从1933年至1937年，吴征镒正是“弱冠之年”。那时华北已岌岌可危，地下烈火已在运行。1935年何应钦和梅津签署了“何梅协定”，实已出卖了华北。志士仁人忍无可忍，1936年终于爆发了“一二·九”、“一二·一六”学生运动，次年又发生了西安事变。日本侵略者的亡我之心不死，蒋介石被迫抗日之势已成。吴征镒的大学生活也就在这种形势下穿插进行，只是由于坚持“读书报国”、“科学救国”的信念，而更加奋发努力。
那时，清华大学生物系设在新建成的清华生物馆内，楼建得精致，是个读书的好去处。吴征镒拿着选课单去找系主任陈桢先生签字，陈先生人不高，微胖，宽脸上架一副黑边眼镜，口音很有扬州味，这对第一次远离家乡求学的吴征镒来说，自然觉得十分亲切。陈桢写的《高中生物学》，是当时唯一内容充实和近代化的教科书，吴征镒在扬州中学读书时，唐耀老师就已采用。虽然吴征镒早就知道作者的大名和专业特长，但总不如当面听他亲切地询问那样感到幸运。
清华大学当时推行“通才教育”，一则为将来深造打好基础，二来也为学生就业多些门路。大学一年级不分科，国文由朱自清任教授，英文由外文系着名教授叶公超担任，其余除通史必修外，理学院的学生必须学普通化学（高崇熙授课）、普通物理（萨本栋授课），文学院学生则必读普通生物（陈桢授课）。这样的必修课扎扎实实读一年，目的是使来自四面八方学业成绩不同的青年学子“整齐划一”一些。
二年级时，吴征镒入生物系，但不分组，无脊椎动物学也属必修。吴征镒终于真正在生物馆楼中上课和做实验。那时一楼还是心理学系，二、三楼才是生物系。一楼后对中间左侧楼梯口有个小门，出去就是斜着通向西院的大道边，已由生物系吴韫珍教授培植成小型植物园。那早春开花的白头翁、耧斗菜、探春、迎春以及榆叶梅、连翘等北方常见花卉，更能吸引吴征镒这样刚刚步入植物学大门的毛头小伙子的好奇心了。吴韫珍先生在二楼西头向北的另一小间屋里研究和备课，旁边是沈同、杨承元等植物组助教们的大实验室，再向东楼梯口是李继侗先生的实验室，朝南是一排教室和实验室，楼的东半部则是动物组的天下。三楼西头有一大间是植物标本室，其东小间坐着绘图和管理图书的蒋荇孙。标本室内仅有一位整天劈劈啪啪整理资料的管理员赵沙修，中间是系专用图书室，藏书7000余册，主要是日常教学和研究参考用书和杂志，要找大型非专用杂志则还要到大图书馆。三楼上面还有一层阁楼，北面是储藏室，向南则是一间实验温室。李继侗先生的研究材料，各助教的备课材料尽在其内。系办公室只有一位总是歪着头的庶务，和采购兼会计的余光蓉。在这里，吴征镒初识吴韫珍教授，吴韫珍教授上课总是在课前30分钟已将黑板写满，学生必须先去半个小时，才能完成笔记。植物形态学当时世界上正在开展藻、菌、地衣、苔藓、蕨类和种子植物的个体发育、世代交替的研究，吴韫珍所用的课本是植物学家张景钺教授的老师所写的美国大学课本，还要参考欧洲的教科书。他讲课时并不“照本宣科”，而是随时将发表在Botanical Gazette、Annalso Botany等英美着名刊物上的内容详细介绍给学生。
在清华大学，吴征镒在吴韫珍、李继侗、陈桢、戴芳澜、沈同等名师的指导下，如饥似渴地学习生物学的基础知识，其中，吴韫珍先生、李继侗先生的学术思想和治学理念，对吴征镒影响最大。
