第一步，在价格闯关受挫的严峻时刻，国务院制定紧急补救措施，以控制局势。8月30日，在召开国务院常务会议的同一天，国务院发出《关于做好当前物价工作和稳定市场的紧急通知》和《通知》针对一些地方出现抢购商品和大量提取储蓄存款的问题，做出如下决定：（1）采取有力措施，确保1989年社会商品零售价格上涨幅度明显低于1988年。（2）要求各地坚决贯彻执行国务院关于1988年下半年不出台新的涨价措施的决定。国务院有关部门管理的商品价格和收费标准，各地一律不得擅自提高。地方管理的商品价格和收费标准，也不得任意提高。企业也不得违反规定乱涨价。违者要严肃追究主要负责人的责任。（3）决定人民银行开办保值储蓄业务，使三年以上的长期存款利息不低于或稍高于物价上涨幅度。（4）必须采取有力措施，坚决压缩固定资产投资规模，停建、缓建一批楼堂馆所项目，严格控制社会集团购买力，抓紧清理整顿公司，清理整顿非银行的金融机构。要把1988年的信贷和货币发行控制在国家要求的数额之内。银行和非银行金融机构对非生产性建设项目，要按照国务院的规定停止贷款；对生产性建设项目的贷款，也要从严掌握。（5）必须切实做好粮、棉、油等农副产品的收购工作，确保合同订购任务的完成。（6）各级人民政府要组织好市场供应，严格市场管理。要认真整顿市场秩序，坚决取缔和打击囤积居奇、投机倒把、中间盘剥等行为。要充分发挥城乡群众、社会舆论对市场物价的监督作用，对制造谣言、哄抬物价、扰乱市场的要坚决打击。上述要点，是党中央和国务院认真研究了当时的经济形势之后所做出的重要决策，尽管还没有明确使用“治理整顿”的提法，但已经包含了后来提出的治理经济环境、整顿经济秩序这一指导方针的基本内容，因此，这个紧急通知的发出，在客观上也就成为三年治理整顿开始的标志。
第二步，初步形成“治理整顿”的思路，并在小范围内征求意见。9月6日，中央一位领导人在会见美国客人时第一次公开使用“治理整顿”的提法。他说，中国将坚定不移地进行物价改革，但是物价改革不能孤军深入，要与治理环境和整顿秩序协调进行。治理环境和整顿秩序包括堵住流通领域中的漏洞，解决改革中党政机关的廉洁问题。他认为，当时面临的重要的问题是清除经济过热现象，压缩基本建设规模，控制经济发展速度。从这段话中可以看出，至迟在9月上旬，中央决策层对于治理环境和深化改革的关系的认识已经有了重要的变化，放弃了那种认为物价改革可以孤军深入的片面观点，形成了关于治理整顿的比较明确的思路。13日至17日，中共中央在北京召开各民主党派负责人、无党派爱国人士民主协商会和在京经济专家座谈会，分别就《关于价格、工资改革的初步方案》征求意见。与会者对治理经济环境、整顿经济秩序、继续深化改革，提出了具体的建议。《人民日报》发表了这一消息，“治理整顿，深化改革”的提法也更加明确、完整了。
第三步，中央工作会议制定“治理整顿，深化改革”的指导方针。9月15日至21日，中共中央政治局召开中央工作会议。在这次会议上，中央政治局正式做出治理经济环境、整顿经济秩序、全面深化改革的决定。会议决定，1989年和1990年要把改革和建设的重点放到治理经济环境、整顿经济秩序上来。会议指出，治理整顿，既是深化改革的必要条件，也是深化改革的重要内容。会议还提出了坚决抑制通货膨胀、深化改革的若干重要政策建设。24日，中央政治局又召开了第十二次全体会议，讨论并通过了赵紫阳代表中央政治局在中共十三届三中全会上的工作报告。这个报告的主要内容，就是阐述“治理整顿，深化改革”的指导方针。
第四步，中共中央全会正式批准“治理经济环境、整顿经济秩序、全面深化改革”的指导方针。9月26～30日，中共十三届三中全会在北京举行。全会批准了中央政治局提出的治理经济环境、整顿经济秩序、全面深化改革的指导方针和政策、措施。全会确定，在坚持改革、开放总方向的前提下，把1989年和1990年两年改革和建设的重点突出地放到治理经济环境和整顿经济秩序上来，以扭转物价上涨幅度过大的势态，创造理顺价格的条件，使经济建设持续、稳步、健康地发展。赵紫阳代表中央政治局在全会上作了《在中国共产党第十三届中央委员会第三次全体会议上的工作报告》。报告比较全面地阐述了中央新的经济工作指导方针。