张士诚在苏州称王之后，渐渐被胜利冲昏了头脑。他开始追求享乐，任用小人，疏远贤人。许多忠义之士先后离开了张士诚，首先离开的是投奔张士诚的刘基。不久，施耐庵另外两名挚友鲁渊和刘亮也离开了。贤臣相继离去并没有使张士诚清醒，他仍然沉湎酒色，怠于政事。这时，方国珍兵强马壮，朱元璋虎视眈眈，各地战事不息，危机四伏。施耐庵深感形势严峻，于是面谏张士诚，分析天下局势，指明当务之急。可是，张士诚听信小人黄敬夫、叶德新、蔡彦文之言，对施耐庵的话一句也听不进去。施耐庵见大势难以逆转，张士诚的败亡只是迟早的事，于是也悄然离去了。
施耐庵重归故里，在北宝寺坐馆，一面教学生，一面继续撰写《水浒传》。为了使自己像耐心庵堂那样专心著述，不问政事，施耐庵在书斋的门上挂上了写有“耐庵”两字的牌子。于是，人们便称他为耐庵先生，施耐庵的名字便是这么来的。
朱元璋打败张士诚后，怕人民反抗，把苏州人都迁到边远的地方去了。有一天，朱元璋听说施耐庵在写犯上作乱的书，连忙派人捉拿施耐庵，并把他关进南京天牢。施耐庵在天牢里受尽折磨，不久便疾病缠身了。这时，施耐庵的同年刘基已是朱元璋的军师，他伺机向朱元璋进言，施耐庵才被释放。
施耐庵获释之后，到淮安租房住下。经过这场变故后，施耐庵的健康状况日益恶化。施耐庵生活拮据，缺医少药。这年冬天，他风寒旧疾复发，无异雪上加霜。施耐庵自知不久人世，便将《水浒传》的修改稿交给罗贯中，嘱咐他将其中破损和遗失部分回忆整理出来，务必印刷成书，传之后世。嘱毕溘然长逝，享年75岁。这一年是洪武四年（1371年）。
《水浒传》描述北宋末年官府横征暴敛，官逼民反的情形。讲了宋江等好汉疾恶如仇，被逼上梁山，替天行道的故事。书中塑造了大批栩栩如生的人物，如武松、李逵、鲁智深、林冲等，对后代农民起义产生过重大影响。
《三国演义》是一部历史小说，以描写战争为主，分为黄巾起义、董卓之乱、群雄逐鹿、三国鼎立、三国归晋五大部分。作者就是与施耐庵合著《水浒传》的罗贯中。《三国演义》不仅是较早的一部历史小说，而且代表着古代历史小说的最高成就。它把百年左右头绪纷繁、错综复杂的事件和众多人物叙述得有条不紊。书中把古代战争和人物都写活了，虽有虚构，但大体上忠于历史，不但是一部辉煌的文学巨著，也为后来的军事家提供了不少战例和谋略借鉴。
《三国演义》和《水浒传》同出于洪武年间（1368—1398年），作为中国古代四大名著的前两部，为明朝增添了万丈光芒。
（二）明惠帝
洪武二十五年（1392年）四月，年仅38岁的皇太子朱标英年早逝，史称懿文太子。
洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝，遗诏命皇太孙朱允炆继位，史称明惠帝。
明惠帝是明朝第二位皇帝。
朱允炆14岁时，他的父亲朱标身上长个大肉瘤，苦不堪言，朱允炆日夜守在身边伺候。
朱标去世后，朱允炆将三个年幼的弟弟接到一起，对他们的饮食起居照顾得十分周到，并没有让他们感到孤独。
朱元璋病逝前，脾气异常暴躁。朱允炆亲自服侍他，常常整夜不能入睡，而且没有一句怨言。
明惠帝继位时21岁，改年号为建文。
明惠帝从小接受儒家教育，继位后把三位儒家师傅引为心腹。他们是黄子澄、齐泰和方孝孺。黄子澄是受人尊敬的儒家学者，于洪武十八年（1385年）考中进士。齐泰是洪武十八年的进士，精通儒学，尤其精通兵法。方孝孺是明初大学者，六岁能诗，从元末明初大儒宋濂学习，极受器重，以文章和政见闻名。
明惠帝在这三位大儒的辅佐下，开始了一系列的改革，史称“建文新政”。
朱元璋用武力夺得天下，大都督府的左右都督都是正一品，而六部尚书却是正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公封侯，而武将封公封侯者甚多，称王的也不少。这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知。明惠帝有意结束其祖父尚武的政风，将六部尚书升为正一品；大开科举，并下诏要求地方官举荐文学之士。文人获得了比以前更高的政治地位，对朝政敢于表达自己的意见了，这就加强了文官在国家政事中的作用。