吴韫珍先生一心想把中国植物学本土化，他常说：“中国植物种类很多，分类还没有过关，要从搞清楚各地植物基本情况做起，同时把以前国内研究中国植物的材料集中起来，彻底考证整理，以澄清过去的混乱。”他一生的愿望就是要把中国植物分类搞清楚，并培养一批人来完成这项工作。那时每逢假期和星期天，吴征镒都会跟吴韫珍先生到北平西山、八达岭等地去采集标本，回来后又接着整理、造名录、查文献和分种检索表，并把已有文献记录的名录做考证处理。大学三年级时，吴韫珍先生给吴征镒布置的论文是写华北莎草科薹属，要求他要从野外调查入手。这一属当时全世界有800余种，华北近50种，是号称疑难大属的植物。论文要求将每一种的苞片、囊果按同样比例画成精细的鉴别特征图，每种要详细考证学名。吴韫珍先生多次告诫吴征镒，做学问就像啃骨头，多啃硬骨头方练得出真功夫。
李继侗先生是中国第一个获得美国森林学博士的教授，后到清华大学生物系任教。李先生教植物生理学和植物生态学，讲课精彩迭出，形象生动，课堂上时而鸦雀无声，时而哄堂大笑。他学问广博，治学严谨，乐观、健谈、幽默且有出色的组织领导才能。
两位老师的教诲，为吴征镒以后从事植物学研究打下了坚实的基础，确定了方向。
(四)
1937年7月6日，刚从清华大学毕业的吴征镒以助教身份参加了段绳武组织的“西北科学考察团”，团员都是自费。
中国的西北地域辽阔，草原、沙漠、戈壁、冰川、雪峰呈现出多姿多彩的地形环境。
第一次进行长途植物考察的吴征镒兴奋异常。因为他想起了读过的无数描写西部风物的诗句：“天苍苍，野茫茫，风吹草低见牛羊”，“大漠孤烟直，长河落日圆”，“劝君更饮一杯酒，西出阳关无故人”，“青海长云暗雪山，孤城遥望玉门关”，更有“轮台九月风夜吼，一川碎石大如斗，随风满地石乱走”，“北风卷地白草折，胡天八月即飞雪”……
吴征镒很快体验到西部自然环境的美丽和严酷。
七月的草原，苍莽而又美丽，一望无际的茵茵绿草宛如一匹绿毯铺到遥远的天边，天空高远而湛蓝，偶尔飘过的白云让吴征镒遐思万千。草原上开满了各种各样的花朵，淡紫色的凤毛菊，黄色的锦鸡儿……无不让吴征镒为之着迷。他顶着烈日忙碌着，他要把每一种植物都采集起来，整理出来。
自然，吴征镒也痛心地看到，西部因为水土流失和过度开发，植被已被严重破坏，他在想，自己是研究植物的，要使这里的恶劣状况得以改善，让荒原披上绿装，是一项多么神圣的职责。他特别留心那些在严酷环境中千年不死的荒漠植物，如芨芨草、沙打旺、针茅和紫花苜蓿、甘草、枸杞等可做药材的植物，以及具有耐沙割、抗沙蚀能力的沙米、沙蒿、沙冬青等，它们都是在荒漠中只要有几滴雨水，就能顽强地生长。
吴征镒不禁为这些植物喝彩！
大自然赋予了它们一种“精神”，这便是不论处于何种境遇，何种困苦都能顽强生存、发展的精神！而人不应该也是这样吗？
考察团进行了一个多月调查采集，吴征镒被塞外的太阳晒成了“非洲人”。每天在“朝穿皮袄午穿纱”的气候下工作，白天辛苦了一天，大家十分劳累，匆匆吃过晚饭，都先后休息了，只有吴征镒还在油灯下给标本夹里的标本换纸，接着又是登记，又是记录，一直忙到深夜才休息，一天只能睡上四五个小时。这次考察使吴征镒初步认识了草原半荒漠和荒漠。
正当吴征镒沉浸在花的草原中时，传来了“七·七卢沟桥事变”的消息，接着又传来北平沦陷的消息。当时，考察团的成员无不悲愤，有的竟痛哭失声。考察团只得发放剩余旅费、伙食余款给各人，而被迫散伙。
