两千多年以来，人们对秦始皇“焚书坑儒”的谴责之声不绝于耳，焚书坑儒作为秦始皇的一大暴政已成铁案。
人民教育出版社编著的义务教育课程标准实验教科书《中国历史》七年级上册第10课“秦王扫六合”中说：“为了加强思想控制，秦始皇接受李斯的建议，发布焚书令，规定除政府外，民间只准留下有关医药、占卜和种植的书，其他书都要烧掉；以后再有谈论儒家诗书的都要判处死刑。他又把暗中批评他的一批儒生，在咸阳活埋。这就是历史上的‘焚书坑儒’。”
高等教育出版社出版的师范高等专科学校历史专业系列教材《中国古代史》第四章第一节“秦朝的建立和发展”中说：“焚书坑儒，在当时对刚建立起来的统一国家政权的巩固起到一定的作用，但手段是残酷的，后果是恶劣的，不仅堵塞了言路，钳制了思想，而且大量先秦文史典籍被焚烧，给中国古代文化的发展造成了无法弥补的损失。”
“焚书”事件，历史上确实发生过，《史记·秦始皇本纪》里记得清清楚楚。
汉代学者伍被认为秦始皇“弃礼义，任刑法”，焚书目的在于灭绝儒学，专用法家思想。其实，这种观点很值得商榷。
伍被是西汉初年淮南王刘安的谋士，伍子胥的后人。刘安是汉高祖刘邦的孙子、淮南王刘长的儿子，受父封亦为淮南王，是西汉的文学家、思想家。
伍被好读书，善文辞，才能出众，受到汉武帝刘彻的重视。刘安后来想谋反，召见伍被策划。伍被用昔日伍子胥谏吴王，吴王不用其计而被迫自杀的故事进谏刘安。刘安大怒，囚禁伍被的父母达三个月。刘安谋反事泄时，伍被被告与刘安谋反，被捕杀。
战国前期，儒、法两家的政治主张势如冰炭，互不相容。儒家着眼于管理每一个人，主张通过仁义诱导的途径塑造至善至美的理想人格，从而实现大治的政治理想。法家着眼于完善人以外的一切物，即富国强兵，主张通过刑法强制规范社会，从而达到大治的政治目的。然而，诸子百家在长期争鸣中，相互取长补短，到战国后期已经出现了学术融合的趋势。学术融合是政治统一在意识形态领域里的反映。荀子纳“法”入“儒”，以“儒”统“法”，提出德主刑辅、礼法并用的社会政治主张，是为建设新兴封建统治秩序服务的。
荀子曾应秦相范雎的邀请访秦，秦昭王会见荀子后问道：“儒家对国家有无益处？”荀子肯定地回答道：“儒者法先王，隆礼义，谨乎臣子而致贵其上者也。人主用之，则执在本朝而宜；不用，则退编百姓而悫，必为顺下矣。”又说：“儒者在本朝则美政，在下位则美俗。”听完荀子的回答，秦昭王称善。这是儒家思想在秦国的首次正面宣传，并且取得了秦国最高统治者的好感。荀子还向范雎指出秦国“无儒”，从而引起了秦国统治集团的深刻思考。
秦相吕不韦编纂《吕氏春秋》，就是为了融合诸子之说。吕不韦突破学术派别的门户限制，预见到统一天下后，任用先秦诸子任何一家的思想为指导都不能建立起一个幅员辽阔的大一统帝国，必须博采众长，重新整合诸子百家。《吕氏春秋》编纂的目的即为实现秦国一统天下奠定学术根基。
自秦孝公任用商鞅变法开始，秦国独尊法家，造成荀子所谓的“无儒”局面。“无儒”包括两方面的意思：一指秦国没有儒家，二指儒家思想在秦国政治生活中没有地位。
秦昭王以后，这种“无儒”局面发生了变化，秦国建立了博士制度。
秦国博士制度仿效战国时期东方鲁、宋等国的博士制度，不同的是东方诸国的博士制度来自尊贤传统，博士与国王的关系犹如师友；而秦国的博士制度来自政治需要，已经纳入官僚系统，博士与国王的关系纯属君臣。秦博士是奉常的属官，秩比六百石，名额多至数十人。秦博士可以参政议政，秦博士执掌“通古今”、“教子弟”、“典职教”、“辨然否”、“承问对”，即博士要将掌握的历史知识，特别是历代的治国经验献出来，为秦国的政治服务。
