动魄，却经不起推敲。
关中地区冬季气温经常达到-10℃左右，即使种瓜于温泉附近，也只能让瓜籽发芽、爬蔓，但绝结不出瓜来。
再说，秦始皇贵为天子，生杀予夺。他既然认为诸生以古非今，犯罪该杀，根本用不着设下圈套，让自己背上一个欺诈的恶名。秦始皇坑儒的故事越传越离谱，越发不可信了。
有的学者认为，秦始皇即使真有坑杀之事，所坑杀的也绝不是儒生，而是骗人的术士。实际上，所谓“坑儒”，在中国历史上是很晚才出现的一种极不严谨的说法，《史记》里原本说的是“坑术士”，汉朝人伍被说是“杀术士”。到了宋代，治学严谨的司马光和苏东坡也都是说“屠术士”。
秦始皇没有焚书，更没有坑儒。