9月底，吴征镒舟车辗转回到扬州，大病一场。病好之后，他刚刚开始在私立震旦中学讲第一堂课，即接到李继侗先生的消息，让他速到长沙。于是他匆匆和六七位扬州中学、清华大学两度同窗的旧友，赶到长沙韭菜园临时大学报到。
长沙临大是西南联大的前身，只存在于1938年1月，当时的北平已经容不下一张书桌，于是清华、北大、南开三校合并组建长沙临时大学。吴征镒这个助教在那却无“教”可“助”，被派到岳麓山后左家垅清华工地上的一个小院落中，与清华农业研究所的一些同事搞“研究”。有一天，吴征镒刚从南岳衡山采集归来，在圣经学院左侧大楼整理标本，9架日寇重型轰炸机从屋顶飞过，接着炸弹便在500米外开了花。事后他们得知，小吴门火车站附近旅馆被炸，炸死了举行婚礼的一家亲友。
1938年2月，长沙时局已不稳定，长沙临时大学被迫迁往昆明，并更名为西南联合大学。从长沙步行到昆明的湘、黔、滇旅行团组成了。吴征镒和师生们一起走上了颠蹶逃难之路。步行团是准备沿途做一些科考工作的，吴征镒跟随生物系李继侗教授考察植物，同行的还有清华农业科学研究所的两位研究昆虫的学者毛应斗和郭海峰。
当时正值冬末春初，湘西和贵州正是“天无三日晴”的时候。吴征镒每天都要赶路，不方便带标本夹，只背了一个方方的硬纸小盒，里面可以装一些小标本，但由于天天下雨，到了昆明后，这些标本都已经烂掉了。但吴征镒将从湘西桃源的桃源洞采到的一种大花、单叶的十字花科植物牢牢记住，到昆明后，查出它就是最早由法国神父在贵州发现的“堇叶芥”，是中国特有的植物。
值得一提的是，吴征镒在逃难路上，结识了对他一生都有重大影响的闻一多先生。闻一多是中国文化史的通才，在诗歌、戏剧、绘画、文学评论和古典文学的研究上，都有很深造诣。爱读书、爱诗、爱昆曲的吴征镒早就读过闻一多的作品，特别是《红烛》《死水》《发现》《一句话》等充满激情的爱国诗篇，更是使他对闻一多充满仰慕之情。而此时，竟然能与闻一多相识，并结伴而行，他的心情无比激动。闻一多也很喜欢这位才华横溢的年轻人，一有机会，便与他说诗谈戏。有时吴征镒采集标本时，闻先生就在一边绘画。在微风里，闻一多先生长髯飘拂，宛如一幅图画。到昆明后，闻先生和吴征镒都在西南联大任教，两人的接触也日益增多。闻一多先生住的西仓坡，是吴征镒经常的去处。那时除谈诗论文之外，更多的是抨击时局，性如烈火的闻一多总是流露出对祖国前途的无限忧虑和对时局弊政的愤懑。吴征镒也感同身受，他想到了闻先生悲怆的呼喊：“问天问地问青风，中华到底在哪里？我哭着叫你，呕出一颗心来——在我心里！”也想起希望：“等到青天里一个霹雳，爆一声：咱们的中国！”
(五)
万里长征，辞却了五朝宫阙。暂驻足，衡山湘水，又成离别。绝徼移栽桢干质，九州遍洒黎元血。尽笳吹，弦诵在山城，情弥切！千秋耻，终当雪，中兴业，须人杰，便一成三户，壮怀难折。多难殷忧新国运，动心忍性希前哲。待驱除倭寇，复神京，还燕碣。这是西南联大悲壮的校歌，吴征镒唱着这首歌走过了八年的艰难岁月。
西南联大在昆明建校之初，贫无立锥之地。大约在一年后才建成了土基茅茨的新校舍，包括教室、实验室、大饭堂、图书馆、办公室、宿舍等。那时，西南联大教授的收入每况愈下，闻一多先生靠为别人刻印为生，朱自清先生抚养着8个孩子，一身重病，吴韫珍先生更是无法维持生计。孑然一身的吴征镒也只能勉强维持一日三餐，不得不兼任家庭教师和中学代课教员。