报告指出，治理经济环境，主要是压缩社会总需求，抑制通货膨胀。主要措施是：第一，压缩全社会固定资产投资，对重点企业采取倾斜政策，对涉外项目采取保护政策，合理调整投资结构。第二，控制消费基金的过快增长，特别要坚决压缩社会集团购买力。第三，采取一系列措施稳定金融，严格控制货币发行，开辟多种渠道吸收社会游资，引导购买力分流。第四，克服经济过热现象。降低工业增长速度。整顿经济秩序，就是要整顿在新旧体制转换中出现的各种混乱现象。主要措施是：第一，坚决刹住乱涨价风，在全国范围内开展物价、财务、税收大检查。通过检查，进行教育，严肃法纪，堵塞漏洞，把物价、财务、税收监督制度和市场规则建立健全起来。第二，整顿公司，政企分开，官商分开，惩治“官倒”。第三，尽快确立重要产品的流通秩序。第四，加强宏观监督体系。第五，制止各方面对企业的摊派、抽头和盘剥。报告还提出，治理整顿必须同加强和改善新旧体制转换时期的宏观调控结合起来，综合运用经济的、行政的、法律的、纪律的和思想政治工作的手段，五管齐下，进行宏观调控。报告强调：治理经济环境和整顿经济秩序是长期要注意的大问题，最要紧的是1989年和1990年两年一定要抓出成效，首先要确保1989年的物价上涨幅度明显低于1988年，这不仅是一个严重的经济问题，而且已成为一个重大的政治问题。
中央全会审议、通过了中央政治局的报告。会议原则通过了《关于价格、工资改革的初步方案》，同时建议国务院在此后五年或较长一些时间内，根据严格控制物价上涨的要求，并考虑各方面的实际可能，逐步地、稳妥地组织实施。至此，中央已经形成了在此后一段时间里“治理整顿，深化改革”的比较完整、明确的思路。
根据不同的侧重点，三年治理整顿可以划分为两个阶段。
1.治理整顿、深化改革的决策的初步实施：侧重点为压缩需求，降低速度，实行信贷和货币“双紧”政策（1988年9月到1989年8月）。
第一阶段为初步实施阶段。这一阶段治理整顿所要达到的目标是：（1）消除经济过热，把发展速度降到比较合理的水平。（2）遏止通货膨胀，使1989年物价上涨幅度明显低于1988年，1990年以后的上涨幅度讲一步下降。（3）压缩固守资产投资规模，使它同国力承担的可能相适应；控制消费基金的过快增长，使它同国民收入的增长相适应。（4）逐步缓解社会总需求大于总供给的矛盾，实现财政、信贷、物资、外汇的基本平衡。（5）认真调整经济结构，使粮、棉、油等主要农产品的产量有较多增加，使能源、交通、原材料供应的紧张状况有所缓解。（6）建立健全必要的经济法规以及宏观调控体系和监督体系，积极推进社会主义商品经济新秩序的建设。（见1989年3月20日国务院总理李鹏在七届全国人大二次会议上的政府工作报告）从这六项目标可以看出，最初的治理整顿的侧重点在于压缩投资需求和消费需求，为过热的经济降温。为了实现上述目标，国务院及其有关部门主要采取了以下几项具体措施：
一是加强对物价的调控。根据中共十三届三中全会的精神，国务院于1988年10月24日发布了《关于加强物价管理，严格控制物价上涨的决定》，对于加强物价管理提出了九点要求：第一，坚决稳定群众生活基本必需品的价格。第二，坚决制止农用生产资料乱涨价。第三，严格执行计划外生产资料的最高限价。第四，对已经放开的工业消费品价格，也要进行管理和引导。第五，整顿流通领域的价格，取缔中间盘剥。第六，整顿城市公用事业和服务行业收费。第七，严肃物价法纪。第八，依靠广大群众，搞好物价检查。第九，1989年物价上涨的幅度明显低于1988年。此后，各级地方政府和中央有关部门采取了一系列经济的和行政的措施，强化了对于物价的管理和控制。
二是调整银行储蓄利率。中国人民银行根据国务院常务会议的决定，从1988年9月10日开始开办人民币长期保值储蓄存款，并于9月1日和1989年2月1日两次提高银行储蓄存款利息。特别是第二次提息，幅度之大，为建国以来所仅见。这些调整措施对于群众的吸引力很大，1989年前9个月的储蓄存款净增1000亿元，相当于1988年同期的两倍，为建国以来吸收存款最多的一个时期。新增存款中80%是三年以上的保值储蓄。
