他对元、明文学的这种认识见诸文字虽然始于一九九○年，但其实是在一九八五年就获得此一结论的。在这之后，本应推而上之研究宋代文学的历程，但在这方面存在两种截然对立的意见：陈寅恪先生认为宋代文化是中国文化史上的辉煌时期，鲁迅先生却说：“宋的文艺，现在似的国粹气味就熏人。”（《坟·看镜有感》）这两位都是他所十分尊敬的学者，因此他认为这问题比较复杂，就暂时先放一放，转而研究魏晋南北朝文学的总体评价。由于铃木虎雄、鲁迅等人早就把建安时期作为中国文学的自觉时代的开始，受此启发，他很容易地发现了魏晋南北朝文学在中国文学史上的巨大意义——导致了中国文学的几乎是全面的发展（戏曲除外），并为唐代文学的繁荣奠定了深广的基础。他为此先后撰写了《关于魏晋南北朝文学的评价》（《复旦学报》社会科学版1987年第一期）和《再论魏晋南北朝文学的评价问题》（《复旦学报》社会科学版1988年第二期）。这不但是对国内各种文学史上对建安以后（尤其是晋代和南北朝）文学的贬抑性评价的挑战，而且他也由此认识到了历史上对南朝文学的否定其实是一种与文学的前进背道而驰的意见。
在对魏晋至唐代的文学和元明的文学有了上述的估价以后，再来研究处于二者的中间的宋代文学就不致太困难了。他认为宋代诗文（不包含词）演变的总体趋势与魏晋至唐代文学的走向是相矛盾的，与元代、明代文学中的新的声音更是对立的。他为此写了《走在下坡路上的文学——宋诗简论》（《上海文论》1989年第三期），这在宋代文学研究中引起了不少非议，但他仍然坚持自己的看法。
就这样，章先生在二十世纪八十年代的十年间，分阶段地对中国文学发展的总体过程作了独立的思考，在吸取前人的建安为中国文学自觉阶段的开始和晚明文学中已存在与“五四”新文学相通的成分的基础上，对中国文学发展过程中的一些关键性阶段的性质、状态都提出了新的见解，纠正或补充了前人的认识，使魏晋至晚明文学发展的轮廓更为充实、确切和鲜明。值得注意的是：他从前辈学者中所吸取的养料，都来自“五四”新文学学者（铃木虎雄的关于中国文学自觉阶段的观点，他是通过鲁迅的文章才知道的）；所以，他的中国文学史研究实与“五四”精神息息相通。
进入二十世纪九十年代以后，章先生仍就中国文学的总体发展过程继续进行思考。但在最初的两三年，不知是由于过度疲劳还是由于研究进到了一个新的阶段——瓶颈的阶段，他的思路忽然很枯窘，只能对以前已获得的成果稍作补苴（例如发表于1992年3月15日《文汇报》的《中国文化的历史转折点——明初》，虽对元代文学的繁荣和明初文学的衰落作了较具体的比较，提供了若干新的材料，但不过是以前发表过的《（明代文学研究）序》中的某些论述的补充），而不能进一步深入了。于是，他就索性乘此时机为自己“充电”。在这期间，他集中阅读了大量的西方二十世纪较新的美学论着。直至一九九三至一九九四年间，他才在中国文学史研究上又取得了重大突破。
四、《中国文学史新着》的构思、
撰写及其增订本的成书
正在他思路枯窘之时，他自二十世纪八十年代中期起与骆玉明先生共同主编的《中国文学史》完稿了，并于一九九三年通过了专家审查。
这书本来是作为高等教学自学考试教材而编写的，参加编写的除章先生外，在当时都是青年学者，如葛兆光、钟元凯、李庆等先生，在学术上都有突出成就。章先生只为此书写了确定基调的《导论》和极少的章节，其他都出于编写者自己的发挥。这当然难免出现各说各的、甚至相互矛盾之处，则由骆玉明先生通过统稿来解决。
虽然事先缺乏统一的安排，但由于编写者自己的创新意识，书稿的绝大部分都打破了将文学史作为政治的附庸的旧模式而注重作品的感情本身，看起来与《导论》的强调文学的发展与人性的演变同步颇为一致。此书出版以后在学术界引起了强烈反响，被钱谷融、钱伯城等先生誉为“石破天惊”之作，清华大学的孙明君教授也说它“开创了文学史研究的新境界，它的出版标志着古典文学研究打破了旧的思维定势，完全走出了政治因素干扰的时代”（《北京大学学报》1997年第一期《追寻。远的理想》），其故也就在此。
