1989年9月29日，江泽民在庆祝中华人民共和国成立40周年大会上发表重要讲话。江泽民的这篇讲话，在发表前经过广泛征求党内外意见，经过几千名同志的深入讨论和参加修改，是在经过了一场严重的政治风波的考验之后，党和国家的新的领导集体的一篇重要的政治宣言。在谈到治理整顿问题时，江泽民指出，“当前必须坚定不移地继续贯彻治理整顿、深化改革的方针，力争用三年或者更多一些时间，从根本上缓解社会总需求超过总供给的矛盾，逐步消除通货膨胀，使国民经济走出困境。”这是第一次明确把治理整顿的时间由原定的1989和1990两年修改为三年或更多一些时间。此后，国务院发展研究中心负责人在回答新华社记者问时指出，“紧缩的第一阶段效应已经出现了，现在治理整顿已经进入了以调整结构和提高效益为重点的关键阶段。”这说明，从9月份开始，中央开始考虑调整治理整顿的部署问题。最后确定新的部署，是在11月6日至9日召开的中共十三届五中全会上。
中共十三届五中全会审议并通过了《中共中央关于进一步治理整顿和深化改革的决定》。文件提出，包括1989年在内，用三年或者更长一点的时间，努力缓解社会总需求超过社会总供给的矛盾，逐步减少通货膨胀，使国民经济基本转上持续稳定协调发展的轨道，为到本世纪末实现国民生产总值翻两番的战略目标打下良好的基础。治理整顿的主要目标是：（1）逐步降低通货膨胀率，使全国零售物价上涨幅度逐步下降到10%以下；（2）扭转货币超经济发行的状况，逐步做到当年货币发行量与经济增长的合理需求相适应；（3）努力实现财政收支平衡，逐步消灭财政赤字；（4）在着力提高经济效益、经济素质和科技水平的基础上，保持适度的经济增长率，争取国民生产总值平均每年增长5%至6%；（5）改善产业结构不合理状况，力争主要农产品生产逐步增长，能源、原材料、供应紧张和运力不足的矛盾逐步缓解；（6）进一步深化和完善各项改革措施，逐步建立符合计划经济与市场调节相结合的原则，经济、行政、法律手段综合运用的宏观调控体系。全会要求，治理整顿必须抓住四个重要环节。一是，继续压缩社会总需求，坚持执行紧缩财政和信贷的方针，解决好国民收入超额分配的问题，下决心过几年紧日子。二是，大力调整产业结构，增加有效供给，增强经济发展后劲。三是，认真整顿经济秩序，继续下大力量清理整顿各种公司特别是流通领域的公司，克服生产、建设、流通、分配领域的严重混乱现象。四是，深入开展增产节约、增收节支运动，下功夫改进企业的经营管理，挖掘内部潜力，提高科技水平，走投入少、产出多、质量高、效益好的经济发展路子。
同三中全会和全国人大七届二次会议的文件相比，这个文件对于治理整顿的部署做了重要的补充和修改。
一是对于治理整顿的指导思想做了重要调整。这个文件对于治理整顿工作提出了一个十分重要的指导思想：“在治理整顿过程中，近来出现了市场销售疲软、某些企业产品滞销、工业速度回落过猛等现象。总的来看，这种情况对进一步治理整顿是有利的，但已存在着值得注意的消极影响，需要认真研究，具体分析，不能掉以轻心。一方面，应当抓住有利时机，变市场对企业的压力为动力，积极调整经济结构，努力提高企业的效益和效率。另一方面，也要在宏观上采取必要的疏导措施，积极开拓国内国际市场，努力增加有效供给，保证经济稳定发展。”“任何时候都坚持从我国的基本国情出发，牢固树立持续、稳定、协调发展的指导思想，坚决防止片面追求过高的发展速度，始终把不断提高经济效益放到经济工作的首要位置上来。”这是一个既要控制总量、又要适度发展的指导思想，是对十三届三中全会指导思想的发展和深化。指导思想的深化，表明治理整顿进入了一个新的阶段。
