清工到戏工的转换，成就了昆曲三百年的辉煌，在这三百年中，以清唱为主的清工始终不绝，就像是昆曲的灵魂一般，看不到，却是生命之所系。时间走到清末，昆曲在花雅之争中败北，从戏剧舞台的中央退却到一侧，英雄已是末路。行到水穷处，坐看云起时，昆曲一无所有之际，又重新找回了自己，水悠悠繁华已过，细数浮生千里路，蓦然回首，红尘犹有未归人。
以清唱为主的清工始终不绝。特别是在江苏、浙江和北京，业余组织各爱好者的自由组合活动极为普遍。业余组织如元锡的“天韵社”，它的历史可以上溯到天启年间。
在这个漫长的过程中，清唱家和曲师的传授也和演员一样，是代代相传的，灯火相续，并尽可能保持着先辈唱曲的风格。业余爱好者中间也有少数喜欢登台演出的，称为“清客串”，与戏工相比，清工的重点放在曲上，讲究字音唱法、分析曲清。在那个年代，清工自觉是比戏工高一等的。在习曲的目的上，很多清工属于自我娱乐，特别是清工串，对于昆曲有着强烈的热爱。在他们看来，昆曲是一种生命的形式，而不仅仅是供享受的娱乐节目。因此，当昆曲走向灭亡的时候，这帮昆曲爱好者们便想方设法地挽救这一古老艺术的生命。1920年到1921年，苏州的贝晋眉、张紫东、徐镜清等人创办了“昆剧传习所”，旨在传承昆曲。昆曲进入了培养“种子”、延续生命的时期。
昆曲传习所的第一批资金以分股认购的方式集资，后由上海民族资本家穆藕初赞助。地址在苏州桃花坞西大营门五亩园，房子和地都由贝晋眉老人出资捐赠。统一向社会招生，招生广告贴遍了苏州的大街小巷。教师主要是“全福班”的后期艺人。学员经过简单的口试、面试后就可入所。年龄大致从9岁到14岁不等，住宿伙食费都由传习所负责，还可以领到少许的零花钱。学员大多来自贫苦家庭。
1921年秋到1922年春，传习所陆续招生五十余人。入所后试学半年，然后立合同，学三年，帮演二年，五年满师。教师教曲极为认真，学员以“拍曲”打基础，后学吹笛子和走步，半年至一年后始分行当，后亦有改行的，然后才开始学各行的戏，叫做“踏戏”。
1923年，学员都以“传”字为艺名，名字的后一个字以“金、玉、花、水”为部首。“金”为净、老生、外、副末行，“玉”为小生行，“花”为旦行，“水”为付、丑行。当时“传”字辈共三十七人（后在实验演出期间略增几人）。在1924年到1926年帮演期间，这些带有实习性质的演出，赢得了普遍的赞扬，尤其是1924年在上海笑舞台以“昆剧传习所”的名义第一次演出，学员演出折子戏四十八出，并有俞振飞、项馨吾、殷震贤等著名曲家加串名剧，嘉宾满座，盛况空前，是清末民初以来最为兴盛的一次昆曲演出。在此期间，上海粟社王慕诘为学员题书艺名。1925年再次到上海在笑舞台、徐园、新世界等处演出，其间增聘陆寿卿、施桂林为教师。当时，顾传阶、朱传茗、张传芳的生旦戏和施传镇的老生戏，已崭露头角。经过两年的实验演出，于民国十五年学员满师，除上述几人外，优秀的学员还有周传瑛、顾传琳、王传淞、倪传钺、郑传鉴、包传铎、沈传银、邵传镛、汪传铃、沈传芷、姚传芗、刘传蘅、华传苹、姚传湄、华传浩、周传沧等。