不过，就章先生自己来说，书稿虽已获得审查通过，他却同时清晰地看到了书中所存在的缺点：第一，《导论》本身具有明显的问题：只强调文学发展与人性演变的同步，却对文学的形式缺乏应有的重视（这是他从二十世纪九十年代起集中研读西方美学论着所获得的新的认识），全书也在不同程度上具有这样的缺陷，尽管若干章节在这方面具有较好的成绩（例如葛兆光先生承担的部分）；第二，全书的各部分虽大都自具新意，但缺乏内在的逻辑联系；第三，采取王朝分期法，看不出各个时期在文学发展过程中的特色和意义；第四，全书的部分章节之间在学术水平上不大平衡。但他认为编写者已为此花了大量的时间和精力，而就书稿本身来看，较之以前的各种文学史已有了重大的突破，那就应该赶快公之于众，而不应辜负编写者的努力，一味拖延下去。
然而，在此书输入电脑和印刷的过程中，章先生却取得了在文学史研究中进一步突破的契机——上海辞书出版社请他为《元明清诗鉴赏辞典》写一篇序，他想借此机会进一步阐明元明清诗相对于宋诗的重大进展，但如何着手呢？想了好久，忽然觉得不妨以“五四”新文学作为比较的基准。该《序》一开始写道：
在有些人看来，元明清诗歌在成就上不仅远逊于唐诗，而且也大大不如宋诗。但在实际上，元明清文学正是从宋代文学发展到“五四”新文学的必不可少的桥梁。自然，“五四”文学还吸取了异域的营养，但我国文学如不曾经历过元明清时期的虽则是缓慢的发展，而仍然停留在宋代文学的阶段，也就根本不存在吸取异域营养的前提。倘若有人认为“五四”文学只是我国文学史上的怪胎，远没有宋代文学之纯正可爱，那自然无话可说，否则也就不能不承认元明清文学所具有的历史地位。
元明清文学的上述桥梁作用不但体现在戏曲、小说方面，也体现在诗歌方面。（《元明清诗鉴赏辞典·序》，上海辞书出版社1994年版卷首）
按照这样的思路，果然较轻易地说明了元明清诗（明代前期诗除外）相对于宋诗的重大进展。由此章先生发现了文学史研究的一条新路：把中国文学的古今演变过程作为一个整体来看待，把中国现代文学作为古代文学的终点站（当然，它同时又是起点站），再回过头来观察其经过的各个站点，一切就很清楚了。
根据这一发现，他一面倡导中国文学的古今贯通研究，一面寻求中国古代文学（含前现代文学）发展的内在联系并按照其各个阶段的发展情况进行分期。在这种情况下，后一项工作就变得事半而功倍了。所以，在复旦版的《中国文学史》于一九九六年出版后，在备受好评的同时，孙明君先生等人也实事求是地指出了其不足之处（采用王朝分期法，有些章节的学术水平不很平衡），他不但完全赞同他们的批评，而且有决心和信心在短时间内重写一部，那就是《中国文学史新着》。
可惜好事多磨。在《中国文学史新着》于一九九八年出版了两册后，章先生因病而不得不停止了写作；直到二○○五年才重新动笔。在这期间，他对中国文学发展过程的认识又有所深化，不但把近世文学由原来的萌生、受挫、复兴三期增改为萌生、受挫、复兴、徘徊、嬗变五期，而且对许多问题都有了新的看法，如以大量的证据证明了《玉台新咏》为南朝陈代的一位妃子——很可能是张丽华——所编，那就对于研究女性在中国文学发展过程中的贡献具有重大意义。所以，在二○○七年出版的《中国文学史新着》增订本较之一九九八年出版的《中国文学史新着》上、下两卷又是一种新的境界了。而无论是原先所出的两卷还是二○○七年出版的增订本，都对文学的形式作了着重的探讨，如同《书城》二○○七年十二月号的《（书城）荐书·（中国文学史新着）（增订本）》所说：“从来没有一部中国文学史能像本书这样跳出社会史、思想史的窠臼，从以往过多的外部研究回到对文学本体的考察，真正将美感特征作为求证问道的门径。书中据于文学形态学的梳理和辨析，显然具有特殊的史述意义。”不过，这种对于文学的形式特征的重点探讨，跟章先生所坚持的马克思主义不但并不矛盾，而且正是马克思主义美学的新发展。李欧梵教授在为陈建华博士《革命与形式——茅盾早期小说的现代性展开1927－1930》所作的《序》中说：“记得多年前我旁听一位马克思主义的文学理论家演讲，他一再强调形式的重要——‘form，form，form！’他重复说了数次。这种形式上的演变、它的内容及作品背后的历史条件和文化制作过程，才是马克思主义文学分析方法的真谛，而不是所谓的‘经济基础’如何决定‘上层建筑’，更不是单向式的庸俗‘反映’论。”（见该书卷首，复旦大学出版社2007年版）这也正可用来说明《中国文学史新着》增订本的上述特色。
至于《中国文学史新着》在学术上的重大成就与贡献，论者已经不少，而且也非我的学力所能准确描述，此处就不敢妄议了。