秦国的数十名博士成分不一，少数不是儒家，如卢敖是方士，黄疵是名家，还有“占梦博士”属阴阳家。
卢敖即卢生，逃跑后隐居于故山。秦始皇大怒，下令搜捕，终因未获，只得作罢。故山后改名卢山，山前有卢山洞，内置卢敖塑像。
秦昭王以后，秦王治国不再专用法家，有了儒法并用的倾向，云梦秦简给我们提供了这方面的信息。
云梦秦简《为吏之道》强调修身正行，说：“以此为人君则鬼（和柔的意思），为人臣则忠；为人父则兹（慈），为人子则孝……君鬼臣忠，父兹（慈）子孝，政之本（也）。”君怀臣忠，父慈子孝被秦统治者奉为施政原则，这其实是儒家提倡的伦理道德。
云梦秦简《封诊式》还记载这样一个案例：父亲控告儿子不孝，请求官府将其断足流放，官府核实后照办了。由此可知儒家的“孝道”受到秦国法律的维护，已经纳入秦国法律系统，成为教化、规范社会的工具。
云梦秦简又称睡虎地秦墓竹简或睡虎地秦简，1975年12月在湖北省云梦县睡虎地秦墓中出土，这些竹简长23.1—27.8厘米，宽0.5—0.8厘米，竹简上文字为墨书秦篆，写于战国晚期及秦始皇时期，内容主要是秦朝的法律制度、行政文书、医学著作以及关于吉凶时日的占书，为研究中国书法，秦帝国的政治、法律、经济、文化、医学等方面的发展提供了翔实的资料，具有十分重要的学术价值。
云梦秦简共1155枚，残片80枚，分类整理为十部分内容：《秦律十八种》、《效律》、《秦律杂抄》、《法律答问》、《封诊式》、《编年记》、《语书》、《为吏之道》、甲种与乙种《日书》。
孔鲋是孔子后裔，秦末儒生。秦始皇统一中国后，召为鲁国文通君，拜少傅。秦始皇通过封爵表达了对儒家思想的尊崇，实质上是肯定儒家思想在治理国家上的价值。
综上所述，秦始皇兼并天下前后，采取儒法并用、刚柔相济的政策，希望得到长治久安。
然而，儒生人品不一，荀子曾说：“有俗儒者，有雅儒者，有大儒者。”何谓“俗儒”？荀子说俗儒只知道简单地效法古代的圣明君主，扰乱当时社会，胡乱学习一堆荒谬的东西，不懂得效法后代的贤明君主，却想统一制度，不明白要把礼义置于最高地位，降低了《诗》、《书》的作用。而秦始皇所任用的儒生，俗儒多，雅儒少，大儒一个也没有。
秦始皇焚书的目的不是灭绝儒学，而是禁止私学。
建议焚书的李斯是儒学大师荀子的门生，懂得儒学的价值，并非要灭绝儒学。他建议焚书是针对民间的藏书，而皇家藏书不在此列。同意焚书的秦始皇在兼并天下的过程中儒法并用，因而才取得了胜利。
秦始皇不糊涂，对儒学的价值一直持肯定态度。尽管秦始皇焚书规模大，但皇家藏书丝毫未受损失。
综上所述，秦始皇确实焚书了，但他焚书的目的是要禁止私学。这样，他又倒退到“学在官府”的旧时轨道，便于统一天下人的思想，维护国家统一安定的局面。
至于“坑儒”，有的学者认为此事根本不存在。
杀戮不同政见者，对于古今中外历代统治者来说，是司空见惯的，秦始皇当然也不能例外。但他没有杀儒生，也就是没有坑儒。
在所谓秦始皇坑儒事件中疑点太多，《史记》中提到名字的都是方士。侯生是韩国出身的方士，卢生是燕国出身的方士。这些方士多年欺骗秦始皇，逃跑前还肆意诽谤，终于惹怒了秦始皇，以致产生了所谓坑儒事件。
但是，在历史材料中，被坑者的称谓一直在变化：由方士变为文学方术士，再变为诸生，再变为颂法孔子的儒生。显然有一只黑手偷换了历史的真实内容。
按照秦国的制度，文学方术士有罪要交由御史处置，接受严格的法律审判，依法定罪，怎么会被活埋呢？但记载中说他们被活埋了。
根据秦朝法律，特别是近年来出土的大量法律文书来看，死刑没有活埋的案例。编造“坑儒”故事的人不懂法律，结果留下了作伪的漏洞。