学员毕业后，穆藕初退出赞助，经费支持由实业家严惠宇和江海关监督陶希泉负责，将学员组成“新乐府”昆班，聘俞振飞为后台经理，委派林子彝、孙咏雩主持日常事务，租上海广西路笑舞台为专演剧场，于1927年12月13日以“笑舞台新乐府昆戏院”名义开台演出。首场演出了《追信》、《拜将》、《佳期》、《拷红》、《借扇》、《挑帘》、《裁衣》、《梳妆》、《跪池》等戏，为笑舞台开演以来未有之盛况。
新乐府对传习所进行了改革：一是请京剧界演员擅长昆剧武戏者扩充武戏剧目，争取更多的观众，其间陆续向蒋砚香、丁兰荪、林树棠、林树森、王洪等京昆前辈学戏；另一方面是编排小本戏，如《玉搔头》、《战宛城》、《天门阵》等等，提高了表演技能，丰富了演出剧目。至1928年4月5日合约期满，“新乐府”在笑舞台作了告别演出，当时“传字辈”合影有四十余人。此后，又在青年会、新世界、大世界演出，也应堂会，“新乐府”赢得了苏州、上海观众的赞许。随着演员声誉日高，因待遇偏低、领班拜捧角以及内部的思想变化等原因使很多艺人选择放弃“新乐府”。台柱顾传阶认为领班的捧角和压角都是对人才的摧残，另外，他一心要脱离戏曲这个当时被称为贱业的行业，后来离开新乐府，考入大学，戏剧成了他的业余爱好。其他兄弟因为生计无法脱离戏剧行业，但也以自立来表达自己的思想与要求。1931年6月，“传字辈”师兄弟回苏州自组“共和班”，在苏州演出，“新乐府”宣告解散。后来，由于苏州观众人数少，而不得不再次重返上海，进大世界演出，由当时著名的文士孙玉声取名为“仙霓社”。
“仙霓社”由郑传鉴、倪传钺主持，沿着共和班的精神创业，充分发挥团结的力量，辗转于上海、苏州和江浙一带城镇，备受观众欢迎。随着国难的日益加重，“仙霓社”的演出生涯陷入了艰难的境地，但表演艺术由于不断地磨炼和请益，进入了成熟阶段。这时，施传镇的老生戏经沈锡卿的教导，能演出的拿手戏剧目多而且精通；姚传芗的旦角戏得钱宝卿的真传，细腻妥帖；赵传珺改学冠生、小生，戏路很宽，无论唱做，都极出色。“传字辈”演员经昆剧传习所到新乐府，又到“仙霓社”，积累了乾嘉以来的大部分剧目，又在实践中不断串演新戏、武戏，打破昆曲不分武行的传统，形成了武生、武旦行当。“仙霓社”的演剧风格，既有严格的“苏州风范”，又能适应观众的需要发展传统的昆曲艺术，在昆曲的剧目和表演艺术上作出了种种努力，但为时势所迫，只能在困境中求生存，仍无力复兴昆曲。1936年社务改由赵传珺、刘传蘅主持，不久又归郑传鉴负责，再度从上海出发，流动演出于杭、嘉、湖地区。历经半年余，返苏不久，施传镇患病身亡，对“仙霓社”打击极大。
1937年下半年起，“仙霓社”在上海福安公司游乐场演出。1937年8月9日，驻上海日本海军陆战队中尉大山勇夫率士兵斋藤要藏，驾军用汽车强行冲击虹桥中国军用机场，被机场卫兵击毙。事件发生后，中国上海当局当即与日方交涉，要求以外交方式解决。但日军无理要求中国军队撤离上海，拆除军事设施，同时，向上海增派军队。8月13日，日军便以租界和停泊在黄浦江中的日舰为基地，对上海发动了大规模进攻。上海中国驻军奋起抵抗，在上海和全国人民的支持下，开始了历时3个月之久的淞沪抗战。此时，“仙霓社”演出地点——上海福安公司游乐场遭侵华日军轰炸，“仙霓社”的全部衣箱被炸毁，被迫停演，“仙霓社”名存实亡。 1938年10月起，郑传鉴、沈传芷等十二人重新聚合，演出于上海东方书场、仙乐书场等处。1941年，太平洋战争爆发，抗日战争进入关键时期，昆曲观众日渐稀少，此时最红的梅兰芳也辞演避退香港，“仙霓社”生计难于维持，遂于1942年2月在东方书场进行最后的演出后宣告解散。