1942年6月，吴征镒最敬爱的恩师吴韫珍先生贫病交加，他把妻子儿女打发回上海青浦老家后，把钱大部分寄回家，自己过着饥一顿饱一顿的生活。有时，一天就吃上一小包花生米，但他仍在苦苦钻研植物学。由于严重缺乏营养，吴韫珍先生胃病日趋严重，做了胃切除手术，术后不停地打嗝，内外伤口都不能愈合，最后惨死在昆明医学院附属医院里。
在恩师吴韫珍先生病床前，吴征镒不知哭了多少次。他满怀深情，为敬爱的老师写下了这样的挽诗：图形番本草，名物记拉丁……
骀驽劳知己，凄凉付阖棺……然而，就在这样的条件下，西南联大的教授们仍心系国家民族命运，都怀着民族大义和对科学事业的追求，他们活着，痛着并快乐着，苦着并思索着，忍着并追求着……
在扬州，都传吴家子弟多爱昆曲，吴征镒也不例外，他对昆曲非常爱好，并有很深的造诣，能唱不少昆曲段子。
吴征镒虽年仅二十出头，却显得老气横秋，被大家戏呼为“吴老镒”，后来讹为“吴老爷”。1942年后，吴征镒考取张景钺教授的研究生，当时西南联大没有固定的教职员宿舍和女生宿舍，所以他搬过六七次家，先后曾和张澜庆、李家治等住先生坡2号。后来这个院子全部腾出，给些单身汉或刚成家的租住，故而男女混杂，十分热闹。吴晓玲是戏曲家，有时兴高采烈地练几下“三挡杨林”的把式，很像杨小楼的几招，这都不免引起吴征镒“发思古之幽情”。那几年课余吴征镒除参加“读书会”从事进步活动外，也参加了“曲会”唱昆曲，做一点“苦中作乐”之事，“笳吹弦育”颇盛一时。那时吴征镒嗓子也好，能唱“弹词”、“骂曹”、“扫秦”、“冥判”、“夜奔”等全出，慷慨悲歌，略抒愤懑。这些业余好爱好，确也起到“掩蔽”的作用，促进了“读书会”的“交友”活动。
1945年，吴征镒经闻一多、吴晗介绍加入了中国民主同盟。旋又由闻一多介绍，加入学生社团、新诗社、剧艺社。同年，又与李希泌、张澜庆、汪等创办私立五华中学，一边教学，一边在师生中传播民主进步思想，并参加了“一二·一”学生运动。
1945年8月15日，日本帝国主义宣布无条件投降，吴征镒和西南联大的师生一道，欢欣跳跃。可是，全国人民渴望实现和平民主的愿望却很快化为泡影。国民党政府一意孤行，坚持一党专政，并在美国的支持下奉行内战政策。1945年国共两党签订的“双十协定”墨迹未干，国民党便背信弃义，向华北、东北、华东、华中各解放区发动进攻。11月5日，中共中央号召“全国人民动员起来，用一切方法制止内战”。处于全国民主运动中心的昆明青年首先行动起来，发出了“反内战，争民主”的吼声。
吴征镒多次参加了西南联大举行的时事晚会，与吴晗、闻一多、钱端升、伍启元、费孝通、潘大逵等一起谴责国民党当局发动内战的罪行。
11月25日，吴征镒在住所听到西南联大方向传来了密集的枪声，后来才知道军警特务在联大冲击群众集会的会场。吴征镒愤怒地指责道：“难道不要内战，要和平，要民主有罪吗？”
12月1日，严重的事情发生了。大批国民党军警特务分别围攻西南联大和云南大学等学校，毒打学生和教师，并向学生集中的地方投掷手榴弹，当场炸死西南联大学生潘琰、李鲁连，昆华工校学生张华昌，南菁中学青年教师于再等4人，重伤29人，轻伤30人，造成了震惊全国的“一二·一惨案”。
事件发生后，吴征镒义无反顾地参加对烈士的公祭活动，参加全市人民的大游行。
在烈士下葬的那一天，吴征镒和所有的人低声念着悼诗：死者，你们什么时候回来，我们从来没有离开这里。
死者，你们怎么走不出来，我们在这里，你们不要悲哀。我们在这里，你们抬起头来。
哪一个爱正义者的心上没有我们？
哪一个爱自由者的脑里没有我们？