三是压缩社会集团购买力。1988年10月6日，国务院发布《关于从严控制社会集团购买力的决定》，提出1989年和1990年两年的社会集团购买力，要在上年实际支出的基础上，按实际可比口径计算每年压缩20%。
四是压缩基建规模。国务院北戴河兴城楼堂馆所清查工作小组清查了北戴河、南戴河、黄金海岸、辽宁兴城等地兴建楼堂馆所的情况，并根据不同的情况分别做出允许续建、缓建和停建的初步处理；1988年9月24日，国务院发出《关于清理固定资产投资在建项目、压缩投资规模、调整投资结构的通知》，提出这次清理的总的要求是：既要压缩固定资产投资规模，又要调整投资结构，使国民经济发展有必要的后劲，使生产保持一定的、实在的发展速度，使建设项目的新增生产能力尽可能符合市场的需要。1989年1月初，国务院又发出《关于进一步清理固定资产投资在建项目的通知》，决定9类项目在1月10日前一律停止施工，实行“先停后清”，不得以任何理由拖延。
五是清理整顿各类公司。据统计，1988年全国共有各类公司294946户，如加上分支机构则达477431户。公司的数量远远超过了商品流通的实际需要。许多公司，实际上并不是为商品流通服务，而是纯粹增加流通环节、为商品价值的实现设置障碍。这些公司，从本质上说，是长在我国流通领域的毒瘤。不清除这类公司，我国的经济就不可能健康发展。为此，1988年10月3日，中共中央、国务院发出《关于清理整顿公司的决定》。这一文件提出，这次清理整顿的重点是1986年下半年以来成立的公司，特别是综合性、金融性和流通领域的公司。主要解决公司政企不分、官商不分、转手倒卖、牟取暴利等问题，进一步明确经营方针、经营范围，使之走上健康发展的轨道。1989年8月17日，中共中央、国务院做出《关于进一步清理整顿公司的决定》，更加明确具体地提出了进一步清理整顿公司的重点，是砍掉各级党政机关开办的公司，流通领域中过多、过滥的从事商业批发、对外贸易、物资供应的公司和金融性公司。文件严肃指出，清理整顿公司，既是治理经济环境、整顿经济秩序、全面深化改革的重要内容，又是坚决惩治腐败、振奋党心民心的一项重要措施，不仅是经济领域的问题，而且是全国上下十分关注的政治问题。9月初，经中共中央、国务院批准，全国清理整顿公司领导小组成立。在成立后的第一次会议上，领导小组决定中央国家机关各部门要坚决撤并“实际注册资金、从业人员、经营场地、组织机构等不具备《企业法人登记管理条例》及其实施细则规定的开办条件的公司”等11类所属公司。
六是定期公布八项重要经济指标资料，以加强和改善国家对宏观经济的调控能力。为了加强和改进宏观经济控制，推动压缩社会总需求，抑制通货膨胀，逐步把各方面的注意力从盲目追求和攀比产值增长速度，引导到提高经济效益上来，国务院决定，从1989年1月起，由国家统计局、国家计委、财政部、中国人民银行联合定期公布八项重要经济指标资料。这八项经济指标是：固定资产投资额，银行贷款余额及增加额，职工工资总额，工业全员劳动生产率，工业销售利税率，工业资金利税率，工业可比产品成本降低率，工业能源消耗综合降低率。
七是制定国家产业政策，作为调整产业结构的依据。1989年3月15日，国务院发布《关于当前产业政策要点的决定》。文件指出，当前和今后一个时期制定产业政策、调整产业结构的基本方向和任务是：集中力量发展农业、能源、交通和原材料等基础产业，加强能够增加有效供给的产业，增加经济发展的后劲；同时控制一般加工工业的发展，使它们同基础产业的发展相协调。
经过一年左右的治理整顿，我国的经济形势发生了较大的变化。其中最显着的变化，就是过旺的社会需求得到有效的控制，过高的工业生产速度明显回落，市场开始降温，相当多的商品由原来供不应求的卖方市场转变为供大于求的买方市场。1989年l至9月，工业生产速度回落到8.9%；在国家信贷收支上比1988年前9个月少发放377亿元贷款；社会商品零售额6073亿元，名义上比1988年同期增长12.3%，但如扣除物价上涨因素，实际下降8.2%。但是，以压缩社会需求为重点的治理整顿.由于刹车过猛，同时也带来厂一些负效应，主要就是市场疲软，企业效益下滑。根据这种情况。中央对于治理整顿的侧重点和压缩力度及时做了调整，由此治理整顿也就进入了新的阶段。