这时，留在上海的郑传鉴、朱传茗、张传芳、汪传铃、方传芸、华传浩，多半去当“拍先”（拍曲先生），以维持生计。有的一度转向京剧，如王传淞、汪传铃、华传浩。郑传鉴后去上海戏剧学校任教，培养“正字辈”京剧演员。沈传芷、刘传蘅、赵传珺继续流转各地，不久，赵传珺贫病交迫，死于上海街头。王传淞在短期和盖叫天搭班后参加国风苏滩社，后又引进周传瑛，开始了惨淡的昆曲演出。
朱国梁领班的国风苏滩社系“国风苏剧团”的前身，1941年7月，国风苏滩社和振风苏剧社合并为“国风苏剧团”，演出于上海大世界。当王传淞、周传瑛加入后，情况就发生了变化，形成了一种奇特的演出方式：演折子戏时，常是两折苏滩、两折昆曲、一折滑稽戏；有时在同一折戏中，昆、苏混唱，因为苏滩能唱不少昆曲剧目。所以，该班可以称为“半副昆班”，当时仅有七个演员：王传淞、周传瑛，加上原来的朱国梁、龚祥甫、张艳云、张凤云、张凤霞（后易名张娴），还有一个“独角场面”张兰亭（要操弄多种乐器）。他们常年浪迹江湖，流转演出于苏、锡、澄、杭、嘉、湖一带的城镇、乡村，风风雨雨，备受煎熬。后来，另几个穷途末路的“传字辈”演员也被吸引到这个穷班，如周传铮、包传铎、沈传锟、刘传蘅。在“国风”的六位“传字辈”师兄弟，依附于苏剧，保留着昆曲遗脉一缕。值得一说的是，昆、苏合班使苏剧演员提高了演艺水平，而且具备了表演正宗昆曲的技能，上述张氏三姐妹成为近代昆曲男女合演的第一代演员，“国风”的子女随着戏班流浪学戏、拖拉上台，也就成为后来的“世字辈”的第一批接班人。国风班在极其恶劣的环境下深入到百姓生活之中，重编传统戏，并新编小本戏，以激励百姓的抗战热情、反抗日本的侵略、揭露政府的腐败，朱国梁和周传瑛是当时的编写能手。
此时传承昆曲的还有曲社，即各地名人雅士出于对昆曲文学与音乐的爱好自发组织的唱曲组织。例如北京的“昆曲研究会”、“倚声社”、“藕香社”、“言乐会”、“正俗曲社”，天津的“一江风”、“开滦”，上海的“同生”、“平声”、“红社”等等。曲社活动以清唱为主，除了偶尔义演外，很少登台演出，属于玩票的性质。但在抗日战争时期起到了保存香火的作用，也培养了一批昆曲名演员，如俞振飞，还有一批热爱昆曲的名人，如推广昆曲的白先勇，还有当时负盛名的合肥张氏四姐妹，这些人在解放后都以各种形式在美国或中国推广和传唱昆曲，为今天昆曲的重新崛起作出了巨大的贡献。
抗日战争使中华民族一直饱受战火的煎熬，昆曲和昆曲艺人们的命运也是如此。民不聊生，吃饭尚成问题，何谈戏剧享受，昆曲无观众群。同时，昆曲创作的源头士大夫阶层名称变为知识分子，变幻的不只是名字，还有生存方式。士大夫阶层越来越依附于权贵，业余唱曲失去了经济支柱。直到解放前后，昆曲班社解体、曲社稀声，两者都游走于生与死的边缘。