农民军渡过黄河后开始分兵行动。一路南下湖广地区，由“曹操”罗汝才率领。另一路西入武关，打算重回陕西，由满天星、一斗谷等首领率领，兵力大约八个营十余万人。第三路从卢氏向东进发，由李自成、张献忠和高迎祥等部组成，在攻打汝宁未果的情况下，转而进入南阳和湖广的襄阳一带。诸部分头行动，这样不仅行动起来比较方便，而且也可以分散官军的注意力。
1635年李自成等部攻下了明朝的龙兴之地凤阳，将龙兴寺、皇陵烧为灰烬。起义军烧毁皇陵的消息传到京城，令崇祯皇帝大为惊骇，更加疯狂地镇压农民起义军。崇祯皇帝为了尽快剿灭农民军，一边下令严惩失守凤阳的有关官员，一边加紧调兵遣将，集结兵力。他下令洪承畴率兵入河南，命山东巡抚朱大典接替凤阳巡抚，急趋凤阳上任。松潘副将秦翼明刚刚到达河南，就接到朝廷命令，马上由归德增援凤阳。
此时农民军同明军已经在秦西展开了一系列决战，先后攻克了马川、宁州。消息传到明军大营，总督洪承畴忧心忡忡，不知如何是好。正当他犹豫不决时，骄横无比、气势汹汹的武将曹文诏闯进帐来，请求同西面义军决一生死。洪承畴此时正愁无人迎战，兴奋得拍拍曹文诏的肩膀说：“剿灭这股劲敌，非将军莫属啊！我正愁找不到人前去救援，将军请立即出征，我一定会给你后援的！”曹文诏得令后，带上三千部卒，直扑宁州。
李自成等人听说曹文诏率军前来的消息，个个摩拳擦掌，恨不得一下把这个十恶不赦的刽子手砸成肉饼，为死难的兄弟报仇。但李自成并没有大意，而是制定了更为详细周密的计划。采取诱敌深入的作战方针，杀得曹军伤亡惨重。自高自大的曹文诏见大势已去，便拔剑自刎了。
这场漂亮的围歼，使得农民军气势大涨，主将李自成声威震动汉中，而明军则士气低落，总督洪承畴闻讯拍案痛哭，后悔不该让曹文诏出战，整个统治阶层也为曹文诏的阵亡而震惊。
这次战役之后，李自成更是如鱼得水。在故土作战，地形熟悉，人民拥护，为歼灭敌人奠定了一定的基础。李自成一面着手联络各路义军，一面与洪承畴展开游击战。时而行军，时而攻城，牵制明军，同时打击地主，把地主们剥削来的粮食分给百姓。这样一直坚持到高迎祥等主力回到汉中。经过了这场斗智斗勇的战争，李自成和部下经受住了考验，部队得到了锻炼，作战水平有了大幅度的提升。
1636年，当李自成率兵纵横关中之时，闯王高迎祥部遭到了卢象升的围攻，损失惨重，最终挣脱包围，向秦地转移。
而后，后金祭告天地，改国号为大清，皇太极得皇帝尊号。从此，满清贵族打着大清的旗号进攻中原，明王朝陷入腹背受敌的困境。由于民族矛盾的激化，起义军在与明军作战的同时又肩负起抗清的任务。
在这种情况下，高迎祥部是农民起义军中实力最强的一支，自然被明军视为眼中钉、肉中刺，急欲除掉他。新任陕西巡抚孙传庭到达陕西，和洪承畴分担防务。孙传庭充当了围剿高迎祥部的主力。一场以高迎祥部为主要目标的反动围剿开始了。
高迎祥率部转移到黑水峪，尚未站稳脚跟，洪承畴和新上任的陕西巡抚孙传庭便尾随而至，双方于是混战在一起。起初，农民军还打了一个小胜仗，而且官军的参将李遇春也被击伤，差点成了农民军的俘虏。恰在这时赶上连绵大雨，高迎祥率领着农民军到处转移，躲避大雨，部下都疲惫不堪，许多人还生了病，就连高迎祥本人也疾病缠身，只能强打精神勉强指挥战斗。这一状况的出现，自然要影响到农民军的士气。这时，洪承畴和孙传庭又使出毒计，对农民军进行分化瓦解。孙传庭命令手下在附近竖起两面大旗：一面白旗，一面红旗。到白旗下的表示投降，到红旗下的表示顽抗。这一手还真的起到了分化瓦解的作用。不少农民军士兵竟然跑到白旗下，向官军投降，甚至一些农民军首领，如干公鸡、一斗谷也暗中勾结官军，准备受抚。
连续几天的激战，农民军伤亡惨重，处境越来越艰难。一天，官军趁雨后大雾，从四面八方把农民军阵地包围起来。在乱军当中，高迎祥的坐骑不知被谁偷去。高迎祥没有办法，便踉踉跄跄地向一个山洞跑去，结果被官军发现俘获。
崇祯皇帝听到高迎祥被俘获的消息，十分振奋，下令立即解来京师处死。由于擒获高迎祥之功，洪承畴和孙传庭各晋升一级。参加此役的官员都得到了不同的升赏。高迎祥之死对陕西的农民军打击很大，使得不少农民军首领纷纷向官军乞降。比如张妙手和蝎子块都先后受抚，他们的部众也被遣散。而后，蝎子块被孙传庭借故杀死。此次变故，使得农民军斗争一时间处于低潮，严重影响了他们的发展。李自成听到高迎祥战败被杀的消息后，十分悲痛。但他毫不气馁，继承了“闯王”的名号，继续与官军周旋。