二是考虑到治理整顿的艰巨性，提出治理整顿需要三年或更长一些时间。为了解决经济中的一系列尖锐矛盾，十三届三中全会做出了治理整顿、深化改革的决策。但是，受当时情况的限制，三中全会对于我国经济生活中存在的问题、困难估计不足，对于产生这些困难的原因也分析不够。因此，不少地方、部门和单位对于治理整顿的必要性、紧迫性和艰巨性缺乏认识。治理整顿一年有余，虽然取得初步成效，但一些深层次的问题还没有得到解决，诸如：社会总需求远远超过社会总供给，现有国力和社会生产能力已支撑不了庞大的建设规模和严重膨胀的社会消费需求；工农业比例关系严重失调，现有农业已支撑不了过大的工业生产规模；基础工业、基础设施与加工工业的比例关系严重失调，能源、交通、原材料的供应能力已支撑不了过大的加工工业；资金、外汇、物资的分配权过度分散，国家宏观调控能力严重削弱；生产、建设、流通领域中普遍存在着高消耗、低效益，高投入、低产出，高消费、低效率的现象，各方面浪费严重。十三届五中全会对于这些深层次的问题做了深刻的分析，认为要解决这些问题，难度还很大，不能急于求成，时间短了不行。因此，全会决定，把原定的两年治理整顿时间，延长为三年或更长一些时间。此外，北京政治风波的干扰，延误了治理整顿的步伐；再加上西方国家对我国的所谓“制裁”，给我国的经济建设造成了严重的困难，同时也加大了治理整顿的难度。这些意外情况的出现，也需要对原定的时间表做出调整。
三是根据既要控制总量、又要适度发展的指导思想，全会修订和充实了治理整顿的目标。坚决控制社会总需求仍然是治理整顿的首要任务，但适当调整了紧缩力度，提出在坚持实行从紧的财政信贷政策的前提下，根据新的情况，采取必要的灵活措施，按照产业政策有重点地解决某些方面资金困难的问题，以利于促进生产的稳定增长；一些重要指标更加具体，如要求全国物价上涨幅度逐步下降到10%以下，货币发行逐步做到当年发行量与经济增长的合理需要相适应，具体到1990年，货币发行量大体维持1989年的水平；继续整顿经济秩序，特别是流通领域秩序，提出1990年要以煤炭市场的整顿为突破口、逐步解决生产资料价格“双轨制”等任务；提出要坚定不移地把经济工作转到以提高经济效益为中心的轨道上来，在着力提高经济效益、经济素质和科技水平的基础上，保持适度的经济增长率，争取国民生产总值平均每年增长5%至6%；提出深化和完善改革的具体任务，主要有企业承包经营责任制、财政包干体制、金融体制、外贸承包制、物资管理体制、价格体系与价格管理体制、计划体制等等方面的改革，并提出坚持对外开放，使对外开放和治理整顿相互促进；要求在进行治理整顿时，坚持把教育和科技放在优先发展的战略地位。这些补充和修改，使得治理整顿的目标更加具体、完善和可靠。
至此，进一步治理整顿的目标就确定下来了，这就是：在控制总量的前提下，适当调整紧缩力度，争取经济适度发展，并逐步把重点放在调整产业结构，提高经济效益方面，由速度型逐步向效益型过渡。
2.在控制总量的前提下，适当调整紧缩力度，争取经济适度发展（1989年10月～1990年8月）。
但是，把调整结构、提高效益真正摆在经济工作的首要位置上来，并不是一件容易办到的事情。1989年12月1日，国务院总理李鹏在全国计划会议上指出：“调整结构和提高效益，要比压缩需求、降低速度困难得多。而这一关又非过不可，不然的话，不仅多年积累的社会总需求大于社会总供给的矛盾难以缓解，而且新出现的一些矛盾也都解决不了。从这个意义上说，我国的治理整顿在1990年进入了攻坚的阶段。”也就是说，中国的经济要真正走上稳定发展的轨道，根本的出路就是调整结构、提高效益。为了实现这个目标，胜利完成治理整顿的任务，中共中央和国务院把这一阶段的治理整顿分为两步，第一步是在调整结构的同时，以启动市场，争取经济适度发展为侧重点。从1989年10月到1990年8月，中央主要采取了以下几方面的措施：