明太祖以猛治国，认为乱世宜用重典，法外用刑情况十分严重。他还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉割、凌迟等。明惠帝认为《大明律》用刑过重，改正了其中量刑较重的部分律法，取消了恐怖的刑罚。
明惠帝一上台，就在文治方面作出了重大的贡献。
建文元年（1399年）正月，明惠帝下令减轻江浙地区的田赋。明初以来，江浙地区的田赋重于其他地方，这是因为朱元璋憎恨江浙地区的缙绅当年依附张士诚而采取的惩治措施。明惠帝认为江浙重赋只可用惩一时，不可形成定制。
明太祖时，僧道夺占了大量肥田沃土，从而变成了有权有势的地主，不仅享有免除土地赋税和徭役的权利，甚至占用当地居民的土地，强迫他们给自己服劳役。建文三年（1401年）八月，明惠帝下令僧道每人占田不得超过5亩，多余的要退官，分给农民耕种。
明太祖时，藩王权势很重，拥有自己的军队，少则三千，多则数万。特别是北方边防线的几名藩王，拥有指挥军队的权力。明太祖本意是要藩王确保朱家江山，却没想到留下了拥兵自重、尾大不掉的后患。
明惠帝即位之初的几个月中，开始增强自己的权力，削弱藩王的权力，史称“削藩”。周王朱棣是第一个倒台的，接着是代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱榑以及岷王朱楩。在五个藩封被废之后，燕王便成了下一个目标。朝廷认为他最棘手，因此在行动上很谨慎，这样一来反而给燕王提供了集结部队和准备造反的时间。
以齐泰、黄子澄为首的大臣坚决主张削藩，但在具体削藩策略上有所不同。黄子澄认为燕王实力强大，应该先削弱小的周、齐、代诸王，去掉燕王的羽翼，待时机成熟时再削燕王。齐泰则主张擒贼先擒王，只要先铲除燕王，其他诸王自然无力反抗了。明惠帝听取了黄子澄的建议，以致打草惊蛇，燕王急忙起兵了。燕王名朱棣，是明太祖的第四个儿子，明惠帝的叔叔，精通兵法，善于统军作战。
建文元年（1399年）七月，燕王在姚广孝等人游说下以“清君侧”为名起兵，从而拉开了长达四年的叔侄战争，史称“靖难之役”。
明惠帝命耿炳文率军十三万伐燕，兵败后退守真定。九月，又命李景隆率军五十万出征。李景隆只会纸上谈兵，没有实战经验，也打了败仗。明惠帝起用保卫济南的盛庸为大将，取得了东昌之役的胜利，但这已无法改变燕王势力逐渐增强的事实。建文三年十二月，燕王反守为攻，率军直趋南京。六月十三日，李景隆和谷王打开金川门迎降，朱棣取得了靖难之役的最终胜利。
明惠帝在位四年，积极进行改革，深得民心。但在削藩策略上产生了失误，不幸丢掉了帝位。
燕王朱棣攻下南京后，明惠帝下落不明。有人说当场烧死了，有人说从密道出走削发为僧了。众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。但这已经不重要了，重要的是明朝进入了明成祖统治时期。
（三）明成祖
明成祖朱棣是明朝第三位皇帝，11岁被封为燕王，17岁迎娶徐达长女，21岁就藩北京，即到封地北京。
明成祖之所以能成为明代第三位皇帝，与姚广孝是分不开的。
姚广孝是苏州长洲人，父亲是个医生。父亲本想让他子承父业，可他偏偏不愿意学医，而想读书做官或学佛。因为元末入仕的途径较少，他便在14岁那年出家做了和尚，法名道衍。虽然做了和尚，可他还想做官，平时不学佛理，一味研习兵法韬略。后来，他还违反佛规，拜道士席应真为师，学习阴阳术数之学。
姚广孝对儒、释、道三家之学都有涉猎，学问高深，因而“浙东四学士”宋濂、高启等人都爱与他交游。
洪武十五年（1382年），明太祖的结发之妻马皇后去世，明太祖选拔高僧侍奉诸子诵经祈福。姚广孝的朋友——任职僧录司的宗泐推荐了姚广孝。姚广孝到南京后，见到燕王朱棣，两人谈得颇为投机。姚广孝对朱棣说：“殿下若能用臣，臣当奉一顶白帽子与大王戴。”朱棣一听，心领神会，明白“王”字上面加个“白”字就是皇帝的“皇”字，不由得心中大喜。原来，这时明太祖的太子早已经病逝，明太祖选中的接班人朱允炆过于仁柔，正是朱棣争夺帝位的好时机。于是，朱棣乘机请姚广孝和他回到北京。
到了北京，姚广孝以住持身份住进庆寿寺，经常出入燕王府，密谈军国大事，成为朱棣的军师。
建文元年（1399年），朱棣起兵。姚广孝留在北京，辅助朱棣的长子朱高炽留守北京。