第一，加大对于基础产业的投入，以改善经济结构。十一届五中全会提出，要迅速在全党全国造成一个重视农业、支援农业和发展农业的热潮，齐心合力把农业搞上去，确保粮食、棉花等主要农产品的稳定增长。根据这个精神，1989年11月27日，国务院做出《关于依靠科技进步振兴农业加强农业科技成果推广工作的决定》，强调农业特别是粮食生产的稳定增长，是整个国民经济发展的基础。国务院明确指出，农业的发展，一靠政策，二靠科技，三靠投入，但最终还是要靠科技解决问题。在五中全会和国务院决定的推动下，1990年的固定资产投资工作切实实行了向农业等基础产业倾斜的方针，在中央掌握的基本建设投资中，用于对农业的投资比1989年增长30%。中央还采取措施改善工业产品结构。1989年12月31日，国务院下文成立“国务院生产委员会”，以加强对大型骨干企业的生产协调和全国的生产调度工作。1990年初，国家计委和国务院生产委员会提出《关于对二百三十四户重点骨干企业试行“双保”办法的报告》，确定234户重点骨干企业为“双保”企业。一方面，这些企业在1990年保证向国家上缴利税385亿元，上交统配产品原煤3.23亿吨、原油1.36亿吨、发电量3671亿千瓦小时、钢材2617万吨、化肥1386万吨、汽车8.06万辆、发电设备695万千瓦；另一方面，国家和地方保证向企业提供能源、原材料、运力和资金等主要生产条件。2月27日，中国人民银行决定向9个重点行业234.产骨干企业增加80亿元信贷资金，用于生产急需。上述措施在1990年开始发挥作用，这一年农业总产值增长6.9%，原煤、发电量、钢材分别增长2.5%、6.2%、6.1%。
第二，在坚持控制总量的前提下，适当调整紧缩力度，以启动市场。1990年3月14日，中国人民银行、中国工商银行、中国农业银行、中国银行、中国人民建设银行召开全国银行电话会议，会议决定，（1）适当增加上半年银行贷款规模。新增加的贷款主要投向234户“双保”企业、农业春耕生产、国家计划内固定资产贷款项目等。1990年总共扩大固定资产投资400亿元。
（2）从3月21日起，贷款利率下调1.26个百分点。（3）从4月1日起恢复于1989年8月取消的托收承付结算方式，以帮助承担国家指令性计划生产较多的骨干企业收回贷款。中国人民银行还决定从4月15日起降低部分存款利率，城乡居民和企业、事业单位定期存款年利率（三个月、半年、一年、二年、三年、五年期存款）降低1.26个百分点；八年期存款年利率降低1.44个百分点。这些经济手段收到了较好的效果，从3月份开始，工业生产逐月回升，6月份速度达到5.3%，全年增长了7.8%。
第三，继续整顿经济秩序，为生产的正常运转和经济的持续、稳定发展创造良好环境。一是进一步清理整顿公司。从1990年开始，国务院及各部门以煤炭市场为突破口，清理整顿各类依靠生产资料价格“双轨制”而层层盘剥、转手倒卖、牟取暴利的皮包公司。到年底，全国已撤并各类公司10万多个，占原有公司总数的352%。二是开始清理“三角债”。由于一段时间里市场疲软、产品积压，企业流通资金不足的矛盾很尖锐，造成企业、单位之间互相拖欠货款的情况十分严重，1989年全国拖欠总数已达1000亿元以上，进入1990年以后继续呈上升趋势。“三角债”现象既妨碍了生产的正常运转，同时也损害了社会信誉，破坏了经济秩序。1990年3月，国务院发出通知，决定在全国范围内清理“三角债”，并成立了以邹家华为组长的清理“三角债”领导小组。三是在市场疲软、价格回落的情况下，抓住时机出台一系列价格改革措施，以逐渐缩小生产资料“双轨制”造成的价差，整顿市场价格混乱现象。从1989年底开始，国务院对于生产资料的价格进行结构性调整，主要有：从3月7日起，对计划外煤炭实行最高限价；从3月10日起，提高国产平价原油及部分成品油出厂价格；从3月15日零时起，提高铁路和交通部直属沿海、内河的货运价格；同时，调低国产彩电特别消费税，调整彩电基价；从3月15日起，对生产与销售计划外纯碱、烧碱实行不含运杂费的全国统一最高限价；从4月1日起，较大幅度提高油脂定购价格，等等。这些调整措施，向生产资料价格的最终并轨迈出了一大步。
3.把治理整顿的重点转移到调整结构、提高效益上，争取由速度型逐步向效益型过渡（1990年9月～1991年12月）。